ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49907

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C4' A 0, 0.063, 0.163, 0.262, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.163 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.031, 0.152, 0.273, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.152 std_dev=0.121
C3' A 0, 0.100, 0.231, 0.363, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.231 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.027, 0.161, 0.296, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.161 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.142, 0.339, 0.537, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.339 std_dev=0.197
P B 0, 0.158, 0.367, 0.576, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.367 std_dev=0.209
O2' A 0, 0.134, 0.358, 0.582, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.358 std_dev=0.224
O5' A 0, 0.185, 0.410, 0.635, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.410 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.249, 0.518, 0.787, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.518 std_dev=0.269
P A 0, 0.233, 0.508, 0.783, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.508 std_dev=0.275
OP2 A 0, 0.248, 0.537, 0.827, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.537 std_dev=0.290
O3' A 0, 0.025, 0.317, 0.609, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.317 std_dev=0.292
OP1 A 0, 0.284, 0.581, 0.878, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.581 std_dev=0.297
O5' B 0, 0.211, 0.540, 0.870, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.540 std_dev=0.329
OP2 B 0, 0.099, 0.465, 0.832, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.465 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.430, 0.892, 1.354, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.892 std_dev=0.462
C5 B 0, 0.448, 0.913, 1.377, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.913 std_dev=0.465
N4 B 0, 0.402, 0.878, 1.354, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.878 std_dev=0.476
C2 B 0, 0.458, 0.937, 1.415, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.937 std_dev=0.478
N3 B 0, 0.427, 0.906, 1.384, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.906 std_dev=0.479
N1 B 0, 0.478, 0.965, 1.451, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.965 std_dev=0.487
C6 B 0, 0.467, 0.958, 1.449, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.958 std_dev=0.491
O2 B 0, 0.467, 0.973, 1.480, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.973 std_dev=0.506
O4' B 0, 0.433, 0.952, 1.470, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.952 std_dev=0.519
C1' B 0, 0.493, 1.016, 1.538, 1.452 max_d=1.452 avg_d=1.016 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.531, 1.097, 1.663, 1.522 max_d=1.522 avg_d=1.097 std_dev=0.566
C3' B 0, 0.497, 1.096, 1.696, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.096 std_dev=0.599
O2' B 0, 0.581, 1.193, 1.806, 1.625 max_d=1.625 avg_d=1.193 std_dev=0.612
C4' B 0, 0.392, 1.026, 1.660, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.026 std_dev=0.634
O3' B 0, 0.513, 1.166, 1.819, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.166 std_dev=0.653
C5' B 0, 0.225, 0.981, 1.736, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.981 std_dev=0.755

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.22 0.06 0.07 0.01 0.08 0.06 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.06 0.08
C3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.18 0.03 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.02 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06
C5' 0.03 0.05 0.10 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.07 0.10 0.05 0.05 0.04 0.10 0.06 0.03 0.10 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.03 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07
C8 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.03 0.08 0.01 0.06 0.07 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.20 0.05 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05
N2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.24 0.07 0.10 0.02 0.09 0.09 0.06
N3 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.22 0.05 0.07 0.02 0.07 0.05 0.03
N7 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.10 0.01 0.09 0.01 0.07 0.08 0.09
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.08 0.09 0.03 0.07 0.16 0.04 0.15 0.09 0.16 0.06 0.00 0.03 0.03 0.05 0.10 0.07 0.10 0.06
O3' 0.15 0.22 0.02 0.01 0.18 0.01 0.15 0.10 0.17 0.08 0.20 0.24 0.22 0.10 0.13 0.03 0.00 0.10 0.07 0.16 0.12 0.08 0.09
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04
O5' 0.02 0.07 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.09 0.03 0.05 0.07 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.03 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08
