ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49923

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 4, 7, 24, 21, 4, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.014, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.016, 0.029, 0.041, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.018, 0.041, 0.063, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.041 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.035 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.117, 0.174, 0.230, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.174 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.153, 0.225, 0.298, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.225 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.350, 0.452, 0.553, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.452 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.331, 0.457, 0.583, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.457 std_dev=0.126
OP2 B 0, 0.491, 0.651, 0.812, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.651 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.581, 0.744, 0.907, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.744 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.429, 0.604, 0.779, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.604 std_dev=0.175
P A 0, 0.523, 0.703, 0.883, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.703 std_dev=0.180
P B 0, 0.465, 0.655, 0.846, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.655 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.156, 0.347, 0.538, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.347 std_dev=0.191
OP2 A 0, 0.487, 0.689, 0.890, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.689 std_dev=0.201
N6 B 0, 0.581, 0.786, 0.990, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.786 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.536, 0.741, 0.946, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.741 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.868, 1.075, 1.282, 1.337 max_d=1.337 avg_d=1.075 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.543, 0.750, 0.958, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.750 std_dev=0.208
N7 B 0, 0.553, 0.772, 0.991, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.772 std_dev=0.219
C8 B 0, 0.610, 0.846, 1.081, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.846 std_dev=0.235
C6 B 0, 0.580, 0.818, 1.055, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.818 std_dev=0.237
C5' B 0, 0.631, 0.872, 1.112, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.872 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.567, 0.808, 1.050, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.808 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.659, 0.926, 1.193, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.926 std_dev=0.267
N1 B 0, 0.627, 0.906, 1.185, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.906 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.742, 1.025, 1.308, 1.743 max_d=1.743 avg_d=1.025 std_dev=0.283
C4' B 0, 0.722, 1.006, 1.290, 1.682 max_d=1.682 avg_d=1.006 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.738, 1.024, 1.309, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.024 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.609, 0.894, 1.180, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.894 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.760, 1.056, 1.352, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.056 std_dev=0.296
C3' B 0, 0.748, 1.047, 1.346, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.047 std_dev=0.299
OP1 A 0, 1.012, 1.320, 1.629, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.320 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.645, 0.973, 1.301, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.973 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.632, 0.973, 1.315, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.973 std_dev=0.341
O2' B 0, 0.843, 1.197, 1.551, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.197 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.834, 1.213, 1.593, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.213 std_dev=0.380

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.15 0.12 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.08 0.13 0.01 0.22 0.21 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.03 0.07 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.06 0.21 0.10 0.08
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.04 0.08 0.01 0.20 0.17 0.10
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.09 0.12 0.09 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.08 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.03 0.09 0.01 0.21 0.18 0.11
C5' 0.03 0.15 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.13 0.06 0.14 0.16 0.12 0.08 0.06 0.05 0.07 0.02 0.01 0.13 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.05 0.04 0.11 0.00 0.22 0.20 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.01 0.06 0.02 0.19 0.15 0.09
N1 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.06 0.12 0.01 0.23 0.21 0.13
N2 0.04 0.01 0.08 0.09 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.09 0.15 0.02 0.22 0.23 0.15
N3 0.03 0.01 0.07 0.06 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.07 0.10 0.01 0.21 0.18 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.01 0.07 0.02 0.21 0.17 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.19 0.14 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.10 0.05 0.12 0.05 0.14 0.09 0.13 0.10 0.09 0.12 0.07 0.00 0.04 0.04 0.06 0.15 0.19 0.15 0.10
