ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49891

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N2 A 0, 0.000, 0.057, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C5 B 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O5' B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
P B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C6 B 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
OP2 B 0, 0.000, 0.110, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O3' A 0, 0.000, 0.120, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C4 B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.000, 0.130, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.130
OP1 B 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C2' A 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O4 B 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C5' B 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
O4' B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C4' B 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O2' A 0, 0.000, 0.250, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O5' A 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP1 A 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
P A 0, 0.000, 0.309, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.309 std_dev=0.309
O2 B 0, 0.000, 0.330, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O3' B 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
O2' B 0, 0.000, 0.387, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.387 std_dev=0.387

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04
C2 0.05 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.10 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.02 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.02
C5 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.12 0.07 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.04 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.00
C6 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.11 0.07 0.08
C8 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.08 0.00 0.14 0.08 0.11
N1 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.05 0.06
N2 0.07 0.00 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.07 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01
N3 0.05 0.01 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.08 0.00 0.14 0.09 0.11
N9 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.03 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.13 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.14 0.01 0.07
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04
O5' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.12 0.09 0.09
OP1 0.10 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.12 0.01 0.11 0.14 0.09 0.05 0.07 0.14 0.10 0.14 0.05 0.08 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08 0.05 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.00 0.08 0.11 0.06 0.01 0.03 0.11 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.03 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.15 0.06 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03
C2 0.06 0.08 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.10 0.11 0.08 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01
C2' 0.05 0.02 0.09 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.14 0.07 0.13 0.02 0.02 0.10 0.11 0.09
C3' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06 0.03 0.06 0.04 0.11 0.00 0.12 0.06 0.08 0.00 0.02 0.03
C4 0.07 0.09 0.06 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.09 0.09 0.14 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02
C4' 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.06 0.05 0.11 0.05 0.07 0.07
C5 0.11 0.13 0.08 0.06 0.08 0.04 0.04 0.00 0.05 0.10 0.12 0.15 0.17 0.10 0.06 0.07 0.03 0.04 0.07 0.03
C5' 0.04 0.02 0.01 0.07 0.05 0.12 0.07 0.17 0.07 0.04 0.02 0.02 0.09 0.05 0.07 0.10 0.18 0.13 0.16 0.15
C6 0.11 0.15 0.07 0.07 0.08 0.06 0.03 0.01 0.04 0.10 0.13 0.18 0.15 0.12 0.07 0.08 0.02 0.05 0.08 0.04
C8 0.09 0.09 0.10 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.08 0.10 0.17 0.08 0.02 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03
N1 0.09 0.12 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.07 0.11 0.15 0.12 0.11 0.06 0.06 0.04 0.04 0.06 0.02
N2 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.08 0.10 0.08 0.03 0.02 0.06 0.02 0.04 0.00
N3 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.07 0.12 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00
N7 0.12 0.13 0.11 0.07 0.07 0.05 0.04 0.01 0.06 0.11 0.11 0.14 0.20 0.10 0.05 0.08 0.03 0.04 0.08 0.03
N9 0.06 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.06 0.15 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02
O2' 0.11 0.03 0.14 0.11 0.01 0.10 0.06 0.10 0.10 0.09 0.00 0.02 0.17 0.12 0.10 0.10 0.12 0.16 0.15 0.15
O3' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.09 0.06 0.08 0.07 0.05 0.03 0.07 0.05 0.11 0.00 0.13 0.06 0.06 0.01 0.02 0.02
O4' 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.03 0.03 0.04 0.14 0.04 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03
O5' 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.05 0.15 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.03 0.07 0.16 0.12 0.15 0.14
O6 0.13 0.17 0.08 0.09 0.09 0.09 0.04 0.04 0.05 0.11 0.14 0.22 0.15 0.15 0.08 0.11 0.00 0.06 0.09 0.05
OP1 0.04 0.03 0.02 0.07 0.07 0.12 0.10 0.16 0.09 0.05 0.03 0.01 0.09 0.03 0.09 0.10 0.19 0.13 0.16 0.15
OP2 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.04 0.14 0.04 0.00 0.01 0.03 0.12 0.02 0.04 0.07 0.15 0.12 0.14 0.12
P 0.02 0.00 0.00 0.06 0.04 0.10 0.07 0.15 0.06 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.05 0.08 0.17 0.12 0.15 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.13 0.07
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.17 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.05
C4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02
C5 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.03
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.06
N3 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.05
O2 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.01 0.08 0.13 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.13 0.21 0.12
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04
O4 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.07 0.10 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.08 0.13 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.12 0.17 0.10 0.07 0.06 0.06 0.01 0.09 0.12 0.11 0.13 0.21 0.10 0.04 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.12 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00