ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49896

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 4, 11, 7, 10, 14, 9, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.007, 0.033, 0.058, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.014, 0.043, 0.071, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.043 std_dev=0.029
O6 A 0, -0.010, 0.036, 0.083, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.036 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.084, 0.151, 0.219, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.151 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.092, 0.162, 0.233, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.162 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.254, 0.347, 0.440, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.347 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.305, 0.430, 0.554, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.430 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.299, 0.435, 0.572, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.435 std_dev=0.136
O4' B 0, 0.263, 0.401, 0.540, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.401 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.099, 0.243, 0.387, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.243 std_dev=0.144
O2' A 0, 0.339, 0.490, 0.641, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.490 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.210, 0.363, 0.517, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.363 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.131, 0.285, 0.439, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.285 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.267, 0.425, 0.583, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.425 std_dev=0.158
O5' B 0, 0.282, 0.443, 0.603, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.443 std_dev=0.161
N3 B 0, 0.223, 0.386, 0.548, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.386 std_dev=0.163
C5' B 0, 0.343, 0.510, 0.676, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.510 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.327, 0.498, 0.669, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.498 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.151, 0.323, 0.495, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.323 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.228, 0.405, 0.582, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.405 std_dev=0.177
OP2 B 0, 0.268, 0.451, 0.633, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.451 std_dev=0.183
O2 B 0, 0.221, 0.406, 0.591, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.406 std_dev=0.185
P B 0, 0.277, 0.462, 0.648, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.462 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.390, 0.576, 0.763, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.576 std_dev=0.186
N4 B 0, 0.399, 0.598, 0.796, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.598 std_dev=0.199
P A 0, 0.386, 0.599, 0.811, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.599 std_dev=0.212
OP2 A 0, 0.411, 0.645, 0.878, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.645 std_dev=0.233
OP1 A 0, 0.383, 0.618, 0.852, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.618 std_dev=0.235
C3' B 0, 0.311, 0.558, 0.804, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.558 std_dev=0.246
OP1 B 0, 0.338, 0.586, 0.835, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.586 std_dev=0.249
C2' B 0, 0.342, 0.603, 0.865, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.603 std_dev=0.261
O3' A 0, 1.421, 1.780, 2.139, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.780 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.303, 0.668, 1.033, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.668 std_dev=0.365
O2' B 0, 0.425, 0.795, 1.164, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.795 std_dev=0.370

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.03 0.04 0.07 0.11 0.04
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.24 0.05 0.04 0.02 0.07 0.14 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.11 0.07 0.05
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.11 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.14 0.04 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.03 0.04 0.02 0.07 0.13 0.06
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.09 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.07 0.02 0.07 0.14 0.07
C5' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.18 0.03 0.06 0.01 0.07 0.15 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.09 0.05 0.09 0.13 0.08
N1 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.04 0.05 0.03 0.07 0.14 0.06
N2 0.04 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.28 0.05 0.06 0.04 0.09 0.15 0.09
N3 0.03 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.23 0.05 0.04 0.01 0.07 0.14 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.03 0.09 0.05 0.09 0.14 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.05 0.04 0.07 0.13 0.06
