ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49886

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.000, 0.092, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O3' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O3' B 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
P A 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
OP2 A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
OP1 A 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
O2' B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O5' A 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O5' B 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C4' B 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
P B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O2 B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
OP1 B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C5' B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
O4' B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
OP2 B 0, 0.000, 0.371, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
N1 B 0, 0.000, 0.457, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.457 std_dev=0.457
N3 B 0, 0.000, 0.516, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C6 B 0, 0.000, 0.616, 1.233, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.616 std_dev=0.616
C4 B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
C5 B 0, 0.000, 0.729, 1.458, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.729 std_dev=0.729
O4 B 0, 0.000, 0.777, 1.553, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.777 std_dev=0.777

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02
N2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03
O5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03
OP1 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.06 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.02 0.06 0.09 0.05 0.05 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.11 0.04 0.09 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05
C2 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.04 0.06 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.09 0.08 0.06
C2' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.16 0.03 0.13 0.04 0.01 0.08 0.04 0.02 0.11 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03
C3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.17 0.03 0.15 0.04 0.01 0.09 0.05 0.02 0.11 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03
C4 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.05 0.00 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
C4' 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.16 0.07 0.14 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07
C5 0.04 0.05 0.03 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.04 0.09 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.08 0.06
C5' 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.14 0.07 0.13 0.04 0.00 0.07 0.01 0.03 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.08
C6 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.06 0.03 0.08 0.02 0.03 0.04 0.09 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.13 0.11 0.09
C8 0.03 0.05 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00
N1 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.12 0.11 0.08
N2 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.09 0.04 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.10 0.09 0.06
N3 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03
N7 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.10 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05
N9 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.04 0.19 0.07 0.16 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.14 0.05 0.06 0.03 0.04 0.05
O3' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.22 0.04 0.18 0.06 0.03 0.09 0.06 0.03 0.16 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03
O4' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.10 0.06 0.09 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.07 0.06 0.08
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03
O6 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.04 0.05 0.10 0.03 0.03 0.01 0.08 0.10 0.16 0.13 0.12
OP1 0.04 0.00 0.02 0.02 0.12 0.02 0.20 0.03 0.18 0.08 0.04 0.07 0.02 0.00 0.13 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02
OP2 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.12 0.04 0.11 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.09 0.02 0.04
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.12 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
O2 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.08 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00