ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49885

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.007, 0.033, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.005, 0.033, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.043 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.014, 0.056, 0.098, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.056 std_dev=0.042
N2 A 0, -0.002, 0.041, 0.084, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.041 std_dev=0.043
O5' B 0, 0.083, 0.353, 0.623, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.353 std_dev=0.270
P B 0, 0.186, 0.635, 1.085, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.635 std_dev=0.449
O4' A 0, 0.282, 0.963, 1.645, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.963 std_dev=0.682
C5' B 0, 0.288, 0.986, 1.685, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.986 std_dev=0.698
OP1 B 0, 0.305, 1.046, 1.786, 1.621 max_d=1.621 avg_d=1.046 std_dev=0.741
OP2 B 0, 0.293, 1.034, 1.776, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.034 std_dev=0.742
C2' A 0, 0.307, 1.054, 1.802, 1.650 max_d=1.650 avg_d=1.054 std_dev=0.748
C2' B 0, 0.332, 1.188, 2.044, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.188 std_dev=0.856
C3' B 0, 0.287, 1.149, 2.010, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.149 std_dev=0.861
C3' A 0, 0.423, 1.447, 2.472, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.447 std_dev=1.025
C4' A 0, 0.425, 1.451, 2.477, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.451 std_dev=1.026
O2' A 0, 0.439, 1.501, 2.563, 2.287 max_d=2.287 avg_d=1.501 std_dev=1.062
C4' B 0, 0.474, 1.620, 2.766, 2.455 max_d=2.455 avg_d=1.620 std_dev=1.146
O3' A 0, 0.500, 1.714, 2.929, 2.659 max_d=2.659 avg_d=1.714 std_dev=1.214
C1' B 0, 0.629, 2.218, 3.807, 3.638 max_d=3.638 avg_d=2.218 std_dev=1.589
O2 B 0, 0.653, 2.322, 3.992, 3.852 max_d=3.852 avg_d=2.322 std_dev=1.670
O4' B 0, 0.700, 2.426, 4.152, 3.876 max_d=3.876 avg_d=2.426 std_dev=1.726
C5' A 0, 0.732, 2.498, 4.265, 3.770 max_d=3.770 avg_d=2.498 std_dev=1.767
O3' B 0, 0.732, 2.558, 4.384, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.558 std_dev=1.826
O2' B 0, 0.750, 2.627, 4.505, 4.274 max_d=4.274 avg_d=2.627 std_dev=1.878
N1 B 0, 0.830, 2.992, 5.153, 5.029 max_d=5.029 avg_d=2.992 std_dev=2.161
C2 B 0, 0.875, 3.119, 5.363, 5.183 max_d=5.183 avg_d=3.119 std_dev=2.244
O5' A 0, 0.930, 3.199, 5.468, 5.019 max_d=5.019 avg_d=3.199 std_dev=2.269
OP1 A 0, 1.013, 3.479, 5.944, 5.427 max_d=5.427 avg_d=3.479 std_dev=2.466
P A 0, 1.011, 3.491, 5.971, 5.524 max_d=5.524 avg_d=3.491 std_dev=2.480
C6 B 0, 1.178, 4.298, 7.417, 7.309 max_d=7.309 avg_d=4.298 std_dev=3.119
N3 B 0, 1.329, 4.721, 8.113, 7.817 max_d=7.817 avg_d=4.721 std_dev=3.392
OP2 A 0, 1.500, 5.150, 8.801, 8.038 max_d=8.038 avg_d=5.150 std_dev=3.651
C5 B 0, 1.635, 5.745, 9.854, 9.377 max_d=9.377 avg_d=5.745 std_dev=4.109
C4 B 0, 1.740, 6.067, 10.394, 9.793 max_d=9.793 avg_d=6.067 std_dev=4.327
O4 B 0, 2.178, 7.549, 12.920, 12.056 max_d=12.056 avg_d=7.549 std_dev=5.371

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.08 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.19 0.04 0.10 0.21 0.08
C2 0.08 0.00 0.32 0.29 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.22 0.26 0.14 0.36 0.02 0.06 0.58 0.30
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.01 0.15 0.14 0.25 0.38 0.31 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.21 0.06 0.12
