ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49908

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.030, 0.210, 0.390, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.210 std_dev=0.180
C2' A 0, 0.007, 0.209, 0.410, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.209 std_dev=0.201
C4' A 0, 0.031, 0.272, 0.513, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.272 std_dev=0.241
O3' A 0, 0.010, 0.276, 0.543, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.276 std_dev=0.267
O5' A 0, 0.145, 0.416, 0.687, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.416 std_dev=0.271
C3' A 0, -0.033, 0.248, 0.528, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.248 std_dev=0.280
O2' A 0, 0.050, 0.354, 0.659, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.354 std_dev=0.304
OP1 B 0, 0.038, 0.493, 0.949, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.493 std_dev=0.455
P A 0, 0.318, 0.798, 1.278, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.798 std_dev=0.480
C5' A 0, 0.014, 0.524, 1.034, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.524 std_dev=0.510
OP2 B 0, -0.006, 0.519, 1.043, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.519 std_dev=0.524
P B 0, 0.040, 0.576, 1.111, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.576 std_dev=0.536
OP2 A 0, 0.355, 0.944, 1.533, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.944 std_dev=0.589
O5' B 0, 0.141, 0.774, 1.408, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.774 std_dev=0.634
C5' B 0, 0.267, 0.908, 1.549, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.908 std_dev=0.641
OP1 A 0, 0.422, 1.088, 1.755, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.088 std_dev=0.667
C3' B 0, 0.324, 1.013, 1.702, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.013 std_dev=0.689
C4' B 0, 0.328, 1.024, 1.720, 1.950 max_d=1.950 avg_d=1.024 std_dev=0.696
O3' B 0, 0.366, 1.063, 1.760, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.063 std_dev=0.697
O4' B 0, 0.341, 1.084, 1.827, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.084 std_dev=0.743
C2' B 0, 0.380, 1.140, 1.901, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.140 std_dev=0.761
N1 B 0, 0.329, 1.108, 1.886, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.108 std_dev=0.779
C1' B 0, 0.356, 1.135, 1.915, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.135 std_dev=0.779
C2 B 0, 0.298, 1.088, 1.878, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.088 std_dev=0.790
C6 B 0, 0.350, 1.148, 1.946, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.148 std_dev=0.798
O2 B 0, 0.285, 1.086, 1.886, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.086 std_dev=0.801
N3 B 0, 0.288, 1.099, 1.909, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.099 std_dev=0.811
O2' B 0, 0.465, 1.285, 2.105, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.285 std_dev=0.820
C5 B 0, 0.335, 1.168, 2.000, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.168 std_dev=0.833
C4 B 0, 0.302, 1.139, 1.975, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.139 std_dev=0.836
N4 B 0, 0.293, 1.182, 2.070, 2.501 max_d=2.501 avg_d=1.182 std_dev=0.888

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.21 0.01 0.22 0.33 0.13
C2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.16 0.11 0.32 0.00 0.32 0.27 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.29 0.25 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.01 0.34 0.19 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.07 0.32 0.01 0.27 0.29 0.14
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.30 0.30 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.05 0.33 0.01 0.28 0.26 0.13
C5' 0.02 0.18 0.03 0.04 0.15 0.00 0.18 0.00 0.21 0.11 0.21 0.18 0.15 0.16 0.10 0.02 0.05 0.01 0.00 0.21 0.40 0.30 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.11 0.07 0.35 0.00 0.30 0.25 0.13
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.30 0.01 0.21 0.29 0.13
N1 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.14 0.10 0.34 0.00 0.32 0.25 0.14
N2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.13 0.31 0.01 0.33 0.26 0.15
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.15 0.10 0.31 0.01 0.29 0.29 0.14
N7 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.32 0.01 0.24 0.26 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.29 0.01 0.23 0.31 0.14
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.12 0.03 0.13 0.02 0.16 0.02 0.19 0.20 0.16 0.07 0.05 0.00 0.04 0.04 0.10 0.17 0.31 0.19 0.05
O3' 0.06 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.11 0.04 0.14 0.19 0.15 0.05 0.06 0.04 0.00 0.05 0.29 0.11 0.33 0.15 0.13
