ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49903

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.004, 0.011, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.010, 0.019, 0.049, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.019 std_dev=0.030
C5 A 0, -0.013, 0.022, 0.056, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.022 std_dev=0.035
C2 A 0, -0.016, 0.027, 0.071, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.027 std_dev=0.044
C4 A 0, -0.018, 0.031, 0.080, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.031 std_dev=0.049
N7 A 0, -0.016, 0.035, 0.085, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.035 std_dev=0.051
N3 A 0, -0.019, 0.033, 0.086, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.033 std_dev=0.052
O6 A 0, -0.016, 0.036, 0.089, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.036 std_dev=0.053
N9 A 0, -0.020, 0.034, 0.089, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.034 std_dev=0.054
C1' A 0, -0.020, 0.034, 0.088, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.034 std_dev=0.054
C8 A 0, -0.022, 0.043, 0.109, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.043 std_dev=0.065
N2 A 0, -0.032, 0.061, 0.154, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.061 std_dev=0.093
P B 0, 0.206, 0.527, 0.849, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.527 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.244, 0.614, 0.984, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.614 std_dev=0.370
OP1 B 0, 0.078, 0.535, 0.991, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.535 std_dev=0.457
C2' A 0, -0.099, 0.515, 1.129, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.515 std_dev=0.614
O4' A 0, -0.131, 0.561, 1.254, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.561 std_dev=0.693
O2' A 0, -0.131, 0.642, 1.414, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.642 std_dev=0.772
O5' B 0, 0.053, 0.853, 1.653, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.853 std_dev=0.800
C3' A 0, -0.165, 0.767, 1.700, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.767 std_dev=0.932
C4' A 0, -0.213, 0.763, 1.739, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.763 std_dev=0.976
O3' A 0, -0.166, 0.922, 2.010, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.922 std_dev=1.088
C5' B 0, -0.119, 1.019, 2.157, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.019 std_dev=1.138
O4' B 0, -0.280, 1.368, 3.016, 4.492 max_d=4.492 avg_d=1.368 std_dev=1.648
C4' B 0, -0.324, 1.348, 3.020, 4.570 max_d=4.570 avg_d=1.348 std_dev=1.672
C5' A 0, -0.404, 1.441, 3.286, 5.042 max_d=5.042 avg_d=1.441 std_dev=1.845
C3' B 0, -0.472, 1.603, 3.679, 5.524 max_d=5.524 avg_d=1.603 std_dev=2.076
C1' B 0, -0.511, 1.728, 3.966, 5.907 max_d=5.907 avg_d=1.728 std_dev=2.238
C2 B 0, -0.405, 1.839, 4.082, 6.109 max_d=6.109 avg_d=1.839 std_dev=2.243
N1 B 0, -0.586, 1.732, 4.050, 6.074 max_d=6.074 avg_d=1.732 std_dev=2.318