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.20 0.01 0.18 0.02 0.23 0.04 0.28 0.33 0.26 0.10 0.10 0.02 0.01 0.02 0.08 0.22 0.15 0.02 0.15
C4 0.04 0.01 0.15 0.20 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.08 0.39 0.01 0.06 0.56 0.30
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.10 0.09 0.05 0.03 0.16 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04
C5 0.03 0.01 0.08 0.18 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.15 0.06 0.48 0.01 0.07 0.71 0.41
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.09 0.04 0.09 0.07 0.08 0.03 0.14 0.07 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.01
C6 0.05 0.01 0.15 0.23 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.21 0.08 0.49 0.00 0.08 0.78 0.44
C8 0.01 0.02 0.14 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.01 0.05 0.49 0.01 0.06 0.61 0.37
N1 0.07 0.00 0.25 0.28 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.25 0.12 0.43 0.01 0.06 0.70 0.38
N2 0.08 0.00 0.38 0.33 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.29 0.16 0.31 0.02 0.07 0.53 0.26
N3 0.08 0.00 0.31 0.26 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.21 0.21 0.14 0.32 0.01 0.08 0.48 0.24
N7 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.08 0.02 0.53 0.01 0.09 0.75 0.45
N9 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.04 0.02 0.38 0.02 0.06 0.47 0.26
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.07 0.16 0.12 0.14 0.12 0.20 0.15 0.30 0.21 0.19 0.09 0.00 0.02 0.11 0.09 0.13 0.09 0.02 0.09
O3' 0.07 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.15 0.07 0.21 0.01 0.25 0.29 0.21 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.17 0.22 0.03 0.06 0.17
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.12 0.16 0.14 0.02 0.02 0.11 0.04 0.00 0.21 0.07 0.07 0.19 0.12
O5' 0.19 0.36 0.07 0.08 0.39 0.00 0.48 0.00 0.49 0.49 0.43 0.31 0.32 0.53 0.38 0.09 0.17 0.21 0.00 0.53 0.01 0.01 0.00
O6 0.04 0.02 0.12 0.22 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.22 0.07 0.53 0.00 0.12 0.87 0.49
OP1 0.10 0.06 0.21 0.15 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.03 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.58 0.06 0.02 0.56 0.04 0.71 0.07 0.78 0.61 0.70 0.53 0.48 0.75 0.47 0.02 0.06 0.19 0.01 0.87 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.30 0.12 0.15 0.30 0.04 0.41 0.01 0.44 0.37 0.38 0.26 0.24 0.45 0.26 0.09 0.17 0.12 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.67 0.14 0.15 0.68 0.41 0.81 0.25 0.69 0.13 0.81 1.04 0.35 0.19 0.87 0.45 0.06 0.28 0.31 0.21
C2 0.26 0.56 0.17 0.25 0.41 0.28 0.40 0.20 0.44 0.01 0.67 0.89 0.27 0.39 0.58 0.41 0.07 0.31 0.19 0.21
C2' 0.79 0.67 0.59 0.45 0.20 0.90 0.71 0.65 0.76 0.40 0.62 1.19 0.87 0.42 0.41 1.00 0.38 0.07 0.15 0.06
C3' 0.67 0.64 0.53 0.45 0.35 0.85 0.88 0.62 0.84 0.27 0.60 1.24 0.82 0.47 0.53 0.86 0.44 0.10 0.06 0.19
C4 0.26 0.51 0.18 0.26 0.35 0.28 0.46 0.21 0.49 0.03 0.60 0.84 0.26 0.40 0.50 0.42 0.07 0.27 0.21 0.20
C4' 0.14 0.81 0.12 0.14 0.95 0.43 1.22 0.34 1.03 0.36 0.97 1.27 0.31 0.21 1.13 0.35 0.26 0.10 0.08 0.13
C5 0.29 0.37 0.25 0.33 0.12 0.27 0.36 0.24 0.47 0.13 0.42 0.66 0.32 0.54 0.23 0.41 0.11 0.21 0.19 0.18
C5' 0.23 0.87 0.27 0.18 1.04 0.29 1.38 0.32 1.22 0.55 0.99 1.32 0.12 0.13 1.17 0.20 0.38 0.30 0.44 0.41
C6 0.30 0.35 0.28 0.36 0.13 0.28 0.34 0.25 0.46 0.16 0.41 0.61 0.37 0.58 0.22 0.41 0.12 0.22 0.19 0.18
C8 0.27 0.38 0.23 0.31 0.16 0.26 0.45 0.22 0.53 0.11 0.40 0.68 0.26 0.49 0.25 0.41 0.10 0.13 0.18 0.15
N1 0.28 0.44 0.23 0.31 0.23 0.27 0.31 0.23 0.43 0.10 0.53 0.74 0.32 0.50 0.37 0.41 0.10 0.26 0.18 0.19