O4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.10 0.13 0.10 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.34 0.06 0.18 0.36 0.19
O5' 0.21 0.32 0.04 0.23 0.32 0.01 0.33 0.00 0.35 0.30 0.34 0.31 0.31 0.32 0.29 0.10 0.29 0.34 0.00 0.35 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.11 0.06 0.35 0.00 0.30 0.24 0.13
OP1 0.22 0.32 0.29 0.34 0.27 0.30 0.28 0.40 0.30 0.21 0.32 0.33 0.29 0.24 0.23 0.31 0.33 0.18 0.02 0.30 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.27 0.25 0.19 0.29 0.30 0.26 0.30 0.25 0.29 0.25 0.26 0.29 0.26 0.31 0.19 0.15 0.36 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.14 0.03 0.09 0.14 0.05 0.13 0.01 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.12 0.14 0.05 0.13 0.19 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.16 0.15 0.11 0.07 0.14 0.05 0.09 0.03 0.07 0.15 0.13 0.18 0.22 0.07 0.06 0.04 0.25 0.07
C2 0.12 0.18 0.11 0.10 0.34 0.10 0.36 0.13 0.28 0.19 0.25 0.41 0.13 0.11 0.15 0.13 0.19 0.20 0.16 0.10
C2' 0.03 0.06 0.07 0.07 0.15 0.03 0.18 0.08 0.14 0.06 0.09 0.18 0.07 0.09 0.14 0.05 0.09 0.10 0.24 0.08
C3' 0.06 0.10 0.01 0.02 0.20 0.08 0.24 0.14 0.20 0.12 0.15 0.23 0.08 0.05 0.06 0.09 0.17 0.08 0.14 0.04
C4 0.09 0.11 0.12 0.11 0.23 0.07 0.26 0.10 0.20 0.12 0.16 0.29 0.09 0.13 0.18 0.10 0.13 0.17 0.20 0.05
C4' 0.03 0.08 0.08 0.06 0.19 0.04 0.22 0.10 0.17 0.07 0.13 0.22 0.11 0.14 0.15 0.05 0.17 0.06 0.09 0.05
C5 0.12 0.16 0.12 0.12 0.27 0.09 0.29 0.12 0.23 0.16 0.21 0.33 0.13 0.11 0.16 0.12 0.14 0.24 0.20 0.09
C5' 0.03 0.13 0.06 0.05 0.27 0.05 0.31 0.09 0.24 0.13 0.20 0.32 0.09 0.14 0.19 0.05 0.21 0.06 0.05 0.11
C6 0.15 0.21 0.12 0.11 0.35 0.11 0.36 0.14 0.28 0.21 0.28 0.41 0.17 0.11 0.15 0.15 0.17 0.27 0.16 0.12
C8 0.10 0.11 0.16 0.16 0.14 0.07 0.16 0.06 0.12 0.09 0.12 0.18 0.13 0.14 0.21 0.08 0.06 0.15 0.29 0.05
N1 0.15 0.22 0.12 0.11 0.37 0.11 0.38 0.15 0.30 0.22 0.29 0.44 0.17 0.11 0.14 0.15 0.19 0.25 0.15 0.12
N2 0.14 0.20 0.11 0.11 0.37 0.11 0.39 0.15 0.30 0.21 0.28 0.45 0.14 0.12 0.14 0.14 0.20 0.19 0.14 0.10
N3 0.09 0.12 0.11 0.10 0.27 0.08 0.29 0.11 0.22 0.13 0.18 0.33 0.08 0.13 0.17 0.10 0.15 0.15 0.18 0.06
N7 0.11 0.14 0.13 0.13 0.22 0.08 0.24 0.10 0.19 0.14 0.18 0.26 0.14 0.11 0.18 0.11 0.10 0.25 0.24 0.07
N9 0.08 0.08 0.14 0.14 0.15 0.06 0.18 0.06 0.13 0.07 0.11 0.20 0.11 0.15 0.21 0.07 0.08 0.10 0.25 0.03
O2' 0.02 0.06 0.05 0.05 0.13 0.04 0.16 0.08 0.12 0.05 0.09 0.16 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.13 0.30 0.12
O3' 0.08 0.11 0.04 0.05 0.20 0.11 0.23 0.16 0.20 0.13 0.15 0.22 0.10 0.05 0.03 0.11 0.17 0.09 0.15 0.04
O4' 0.14 0.10 0.21 0.19 0.07 0.12 0.10 0.05 0.05 0.06 0.07 0.12 0.18 0.24 0.27 0.11 0.06 0.09 0.22 0.08
O5' 0.08 0.21 0.11 0.07 0.20 0.12 0.15 0.17 0.12 0.14 0.23 0.22 0.23 0.04 0.01 0.06 0.11 0.22 0.33 0.17
O6 0.17 0.25 0.13 0.12 0.38 0.12 0.38 0.14 0.30 0.23 0.31 0.45 0.21 0.11 0.14 0.17 0.17 0.31 0.15 0.14
OP1 0.08 0.15 0.16 0.07 0.09 0.15 0.18 0.30 0.16 0.07 0.11 0.10 0.27 0.23 0.02 0.09 0.39 0.29 0.24 0.33
OP2 0.02 0.07 0.03 0.02 0.07 0.02 0.09 0.04 0.08 0.04 0.07 0.08 0.11 0.02 0.02 0.02 0.05 0.28 0.17 0.13
P 0.03 0.09 0.07 0.01 0.02 0.07 0.06 0.13 0.06 0.03 0.08 0.01 0.16 0.08 0.00 0.03 0.14 0.10 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.17 0.09
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.10 0.13 0.31 0.19
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.02 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.15 0.28 0.40 0.28
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.15 0.29 0.40 0.28
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.12 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.12 0.19 0.31 0.22
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.10 0.27 0.17
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.13 0.21 0.37 0.24
N4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.16 0.34 0.43 0.30
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.08 0.09 0.28 0.16
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.03 0.14 0.08 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.24 0.09 0.09
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.07 0.13 0.06
O5' 0.02 0.10 0.03 0.03 0.15 0.01 0.15 0.01 0.12 0.08 0.13 0.16 0.08 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.13 0.11 0.15 0.28 0.13 0.29 0.12 0.19 0.10 0.21 0.34 0.09 0.14 0.24 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.31 0.07 0.02 0.40 0.04 0.40 0.01 0.31 0.27 0.37 0.43 0.28 0.08 0.09 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.19 0.03 0.04 0.28 0.01 0.28 0.01 0.22 0.17 0.24 0.30 0.16 0.03 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00