OP1 0.03 0.08 0.10 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.05 0.07 0.12 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.03 0.10 0.08 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.08 0.07 0.04 0.06 0.06 0.01 0.07 0.09 0.05 0.06 0.03 0.09 0.05 0.06 0.09 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.13 0.13 0.14 0.19 0.13 0.27 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.16 0.14 0.17 0.04 0.30 0.11 0.09
C2 0.13 0.11 0.12 0.14 0.04 0.08 0.04 0.08 0.08 0.11 0.07 0.06 0.13 0.14 0.14 0.13 0.11 0.24 0.19 0.10
C2' 0.23 0.19 0.17 0.18 0.19 0.34 0.21 0.45 0.22 0.21 0.19 0.20 0.19 0.24 0.19 0.27 0.14 0.44 0.16 0.22
C3' 0.15 0.13 0.13 0.13 0.16 0.23 0.18 0.36 0.17 0.15 0.14 0.18 0.12 0.15 0.15 0.18 0.12 0.32 0.12 0.13
C4 0.14 0.12 0.11 0.12 0.09 0.11 0.07 0.12 0.09 0.12 0.10 0.10 0.14 0.16 0.13 0.14 0.10 0.27 0.18 0.10
C4' 0.18 0.17 0.16 0.17 0.18 0.25 0.19 0.37 0.20 0.18 0.17 0.18 0.16 0.18 0.18 0.21 0.12 0.29 0.16 0.14
C5 0.15 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.08 0.10 0.10 0.13 0.12 0.11 0.16 0.18 0.13 0.15 0.17 0.28 0.23 0.14
C5' 0.20 0.17 0.17 0.20 0.18 0.32 0.22 0.48 0.22 0.19 0.16 0.18 0.16 0.20 0.20 0.25 0.11 0.32 0.26 0.19
C6 0.15 0.12 0.11 0.14 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.10 0.10 0.15 0.18 0.14 0.14 0.21 0.27 0.25 0.17
C8 0.18 0.16 0.12 0.11 0.16 0.19 0.15 0.20 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.20 0.12 0.20 0.12 0.33 0.19 0.12
N1 0.14 0.11 0.12 0.14 0.05 0.08 0.04 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.14 0.16 0.14 0.13 0.17 0.25 0.22 0.13
N2 0.14 0.12 0.14 0.16 0.06 0.08 0.07 0.08 0.11 0.13 0.08 0.05 0.14 0.14 0.15 0.14 0.09 0.23 0.18 0.09
N3 0.13 0.11 0.12 0.13 0.06 0.09 0.05 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08 0.13 0.14 0.13 0.13 0.07 0.26 0.17 0.08
N7 0.18 0.16 0.12 0.11 0.15 0.15 0.14 0.12 0.14 0.16 0.15 0.16 0.18 0.21 0.12 0.19 0.20 0.32 0.25 0.18
N9 0.15 0.14 0.11 0.12 0.12 0.16 0.11 0.20 0.12 0.14 0.13 0.14 0.15 0.17 0.12 0.16 0.07 0.30 0.15 0.09
O2' 0.24 0.17 0.19 0.23 0.14 0.40 0.16 0.52 0.19 0.19 0.14 0.14 0.17 0.28 0.26 0.30 0.24 0.55 0.26 0.31
O3' 0.15 0.14 0.14 0.14 0.16 0.22 0.18 0.35 0.17 0.15 0.15 0.18 0.13 0.14 0.16 0.18 0.12 0.34 0.12 0.13
O4' 0.17 0.15 0.17 0.18 0.14 0.19 0.15 0.26 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.18 0.19 0.18 0.14 0.25 0.17 0.13
O5' 0.22 0.20 0.19 0.21 0.20 0.30 0.23 0.45 0.23 0.21 0.19 0.19 0.19 0.21 0.21 0.24 0.13 0.27 0.28 0.19
O6 0.16 0.14 0.12 0.14 0.11 0.10 0.09 0.15 0.10 0.14 0.12 0.12 0.17 0.21 0.15 0.15 0.27 0.29 0.28 0.21
OP1 0.09 0.12 0.11 0.11 0.17 0.21 0.15 0.40 0.12 0.10 0.15 0.22 0.11 0.11 0.11 0.11 0.35 0.33 0.40 0.31
OP2 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.18 0.12 0.33 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.12 0.12 0.25 0.25 0.34 0.25
P 0.13 0.12 0.12 0.14 0.15 0.23 0.16 0.41 0.15 0.13 0.13 0.17 0.11 0.12 0.15 0.16 0.23 0.27 0.33 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.22 0.20 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.23 0.20 0.26 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.22 0.30 0.13 0.14
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.08 0.08 0.10 0.01 0.00 0.02 0.33 0.39 0.11 0.21
C4 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.28 0.18 0.27 0.18
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.09 0.13 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.26 0.21 0.02
C5 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.06 0.26 0.19 0.25 0.17
C5' 0.04 0.16 0.02 0.01 0.28 0.01 0.29 0.00 0.25 0.16 0.22 0.30 0.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.38 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06 0.23 0.20 0.24 0.15
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.21 0.21 0.24 0.14
N3 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.26 0.18 0.28 0.17
N4 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06 0.29 0.18 0.28 0.19
O2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.02 0.21 0.21 0.26 0.14
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.02 0.06 0.06 0.20 0.13 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.08 0.09 0.11 0.02 0.00 0.01 0.29 0.40 0.09 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.21 0.22 0.10
O5' 0.12 0.23 0.22 0.33 0.28 0.01 0.26 0.01 0.23 0.21 0.26 0.29 0.21 0.06 0.29 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.22 0.20 0.30 0.39 0.18 0.26 0.19 0.38 0.20 0.21 0.18 0.18 0.21 0.20 0.40 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.20 0.26 0.13 0.11 0.27 0.21 0.25 0.29 0.24 0.24 0.28 0.28 0.26 0.13 0.09 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.14 0.21 0.18 0.02 0.17 0.02 0.15 0.14 0.17 0.19 0.14 0.06 0.21 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00