ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49889

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O3' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
OP1 B 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
P A 0, 0.000, 0.131, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.131 std_dev=0.131
OP1 A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O3' B 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
P B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C3' A 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C4' B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O4' A 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C2' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C3' B 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C4' A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O2' A 0, 0.000, 0.365, 0.729, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.365 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C2' B 0, 0.000, 0.366, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.366 std_dev=0.366
OP2 A 0, 0.000, 0.389, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.389 std_dev=0.389
O4 B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C4 B 0, 0.000, 0.416, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.416 std_dev=0.416
O2' B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O5' A 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C5' A 0, 0.000, 0.531, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.531 std_dev=0.531
N3 B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C2 B 0, 0.000, 0.611, 1.222, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.611 std_dev=0.611
O2 B 0, 0.000, 0.840, 1.679, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.840 std_dev=0.840

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.18 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.08 0.01 0.00 0.11 0.11 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.35 0.03 0.05 0.33 0.20
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.29 0.01 0.01 0.34 0.17
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.05 0.00 0.10 0.12 0.00
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.23 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.07 0.01
C5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.04 0.10 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.15 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.03 0.03 0.00 0.10 0.05 0.02
C8 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.14 0.01 0.09 0.09 0.02
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.06 0.00 0.00 0.11 0.08 0.02
N2 0.02 0.00 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.04 0.09 0.04 0.01 0.11 0.12 0.02
N3 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.02 0.08 0.00 0.00 0.11 0.14 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.09 0.05 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.14 0.02
O2' 0.01 0.16 0.00 0.03 0.09 0.02 0.06 0.02 0.09 0.04 0.13 0.19 0.15 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.37 0.07 0.08 0.34 0.23
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.17 0.00 0.02 0.28 0.11
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.09 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.20 0.12 0.09
O5' 0.10 0.01 0.35 0.29 0.05 0.00 0.06 0.00 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.11 0.10 0.37 0.17 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.04
OP1 0.10 0.11 0.05 0.01 0.10 0.14 0.10 0.15 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.02 0.20 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.11 0.33 0.34 0.12 0.23 0.07 0.33 0.05 0.09 0.08 0.12 0.14 0.05 0.14 0.34 0.28 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.20 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.23 0.11 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.16 0.15 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.10 0.20 0.17 0.11 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
C2 0.13 0.20 0.20 0.16 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.17 0.30 0.22 0.10 0.05 0.07 0.05 0.03 0.07 0.06
C2' 0.04 0.03 0.01 0.01 0.12 0.06 0.17 0.07 0.15 0.07 0.06 0.03 0.01 0.04 0.14 0.08 0.08 0.12 0.08 0.09
C3' 0.01 0.02 0.04 0.06 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02
C4 0.14 0.20 0.20 0.16 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.16 0.30 0.22 0.10 0.04 0.07 0.04 0.03 0.06 0.06
C4' 0.18 0.19 0.23 0.24 0.15 0.18 0.12 0.15 0.12 0.16 0.18 0.21 0.21 0.20 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14
C5 0.16 0.24 0.22 0.16 0.09 0.08 0.00 0.06 0.02 0.14 0.20 0.35 0.25 0.10 0.05 0.09 0.06 0.04 0.08 0.08
C5' 0.29 0.29 0.33 0.36 0.28 0.33 0.27 0.32 0.27 0.28 0.29 0.28 0.27 0.27 0.28 0.27 0.31 0.29 0.31 0.31
C6 0.17 0.26 0.23 0.16 0.10 0.08 0.01 0.07 0.03 0.16 0.22 0.38 0.26 0.10 0.07 0.10 0.06 0.05 0.10 0.09
C8 0.16 0.22 0.21 0.16 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.18 0.33 0.23 0.10 0.04 0.09 0.05 0.03 0.07 0.07
N1 0.15 0.24 0.22 0.16 0.09 0.08 0.00 0.06 0.02 0.14 0.20 0.35 0.25 0.10 0.06 0.09 0.06 0.04 0.09 0.08
N2 0.13 0.19 0.19 0.16 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.16 0.29 0.22 0.11 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.06
N3 0.12 0.18 0.19 0.15 0.06 0.07 0.02 0.05 0.00 0.10 0.15 0.27 0.21 0.10 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05
N7 0.17 0.26 0.23 0.15 0.10 0.08 0.00 0.07 0.02 0.15 0.21 0.37 0.26 0.09 0.06 0.11 0.06 0.05 0.09 0.09
N9 0.13 0.18 0.19 0.16 0.06 0.07 0.02 0.05 0.00 0.10 0.15 0.27 0.21 0.10 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05
O2' 0.15 0.15 0.08 0.08 0.27 0.16 0.32 0.19 0.29 0.20 0.20 0.08 0.06 0.10 0.29 0.20 0.21 0.23 0.22 0.23
O3' 0.04 0.05 0.03 0.05 0.11 0.03 0.14 0.07 0.12 0.07 0.08 0.02 0.03 0.04 0.11 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10
O4' 0.21 0.25 0.27 0.27 0.17 0.18 0.12 0.14 0.12 0.20 0.23 0.31 0.28 0.23 0.16 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14
O5' 0.10 0.00 0.07 0.12 0.11 0.27 0.20 0.36 0.21 0.10 0.02 0.10 0.03 0.00 0.11 0.23 0.35 0.27 0.30 0.32
O6 0.19 0.29 0.24 0.16 0.12 0.09 0.02 0.07 0.04 0.18 0.25 0.43 0.28 0.10 0.08 0.12 0.07 0.06 0.11 0.10
OP1 0.07 0.16 0.09 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.12 0.26 0.12 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.05 0.05
OP2 0.06 0.24 0.11 0.00 0.18 0.12 0.09 0.14 0.05 0.12 0.25 0.33 0.20 0.03 0.19 0.07 0.09 0.00 0.02 0.03
P 0.02 0.13 0.05 0.02 0.05 0.11 0.03 0.14 0.04 0.04 0.12 0.22 0.11 0.01 0.04 0.07 0.12 0.03 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.15 0.13
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.08 0.22 0.19 0.16
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.03 0.09 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.09 0.01 0.09 0.23 0.18 0.18
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.14 0.08 0.10
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04
C5 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.12 0.04 0.12 0.11
C5' 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.10 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.09 0.02 0.07 0.07
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.10 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.16 0.12 0.09
O2 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.10 0.01 0.03 0.15 0.34 0.31 0.26
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.18 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.25 0.22 0.20
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04
O4 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.10 0.10 0.08
O5' 0.08 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.09 0.03 0.03 0.15 0.08 0.02 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.22 0.23 0.14 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.13 0.16 0.34 0.25 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.19 0.18 0.08 0.02 0.03 0.12 0.00 0.07 0.10 0.12 0.31 0.22 0.04 0.08 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.16 0.18 0.10 0.02 0.04 0.11 0.00 0.07 0.08 0.09 0.26 0.20 0.04 0.07 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00