O5' A 0, -0.662, 1.681, 4.023, 6.093 max_d=6.093 avg_d=1.681 std_dev=2.342
O2 B 0, -0.268, 2.083, 4.434, 6.576 max_d=6.576 avg_d=2.083 std_dev=2.351
N3 B 0, -0.515, 1.845, 4.205, 6.360 max_d=6.360 avg_d=1.845 std_dev=2.360
O3' B 0, -0.655, 1.773, 4.202, 6.335 max_d=6.335 avg_d=1.773 std_dev=2.428
C2' B 0, -0.612, 1.875, 4.361, 6.568 max_d=6.568 avg_d=1.875 std_dev=2.486
C6 B 0, -0.965, 1.843, 4.651, 7.106 max_d=7.106 avg_d=1.843 std_dev=2.808
C4 B 0, -0.905, 1.932, 4.769, 7.291 max_d=7.291 avg_d=1.932 std_dev=2.837
O2' B 0, -0.784, 2.110, 5.003, 7.571 max_d=7.571 avg_d=2.110 std_dev=2.893
N4 B 0, -1.077, 2.077, 5.232, 8.040 max_d=8.040 avg_d=2.077 std_dev=3.155
C5 B 0, -1.152, 2.033, 5.219, 8.017 max_d=8.017 avg_d=2.033 std_dev=3.186
P A 0, -1.187, 2.264, 5.714, 8.751 max_d=8.751 avg_d=2.264 std_dev=3.450
OP2 A 0, -1.434, 2.486, 6.405, 9.943 max_d=9.943 avg_d=2.486 std_dev=3.919
OP1 A 0, -1.379, 2.675, 6.729, 10.370 max_d=10.370 avg_d=2.675 std_dev=4.054

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.13 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.44 0.01 0.21 0.63 0.37
C2 0.10 0.00 0.16 0.57 0.01 0.39 0.02 0.79 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.31 0.53 0.13 1.42 0.01 1.50 2.20 1.61
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.10 0.02 0.05 0.01 0.08 0.06 0.13 0.17 0.17 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.15 0.07 0.09 0.29 0.12
C3' 0.01 0.57 0.01 0.00 0.31 0.01 0.20 0.02 0.31 0.15 0.47 0.66 0.54 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.11 0.26 0.06 0.09 0.07
C4 0.05 0.01 0.10 0.31 0.00 0.25 0.00 0.49 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.27 0.08 1.20 0.01 1.12 1.78 1.28
C4' 0.02 0.39 0.02 0.01 0.25 0.00 0.20 0.01 0.28 0.06 0.37 0.43 0.35 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.04 0.08
C5 0.01 0.02 0.05 0.20 0.00 0.20 0.00 0.45 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.07 1.32 0.01 1.32 2.09 1.49
C5' 0.03 0.79 0.01 0.02 0.49 0.01 0.45 0.00 0.61 0.04 0.76 0.88 0.68 0.18 0.19 0.05 0.10 0.01 0.01 0.59 0.27 0.15 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.31 0.00 0.28 0.01 0.61 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.17 0.28 0.10 1.50 0.00 1.62 2.46 1.76
C8 0.04 0.01 0.06 0.15 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.13 0.05 0.83 0.05 0.71 1.31 0.88
N1 0.06 0.01 0.13 0.47 0.01 0.37 0.02 0.76 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.25 0.44 0.13 1.54 0.01 1.69 2.49 1.80
N2 0.13 0.00 0.17 0.66 0.01 0.43 0.02 0.88 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.65 0.13 1.41 0.02 1.55 2.20 1.62
N3 0.10 0.00 0.17 0.54 0.00 0.35 0.01 0.68 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.48 0.11 1.24 0.01 1.20 1.82 1.33
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.18 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 1.10 0.05 1.07 1.80 1.25
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.87 0.02 0.69 1.25 0.87
