ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49906

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.013, 0.034, 0.056, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.021, 0.045, 0.069, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.012, 0.039, 0.067, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C6 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.028, 0.061, 0.094, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.061 std_dev=0.033
C5 A 0, 0.039, 0.075, 0.110, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.075 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.029, 0.071, 0.113, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.042
N9 A 0, 0.042, 0.094, 0.145, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.094 std_dev=0.051
N2 A 0, 0.022, 0.074, 0.126, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.074 std_dev=0.052
O6 A 0, 0.072, 0.136, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.136 std_dev=0.064
N7 A 0, 0.079, 0.153, 0.227, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.153 std_dev=0.074
C8 A 0, 0.088, 0.172, 0.255, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.172 std_dev=0.084
OP2 B 0, 0.456, 0.815, 1.173, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.815 std_dev=0.358
P B 0, 0.439, 0.841, 1.243, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.841 std_dev=0.402
OP1 B 0, 0.363, 0.848, 1.333, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.848 std_dev=0.485
O4' A 0, 0.502, 1.038, 1.573, 1.538 max_d=1.538 avg_d=1.038 std_dev=0.535
C2' A 0, 0.433, 1.028, 1.623, 1.637 max_d=1.637 avg_d=1.028 std_dev=0.595
C3' A 0, 0.786, 1.538, 2.291, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.538 std_dev=0.752
C4' A 0, 0.950, 1.716, 2.481, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.716 std_dev=0.766
O2' A 0, 0.989, 1.899, 2.808, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.899 std_dev=0.910
O3' A 0, 1.063, 2.097, 3.132, 3.501 max_d=3.501 avg_d=2.097 std_dev=1.035
C5' A 0, 1.460, 2.644, 3.827, 3.946 max_d=3.946 avg_d=2.644 std_dev=1.184
O5' A 0, 1.343, 2.678, 4.012, 4.656 max_d=4.656 avg_d=2.678 std_dev=1.334
O5' B 0, 1.913, 3.314, 4.714, 4.361 max_d=4.361 avg_d=3.314 std_dev=1.401
P A 0, 1.632, 3.494, 5.357, 6.737 max_d=6.737 avg_d=3.494 std_dev=1.863
OP1 A 0, 1.381, 3.324, 5.267, 6.671 max_d=6.671 avg_d=3.324 std_dev=1.943
C5' B 0, 2.773, 4.806, 6.838, 6.313 max_d=6.313 avg_d=4.806 std_dev=2.033
OP2 A 0, 1.979, 4.014, 6.049, 7.432 max_d=7.432 avg_d=4.014 std_dev=2.035
C3' B 0, 3.869, 6.656, 9.444, 8.858 max_d=8.858 avg_d=6.656 std_dev=2.787
C4' B 0, 3.989, 6.804, 9.620, 8.582 max_d=8.582 avg_d=6.804 std_dev=2.815
O3' B 0, 4.472, 7.664, 10.856, 10.135 max_d=10.135 avg_d=7.664 std_dev=3.192
O4' B 0, 4.489, 7.708, 10.928, 9.628 max_d=9.628 avg_d=7.708 std_dev=3.220
C6 B 0, 4.822, 8.213, 11.605, 10.249 max_d=10.249 avg_d=8.213 std_dev=3.391
