ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49887

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N1 B 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.000, 0.417, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.417 std_dev=0.417
OP2 B 0, 0.000, 0.462, 0.925, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.462 std_dev=0.462
O4' B 0, 0.000, 0.463, 0.927, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.463 std_dev=0.463
C1' B 0, 0.000, 0.485, 0.970, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.485 std_dev=0.485
O5' B 0, 0.000, 0.614, 1.227, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.614 std_dev=0.614
C4 B 0, 0.000, 0.629, 1.258, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.629 std_dev=0.629
C2 B 0, 0.000, 0.634, 1.268, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.634 std_dev=0.634
P B 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
N3 B 0, 0.000, 0.760, 1.520, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.760 std_dev=0.760
C3' B 0, 0.000, 0.797, 1.595, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.797 std_dev=0.797
C4' B 0, 0.000, 0.805, 1.609, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.805 std_dev=0.805
OP1 B 0, 0.000, 0.896, 1.792, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.896 std_dev=0.896
C5' B 0, 0.000, 0.927, 1.854, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.927 std_dev=0.927
O4 B 0, 0.000, 0.949, 1.897, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.949 std_dev=0.949
C2' B 0, 0.000, 0.961, 1.921, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.961 std_dev=0.961
O2 B 0, 0.000, 0.986, 1.972, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.986 std_dev=0.986
O3' B 0, 0.000, 1.034, 2.068, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.034 std_dev=1.034
O2' B 0, 0.000, 1.253, 2.507, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.253 std_dev=1.253
O4' A 0, 0.000, 1.312, 2.625, 2.625 max_d=2.625 avg_d=1.312 std_dev=1.312
C2' A 0, 0.000, 1.403, 2.806, 2.806 max_d=2.806 avg_d=1.403 std_dev=1.403
C3' A 0, 0.000, 1.850, 3.700, 3.700 max_d=3.700 avg_d=1.850 std_dev=1.850
O3' A 0, 0.000, 1.852, 3.704, 3.704 max_d=3.704 avg_d=1.852 std_dev=1.852
C4' A 0, 0.000, 1.912, 3.824, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.912 std_dev=1.912
O2' A 0, 0.000, 1.969, 3.939, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.969 std_dev=1.969
C5' A 0, 0.000, 3.151, 6.302, 6.302 max_d=6.302 avg_d=3.151 std_dev=3.151
O5' A 0, 0.000, 3.988, 7.977, 7.977 max_d=7.977 avg_d=3.988 std_dev=3.988
P A 0, 0.000, 5.224, 10.449, 10.449 max_d=10.449 avg_d=5.224 std_dev=5.224
OP1 A 0, 0.000, 5.689, 11.378, 11.378 max_d=11.378 avg_d=5.689 std_dev=5.689
OP2 A 0, 0.000, 6.189, 12.377, 12.377 max_d=12.377 avg_d=6.189 std_dev=6.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.00 0.29 0.01 0.11 0.46 0.20
C2 0.02 0.00 0.33 0.39 0.02 0.61 0.03 1.16 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.23 0.44 0.32 0.63 0.02 1.72 0.41 0.89
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.16 0.02 0.07 0.24 0.13 0.16 0.24 0.40 0.32 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.30 0.18 0.10
C3' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.08 0.56 0.17 0.58 0.39 0.49 0.19 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.07 0.22 0.05
C4 0.00 0.02 0.16 0.05 0.00 0.23 0.01 0.52 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.23 0.21 0.15 0.13 0.00 0.64 0.49 0.01
