ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49897

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 12, 19, 13, 4, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.018, 0.026, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.024, 0.035, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.016, 0.030, 0.045, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.015, 0.041, 0.066, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.033, 0.070, 0.108, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.070 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.056, 0.095, 0.135, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.114, 0.185, 0.256, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.185 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.186, 0.260, 0.335, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.260 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.276, 0.370, 0.465, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.370 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.346, 0.444, 0.542, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.444 std_dev=0.098
P A 0, 0.305, 0.430, 0.556, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.430 std_dev=0.125
OP1 A 0, 0.321, 0.455, 0.589, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.455 std_dev=0.134
O5' A 0, 0.395, 0.540, 0.684, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.540 std_dev=0.144
OP2 A 0, 0.241, 0.396, 0.551, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.396 std_dev=0.155
P B 0, 0.402, 0.583, 0.765, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.583 std_dev=0.181
OP2 B 0, 0.288, 0.492, 0.696, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.492 std_dev=0.204
O3' A 0, 1.082, 1.289, 1.497, 1.472 max_d=1.472 avg_d=1.289 std_dev=0.208
O5' B 0, 0.431, 0.644, 0.857, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.644 std_dev=0.213
OP1 B 0, 0.467, 0.684, 0.901, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.684 std_dev=0.217
C3' B 0, 0.411, 0.709, 1.006, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.709 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.327, 0.626, 0.925, 2.186 max_d=2.186 avg_d=0.626 std_dev=0.299
O3' B 0, 0.427, 0.729, 1.032, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.729 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.450, 0.771, 1.092, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.771 std_dev=0.321
O4' B 0, 0.277, 0.604, 0.931, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.604 std_dev=0.327
C5' B 0, 0.274, 0.603, 0.932, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.603 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.370, 0.706, 1.043, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.706 std_dev=0.337
C1' B 0, 0.332, 0.669, 1.006, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.669 std_dev=0.337
N1 B 0, 0.358, 0.703, 1.049, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.703 std_dev=0.346
O2' B 0, 0.449, 0.795, 1.140, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.795 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.389, 0.749, 1.108, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.749 std_dev=0.359
C2 B 0, 0.373, 0.746, 1.120, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.746 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.404, 0.789, 1.174, 2.719 max_d=2.719 avg_d=0.789 std_dev=0.385
N3 B 0, 0.396, 0.785, 1.174, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.785 std_dev=0.389
O2 B 0, 0.370, 0.762, 1.154, 2.544 max_d=2.544 avg_d=0.762 std_dev=0.392
N4 B 0, 0.424, 0.839, 1.255, 2.958 max_d=2.958 avg_d=0.839 std_dev=0.415

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.10 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.08 0.01 0.13 0.08 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.11 0.05 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.10 0.05 0.05
C5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.08 0.10 0.08 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.07 0.00 0.11 0.05 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.07 0.00 0.12 0.07 0.07
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.09 0.01 0.15 0.11 0.11
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07 0.01 0.12 0.07 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.06 0.05
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.04 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.10 0.06
