ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49904

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.014, 0.025, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.011, 0.034, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.076, 0.172, 0.269, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.172 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.099, 0.219, 0.338, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.219 std_dev=0.119
O5' A 0, 0.110, 0.237, 0.364, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.237 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.088, 0.226, 0.364, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.226 std_dev=0.138
C2' A 0, 0.068, 0.211, 0.353, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.211 std_dev=0.143
OP2 A 0, 0.154, 0.345, 0.535, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.345 std_dev=0.191
P A 0, 0.163, 0.365, 0.568, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.365 std_dev=0.203
O3' B 0, 0.233, 0.499, 0.764, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.499 std_dev=0.266
OP1 A 0, 0.215, 0.485, 0.754, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.485 std_dev=0.270
C3' A 0, 0.162, 0.447, 0.733, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.447 std_dev=0.285
C3' B 0, 0.300, 0.617, 0.933, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.617 std_dev=0.317
OP2 B 0, 0.391, 0.748, 1.105, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.748 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.437, 0.796, 1.155, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.796 std_dev=0.359
P B 0, 0.412, 0.793, 1.173, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.793 std_dev=0.381
O5' B 0, 0.371, 0.764, 1.157, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.764 std_dev=0.393
C4' B 0, 0.369, 0.770, 1.170, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.770 std_dev=0.400
C2' B 0, 0.336, 0.737, 1.138, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.737 std_dev=0.401
C5' B 0, 0.383, 0.803, 1.223, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.803 std_dev=0.420
O2' A 0, 0.134, 0.589, 1.043, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.589 std_dev=0.454
C6 B 0, 0.385, 0.843, 1.300, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.843 std_dev=0.458
O2' B 0, 0.334, 0.797, 1.260, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.797 std_dev=0.463
C5 B 0, 0.383, 0.850, 1.318, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.850 std_dev=0.467
O4' B 0, 0.432, 0.908, 1.385, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.908 std_dev=0.477
C4 B 0, 0.467, 0.945, 1.424, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.945 std_dev=0.478
N1 B 0, 0.426, 0.904, 1.383, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.904 std_dev=0.479
C1' B 0, 0.410, 0.890, 1.370, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.890 std_dev=0.480
N4 B 0, 0.491, 0.973, 1.455, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.973 std_dev=0.482
N3 B 0, 0.536, 1.029, 1.522, 1.709 max_d=1.709 avg_d=1.029 std_dev=0.493
C2 B 0, 0.513, 1.007, 1.502, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.007 std_dev=0.495
O2 B 0, 0.563, 1.090, 1.618, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.090 std_dev=0.528
O3' A 0, 0.276, 1.147, 2.018, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.147 std_dev=0.871

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.00 0.03 0.00 0.07 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.65 0.09 0.07 0.00 0.12 0.09 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.19 0.04 0.05 0.06 0.10 0.07 0.03 0.01 0.00 0.09 0.03 0.14 0.03 0.09 0.22 0.16
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.05 0.18 0.03 0.14 0.09 0.17 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.16 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.45 0.04 0.06 0.00 0.10 0.08 0.05
C4' 0.01 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.11 0.07 0.07 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.33 0.02 0.08 0.00 0.12 0.07 0.07
C5' 0.06 0.09 0.19 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08 0.06 0.07 0.22 0.01 0.00 0.07 0.03 0.08 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.41 0.03 0.07 0.00 0.13 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.05 0.18 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.10 0.07 0.09 0.01 0.13 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.56 0.07 0.07 0.00 0.13 0.08 0.07