C4' 0.01 0.61 0.02 0.00 0.23 0.00 0.02 0.00 0.15 0.40 0.40 0.81 0.60 0.29 0.05 0.24 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.03 0.07 0.18 0.01 0.02 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.30 0.00 0.05 0.55 0.00 0.22 1.08 0.49
C5' 0.11 1.16 0.24 0.01 0.52 0.00 0.21 0.00 0.42 0.44 0.84 1.49 1.10 0.29 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.25 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.02 0.13 0.08 0.00 0.15 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.33 0.05 0.10 0.33 0.00 0.57 0.88 0.25
C8 0.02 0.02 0.16 0.56 0.00 0.40 0.01 0.44 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.26 0.25 0.16 1.18 0.01 0.66 1.67 1.17
N1 0.01 0.01 0.24 0.17 0.00 0.40 0.01 0.84 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.29 0.26 0.22 0.21 0.01 1.27 0.16 0.40
N2 0.02 0.01 0.40 0.58 0.03 0.81 0.04 1.49 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.20 0.58 0.39 1.10 0.03 2.41 1.08 1.50
N3 0.01 0.00 0.32 0.39 0.01 0.60 0.02 1.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.18 0.46 0.32 0.56 0.01 1.46 0.32 0.76
N7 0.02 0.03 0.09 0.49 0.01 0.29 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.31 0.25 0.10 1.12 0.00 0.53 1.78 1.16
N9 0.01 0.02 0.00 0.19 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.18 0.08 0.00 0.55 0.00 0.04 0.86 0.46
O2' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.23 0.24 0.30 0.00 0.33 0.26 0.29 0.20 0.18 0.31 0.18 0.00 0.03 0.18 0.17 0.35 0.19 0.20 0.02
O3' 0.30 0.44 0.04 0.00 0.21 0.03 0.00 0.17 0.05 0.25 0.26 0.58 0.46 0.25 0.08 0.03 0.00 0.26 0.19 0.06 0.42 0.29 0.21
O4' 0.00 0.32 0.01 0.00 0.15 0.00 0.05 0.01 0.10 0.16 0.22 0.39 0.32 0.10 0.00 0.18 0.26 0.00 0.26 0.06 0.00 0.34 0.23
O5' 0.29 0.63 0.07 0.15 0.13 0.01 0.55 0.00 0.33 1.18 0.21 1.10 0.56 1.12 0.55 0.17 0.19 0.26 0.00 0.54 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.02 0.08 0.19 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.35 0.06 0.06 0.54 0.00 0.31 1.22 0.52
OP1 0.11 1.72 0.30 0.07 0.64 0.01 0.22 0.03 0.57 0.66 1.27 2.41 1.46 0.53 0.04 0.19 0.42 0.00 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.41 0.18 0.22 0.49 0.02 1.08 0.01 0.88 1.67 0.16 1.08 0.32 1.78 0.86 0.20 0.29 0.34 0.01 1.22 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.89 0.10 0.05 0.01 0.01 0.49 0.00 0.25 1.17 0.40 1.50 0.76 1.16 0.46 0.02 0.21 0.23 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.28 0.42 0.35 0.01 0.49 0.19 0.48 0.11 0.14 0.20 0.42 0.25 0.49 0.06 0.31 0.19 0.29 0.14 0.18
C2 0.07 0.26 0.18 0.16 0.20 0.32 0.02 0.41 0.01 0.11 0.31 0.35 0.06 0.44 0.24 0.20 0.15 0.12 0.01 0.06
C2' 0.68 0.48 0.52 0.59 0.60 0.47 0.84 0.47 0.91 0.70 0.46 0.33 0.70 0.47 0.54 0.64 0.67 0.98 0.84 0.92
C3' 0.52 0.43 0.46 0.54 0.82 0.33 1.12 0.55 1.06 0.68 0.53 0.17 0.59 0.39 0.83 0.42 0.96 1.61 1.50 1.50
C4 0.14 0.23 0.29 0.20 0.07 0.37 0.08 0.47 0.04 0.11 0.21 0.32 0.19 0.40 0.04 0.24 0.17 0.13 0.02 0.06
C4' 0.25 0.39 0.25 0.13 0.17 0.31 0.51 0.06 0.39 0.09 0.23 0.70 0.12 0.33 0.24 0.33 0.52 1.46 1.14 1.20
C5 0.11 0.14 0.27 0.12 0.02 0.33 0.05 0.49 0.00 0.09 0.11 0.18 0.25 0.30 0.01 0.21 0.18 0.02 0.05 0.02
C5' 0.30 0.52 0.20 0.01 0.10 0.24 0.52 0.17 0.38 0.15 0.37 0.89 0.13 0.21 0.18 0.38 0.76 1.91 1.47 1.52
C6 0.06 0.10 0.19 0.07 0.08 0.28 0.03 0.46 0.03 0.06 0.12 0.13 0.19 0.28 0.10 0.18 0.16 0.01 0.09 0.04
C8 0.22 0.14 0.43 0.22 0.11 0.42 0.18 0.58 0.03 0.13 0.04 0.21 0.40 0.30 0.21 0.28 0.24 0.04 0.03 0.03
N1 0.04 0.17 0.15 0.09 0.16 0.28 0.04 0.42 0.01 0.07 0.22 0.22 0.09 0.35 0.22 0.17 0.14 0.05 0.05 0.01
N2 0.06 0.30 0.14 0.17 0.25 0.31 0.05 0.37 0.01 0.11 0.36 0.40 0.02 0.49 0.31 0.20 0.13 0.14 0.00 0.08
