ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49905

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.026 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.021, 0.043, 0.064, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.020, 0.042, 0.064, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.025, 0.051, 0.077, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.051 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.042, 0.087, 0.132, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.087 std_dev=0.045
P B 0, 0.190, 0.415, 0.640, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.415 std_dev=0.225
O2' A 0, 0.372, 0.774, 1.175, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.774 std_dev=0.401
C2' A 0, 0.345, 0.757, 1.169, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.757 std_dev=0.412
O4' A 0, 0.410, 0.890, 1.370, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.890 std_dev=0.480
OP2 B 0, 0.479, 1.042, 1.605, 1.415 max_d=1.415 avg_d=1.042 std_dev=0.563
C3' A 0, 0.566, 1.281, 1.995, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.281 std_dev=0.715
C4' A 0, 0.573, 1.296, 2.020, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.296 std_dev=0.723
OP1 B 0, 0.645, 1.424, 2.203, 2.008 max_d=2.008 avg_d=1.424 std_dev=0.779
O3' A 0, 0.757, 1.691, 2.625, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.691 std_dev=0.934
O5' B 0, 0.933, 2.037, 3.140, 2.852 max_d=2.852 avg_d=2.037 std_dev=1.103
C5' A 0, 0.988, 2.235, 3.482, 3.041 max_d=3.041 avg_d=2.235 std_dev=1.247
C5' B 0, 1.081, 2.355, 3.629, 3.305 max_d=3.305 avg_d=2.355 std_dev=1.274
O5' A 0, 1.493, 3.419, 5.345, 4.657 max_d=4.657 avg_d=3.419 std_dev=1.926
C4' B 0, 2.032, 4.541, 7.049, 6.194 max_d=6.194 avg_d=4.541 std_dev=2.509
P A 0, 2.163, 4.946, 7.729, 6.694 max_d=6.694 avg_d=4.946 std_dev=2.783
OP2 A 0, 2.408, 5.244, 8.081, 7.103 max_d=7.103 avg_d=5.244 std_dev=2.836
C3' B 0, 2.290, 5.130, 7.970, 7.030 max_d=7.030 avg_d=5.130 std_dev=2.840
OP1 A 0, 2.389, 5.375, 8.361, 7.206 max_d=7.206 avg_d=5.375 std_dev=2.986
O3' B 0, 2.582, 5.795, 9.009, 7.951 max_d=7.951 avg_d=5.795 std_dev=3.214
O4' B 0, 2.555, 5.790, 9.025, 7.821 max_d=7.821 avg_d=5.790 std_dev=3.235
C2' B 0, 3.009, 6.824, 10.640, 9.245 max_d=9.245 avg_d=6.824 std_dev=3.815
C1' B 0, 3.273, 7.458, 11.643, 10.009 max_d=10.009 avg_d=7.458 std_dev=4.185
O2' B 0, 3.505, 7.994, 12.483, 10.882 max_d=10.882 avg_d=7.994 std_dev=4.489
N1 B 0, 3.655, 8.389, 13.122, 11.283 max_d=11.283 avg_d=8.389 std_dev=4.733
O2 B 0, 3.818, 8.671, 13.524, 11.626 max_d=11.626 avg_d=8.671 std_dev=4.853
C6 B 0, 3.826, 8.860, 13.894, 11.947 max_d=11.947 avg_d=8.860 std_dev=5.034
C2 B 0, 3.992, 9.133, 14.275, 12.272 max_d=12.272 avg_d=9.133 std_dev=5.141
C5 B 0, 4.389, 10.199, 16.008, 13.750 max_d=13.750 avg_d=10.199 std_dev=5.809
N3 B 0, 4.576, 10.519, 16.461, 14.139 max_d=14.139 avg_d=10.519 std_dev=5.943
C4 B 0, 4.800, 11.109, 17.418, 14.952 max_d=14.952 avg_d=11.109 std_dev=6.309
N4 B 0, 5.472, 12.697, 19.923, 17.080 max_d=17.080 avg_d=12.697 std_dev=7.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.01 0.10 0.23 0.15
C2 0.03 0.00 0.22 0.31 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.37 0.06 0.59 0.00 0.37 0.72 0.58
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.13 0.00 0.08 0.01 0.12 0.07 0.18 0.25 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.10 0.04 0.23 0.11
C3' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.20 0.00 0.17 0.01 0.23 0.04 0.29 0.35 0.28 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.10 0.22 0.05 0.24 0.12
