ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49898

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 5, 7, 10, 10, 5, 7, 4, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.026 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.025, 0.069, 0.113, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.069 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.031, 0.076, 0.122, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.076 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.077, 0.141, 0.206, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.141 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.048, 0.114, 0.180, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.114 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.064, 0.135, 0.207, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.135 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.113, 0.221, 0.329, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.221 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.098, 0.210, 0.322, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.210 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.118, 0.253, 0.389, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.253 std_dev=0.135
OP2 A 0, 0.109, 0.247, 0.385, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.247 std_dev=0.138
P A 0, 0.140, 0.300, 0.460, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.300 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.218, 0.412, 0.606, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.412 std_dev=0.194
OP2 B 0, 0.211, 0.420, 0.629, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.420 std_dev=0.209
O3' B 0, 0.231, 0.440, 0.650, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.440 std_dev=0.209
P B 0, 0.305, 0.551, 0.797, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.551 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.313, 0.571, 0.829, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.571 std_dev=0.258
OP1 B 0, 0.384, 0.659, 0.934, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.659 std_dev=0.275
O2' B 0, 0.261, 0.543, 0.826, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.543 std_dev=0.283
C5' B 0, 0.341, 0.631, 0.921, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.631 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.327, 0.618, 0.909, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.618 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.315, 0.608, 0.901, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.608 std_dev=0.293
C4' B 0, 0.358, 0.672, 0.985, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.672 std_dev=0.314
O2 B 0, 0.486, 0.828, 1.170, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.828 std_dev=0.342
C1' B 0, 0.422, 0.790, 1.157, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.790 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.428, 0.810, 1.192, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.810 std_dev=0.382
C2 B 0, 0.456, 0.840, 1.223, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.840 std_dev=0.384
N1 B 0, 0.460, 0.851, 1.243, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.851 std_dev=0.392
N3 B 0, 0.475, 0.891, 1.308, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.891 std_dev=0.417
C6 B 0, 0.546, 0.973, 1.399, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.973 std_dev=0.426
C4 B 0, 0.532, 0.984, 1.435, 2.215 max_d=2.215 avg_d=0.984 std_dev=0.452
C5 B 0, 0.588, 1.048, 1.508, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.048 std_dev=0.460
N4 B 0, 0.563, 1.052, 1.541, 2.362 max_d=2.362 avg_d=1.052 std_dev=0.489

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.09 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.08 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.10 0.07
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.08 0.11 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.05
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.10 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.09