N3 0.11 0.29 0.24 0.21 0.15 0.36 0.04 0.41 0.04 0.12 0.30 0.40 0.09 0.47 0.16 0.23 0.15 0.17 0.03 0.10
N7 0.17 0.08 0.35 0.13 0.11 0.35 0.10 0.54 0.02 0.10 0.00 0.12 0.38 0.24 0.20 0.23 0.21 0.04 0.10 0.09
N9 0.22 0.25 0.39 0.27 0.00 0.44 0.14 0.52 0.06 0.15 0.17 0.35 0.29 0.42 0.06 0.30 0.20 0.16 0.05 0.08
O2' 0.75 0.46 0.53 0.62 0.37 0.61 0.54 0.53 0.69 0.64 0.36 0.42 0.80 0.62 0.28 0.80 0.51 0.65 0.37 0.56
O3' 0.43 0.36 0.39 0.49 0.72 0.30 0.98 0.60 0.93 0.58 0.46 0.13 0.54 0.43 0.75 0.34 1.01 1.72 1.42 1.60
O4' 0.74 0.81 0.80 0.69 0.27 0.85 0.01 0.57 0.15 0.59 0.64 1.07 0.66 0.90 0.15 0.82 0.16 0.64 0.41 0.45
O5' 0.01 0.07 0.09 0.20 0.76 0.08 1.16 0.34 0.90 0.28 0.19 0.53 0.10 0.12 0.91 0.16 0.99 2.13 1.96 1.81
O6 0.04 0.02 0.17 0.02 0.06 0.25 0.07 0.46 0.06 0.04 0.03 0.01 0.22 0.21 0.07 0.15 0.16 0.09 0.13 0.09
OP1 0.02 0.27 0.23 0.48 0.44 0.11 0.91 0.52 0.74 0.15 0.11 0.71 0.21 0.29 0.53 0.14 1.30 2.68 2.13 2.09
OP2 0.28 0.35 0.45 0.50 1.40 0.14 1.76 0.56 1.36 0.67 0.71 0.20 0.38 0.11 1.65 0.06 1.30 2.50 2.43 2.13
P 0.07 0.00 0.22 0.35 0.87 0.01 1.27 0.43 0.99 0.35 0.26 0.48 0.20 0.05 1.04 0.10 1.14 2.40 2.14 1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.12 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.30 0.04 0.00 0.07 0.25 0.18 0.11
C2 0.02 0.00 0.15 0.17 0.02 0.05 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.03 0.16 0.06 0.07 0.00 0.05
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.26 0.16 0.01 0.10 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.33 0.64 0.51 0.47
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.25 0.00 0.25 0.01 0.21 0.16 0.21 0.12 0.02 0.01 0.27 0.00 0.02 0.19 0.02 0.06
C4 0.04 0.02 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.14 0.01 0.03 0.01 0.03 0.28 0.03 0.00 0.06 0.20 0.11 0.18 0.20
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.04 0.10 0.23 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00
C5 0.03 0.01 0.13 0.25 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.10 0.01 0.06 0.23 0.10 0.16 0.21
C5' 0.12 0.19 0.26 0.01 0.14 0.00 0.07 0.00 0.05 0.12 0.18 0.21 0.02 0.17 0.13 0.01 0.00 0.07 0.20 0.01
C6 0.02 0.00 0.16 0.21 0.01 0.10 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.35 0.05 0.01 0.11 0.17 0.02 0.02 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.16 0.03 0.03 0.02 0.12 0.01 0.00 0.02 0.00 0.15 0.11 0.03 0.02 0.07 0.11 0.05 0.02
N3 0.03 0.01 0.10 0.21 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.08 0.02 0.14 0.13 0.03 0.10 0.13
O2 0.00 0.00 0.28 0.12 0.03 0.10 0.01 0.21 0.00 0.00 0.02 0.00 0.19 0.29 0.04 0.23 0.01 0.11 0.03 0.00
O2' 0.02 0.02 0.00 0.02 0.28 0.23 0.37 0.02 0.35 0.15 0.12 0.19 0.00 0.03 0.29 0.18 0.26 0.76 0.61 0.50
O3' 0.30 0.17 0.02 0.01 0.03 0.03 0.10 0.17 0.05 0.11 0.08 0.29 0.03 0.00 0.07 0.26 0.26 0.18 0.17 0.22
O4 0.04 0.03 0.00 0.27 0.00 0.02 0.01 0.13 0.01 0.03 0.02 0.04 0.29 0.07 0.00 0.06 0.24 0.19 0.25 0.26
O4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.14 0.23 0.18 0.26 0.06 0.00 0.07 0.03 0.01 0.10
O5' 0.07 0.06 0.33 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.17 0.07 0.13 0.01 0.26 0.26 0.24 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.25 0.07 0.64 0.19 0.11 0.04 0.10 0.07 0.02 0.11 0.03 0.11 0.76 0.18 0.19 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.00 0.51 0.02 0.18 0.09 0.16 0.20 0.02 0.05 0.10 0.03 0.61 0.17 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.05 0.47 0.06 0.20 0.00 0.21 0.01 0.12 0.02 0.13 0.00 0.50 0.22 0.26 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00