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.03 0.57 0.00 0.46 0.60 0.55
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.10 0.08 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.11 0.04
C5 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.18 0.02 0.70 0.00 0.70 0.70 0.72
C5' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.17 0.07 0.17 0.13 0.11 0.12 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.16 0.12 0.01
C6 0.02 0.00 0.12 0.23 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.26 0.02 0.76 0.00 0.75 0.82 0.81
C8 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.57 0.01 0.69 0.47 0.58
N1 0.03 0.00 0.18 0.29 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.34 0.04 0.70 0.00 0.58 0.82 0.74
N2 0.05 0.00 0.25 0.35 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.43 0.08 0.53 0.00 0.24 0.72 0.53
N3 0.03 0.00 0.22 0.28 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.31 0.06 0.50 0.00 0.28 0.60 0.47
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.70 0.01 0.84 0.63 0.74
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.47 0.01 0.42 0.44 0.43
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.29 0.12 0.08
O3' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.20 0.01 0.18 0.02 0.26 0.04 0.34 0.43 0.31 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.17 0.25 0.26 0.17 0.09
O4' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.19 0.02 0.13 0.17 0.11
O5' 0.21 0.59 0.12 0.10 0.57 0.01 0.70 0.00 0.76 0.57 0.70 0.53 0.50 0.70 0.47 0.05 0.17 0.19 0.00 0.83 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.10 0.22 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.02 0.83 0.00 0.89 0.89 0.92
OP1 0.10 0.37 0.04 0.05 0.46 0.08 0.70 0.16 0.75 0.69 0.58 0.24 0.28 0.84 0.42 0.29 0.26 0.13 0.02 0.89 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.72 0.23 0.24 0.60 0.11 0.70 0.12 0.82 0.47 0.82 0.72 0.60 0.63 0.44 0.12 0.17 0.17 0.01 0.89 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.58 0.11 0.12 0.55 0.04 0.72 0.01 0.81 0.58 0.74 0.53 0.47 0.74 0.43 0.08 0.09 0.11 0.00 0.92 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.84 1.67 1.64 1.42 1.12 1.53 0.95 0.80 1.19 1.57 1.45 0.92 1.90 1.67 1.68 1.74 0.80 0.15 0.16 0.17
C2 2.57 2.82 2.22 1.71 2.83 1.67 2.72 0.87 2.65 2.69 2.88 2.83 2.81 2.28 1.86 2.19 0.93 0.09 0.10 0.18
C2' 1.85 1.56 1.61 1.35 1.02 1.44 0.91 0.63 1.19 1.53 1.32 0.80 1.77 1.74 1.69 1.68 0.52 0.18 0.41 0.15
C3' 1.67 1.23 1.51 1.32 0.56 1.38 0.47 0.55 0.82 1.24 0.91 0.31 1.49 1.70 1.75 1.51 0.31 0.38 0.60 0.34
C4 2.36 2.51 2.02 1.59 2.30 1.62 2.14 0.85 2.19 2.38 2.47 2.22 2.58 2.02 1.72 2.10 0.92 0.10 0.09 0.18
C4' 1.48 1.01 1.44 1.38 0.25 1.47 0.16 0.74 0.46 0.97 0.64 0.22 1.35 1.56 1.82 1.41 0.52 0.07 0.36 0.13
C5 2.45 2.83 2.08 1.57 2.77 1.57 2.56 0.84 2.51 2.64 2.89 2.74 2.85 2.02 1.59 2.15 0.96 0.18 0.08 0.20
C5' 1.20 0.66 1.29 1.35 0.36 1.39 0.52 0.72 0.16 0.61 0.27 0.67 1.07 1.44 1.84 1.16 0.36 0.17 0.48 0.25
C6 2.60 3.16 2.22 1.62 3.34 1.56 3.15 0.84 2.94 2.93 3.35 3.42 3.10 2.17 1.60 2.19 0.97 0.20 0.09 0.20
C8 2.03 2.19 1.75 1.39 1.80 1.50 1.52 0.82 1.62 1.98 2.09 1.69 2.37 1.64 1.43 1.92 0.93 0.16 0.07 0.19
N1 2.65 3.10 2.28 1.69 3.28 1.63 3.13 0.86 2.95 2.92 3.26 3.36 3.04 2.30 1.75 2.23 0.96 0.15 0.08 0.19
N2 2.60 2.82 2.26 1.75 2.86 1.69 2.77 0.87 2.69 2.71 2.89 2.88 2.81 2.36 1.94 2.20 0.92 0.08 0.12 0.17