OP1 0.07 0.08 0.05 0.03 0.08 0.04 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.03 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.10 0.03 0.04 0.12 0.06 0.21 0.10 0.19 0.06 0.11 0.15 0.20 0.03 0.03 0.08 0.09 0.15 0.12 0.10
C2 0.06 0.10 0.05 0.04 0.14 0.07 0.22 0.10 0.19 0.07 0.11 0.18 0.18 0.04 0.04 0.10 0.10 0.17 0.10 0.11
C2' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.11 0.06 0.20 0.09 0.17 0.05 0.10 0.14 0.20 0.04 0.03 0.07 0.09 0.15 0.10 0.09
C3' 0.04 0.10 0.04 0.04 0.10 0.06 0.18 0.09 0.16 0.05 0.10 0.13 0.20 0.05 0.04 0.06 0.08 0.13 0.09 0.08
C4 0.06 0.09 0.04 0.04 0.13 0.07 0.22 0.10 0.19 0.07 0.11 0.17 0.18 0.04 0.05 0.09 0.10 0.17 0.10 0.11
C4' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.09 0.05 0.18 0.09 0.16 0.04 0.10 0.12 0.21 0.04 0.03 0.05 0.07 0.11 0.11 0.07
C5 0.07 0.09 0.05 0.05 0.14 0.08 0.21 0.10 0.18 0.07 0.11 0.18 0.16 0.06 0.06 0.10 0.11 0.17 0.10 0.10
C5' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.09 0.05 0.16 0.09 0.15 0.05 0.10 0.11 0.20 0.04 0.03 0.05 0.07 0.09 0.11 0.07
C6 0.07 0.10 0.06 0.06 0.14 0.08 0.21 0.10 0.18 0.08 0.12 0.19 0.16 0.06 0.07 0.11 0.11 0.17 0.10 0.11
C8 0.06 0.09 0.05 0.05 0.14 0.07 0.21 0.10 0.19 0.07 0.11 0.18 0.17 0.05 0.06 0.10 0.10 0.16 0.11 0.10
N1 0.07 0.10 0.05 0.05 0.14 0.07 0.22 0.10 0.18 0.08 0.12 0.18 0.17 0.05 0.06 0.10 0.11 0.17 0.10 0.11
N2 0.07 0.10 0.05 0.04 0.14 0.07 0.22 0.10 0.19 0.08 0.12 0.18 0.19 0.04 0.04 0.10 0.11 0.17 0.10 0.11
N3 0.06 0.10 0.04 0.04 0.13 0.07 0.22 0.10 0.19 0.07 0.11 0.17 0.19 0.04 0.04 0.09 0.10 0.17 0.10 0.11
N7 0.07 0.09 0.06 0.06 0.15 0.08 0.21 0.10 0.18 0.07 0.12 0.19 0.16 0.06 0.07 0.11 0.11 0.17 0.10 0.10
N9 0.05 0.09 0.04 0.04 0.13 0.07 0.21 0.10 0.19 0.06 0.11 0.16 0.18 0.04 0.04 0.09 0.10 0.16 0.11 0.11
O2' 0.05 0.12 0.05 0.05 0.12 0.07 0.20 0.09 0.18 0.06 0.12 0.15 0.22 0.06 0.05 0.06 0.08 0.13 0.10 0.09
O3' 0.05 0.11 0.05 0.05 0.10 0.07 0.17 0.09 0.15 0.06 0.10 0.12 0.20 0.07 0.06 0.06 0.07 0.12 0.08 0.07
O4' 0.05 0.11 0.03 0.04 0.11 0.06 0.20 0.10 0.19 0.06 0.11 0.14 0.21 0.03 0.02 0.08 0.09 0.14 0.13 0.11
O5' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.08 0.06 0.17 0.10 0.16 0.04 0.09 0.10 0.21 0.03 0.01 0.06 0.08 0.09 0.14 0.09
O6 0.08 0.10 0.07 0.07 0.15 0.09 0.21 0.10 0.17 0.08 0.13 0.20 0.15 0.07 0.08 0.12 0.11 0.17 0.11 0.11
OP1 0.06 0.14 0.07 0.03 0.09 0.03 0.14 0.04 0.14 0.07 0.12 0.10 0.25 0.09 0.02 0.05 0.06 0.08 0.12 0.07
OP2 0.05 0.12 0.06 0.02 0.07 0.02 0.13 0.05 0.12 0.05 0.10 0.08 0.22 0.08 0.02 0.03 0.04 0.07 0.14 0.07
P 0.03 0.11 0.04 0.01 0.07 0.02 0.13 0.04 0.13 0.04 0.10 0.08 0.21 0.06 0.00 0.01 0.04 0.06 0.13 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.10 0.16 0.09 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.10 0.04
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.06 0.06 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.11 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.14 0.24 0.11 0.15
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.15 0.25 0.17 0.18
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.08 0.11 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.13 0.19 0.15 0.15
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.12 0.06 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.12 0.21 0.09 0.13
N4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.15 0.27 0.14 0.17
O2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.15 0.02 0.09 0.15 0.14 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.11 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.07 0.07 0.15 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.13 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.12 0.15 0.09 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.16 0.05 0.04 0.24 0.02 0.25 0.02 0.19 0.12 0.21 0.27 0.15 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.10 0.11 0.11 0.06 0.17 0.02 0.15 0.06 0.09 0.14 0.14 0.11 0.13 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.04 0.05 0.15 0.02 0.18 0.01 0.15 0.07 0.13 0.17 0.12 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00