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.04 0.09 0.06 0.10 0.13 0.10 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.10 0.13 0.08 0.06
O3' 0.12 0.24 0.04 0.01 0.17 0.03 0.15 0.04 0.18 0.06 0.21 0.28 0.23 0.09 0.11 0.05 0.00 0.08 0.12 0.17 0.22 0.10 0.12
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.05 0.15 0.06
O5' 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.06 0.12 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.10 0.17 0.04 0.08 0.00 0.09 0.17 0.10
OP1 0.07 0.07 0.11 0.14 0.07 0.07 0.07 0.02 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.13 0.22 0.05 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.07 0.04 0.13 0.09 0.14 0.07 0.15 0.13 0.14 0.15 0.14 0.14 0.13 0.08 0.10 0.15 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.12 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.10 0.22 0.21 0.11 0.15 0.10 0.15 0.13 0.11 0.12 0.17 0.12 0.24 0.22 0.14 0.14 0.13 0.15 0.12
C2 0.15 0.16 0.17 0.16 0.16 0.13 0.20 0.15 0.19 0.16 0.16 0.17 0.18 0.17 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12
C2' 0.12 0.11 0.21 0.19 0.11 0.14 0.09 0.15 0.10 0.10 0.12 0.17 0.13 0.23 0.21 0.15 0.13 0.14 0.16 0.13
C3' 0.12 0.10 0.21 0.19 0.13 0.13 0.10 0.13 0.10 0.10 0.12 0.18 0.12 0.26 0.22 0.15 0.12 0.15 0.17 0.14
C4 0.13 0.12 0.17 0.16 0.09 0.13 0.13 0.15 0.15 0.12 0.12 0.11 0.15 0.16 0.15 0.12 0.14 0.12 0.14 0.12
C4' 0.12 0.10 0.23 0.23 0.16 0.16 0.11 0.14 0.09 0.09 0.14 0.23 0.10 0.30 0.27 0.15 0.13 0.14 0.16 0.13
C5 0.11 0.11 0.13 0.13 0.07 0.11 0.10 0.16 0.12 0.10 0.11 0.10 0.16 0.13 0.12 0.10 0.15 0.13 0.14 0.13
C5' 0.11 0.13 0.21 0.20 0.23 0.14 0.20 0.14 0.13 0.11 0.19 0.28 0.12 0.30 0.26 0.16 0.14 0.17 0.16 0.15
C6 0.12 0.12 0.12 0.13 0.09 0.12 0.12 0.17 0.13 0.11 0.10 0.12 0.18 0.15 0.13 0.12 0.16 0.15 0.14 0.14
C8 0.10 0.11 0.17 0.16 0.11 0.13 0.10 0.16 0.09 0.08 0.12 0.15 0.14 0.16 0.16 0.11 0.15 0.13 0.14 0.12
N1 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.16 0.16 0.15 0.13 0.13 0.15 0.19 0.15 0.13 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13
N2 0.16 0.17 0.18 0.17 0.20 0.13 0.23 0.15 0.21 0.17 0.18 0.22 0.20 0.18 0.16 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12
N3 0.15 0.15 0.19 0.18 0.14 0.14 0.19 0.15 0.19 0.16 0.15 0.14 0.17 0.18 0.17 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12
N7 0.09 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.16 0.10 0.08 0.12 0.12 0.15 0.12 0.12 0.09 0.15 0.14 0.15 0.13
N9 0.12 0.10 0.19 0.19 0.09 0.15 0.09 0.16 0.12 0.10 0.12 0.14 0.13 0.19 0.19 0.13 0.15 0.12 0.14 0.12
O2' 0.13 0.12 0.21 0.20 0.11 0.16 0.10 0.18 0.12 0.11 0.13 0.17 0.15 0.21 0.21 0.16 0.16 0.17 0.17 0.16
O3' 0.17 0.16 0.26 0.23 0.17 0.17 0.17 0.15 0.18 0.17 0.16 0.20 0.16 0.31 0.26 0.16 0.13 0.17 0.18 0.14
O4' 0.15 0.10 0.26 0.26 0.15 0.19 0.09 0.17 0.11 0.11 0.13 0.23 0.11 0.29 0.28 0.16 0.16 0.15 0.15 0.13
O5' 0.12 0.12 0.22 0.21 0.20 0.15 0.17 0.15 0.12 0.11 0.17 0.26 0.12 0.32 0.28 0.17 0.15 0.20 0.19 0.18
O6 0.13 0.12 0.14 0.14 0.10 0.15 0.12 0.20 0.12 0.11 0.11 0.13 0.18 0.18 0.15 0.16 0.18 0.18 0.15 0.16
OP1 0.13 0.11 0.26 0.25 0.19 0.17 0.15 0.16 0.10 0.10 0.15 0.25 0.10 0.39 0.36 0.15 0.15 0.21 0.18 0.17
OP2 0.21 0.18 0.33 0.29 0.19 0.22 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.21 0.19 0.45 0.39 0.19 0.17 0.22 0.19 0.18
P 0.13 0.11 0.26 0.24 0.17 0.17 0.15 0.15 0.11 0.11 0.14 0.23 0.11 0.38 0.33 0.15 0.15 0.20 0.17 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.06 0.09 0.12 0.07
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.15 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.00 0.03 0.02 0.13 0.18 0.17 0.14
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.09 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.05 0.03 0.11 0.14 0.22 0.14
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.06 0.05 0.12 0.17 0.24 0.17
C5' 0.02 0.08 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.08 0.09 0.11 0.06 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.06 0.07 0.12 0.14 0.21 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.07 0.10 0.15 0.09
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.09 0.11 0.18 0.11
N4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.06 0.04 0.12 0.16 0.25 0.16
O2 0.04 0.01 0.07 0.04 0.02 0.08 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.12 0.12 0.09 0.12 0.12 0.09
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.13 0.09 0.18 0.06 0.17 0.08 0.09 0.14 0.14 0.00 0.05 0.05 0.10 0.19 0.18 0.13
O3' 0.07 0.08 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.12 0.05 0.00 0.04 0.09 0.24 0.17 0.16
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.04 0.12 0.05 0.04 0.00 0.10 0.08 0.16 0.10
O5' 0.06 0.08 0.13 0.05 0.11 0.02 0.12 0.01 0.12 0.07 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.10 0.18 0.15 0.14 0.09 0.17 0.06 0.14 0.10 0.11 0.16 0.12 0.19 0.24 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.15 0.17 0.09 0.22 0.03 0.24 0.02 0.21 0.15 0.18 0.25 0.12 0.18 0.17 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.14 0.09 0.14 0.03 0.17 0.02 0.15 0.09 0.11 0.16 0.09 0.13 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00