N2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.76 0.12 0.09 0.01 0.14 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.63 0.10 0.07 0.00 0.11 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.15 0.05 0.09 0.01 0.14 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.29 0.01 0.06 0.00 0.09 0.08 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.03 0.08 0.11 0.16 0.07 0.13 0.25 0.07 0.17 0.10 0.25 0.13 0.00 0.13 0.05 0.05 0.16 0.06 0.08 0.04
O3' 0.36 0.65 0.09 0.01 0.45 0.02 0.33 0.22 0.41 0.10 0.56 0.76 0.63 0.15 0.29 0.13 0.00 0.23 0.11 0.36 0.12 0.09 0.16
O4' 0.00 0.09 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.12 0.10 0.05 0.01 0.05 0.23 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07 0.03
O5' 0.03 0.07 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.05 0.11 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.36 0.02 0.08 0.00 0.14 0.07 0.08
OP1 0.07 0.12 0.09 0.05 0.10 0.02 0.12 0.03 0.13 0.13 0.13 0.14 0.11 0.14 0.09 0.06 0.12 0.09 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01
OP2 0.09 0.09 0.22 0.16 0.08 0.14 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.16 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.05 0.04 0.16 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.04 0.03 0.12 0.05 0.14 0.07 0.13 0.07 0.09 0.13 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06
C2 0.11 0.15 0.12 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.16 0.14 0.17 0.14 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07
C2' 0.24 0.26 0.22 0.20 0.30 0.21 0.32 0.20 0.31 0.27 0.28 0.30 0.25 0.20 0.17 0.23 0.24 0.22 0.30 0.27
C3' 0.17 0.15 0.12 0.14 0.11 0.21 0.12 0.26 0.14 0.15 0.13 0.10 0.16 0.11 0.09 0.23 0.24 0.14 0.19 0.19
C4 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08
C4' 0.07 0.08 0.04 0.07 0.07 0.12 0.08 0.16 0.08 0.06 0.08 0.08 0.10 0.04 0.05 0.12 0.13 0.04 0.08 0.07
C5 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.13 0.10 0.15 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.15 0.15 0.17 0.16
C5' 0.04 0.08 0.03 0.05 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.06 0.09 0.11 0.10 0.04 0.06 0.06 0.04 0.12 0.12 0.09
C6 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.17 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.14 0.11 0.16 0.17 0.16 0.19 0.17
C8 0.07 0.09 0.09 0.09 0.15 0.10 0.15 0.13 0.12 0.08 0.13 0.18 0.08 0.09 0.09 0.08 0.13 0.18 0.16 0.16
N1 0.14 0.16 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.17 0.16 0.18 0.15 0.10 0.15 0.14 0.11 0.14 0.12
N2 0.12 0.18 0.14 0.11 0.15 0.10 0.12 0.09 0.11 0.13 0.19 0.17 0.21 0.16 0.09 0.11 0.08 0.07 0.06 0.04
N3 0.08 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.10 0.13 0.11 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.04
N7 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.17 0.11 0.09 0.11 0.15 0.09 0.11 0.11 0.13 0.18 0.21 0.23 0.21
N9 0.04 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06 0.12 0.09 0.10 0.05 0.08 0.12 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.10 0.06 0.07
O2' 0.30 0.35 0.21 0.19 0.45 0.25 0.49 0.28 0.45 0.37 0.39 0.47 0.31 0.16 0.09 0.31 0.36 0.37 0.59 0.49
O3' 0.39 0.23 0.32 0.39 0.10 0.55 0.13 0.66 0.22 0.28 0.15 0.06 0.28 0.36 0.38 0.52 0.54 0.61 0.32 0.50
O4' 0.11 0.10 0.08 0.11 0.09 0.15 0.10 0.17 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.07 0.09 0.16 0.15 0.07 0.08 0.09
O5' 0.08 0.12 0.08 0.05 0.15 0.04 0.17 0.04 0.17 0.12 0.14 0.15 0.13 0.06 0.01 0.06 0.08 0.14 0.13 0.12
O6 0.17 0.16 0.15 0.15 0.17 0.18 0.18 0.20 0.18 0.16 0.16 0.17 0.16 0.15 0.12 0.20 0.20 0.19 0.24 0.22
OP1 0.05 0.11 0.05 0.04 0.09 0.03 0.09 0.04 0.10 0.07 0.12 0.10 0.15 0.07 0.01 0.05 0.06 0.10 0.07 0.06
OP2 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.08 0.02 0.07 0.04 0.13 0.08 0.01 0.02 0.11 0.26 0.17 0.18
P 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.04 0.11 0.05 0.00 0.01 0.06 0.16 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.10 0.11 0.10
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.07 0.07 0.08 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.11 0.13 0.11
O2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.07 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.06 0.08 0.10 0.02 0.10 0.02 0.07 0.05 0.08 0.11 0.04 0.05 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.03 0.04 0.11 0.02 0.11 0.01 0.08 0.06 0.10 0.13 0.06 0.02 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.11 0.04 0.02 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00