O3' 0.10 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.12 0.04 0.09 0.05 0.11 0.09 0.04 0.00 0.06 0.06 0.06 0.11 0.16 0.16
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.04 0.11 0.12 0.08
O5' 0.05 0.13 0.07 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.11 0.06 0.12 0.15 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.15 0.06 0.04 0.11 0.00 0.23 0.20 0.12
OP1 0.15 0.22 0.21 0.09 0.20 0.05 0.21 0.06 0.22 0.19 0.23 0.22 0.21 0.21 0.19 0.19 0.11 0.11 0.02 0.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.21 0.10 0.07 0.17 0.08 0.18 0.02 0.20 0.15 0.21 0.23 0.18 0.17 0.14 0.15 0.16 0.12 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.08 0.05 0.10 0.07 0.11 0.02 0.12 0.09 0.13 0.15 0.11 0.10 0.09 0.10 0.16 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.17 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.13 0.15 0.13 0.18 0.14 0.12 0.24 0.13 0.14 0.16 0.29 0.13 0.15
C2 0.14 0.16 0.17 0.16 0.13 0.16 0.15 0.17 0.18 0.13 0.18 0.14 0.21 0.14 0.13 0.22 0.17 0.16 0.16 0.26 0.14 0.13
C2' 0.16 0.17 0.15 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.18 0.16 0.18 0.16 0.20 0.16 0.16 0.19 0.17 0.18 0.15 0.29 0.12 0.16
C3' 0.19 0.17 0.24 0.18 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.32 0.18 0.18 0.21 0.32 0.17 0.20
C4 0.13 0.16 0.16 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.18 0.14 0.18 0.14 0.21 0.15 0.13 0.20 0.16 0.16 0.15 0.27 0.14 0.13
C4' 0.20 0.17 0.26 0.20 0.18 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.17 0.19 0.36 0.19 0.18 0.23 0.31 0.15 0.19
C5 0.15 0.19 0.15 0.16 0.16 0.18 0.17 0.18 0.20 0.15 0.21 0.17 0.22 0.17 0.14 0.18 0.18 0.18 0.15 0.25 0.15 0.13
C5' 0.19 0.17 0.26 0.19 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.17 0.18 0.16 0.18 0.36 0.18 0.17 0.20 0.28 0.14 0.16
C6 0.15 0.20 0.16 0.17 0.16 0.19 0.17 0.19 0.20 0.15 0.22 0.18 0.23 0.16 0.14 0.18 0.20 0.18 0.15 0.24 0.15 0.14
C8 0.14 0.18 0.15 0.15 0.15 0.16 0.17 0.16 0.20 0.15 0.20 0.16 0.22 0.17 0.14 0.17 0.16 0.17 0.13 0.25 0.15 0.13
N1 0.14 0.18 0.16 0.17 0.15 0.18 0.16 0.18 0.19 0.14 0.20 0.16 0.22 0.15 0.13 0.20 0.18 0.17 0.15 0.25 0.15 0.13
N2 0.14 0.15 0.18 0.16 0.13 0.17 0.14 0.17 0.17 0.13 0.17 0.13 0.20 0.14 0.13 0.24 0.17 0.16 0.17 0.27 0.14 0.13
N3 0.14 0.15 0.17 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.17 0.13 0.17 0.13 0.20 0.14 0.13 0.23 0.16 0.16 0.16 0.27 0.14 0.14
N7 0.15 0.21 0.15 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.21 0.16 0.22 0.19 0.23 0.18 0.15 0.17 0.19 0.18 0.14 0.23 0.16 0.14
N9 0.13 0.16 0.16 0.14 0.13 0.15 0.15 0.15 0.17 0.14 0.17 0.14 0.20 0.15 0.13 0.20 0.14 0.15 0.14 0.28 0.14 0.13
O2' 0.19 0.16 0.19 0.22 0.17 0.18 0.17 0.16 0.18 0.19 0.17 0.16 0.19 0.18 0.18 0.21 0.22 0.20 0.17 0.29 0.17 0.18
O3' 0.31 0.26 0.37 0.29 0.27 0.29 0.25 0.31 0.23 0.29 0.24 0.27 0.21 0.26 0.29 0.46 0.29 0.28 0.35 0.37 0.31 0.32
O4' 0.17 0.14 0.23 0.17 0.14 0.16 0.14 0.17 0.15 0.15 0.15 0.14 0.17 0.14 0.15 0.32 0.16 0.16 0.20 0.29 0.15 0.16
O5' 0.20 0.17 0.27 0.21 0.18 0.19 0.17 0.19 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.17 0.19 0.37 0.20 0.19 0.23 0.30 0.15 0.18
O6 0.17 0.23 0.17 0.19 0.18 0.21 0.18 0.20 0.22 0.16 0.24 0.20 0.24 0.17 0.16 0.18 0.22 0.20 0.16 0.22 0.16 0.15
OP1 0.24 0.21 0.29 0.24 0.21 0.24 0.21 0.26 0.21 0.23 0.21 0.21 0.22 0.21 0.23 0.37 0.23 0.23 0.28 0.38 0.22 0.26
OP2 0.22 0.19 0.23 0.24 0.20 0.24 0.19 0.24 0.19 0.20 0.19 0.20 0.19 0.19 0.21 0.29 0.25 0.24 0.29 0.37 0.14 0.23
P 0.18 0.15 0.22 0.19 0.15 0.19 0.15 0.19 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.15 0.16 0.30 0.19 0.19 0.23 0.33 0.13 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.07 0.13 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.07 0.13 0.12 0.21 0.13
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.14 0.14 0.10 0.11
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.04 0.12 0.10 0.19 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.14 0.13 0.21 0.13
C5' 0.03 0.10 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.15 0.15 0.22 0.14
C8 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.08 0.05 0.14 0.12 0.17 0.13
N1 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.06 0.15 0.14 0.22 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.07 0.12 0.10 0.19 0.11
N6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.11 0.04 0.16 0.16 0.21 0.15
N7 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.08 0.03 0.15 0.15 0.20 0.14
N9 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.11 0.08 0.16 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.04 0.08 0.04 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.05 0.00 0.06 0.03 0.15 0.17 0.14 0.13
O3' 0.09 0.14 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.05 0.11 0.08 0.13 0.14 0.11 0.08 0.08 0.06 0.00 0.06 0.09 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.07 0.15 0.07
O5' 0.07 0.13 0.14 0.10 0.12 0.01 0.14 0.01 0.15 0.14 0.15 0.12 0.16 0.15 0.11 0.15 0.09 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.12 0.14 0.09 0.10 0.09 0.13 0.12 0.15 0.12 0.14 0.10 0.16 0.15 0.08 0.17 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.21 0.10 0.10 0.19 0.09 0.21 0.05 0.22 0.17 0.22 0.19 0.21 0.20 0.16 0.14 0.10 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.11 0.06 0.11 0.03 0.13 0.01 0.14 0.13 0.14 0.11 0.15 0.14 0.10 0.13 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00