N3 2.41 2.51 2.09 1.65 2.35 1.66 2.23 0.86 2.28 2.42 2.48 2.28 2.57 2.14 1.85 2.11 0.90 0.07 0.12 0.17
N7 2.27 2.68 1.92 1.43 2.47 1.48 2.18 0.81 2.17 2.43 2.69 2.42 2.76 1.78 1.38 2.05 0.96 0.24 0.10 0.20
N9 2.09 2.11 1.82 1.48 1.72 1.58 1.52 0.83 1.66 1.98 1.99 1.58 2.28 1.79 1.64 1.94 0.89 0.08 0.10 0.18
O2' 1.79 1.45 1.58 1.37 0.86 1.47 0.77 0.70 1.08 1.43 1.18 0.62 1.68 1.72 1.74 1.65 0.59 0.11 0.30 0.09
O3' 1.56 1.00 1.42 1.26 0.31 1.30 0.27 0.47 0.65 1.06 0.64 0.20 1.28 1.71 1.76 1.38 0.19 0.41 0.72 0.43
O4' 1.57 1.30 1.49 1.39 0.61 1.51 0.41 0.84 0.71 1.19 1.01 0.38 1.62 1.51 1.69 1.53 0.78 0.22 0.14 0.19
O5' 1.69 0.96 1.79 1.84 0.11 1.85 0.24 1.08 0.35 0.99 0.46 0.50 1.38 2.01 2.39 1.61 0.53 0.10 0.45 0.11
O6 2.62 3.41 2.23 1.57 3.79 1.47 3.53 0.80 3.16 3.10 3.72 3.96 3.29 2.16 1.47 2.15 0.96 0.25 0.13 0.21
OP1 1.70 0.90 2.14 2.44 0.44 2.29 0.59 1.82 0.11 0.89 0.25 0.98 1.48 2.37 2.91 1.69 1.11 0.63 0.48 0.65
OP2 1.00 0.08 1.31 1.45 1.13 1.25 1.19 0.63 0.50 0.18 0.55 1.64 0.54 1.77 2.22 0.87 0.14 0.41 0.84 0.54
P 1.50 0.65 1.84 2.03 0.56 1.83 0.69 1.17 0.05 0.69 0.06 1.04 1.15 2.15 2.72 1.39 0.45 0.13 0.42 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.22 0.00 0.15 0.13 0.19 0.25
C2 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.19 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.06 0.19 0.16 0.19 0.32 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.15 0.10 0.02 0.02 0.05 0.13 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.09 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.00 0.46 0.01 0.45 0.19 0.12 0.34 0.24 0.01 0.00 0.02 0.27 0.17 0.19 0.11
C4 0.01 0.01 0.05 0.31 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.14 0.01 0.49 0.54 1.30 0.84
C4' 0.00 0.19 0.01 0.00 0.11 0.00 0.32 0.00 0.36 0.07 0.11 0.11 0.44 0.24 0.01 0.00 0.01 0.06 0.34 0.06
C5 0.00 0.00 0.10 0.46 0.00 0.32 0.00 0.47 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.19 0.15 0.92 0.95 1.76 1.31
C5' 0.05 0.43 0.15 0.01 0.07 0.00 0.47 0.00 0.52 0.02 0.32 0.08 0.87 0.08 0.15 0.00 0.01 0.25 0.34 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.45 0.00 0.36 0.00 0.52 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.21 0.92 0.87 1.47 1.20
N1 0.01 0.00 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.04 0.00 0.33 0.31 0.68 0.53
N3 0.02 0.00 0.02 0.12 0.00 0.11 0.00 0.32 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.04 0.14 0.12 0.18 0.67 0.32
N4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.18 0.01 0.52 0.60 1.47 0.91
O2 0.04 0.00 0.13 0.24 0.01 0.44 0.01 0.87 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.18 0.33 0.60 0.57 0.32 0.46
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.23 0.24 0.27 0.08 0.23 0.15 0.17 0.25 0.03 0.00 0.01 0.16 0.25 0.24 0.09 0.20
O3' 0.22 0.06 0.00 0.00 0.14 0.01 0.19 0.15 0.12 0.04 0.04 0.18 0.18 0.01 0.00 0.15 0.28 0.16 0.30 0.08
O4' 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.00 0.21 0.00 0.14 0.01 0.33 0.16 0.15 0.00 0.06 0.11 0.09 0.18
O5' 0.15 0.16 0.13 0.27 0.49 0.01 0.92 0.01 0.92 0.33 0.12 0.52 0.60 0.25 0.28 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.19 0.10 0.17 0.54 0.06 0.95 0.25 0.87 0.31 0.18 0.60 0.57 0.24 0.16 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.32 0.09 0.19 1.30 0.34 1.76 0.34 1.47 0.68 0.67 1.47 0.32 0.09 0.30 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.13 0.09 0.11 0.84 0.06 1.31 0.01 1.20 0.53 0.32 0.91 0.46 0.20 0.08 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00