C2' B 0, 4.937, 8.457, 11.977, 11.144 max_d=11.144 avg_d=8.457 std_dev=3.520
C1' B 0, 5.298, 8.991, 12.685, 10.995 max_d=10.995 avg_d=8.991 std_dev=3.693
N1 B 0, 5.460, 9.258, 13.057, 11.301 max_d=11.301 avg_d=9.258 std_dev=3.799
C5 B 0, 5.474, 9.315, 13.155, 11.601 max_d=11.601 avg_d=9.315 std_dev=3.841
O2' B 0, 6.093, 10.366, 14.638, 12.936 max_d=12.936 avg_d=10.366 std_dev=4.273
C2 B 0, 6.649, 11.257, 15.865, 13.593 max_d=13.593 avg_d=11.257 std_dev=4.608
C4 B 0, 6.644, 11.259, 15.874, 13.766 max_d=13.766 avg_d=11.259 std_dev=4.615
N3 B 0, 7.152, 12.105, 17.059, 14.638 max_d=14.638 avg_d=12.105 std_dev=4.954
O2 B 0, 7.397, 12.516, 17.636, 15.018 max_d=15.018 avg_d=12.516 std_dev=5.119
N4 B 0, 7.476, 12.667, 17.857, 15.462 max_d=15.462 avg_d=12.667 std_dev=5.190

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.08 0.07 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.01 0.37 0.01 0.29 0.08 0.37 0.52 0.35
C2 0.08 0.00 0.31 0.19 0.02 0.09 0.02 0.26 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.52 0.64 0.16 0.82 0.05 1.04 1.18 1.09
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.15 0.03 0.07 0.22 0.13 0.16 0.23 0.38 0.30 0.09 0.02 0.01 0.05 0.04 0.25 0.10 0.22 0.51 0.22
C3' 0.04 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.23 0.03 0.21 0.40 0.17 0.27 0.19 0.38 0.18 0.04 0.02 0.03 0.29 0.25 0.31 0.44 0.19
C4 0.05 0.02 0.15 0.13 0.00 0.08 0.02 0.28 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.33 0.39 0.10 0.77 0.05 0.95 1.16 1.03
C4' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.15 0.25 0.10 0.14 0.10 0.25 0.11 0.20 0.04 0.01 0.02 0.19 0.30 0.26 0.10
C5 0.05 0.02 0.07 0.23 0.02 0.16 0.00 0.40 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.37 0.26 0.07 0.93 0.04 1.24 1.48 1.31
C5' 0.08 0.26 0.22 0.03 0.28 0.01 0.40 0.00 0.41 0.39 0.35 0.22 0.20 0.46 0.24 0.08 0.20 0.04 0.01 0.47 0.35 0.21 0.03
C6 0.07 0.03 0.13 0.21 0.03 0.15 0.02 0.41 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.42 0.33 0.09 1.00 0.02 1.40 1.59 1.44
C8 0.03 0.02 0.16 0.40 0.02 0.25 0.01 0.39 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.34 0.31 0.09 0.77 0.06 0.99 1.28 1.06
N1 0.07 0.01 0.23 0.17 0.02 0.10 0.02 0.35 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.47 0.49 0.14 0.96 0.03 1.29 1.43 1.33
N2 0.10 0.01 0.38 0.27 0.02 0.14 0.02 0.22 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.63 0.79 0.19 0.78 0.06 0.99 1.08 1.02
N3 0.08 0.01 0.30 0.19 0.01 0.10 0.03 0.20 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.48 0.64 0.16 0.70 0.06 0.84 1.00 0.91
N7 0.03 0.02 0.09 0.38 0.02 0.25 0.01 0.46 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.38 0.27 0.06 0.93 0.06 1.28 1.58 1.34
N9 0.01 0.03 0.02 0.18 0.02 0.11 0.03 0.24 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.21 0.24 0.03 0.64 0.07 0.75 0.98 0.82
O2' 0.01 0.52 0.01 0.04 0.33 0.20 0.37 0.08 0.42 0.34 0.47 0.63 0.48 0.38 0.21 0.00 0.06 0.17 0.17 0.45 0.34 0.49 0.16