O2' 0.01 0.31 0.00 0.03 0.15 0.04 0.11 0.05 0.17 0.04 0.25 0.40 0.29 0.02 0.03 0.00 0.07 0.05 0.12 0.14 0.40 0.05 0.20
O3' 0.02 0.53 0.02 0.00 0.27 0.01 0.17 0.10 0.28 0.13 0.44 0.65 0.48 0.04 0.06 0.07 0.00 0.01 0.55 0.23 0.39 0.60 0.50
O4' 0.01 0.13 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.05 0.13 0.13 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.43 0.10 0.21 0.46 0.31
O5' 0.44 1.42 0.15 0.11 1.20 0.01 1.32 0.01 1.50 0.83 1.54 1.41 1.24 1.10 0.87 0.12 0.55 0.43 0.00 1.55 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.07 0.26 0.01 0.27 0.01 0.59 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.14 0.23 0.10 1.55 0.00 1.74 2.63 1.88
OP1 0.21 1.50 0.09 0.06 1.12 0.10 1.32 0.27 1.62 0.71 1.69 1.55 1.20 1.07 0.69 0.40 0.39 0.21 0.02 1.74 0.00 0.01 0.01
OP2 0.63 2.20 0.29 0.09 1.78 0.04 2.09 0.15 2.46 1.31 2.49 2.20 1.82 1.80 1.25 0.05 0.60 0.46 0.02 2.63 0.01 0.00 0.00
P 0.37 1.61 0.12 0.07 1.28 0.08 1.49 0.01 1.76 0.88 1.80 1.62 1.33 1.25 0.87 0.20 0.50 0.31 0.01 1.88 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 0.89 0.83 0.95 0.35 0.89 1.10 0.86 0.86 0.20 0.59 0.51 1.80 0.98 1.25 0.57 0.54 0.54 0.14 0.31
C2 1.15 1.30 1.50 1.53 0.16 1.37 0.49 1.13 0.22 0.73 0.96 0.11 2.09 1.78 1.94 1.04 0.71 0.32 0.12 0.30
C2' 0.21 0.51 0.44 0.54 0.76 0.55 1.53 0.52 1.25 0.21 0.19 0.95 1.43 0.63 0.83 0.27 0.16 0.24 0.49 0.05
C3' 0.42 0.16 0.13 0.06 1.44 0.10 2.20 0.12 1.90 0.84 0.49 1.63 0.79 0.12 0.37 0.37 0.43 0.23 1.11 0.59
C4 0.98 1.21 1.29 1.35 0.11 1.23 0.60 1.05 0.36 0.60 0.90 0.13 2.03 1.51 1.71 0.91 0.67 0.32 0.11 0.29
C4' 0.31 0.10 0.12 0.28 1.31 0.18 2.08 0.20 1.78 0.72 0.36 1.49 0.93 0.28 0.67 0.29 0.20 0.08 0.92 0.42
C5 1.24 1.44 1.54 1.56 0.40 1.42 0.24 1.17 0.09 0.88 1.15 0.25 2.18 1.76 1.92 1.12 0.78 0.25 0.05 0.33
C5' 0.80 0.61 0.35 0.17 1.91 0.33 2.65 0.36 2.32 1.27 0.97 2.11 0.32 0.14 0.39 0.80 0.73 0.42 1.62 1.02
C6 1.46 1.59 1.78 1.76 0.59 1.58 0.09 1.25 0.26 1.09 1.30 0.42 2.29 2.06 2.15 1.29 0.85 0.23 0.06 0.36
C8 0.91 1.24 1.17 1.24 0.19 1.15 0.53 1.03 0.36 0.59 0.97 0.10 2.04 1.31 1.51 0.86 0.68 0.26 0.06 0.30
N1 1.38 1.50 1.72 1.71 0.43 1.53 0.18 1.22 0.13 0.98 1.18 0.24 2.23 2.02 2.13 1.22 0.80 0.28 0.05 0.34
N2 1.13 1.25 1.49 1.52 0.10 1.36 0.57 1.11 0.27 0.69 0.90 0.20 2.05 1.80 1.96 1.02 0.68 0.33 0.16 0.28
N3 0.95 1.14 1.27 1.34 0.10 1.21 0.72 1.03 0.45 0.53 0.81 0.27 1.97 1.52 1.73 0.88 0.63 0.35 0.16 0.26
N7 1.22 1.47 1.49 1.52 0.48 1.40 0.17 1.17 0.09 0.90 1.21 0.35 2.20 1.66 1.82 1.12 0.79 0.18 0.07 0.33
N9 0.78 1.08 1.06 1.15 0.11 1.06 0.79 0.95 0.57 0.42 0.78 0.25 1.93 1.23 1.46 0.74 0.60 0.36 0.13 0.27
O2' 0.43 0.77 0.64 0.74 0.53 0.79 1.32 0.80 1.03 0.06 0.45 0.73 1.72 0.80 0.99 0.52 0.48 0.62 0.11 0.38
O3' 0.62 0.38 0.36 0.23 1.72 0.20 2.47 0.19 2.14 1.06 0.73 1.94 0.58 0.15 0.14 0.52 0.54 0.20 1.17 0.61
O4' 0.21 0.54 0.54 0.70 0.70 0.57 1.48 0.56 1.24 0.23 0.26 0.85 1.45 0.68 1.05 0.21 0.27 0.37 0.43 0.10
