ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49912

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N2 A 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C5 B 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C6 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
N4 B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4 B 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
N1 B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
O5' B 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.150
C5' B 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C4' B 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C2' B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
P B 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
OP1 B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C3' B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
O3' A 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O3' B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
OP2 B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C5' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O2 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
P A 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
OP1 A 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
OP2 A 0, 0.000, 0.344, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.344 std_dev=0.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.02
C2 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.05 0.11 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00
C4 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.06 0.14 0.07
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.14 0.08 0.12 0.06 0.08 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.04 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.04 0.00 0.09 0.18 0.10
C8 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.09 0.16 0.08
N2 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.02
N3 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.03
N7 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.14 0.08
N9 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.07 0.07 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.00 0.04
O5' 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.00 0.12 0.21 0.12
OP1 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.09 0.01 0.09 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.02 0.00
OP2 0.02 0.11 0.03 0.03 0.09 0.02 0.14 0.02 0.18 0.10 0.16 0.07 0.08 0.14 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.21 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.10 0.04 0.08 0.02 0.03 0.08 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.09 0.12 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01
C2 0.03 0.04 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01
C2' 0.03 0.02 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.11 0.02 0.01 0.05 0.06 0.04
C3' 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.08 0.01 0.01 0.08 0.08 0.06
C4 0.05 0.06 0.08 0.10 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.05 0.04 0.02 0.08 0.11 0.13 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04
C4' 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.00 0.02 0.09 0.08 0.06
C5 0.08 0.08 0.10 0.11 0.04 0.10 0.04 0.09 0.06 0.07 0.06 0.03 0.10 0.13 0.14 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07
C5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.03
C6 0.07 0.08 0.10 0.11 0.04 0.09 0.03 0.09 0.05 0.06 0.05 0.02 0.10 0.13 0.13 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06
C8 0.08 0.08 0.11 0.13 0.04 0.11 0.04 0.11 0.07 0.07 0.06 0.03 0.10 0.14 0.16 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07
N1 0.06 0.06 0.08 0.09 0.03 0.07 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.09 0.11 0.12 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05
N2 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N3 0.04 0.04 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.09 0.11 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01
N7 0.10 0.10 0.12 0.14 0.06 0.12 0.05 0.12 0.08 0.08 0.07 0.04 0.12 0.15 0.16 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09
N9 0.05 0.05 0.08 0.10 0.02 0.07 0.02 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.07 0.11 0.13 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04
O2' 0.03 0.01 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.10 0.13 0.01 0.02 0.10 0.12 0.09
O3' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.14 0.14 0.11
O4' 0.04 0.04 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.09 0.11 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.09 0.06 0.05
O6 0.07 0.07 0.09 0.10 0.03 0.09 0.02 0.09 0.04 0.05 0.05 0.02 0.10 0.13 0.13 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06
OP1 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.06 0.12 0.10 0.10 0.16 0.12 0.12
OP2 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
P 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03
C4 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00
C4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C5 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00
N4 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
O2 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02
O2' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04
O5' 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00