ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49900

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 18, 16, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C3' A 0, 0.034, 0.077, 0.120, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.077 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.043, 0.100, 0.156, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.100 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.029, 0.087, 0.145, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.087 std_dev=0.058
OP2 B 0, 0.105, 0.187, 0.270, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.187 std_dev=0.082
P B 0, 0.105, 0.194, 0.283, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.194 std_dev=0.089
O5' B 0, 0.127, 0.221, 0.314, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.221 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.038, 0.132, 0.226, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.132 std_dev=0.094
C5' B 0, 0.128, 0.223, 0.317, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.223 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.091, 0.186, 0.281, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.186 std_dev=0.095
O4' B 0, 0.082, 0.179, 0.276, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.179 std_dev=0.097
C6 B 0, 0.098, 0.199, 0.300, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.199 std_dev=0.101
C4' B 0, 0.097, 0.202, 0.308, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.202 std_dev=0.105
N1 B 0, 0.078, 0.186, 0.293, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.186 std_dev=0.107
OP1 B 0, 0.119, 0.228, 0.337, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.228 std_dev=0.109
C1' B 0, 0.074, 0.184, 0.293, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.184 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.018, 0.132, 0.247, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.132 std_dev=0.114
C5 B 0, 0.093, 0.212, 0.331, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.212 std_dev=0.119
C2 B 0, 0.093, 0.218, 0.343, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.218 std_dev=0.125
P A 0, 0.069, 0.201, 0.334, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.201 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.088, 0.221, 0.353, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.221 std_dev=0.133
C3' B 0, 0.095, 0.229, 0.363, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.229 std_dev=0.134
N3 B 0, 0.097, 0.234, 0.370, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.234 std_dev=0.137
O2 B 0, 0.110, 0.253, 0.396, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.253 std_dev=0.143
C2' B 0, 0.057, 0.207, 0.358, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.207 std_dev=0.150
N4 B 0, 0.099, 0.252, 0.405, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.252 std_dev=0.153
O3' B 0, 0.093, 0.249, 0.405, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.249 std_dev=0.156
O5' A 0, 0.119, 0.282, 0.445, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.282 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.122, 0.287, 0.452, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.287 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.061, 0.234, 0.407, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.234 std_dev=0.173
OP2 A 0, 0.133, 0.331, 0.528, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.331 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.029, 0.319, 0.609, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.319 std_dev=0.290

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.19 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.01 0.05 0.20 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.03 0.09 0.28 0.16
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.06 0.19 0.10
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.06 0.21 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.11 0.01 0.08 0.21 0.09
C5' 0.04 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.13 0.06 0.04 0.03 0.13 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.10 0.11 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.12 0.00 0.08 0.21 0.09
C8 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.11 0.01 0.08 0.23 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.10 0.00 0.07 0.20 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.06 0.06 0.01 0.05 0.20 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.01 0.05 0.20 0.07
N7 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.13 0.01 0.10 0.22 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.21 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.11 0.08 0.07 0.03 0.00 0.05 0.01 0.14 0.06 0.11 0.30 0.17
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03 0.11 0.13 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.11 0.11 0.05
O5' 0.03 0.08 0.13 0.14 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.06 0.06 0.13 0.07 0.14 0.08 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.13 0.00 0.10 0.20 0.09
OP1 0.05 0.05 0.09 0.06 0.06 0.14 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.10 0.05 0.11 0.11 0.11 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.20 0.28 0.19 0.21 0.06 0.21 0.02 0.21 0.23 0.20 0.20 0.20 0.22 0.21 0.30 0.13 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.16 0.10 0.08 0.04 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.06 0.07 0.10 0.08 0.17 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07
C2 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.11 0.12 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06
C2' 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08
C3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09
C4 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.10 0.11 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05
C4' 0.14 0.12 0.15 0.15 0.11 0.16 0.11 0.16 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.16 0.16 0.15 0.17 0.18 0.19 0.18
C5 0.06 0.09 0.06 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.10 0.11 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05
C5' 0.27 0.20 0.29 0.30 0.14 0.32 0.14 0.33 0.19 0.22 0.16 0.12 0.22 0.32 0.32 0.29 0.36 0.37 0.35 0.37
C6 0.06 0.10 0.06 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.11 0.13 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05
C8 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06
N1 0.06 0.10 0.06 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.11 0.12 0.13 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05
N2 0.06 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.12 0.13 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06
N3 0.06 0.09 0.06 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.10 0.11 0.11 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06
N7 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06
N9 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06
O2' 0.16 0.13 0.17 0.18 0.12 0.19 0.13 0.19 0.14 0.14 0.12 0.12 0.13 0.19 0.19 0.16 0.19 0.18 0.18 0.18
O3' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.11 0.12 0.10
O4' 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13
O5' 0.16 0.18 0.15 0.13 0.19 0.12 0.19 0.10 0.18 0.17 0.18 0.19 0.17 0.15 0.12 0.15 0.08 0.07 0.09 0.07
O6 0.06 0.11 0.06 0.06 0.11 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.12 0.13 0.14 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05
OP1 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08
OP2 0.14 0.10 0.11 0.09 0.09 0.13 0.09 0.13 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.08 0.17 0.15 0.13 0.15 0.15
P 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.06 0.08 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.06 0.08 0.07
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.06 0.05 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.10 0.07 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.04 0.03 0.08 0.03 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00