ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49890

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C3' B 0, 0.000, 0.056, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4' B 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C2' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C1' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O6 A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C6 B 0, 0.000, 0.092, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C4' B 0, 0.000, 0.098, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
N1 B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
P B 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O2' B 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C5' B 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.000, 0.157, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.000, 0.164, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O3' A 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
OP2 B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
P A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O5' B 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.000, 0.214, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
OP1 A 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O4 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O2 B 0, 0.000, 0.394, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.394 std_dev=0.394

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.11 0.04 0.09 0.11 0.11
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.06
C5' 0.01 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.09 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.11 0.01 0.10 0.13 0.11
C8 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01
N1 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.12 0.04 0.12 0.14 0.13
N2 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.07 0.13 0.05 0.12 0.13 0.13
N3 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05
N7 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02
O3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.03 0.06 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03
O5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.02 0.12 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.03 0.12 0.00 0.13 0.16 0.13
OP1 0.01 0.09 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.12 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.00 0.13 0.04 0.14 0.13 0.06 0.07 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.11 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.13 0.13 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.12 0.05 0.08 0.08 0.02 0.01 0.11 0.03 0.03 0.00 0.17 0.03 0.10 0.14 0.05 0.07
C2 0.02 0.05 0.01 0.04 0.14 0.07 0.12 0.09 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.04 0.19 0.04 0.09 0.14 0.07 0.08
C2' 0.04 0.09 0.01 0.03 0.16 0.08 0.10 0.10 0.04 0.04 0.15 0.08 0.01 0.02 0.20 0.06 0.11 0.16 0.10 0.09
C3' 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.10 0.04 0.08 0.06 0.14 0.01 0.06 0.11 0.02 0.04
C4 0.02 0.05 0.01 0.03 0.14 0.08 0.12 0.10 0.06 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.18 0.05 0.10 0.15 0.08 0.09
C4' 0.03 0.04 0.05 0.04 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.09 0.02 0.08 0.06 0.14 0.01 0.07 0.11 0.00 0.04
C5 0.01 0.03 0.00 0.03 0.12 0.07 0.12 0.09 0.05 0.01 0.09 0.03 0.01 0.04 0.16 0.03 0.07 0.13 0.07 0.07
C5' 0.02 0.04 0.05 0.03 0.10 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.10 0.03 0.07 0.05 0.15 0.00 0.08 0.13 0.02 0.05
C6 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.06 0.11 0.07 0.05 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.16 0.02 0.05 0.11 0.06 0.05
C8 0.02 0.04 0.01 0.03 0.13 0.08 0.12 0.10 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.16 0.05 0.08 0.15 0.08 0.08
N1 0.01 0.03 0.01 0.03 0.13 0.07 0.12 0.08 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.04 0.18 0.03 0.07 0.13 0.07 0.07
N2 0.03 0.06 0.02 0.04 0.15 0.08 0.12 0.10 0.06 0.03 0.12 0.03 0.01 0.04 0.19 0.05 0.10 0.15 0.08 0.09
N3 0.03 0.07 0.02 0.04 0.15 0.08 0.12 0.10 0.06 0.03 0.13 0.03 0.00 0.04 0.19 0.05 0.11 0.16 0.08 0.09
N7 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.07 0.12 0.08 0.06 0.00 0.08 0.04 0.02 0.04 0.15 0.03 0.05 0.11 0.06 0.06
N9 0.03 0.06 0.01 0.03 0.14 0.08 0.12 0.10 0.06 0.03 0.12 0.02 0.01 0.03 0.18 0.05 0.10 0.16 0.08 0.09
O2' 0.08 0.13 0.06 0.07 0.19 0.12 0.13 0.14 0.08 0.08 0.18 0.12 0.04 0.07 0.22 0.09 0.14 0.17 0.15 0.12
O3' 0.08 0.00 0.10 0.10 0.04 0.04 0.05 0.02 0.11 0.07 0.05 0.00 0.13 0.12 0.09 0.06 0.02 0.05 0.06 0.02
O4' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.10 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.15 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05
O5' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.12 0.06 0.06 0.09 0.01 0.02 0.12 0.04 0.04 0.02 0.16 0.03 0.12 0.16 0.04 0.08
O6 0.06 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.12 0.06 0.00 0.11 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00
OP1 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.08 0.02 0.07 0.03 0.12 0.01 0.09 0.15 0.03 0.07
OP2 0.04 0.08 0.03 0.05 0.13 0.10 0.08 0.12 0.03 0.04 0.13 0.06 0.00 0.03 0.17 0.07 0.16 0.19 0.06 0.11
P 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.06 0.05 0.09 0.00 0.01 0.11 0.04 0.04 0.01 0.15 0.04 0.12 0.16 0.04 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05
C2 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.11 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.10 0.05
C4 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.04 0.00 0.02 0.04 0.09 0.12 0.08
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.00 0.01 0.08 0.09 0.12 0.11 0.11
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.10 0.00 0.02 0.13 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.01 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.04
O2 0.09 0.00 0.07 0.12 0.02 0.14 0.02 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.12 0.02 0.14 0.13 0.12 0.04 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.10 0.00 0.00 0.07 0.12 0.06
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.08 0.09 0.04
O4 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.04 0.00 0.02 0.06 0.13 0.16 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.09 0.00 0.01 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.08 0.03 0.04
O5' 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.06 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.03 0.07 0.08 0.09 0.06 0.12 0.05 0.04 0.04 0.04 0.12 0.07 0.08 0.13 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.01 0.11 0.10 0.12 0.03 0.11 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.12 0.09 0.16 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.06 0.05 0.08 0.01 0.11 0.01 0.05 0.03 0.04 0.09 0.06 0.04 0.11 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00