ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49901

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 1, 2, 4, 1, 2, 1, 1, 3, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.020, 0.032, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' B 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.021, 0.038, 0.054, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.020, 0.050, 0.080, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.050 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.020, 0.053, 0.086, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.053 std_dev=0.033
C5 A 0, 0.026, 0.060, 0.095, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.060 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.049, 0.093, 0.137, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.093 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.038, 0.083, 0.128, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.083 std_dev=0.045
O4' B 0, 0.038, 0.083, 0.128, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.083 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.017, 0.068, 0.119, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.068 std_dev=0.051
N1 B 0, 0.042, 0.099, 0.155, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.099 std_dev=0.056
N7 A 0, 0.013, 0.079, 0.145, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.079 std_dev=0.066
C2 B 0, 0.083, 0.150, 0.216, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.150 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.064, 0.132, 0.201, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.132 std_dev=0.069
C4' B 0, 0.064, 0.132, 0.201, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.132 std_dev=0.069
O2 B 0, 0.104, 0.184, 0.264, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.184 std_dev=0.080
C6 B 0, 0.070, 0.152, 0.234, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.152 std_dev=0.082
N2 A 0, 0.089, 0.172, 0.254, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.172 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.048, 0.131, 0.214, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.131 std_dev=0.083
C2' B 0, 0.048, 0.131, 0.214, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.131 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.083, 0.176, 0.269, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.093
C3' B 0, 0.083, 0.176, 0.269, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.093
N3 B 0, 0.101, 0.196, 0.291, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.196 std_dev=0.095
C4 B 0, 0.097, 0.199, 0.300, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.102
C5 B 0, 0.090, 0.197, 0.304, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.197 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.072, 0.187, 0.302, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.187 std_dev=0.115
O2' B 0, 0.072, 0.187, 0.302, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.187 std_dev=0.115
N4 B 0, 0.090, 0.217, 0.345, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.217 std_dev=0.127
O3' A 0, 0.106, 0.255, 0.404, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.255 std_dev=0.149
O3' B 0, 0.106, 0.255, 0.404, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.255 std_dev=0.149
C5' A 0, 0.077, 0.239, 0.401, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.239 std_dev=0.162
C5' B 0, 0.077, 0.239, 0.401, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.239 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.113, 0.321, 0.529, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.321 std_dev=0.208
O5' B 0, 0.113, 0.321, 0.529, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.321 std_dev=0.208
P A 0, 0.151, 0.507, 0.863, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.507 std_dev=0.356
P B 0, 0.151, 0.507, 0.863, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.507 std_dev=0.356
OP2 A 0, 0.166, 0.564, 0.962, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.564 std_dev=0.398
OP2 B 0, 0.166, 0.564, 0.962, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.564 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.259, 0.686, 1.113, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.686 std_dev=0.427
OP1 B 0, 0.259, 0.686, 1.113, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.686 std_dev=0.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04
C2 0.05 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.04 0.10 0.02 0.13 0.20 0.13
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.11 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.08 0.09 0.07
C4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.08 0.03 0.11 0.17 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01
C5 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.10 0.03 0.14 0.21 0.14
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.10 0.01 0.15 0.22 0.15
C8 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.09 0.04 0.12 0.17 0.13
N1 0.05 0.01 0.06 0.07 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.04 0.11 0.03 0.14 0.22 0.15
N2 0.08 0.01 0.11 0.11 0.02 0.09 0.03 0.08 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.14 0.12 0.07 0.11 0.06 0.12 0.19 0.12
N3 0.05 0.01 0.07 0.07 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.04 0.09 0.02 0.11 0.17 0.11
N7 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.10 0.05 0.15 0.21 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.04 0.08 0.14 0.09
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.14 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05 0.05 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.12 0.08 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.08 0.10 0.11 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04
O5' 0.04 0.10 0.04 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.10 0.00 0.15 0.22 0.15
OP1 0.04 0.13 0.06 0.08 0.11 0.04 0.14 0.04 0.15 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.08 0.05 0.10 0.03 0.02 0.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.20 0.09 0.09 0.17 0.02 0.21 0.02 0.22 0.17 0.22 0.19 0.17 0.21 0.14 0.05 0.11 0.05 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.13 0.05 0.07 0.11 0.01 0.14 0.02 0.15 0.13 0.15 0.12 0.11 0.15 0.09 0.02 0.08 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.04
C2 0.05 0.07 0.08 0.08 0.10 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.04 0.10 0.13 0.20 0.13
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
C4 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.03 0.08 0.11 0.17 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.09 0.06 0.07 0.03 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.10 0.14 0.21 0.14
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.04 0.09 0.06 0.07 0.04 0.05 0.11 0.08 0.06 0.06 0.03 0.10 0.15 0.22 0.15
C8 0.02 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.02 0.06 0.03 0.09 0.12 0.17 0.13
N1 0.05 0.06 0.06 0.07 0.10 0.05 0.10 0.06 0.08 0.06 0.09 0.11 0.07 0.07 0.07 0.04 0.11 0.14 0.22 0.15
N2 0.08 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.14 0.12 0.07 0.11 0.12 0.19 0.12
N3 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.04 0.09 0.11 0.17 0.11
N7 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.10 0.07 0.05 0.02 0.08 0.05 0.06 0.03 0.07 0.03 0.10 0.15 0.21 0.15
N9 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.02 0.03 0.02 0.07 0.08 0.14 0.09
O2' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.08 0.07 0.04 0.00 0.01 0.06 0.10 0.11 0.08
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04
O5' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.10 0.08 0.07 0.08 0.05 0.10 0.15 0.22 0.15
OP1 0.04 0.09 0.06 0.08 0.13 0.04 0.13 0.04 0.10 0.08 0.11 0.14 0.09 0.05 0.10 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.15 0.09 0.09 0.19 0.02 0.19 0.02 0.14 0.13 0.18 0.20 0.15 0.05 0.11 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.05 0.07 0.13 0.01 0.14 0.02 0.11 0.08 0.11 0.14 0.09 0.02 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.07 0.09 0.15 0.09
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.08 0.13 0.19 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.09 0.13 0.19 0.14
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.08 0.10 0.14 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.08 0.13 0.08
N3 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.11 0.18 0.11
N4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.04 0.08 0.14 0.20 0.14
O2 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.08 0.09 0.15 0.09
O2' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.08 0.07 0.04 0.00 0.01 0.06 0.10 0.11 0.08
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04
O5' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.09 0.06 0.08 0.13 0.04 0.13 0.04 0.10 0.08 0.11 0.14 0.09 0.05 0.10 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.15 0.09 0.09 0.19 0.02 0.19 0.02 0.14 0.13 0.18 0.20 0.15 0.05 0.11 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.05 0.07 0.13 0.01 0.14 0.02 0.11 0.08 0.11 0.14 0.09 0.02 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00