N2 0.26 0.62 0.15 0.23 0.50 0.29 0.44 0.19 0.44 0.03 0.76 0.97 0.29 0.35 0.71 0.42 0.06 0.34 0.20 0.22
N3 0.25 0.62 0.13 0.20 0.50 0.29 0.49 0.19 0.47 0.04 0.74 0.97 0.27 0.32 0.68 0.42 0.05 0.32 0.21 0.21
N7 0.30 0.29 0.29 0.38 0.07 0.28 0.40 0.26 0.50 0.19 0.32 0.54 0.37 0.60 0.11 0.40 0.13 0.15 0.18 0.16
N9 0.25 0.53 0.16 0.23 0.41 0.31 0.56 0.21 0.55 0.05 0.61 0.88 0.24 0.34 0.55 0.43 0.06 0.24 0.23 0.19
O2' 0.80 0.69 0.59 0.41 0.36 0.87 0.73 0.56 0.73 0.34 0.71 1.22 0.96 0.43 0.62 0.99 0.22 0.22 0.43 0.16
O3' 0.71 0.67 0.57 0.47 0.43 0.86 0.97 0.60 0.89 0.27 0.63 1.33 0.95 0.55 0.63 0.88 0.43 0.10 0.06 0.19
O4' 0.15 0.86 0.23 0.26 1.02 0.21 1.16 0.15 0.98 0.49 1.04 1.16 0.12 0.21 1.18 0.18 0.03 0.15 0.12 0.10
O5' 0.10 0.78 0.15 0.10 0.74 0.17 1.04 0.20 0.93 0.38 0.78 1.27 0.07 0.01 0.84 0.07 0.35 0.28 0.40 0.37
O6 0.33 0.28 0.33 0.40 0.23 0.31 0.41 0.29 0.49 0.24 0.35 0.47 0.46 0.65 0.27 0.41 0.14 0.20 0.21 0.18
OP1 0.31 0.65 0.41 0.04 0.65 0.22 1.01 0.49 0.99 0.46 0.59 1.21 0.44 0.00 0.68 0.10 0.65 0.72 0.82 0.86
OP2 0.09 0.48 0.11 0.03 0.29 0.03 0.75 0.09 0.74 0.14 0.35 1.05 0.15 0.01 0.31 0.03 0.30 0.15 0.50 0.40
P 0.12 0.58 0.18 0.01 0.47 0.12 0.86 0.20 0.84 0.27 0.49 1.12 0.15 0.00 0.51 0.04 0.36 0.26 0.49 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.20 0.03 0.43 0.25
C2 0.02 0.00 0.30 0.41 0.01 0.20 0.02 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.46 0.02 0.05 0.53 0.47 1.05 0.66
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.08 0.01 0.32 0.02 0.37 0.04 0.17 0.60 0.00 0.03 0.07 0.01 0.13 0.02 0.30 0.16
C3' 0.02 0.41 0.00 0.00 0.18 0.00 0.46 0.02 0.52 0.10 0.29 0.74 0.01 0.01 0.19 0.02 0.10 0.03 0.17 0.09
C4 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.05 0.66 0.54 1.39 0.88
C4' 0.00 0.20 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.18 0.05 0.18 0.31 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04
C5 0.01 0.02 0.32 0.46 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.57 0.01 0.10 0.74 0.42 1.31 0.86
C5' 0.03 0.28 0.02 0.02 0.21 0.01 0.18 0.00 0.16 0.11 0.29 0.38 0.07 0.05 0.24 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.37 0.52 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.22 0.59 0.01 0.12 0.67 0.30 1.05 0.70
N1 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.41 0.22 0.81 0.51
N3 0.01 0.01 0.17 0.29 0.01 0.18 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.34 0.02 0.01 0.62 0.59 1.31 0.82
O2 0.04 0.00 0.60 0.74 0.01 0.31 0.02 0.38 0.02 0.01 0.01 0.00 0.38 0.89 0.02 0.12 0.60 0.57 1.05 0.66
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.08 0.21 0.07 0.22 0.02 0.11 0.38 0.00 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.17 0.09
O3' 0.03 0.46 0.03 0.01 0.22 0.01 0.57 0.05 0.59 0.09 0.34 0.89 0.07 0.00 0.24 0.02 0.08 0.08 0.11 0.08
O4 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.24 0.00 0.05 0.72 0.65 1.55 0.98
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.12 0.06 0.02 0.05 0.00 0.15 0.06 0.27 0.18
O5' 0.20 0.53 0.13 0.10 0.66 0.01 0.74 0.00 0.67 0.41 0.62 0.60 0.07 0.08 0.72 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.47 0.02 0.03 0.54 0.07 0.42 0.10 0.30 0.22 0.59 0.57 0.07 0.08 0.65 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 1.05 0.30 0.17 1.39 0.07 1.31 0.01 1.05 0.81 1.31 1.05 0.17 0.11 1.55 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.66 0.16 0.09 0.88 0.04 0.86 0.00 0.70 0.51 0.82 0.66 0.09 0.08 0.98 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00