O3' 0.37 0.64 0.05 0.02 0.39 0.04 0.26 0.20 0.33 0.31 0.49 0.79 0.64 0.27 0.24 0.06 0.00 0.24 0.24 0.29 0.55 0.41 0.21
O4' 0.01 0.16 0.04 0.03 0.10 0.01 0.07 0.04 0.09 0.09 0.14 0.19 0.16 0.06 0.03 0.17 0.24 0.00 0.41 0.10 0.43 0.30 0.29
O5' 0.29 0.82 0.25 0.29 0.77 0.02 0.93 0.01 1.00 0.77 0.96 0.78 0.70 0.93 0.64 0.17 0.24 0.41 0.00 1.07 0.03 0.03 0.02
O6 0.08 0.05 0.10 0.25 0.05 0.19 0.04 0.47 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.07 0.45 0.29 0.10 1.07 0.00 1.58 1.75 1.59
OP1 0.37 1.04 0.22 0.31 0.95 0.30 1.24 0.35 1.40 0.99 1.29 0.99 0.84 1.28 0.75 0.34 0.55 0.43 0.03 1.58 0.00 0.03 0.02
OP2 0.52 1.18 0.51 0.44 1.16 0.26 1.48 0.21 1.59 1.28 1.43 1.08 1.00 1.58 0.98 0.49 0.41 0.30 0.03 1.75 0.03 0.00 0.02
P 0.35 1.09 0.22 0.19 1.03 0.10 1.31 0.03 1.44 1.06 1.33 1.02 0.91 1.34 0.82 0.16 0.21 0.29 0.02 1.59 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.92 0.94 0.67 0.43 0.96 0.70 0.96 0.63 0.96 0.96 0.94 1.02 0.92 0.67 0.28 1.06 0.59 0.17 0.14 0.29
C2 1.27 1.74 0.72 0.44 1.75 0.83 1.42 0.74 1.30 1.45 1.90 1.83 1.78 0.71 0.48 1.43 0.59 0.16 0.19 0.28
C2' 0.47 0.67 0.36 0.34 1.02 0.41 0.93 0.45 0.70 0.60 0.87 1.30 0.59 0.32 0.46 0.60 0.53 0.38 0.37 0.41
C3' 0.25 0.44 0.29 0.34 0.79 0.27 0.76 0.34 0.54 0.40 0.62 1.00 0.34 0.36 0.62 0.27 0.29 0.49 0.46 0.43
C4 1.17 1.44 0.67 0.39 1.35 0.81 1.16 0.73 1.13 1.28 1.47 1.32 1.47 0.64 0.31 1.36 0.61 0.16 0.20 0.30
C4' 0.86 0.74 0.89 0.66 0.71 0.66 0.80 0.50 0.85 0.83 0.67 0.72 0.74 0.94 0.67 0.85 0.39 0.22 0.19 0.19
C5 1.22 1.52 0.70 0.49 1.26 0.86 1.01 0.78 1.01 1.29 1.50 1.20 1.63 0.67 0.55 1.45 0.61 0.19 0.24 0.28
C5' 1.03 0.81 1.15 0.94 0.62 0.86 0.72 0.68 0.88 0.92 0.66 0.54 0.86 1.20 0.92 0.95 0.53 0.30 0.26 0.32
C6 1.29 1.74 0.77 0.60 1.43 0.90 1.08 0.81 1.06 1.38 1.75 1.39 1.92 0.76 0.78 1.51 0.59 0.21 0.25 0.27
C8 0.99 1.02 0.64 0.42 0.85 0.78 0.75 0.71 0.77 0.96 0.94 0.88 1.10 0.60 0.26 1.21 0.63 0.16 0.22 0.30
N1 1.31 1.82 0.77 0.55 1.67 0.87 1.29 0.78 1.21 1.46 1.95 1.70 1.95 0.76 0.70 1.49 0.59 0.19 0.22 0.27
N2 1.28 1.78 0.73 0.43 1.88 0.82 1.54 0.73 1.36 1.48 1.99 2.05 1.81 0.73 0.48 1.42 0.59 0.15 0.17 0.28
N3 1.20 1.54 0.69 0.37 1.59 0.80 1.37 0.72 1.27 1.36 1.66 1.63 1.55 0.67 0.30 1.36 0.60 0.16 0.18 0.30
N7 1.11 1.25 0.68 0.50 0.94 0.86 0.77 0.79 0.79 1.09 1.14 0.90 1.39 0.64 0.52 1.38 0.62 0.19 0.28 0.28
N9 1.03 1.13 0.65 0.38 1.05 0.76 0.96 0.68 0.98 1.08 1.11 1.06 1.16 0.62 0.16 1.22 0.62 0.16 0.18 0.30
O2' 0.46 0.66 0.33 0.40 1.08 0.54 0.95 0.67 0.68 0.57 0.90 1.43 0.57 0.31 0.55 0.66 0.74 0.64 0.62 0.69
O3' 0.28 0.52 0.32 0.43 0.88 0.39 0.87 0.52 0.64 0.47 0.70 1.07 0.41 0.45 0.75 0.22 0.42 0.80 0.73 0.71
O4' 1.29 1.17 1.16 0.87 1.04 1.03 1.17 0.85 1.29 1.27 1.05 0.92 1.16 1.18 0.66 1.34 0.76 0.33 0.33 0.44
O5' 0.94 0.66 1.06 0.96 0.42 0.88 0.53 0.77 0.72 0.78 0.49 0.35 0.72 1.13 1.01 0.89 0.63 0.59 0.54 0.60
