ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N4 B 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2' A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C3' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 B 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 B 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 B 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
OP1 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O5' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 B 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
P B 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5' B 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
OP1 B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
P A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O3' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C3' B 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' B 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O5' B 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
OP2 B 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4' B 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N3 B 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2 B 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
OP2 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O2' B 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O4' B 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O3' B 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O2 B 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C8 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
N7 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02
OP1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01
C2 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01
C5 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
C6 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
N2 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
N3 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00
O2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00
O3' 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01
O4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
O5' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O6 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP1 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02
OP2 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01
P 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
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