ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49899

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 11, 29, 7, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.015, 0.022, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.027, 0.044, 0.062, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.044 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.132, 0.183, 0.234, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.183 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.103, 0.157, 0.211, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.157 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.179, 0.253, 0.327, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.253 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.185, 0.266, 0.348, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.266 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.128, 0.211, 0.294, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.211 std_dev=0.083
P A 0, 0.467, 0.582, 0.697, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.582 std_dev=0.115
P B 0, 0.143, 0.260, 0.377, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.260 std_dev=0.117
OP1 B 0, 0.111, 0.232, 0.352, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.232 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.236, 0.358, 0.479, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.358 std_dev=0.122
O5' A 0, 0.126, 0.249, 0.372, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.249 std_dev=0.123
OP2 B 0, 0.162, 0.292, 0.422, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.292 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.378, 0.515, 0.651, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.515 std_dev=0.136
O5' B 0, 0.142, 0.291, 0.441, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.291 std_dev=0.150
C5' B 0, 0.161, 0.318, 0.474, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.318 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.173, 0.335, 0.496, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.335 std_dev=0.162
C5 B 0, 0.185, 0.347, 0.509, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.347 std_dev=0.162
O4' B 0, 0.157, 0.321, 0.484, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.321 std_dev=0.163
C4' B 0, 0.178, 0.346, 0.514, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.346 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.168, 0.356, 0.543, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.356 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.171, 0.358, 0.546, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.358 std_dev=0.188
C3' B 0, 0.195, 0.385, 0.576, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.385 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.187, 0.379, 0.571, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.379 std_dev=0.192
OP2 A 0, 0.305, 0.500, 0.695, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.500 std_dev=0.195
N4 B 0, 0.197, 0.397, 0.597, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.397 std_dev=0.200
C2' B 0, 0.195, 0.402, 0.609, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.402 std_dev=0.207
O3' B 0, 0.226, 0.439, 0.653, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.439 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.195, 0.411, 0.628, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.411 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.183, 0.402, 0.620, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.402 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.211, 0.433, 0.656, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.433 std_dev=0.222
O2 B 0, 0.200, 0.448, 0.695, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.448 std_dev=0.248
OP1 A 0, 1.363, 1.618, 1.872, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.618 std_dev=0.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.03 0.01 0.11 0.15 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.14 0.09 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.15 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.15 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.16 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.00 0.10 0.16 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.16 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.10 0.16 0.05
N2 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.03 0.01 0.12 0.14 0.04
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.10 0.14 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.09 0.17 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.15 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.16 0.09 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.20 0.05 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.15 0.04
O5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.10 0.17 0.07
OP1 0.09 0.11 0.14 0.15 0.10 0.09 0.09 0.02 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.16 0.20 0.06 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.15 0.09 0.06 0.15 0.09 0.16 0.09 0.16 0.16 0.16 0.14 0.14 0.17 0.15 0.09 0.05 0.15 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.07 0.08 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06
C2 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06
C2' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
C3' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.08 0.09 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06
C4 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
C4' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05
C5 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07
C5' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05
C6 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08
C8 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
N1 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07
N2 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
N3 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
N7 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08
N9 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05
O3' 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07
O4' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08
O5' 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09
O6 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09
OP1 0.15 0.17 0.15 0.15 0.18 0.13 0.17 0.13 0.16 0.16 0.18 0.20 0.17 0.14 0.13 0.15 0.11 0.09 0.11 0.10
OP2 0.14 0.14 0.11 0.09 0.15 0.11 0.15 0.11 0.15 0.14 0.15 0.16 0.13 0.11 0.09 0.15 0.13 0.16 0.10 0.15
P 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.07 0.07 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.08 0.07
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.06 0.05
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.08 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03
O5' 0.04 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.03 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00