O5' 0.23 0.29 0.28 0.52 1.72 0.39 2.36 0.38 1.89 0.82 0.76 2.04 0.65 0.58 1.09 0.17 0.18 0.22 1.30 0.50
O6 1.69 1.78 2.00 1.94 0.86 1.72 0.37 1.32 0.57 1.33 1.51 0.70 2.40 2.30 2.32 1.47 0.93 0.19 0.14 0.40
OP1 0.44 0.73 0.28 0.59 2.27 0.35 2.75 0.34 2.14 1.12 1.31 2.73 0.16 0.63 1.32 0.41 0.25 0.16 1.40 0.64
OP2 0.46 0.89 0.29 0.56 2.43 0.46 2.86 0.44 2.20 1.20 1.50 2.88 0.17 0.69 1.31 0.39 0.40 0.17 1.71 0.76
P 0.39 0.64 0.27 0.56 2.14 0.36 2.67 0.36 2.10 1.06 1.18 2.54 0.26 0.61 1.27 0.36 0.27 0.15 1.50 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.17 0.17
C2 0.02 0.00 0.09 0.20 0.03 0.37 0.03 0.56 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.22 0.14 0.36 0.67 0.63 0.64 0.60
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.16 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.11 0.07
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.11 0.00 0.33 0.01 0.38 0.08 0.13 0.10 0.48 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.10 0.05
C4 0.02 0.03 0.03 0.11 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.12 0.02 0.16 0.27 0.36 0.33
C4' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.03 0.00 0.36 0.00 0.45 0.04 0.28 0.02 0.74 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04
C5 0.01 0.03 0.04 0.33 0.01 0.36 0.00 0.61 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.22 0.30 0.27 0.86 1.09 1.31 1.17
C5' 0.01 0.56 0.01 0.01 0.07 0.00 0.61 0.00 0.72 0.07 0.45 0.04 1.17 0.06 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.38 0.02 0.45 0.00 0.72 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.26 0.31 0.38 0.97 1.13 1.29 1.23
N1 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.15 0.23 0.29 0.29
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.02 0.28 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.16 0.08 0.27 0.53 0.51 0.54 0.48
N4 0.02 0.04 0.04 0.10 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.04 0.13 0.03 0.13 0.24 0.32 0.28
O2 0.03 0.00 0.16 0.48 0.04 0.74 0.03 1.17 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.46 0.36 0.66 1.46 1.46 1.54 1.47
O2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.04 0.06 0.22 0.06 0.26 0.03 0.16 0.04 0.46 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03 0.12 0.09
O3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.12 0.01 0.30 0.01 0.31 0.07 0.08 0.13 0.36 0.04 0.00 0.01 0.09 0.17 0.10 0.07
O4' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.01 0.38 0.01 0.27 0.03 0.66 0.05 0.01 0.00 0.07 0.16 0.12 0.16
O5' 0.07 0.67 0.03 0.07 0.16 0.01 0.86 0.01 0.97 0.15 0.53 0.13 1.46 0.05 0.09 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.63 0.04 0.09 0.27 0.06 1.09 0.08 1.13 0.23 0.51 0.24 1.46 0.03 0.17 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.64 0.11 0.10 0.36 0.05 1.31 0.01 1.29 0.29 0.54 0.32 1.54 0.12 0.10 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.60 0.07 0.05 0.33 0.04 1.17 0.01 1.23 0.29 0.48 0.28 1.47 0.09 0.07 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00