O3' 0.05 0.08 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.09 0.07 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.14 0.13 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.04
O5' 0.03 0.08 0.06 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.00 0.10 0.06 0.06
OP1 0.10 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.06 0.11 0.10 0.12 0.15 0.12 0.09 0.10 0.10 0.14 0.11 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.08 0.09 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.11 0.07 0.06 0.04 0.10 0.13 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.11 0.08 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.15 0.17 0.21 0.17 0.16 0.17 0.21 0.16 0.15 0.16 0.18 0.14 0.14 0.23 0.12 0.09 0.14 0.09 0.06
C2 0.09 0.10 0.13 0.18 0.13 0.13 0.13 0.17 0.11 0.10 0.12 0.14 0.10 0.11 0.22 0.08 0.09 0.21 0.11 0.11
C2' 0.13 0.16 0.17 0.21 0.18 0.16 0.19 0.22 0.17 0.16 0.17 0.19 0.15 0.14 0.23 0.12 0.10 0.13 0.12 0.06
C3' 0.17 0.19 0.20 0.23 0.20 0.19 0.20 0.23 0.20 0.19 0.19 0.20 0.18 0.18 0.24 0.16 0.12 0.14 0.16 0.09
C4 0.09 0.11 0.13 0.18 0.13 0.12 0.13 0.16 0.12 0.11 0.12 0.15 0.10 0.11 0.21 0.09 0.09 0.20 0.11 0.11
C4' 0.16 0.18 0.20 0.23 0.18 0.18 0.18 0.20 0.18 0.17 0.18 0.19 0.18 0.18 0.26 0.14 0.12 0.15 0.16 0.10
C5 0.10 0.11 0.13 0.16 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.11 0.19 0.10 0.12 0.23 0.13 0.13
C5' 0.17 0.20 0.22 0.24 0.20 0.18 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.20 0.20 0.20 0.28 0.15 0.16 0.17 0.21 0.15
C6 0.11 0.11 0.12 0.16 0.13 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.15 0.11 0.11 0.19 0.11 0.12 0.24 0.14 0.14
C8 0.11 0.11 0.13 0.17 0.14 0.12 0.14 0.15 0.12 0.11 0.12 0.15 0.11 0.12 0.19 0.11 0.11 0.21 0.13 0.12
N1 0.09 0.10 0.12 0.16 0.13 0.11 0.13 0.14 0.11 0.10 0.11 0.14 0.10 0.10 0.20 0.09 0.11 0.23 0.13 0.13
N2 0.10 0.11 0.14 0.19 0.13 0.14 0.13 0.18 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.12 0.23 0.09 0.08 0.20 0.10 0.10
N3 0.10 0.12 0.14 0.19 0.14 0.14 0.14 0.18 0.12 0.11 0.13 0.15 0.11 0.12 0.22 0.09 0.08 0.19 0.10 0.09
N7 0.12 0.12 0.13 0.16 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.15 0.12 0.12 0.19 0.13 0.13 0.23 0.15 0.14
N9 0.10 0.12 0.14 0.18 0.14 0.13 0.15 0.17 0.13 0.12 0.13 0.16 0.11 0.11 0.21 0.09 0.09 0.18 0.11 0.09
O2' 0.16 0.19 0.19 0.24 0.23 0.20 0.24 0.29 0.22 0.19 0.21 0.24 0.17 0.15 0.24 0.16 0.14 0.09 0.09 0.08
O3' 0.21 0.22 0.21 0.24 0.24 0.23 0.24 0.27 0.24 0.22 0.23 0.24 0.21 0.19 0.23 0.21 0.15 0.12 0.11 0.09
O4' 0.13 0.15 0.18 0.21 0.16 0.16 0.17 0.19 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.15 0.24 0.12 0.09 0.16 0.12 0.08
O5' 0.18 0.20 0.22 0.24 0.20 0.18 0.20 0.18 0.20 0.20 0.20 0.20 0.21 0.21 0.27 0.16 0.19 0.19 0.23 0.17
O6 0.13 0.13 0.13 0.15 0.15 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.14 0.17 0.13 0.12 0.18 0.13 0.15 0.25 0.15 0.16
OP1 0.21 0.22 0.25 0.26 0.21 0.21 0.20 0.21 0.21 0.22 0.22 0.20 0.24 0.25 0.29 0.19 0.19 0.19 0.22 0.17
OP2 0.23 0.26 0.27 0.27 0.25 0.21 0.24 0.21 0.24 0.24 0.26 0.25 0.27 0.26 0.29 0.20 0.23 0.20 0.25 0.20
P 0.19 0.21 0.23 0.24 0.20 0.18 0.20 0.18 0.20 0.20 0.21 0.20 0.22 0.23 0.27 0.17 0.18 0.17 0.22 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.17 0.09 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.11 0.04 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.11 0.13 0.06 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.10 0.25 0.16 0.16
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.11 0.24 0.18 0.16
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.18 0.13 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.14 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.09 0.22 0.13 0.14
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.28 0.19 0.18
O2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.07 0.15 0.07 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.10 0.13 0.08 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05
O5' 0.04 0.08 0.07 0.11 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.11 0.07 0.04 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.17 0.11 0.13 0.25 0.02 0.24 0.02 0.18 0.14 0.22 0.28 0.15 0.05 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.04 0.06 0.16 0.04 0.18 0.05 0.13 0.09 0.13 0.19 0.07 0.06 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.07 0.10 0.16 0.01 0.16 0.01 0.13 0.09 0.14 0.18 0.09 0.03 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00