O6 1.29 1.74 0.85 0.74 1.32 0.94 0.96 0.84 0.96 1.34 1.70 1.27 2.04 0.85 1.01 1.53 0.57 0.25 0.29 0.27
OP1 0.90 0.77 1.07 1.00 0.49 0.87 0.48 0.84 0.62 0.76 0.63 0.38 0.88 1.17 1.16 0.79 0.75 1.02 0.78 0.88
OP2 0.59 0.42 0.80 0.74 0.32 0.67 0.32 0.72 0.34 0.41 0.34 0.42 0.53 0.98 0.97 0.47 0.73 1.03 0.88 0.91
P 0.77 0.54 0.94 0.88 0.24 0.77 0.31 0.72 0.48 0.59 0.37 0.12 0.65 1.07 1.09 0.67 0.60 0.84 0.66 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.04 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.07 0.18 0.08 0.07
C2 0.05 0.00 0.15 0.18 0.02 0.10 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.15 0.16 0.21 0.10 0.21 0.28 0.20
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.11 0.04 0.14 0.07 0.21 0.01 0.04 0.01 0.06 0.36 0.16 0.15
C3' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.33 0.01 0.36 0.01 0.30 0.18 0.26 0.35 0.10 0.02 0.02 0.01 0.11 0.40 0.22 0.20
C4 0.03 0.02 0.07 0.33 0.00 0.19 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.36 0.09 0.43 0.60 0.74 0.65
C4' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.19 0.00 0.32 0.01 0.32 0.09 0.10 0.20 0.25 0.12 0.06 0.01 0.02 0.22 0.10 0.05
C5 0.07 0.02 0.08 0.36 0.01 0.32 0.00 0.53 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.16 0.40 0.15 0.62 0.76 0.87 0.83
C5' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.35 0.01 0.53 0.00 0.50 0.17 0.20 0.39 0.30 0.10 0.04 0.02 0.02 0.13 0.12 0.03
C6 0.07 0.02 0.11 0.30 0.01 0.32 0.01 0.50 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.18 0.31 0.19 0.54 0.55 0.62 0.66
N1 0.02 0.01 0.04 0.18 0.02 0.09 0.03 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.16 0.03 0.18 0.22 0.30 0.29
N3 0.04 0.01 0.14 0.26 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.15 0.26 0.17 0.23 0.36 0.49 0.38
N4 0.03 0.04 0.07 0.35 0.01 0.20 0.02 0.39 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.15 0.41 0.09 0.50 0.74 0.89 0.76
O2 0.09 0.01 0.21 0.10 0.03 0.25 0.03 0.30 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.24 0.06 0.34 0.19 0.27 0.12 0.09
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.13 0.12 0.16 0.10 0.18 0.08 0.15 0.15 0.24 0.00 0.09 0.12 0.09 0.37 0.20 0.15
O3' 0.06 0.16 0.04 0.02 0.36 0.06 0.40 0.04 0.31 0.16 0.26 0.41 0.06 0.09 0.00 0.06 0.21 0.49 0.33 0.26
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.19 0.03 0.17 0.09 0.34 0.12 0.06 0.00 0.16 0.14 0.16 0.12
O5' 0.07 0.10 0.06 0.11 0.43 0.02 0.62 0.02 0.54 0.18 0.23 0.50 0.19 0.09 0.21 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.18 0.21 0.36 0.40 0.60 0.22 0.76 0.13 0.55 0.22 0.36 0.74 0.27 0.37 0.49 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.28 0.16 0.22 0.74 0.10 0.87 0.12 0.62 0.30 0.49 0.89 0.12 0.20 0.33 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.20 0.15 0.20 0.65 0.05 0.83 0.03 0.66 0.29 0.38 0.76 0.09 0.15 0.26 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00