ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49924

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 10, 25, 18, 5, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.022, 0.041, 0.059, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.041 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.015, 0.043, 0.070, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.043 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.006, 0.084, 0.161, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.084 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.034, 0.116, 0.199, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.116 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.082, 0.199, 0.316, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.199 std_dev=0.117
C3' A 0, 0.039, 0.160, 0.282, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.160 std_dev=0.121
P B 0, 0.214, 0.344, 0.475, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.344 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.027, 0.158, 0.289, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.158 std_dev=0.131
C3' B 0, 0.546, 0.683, 0.820, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.683 std_dev=0.137
C2' B 0, 0.317, 0.457, 0.598, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.457 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.065, 0.217, 0.370, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.217 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.192, 0.346, 0.499, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.346 std_dev=0.153
N7 B 0, 0.149, 0.305, 0.461, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.305 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.136, 0.292, 0.448, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.292 std_dev=0.156
N9 B 0, 0.165, 0.322, 0.479, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.322 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.236, 0.394, 0.552, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.394 std_dev=0.158
N6 B 0, 0.253, 0.412, 0.572, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.412 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.192, 0.355, 0.518, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.355 std_dev=0.163
C4' B 0, 0.221, 0.388, 0.555, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.388 std_dev=0.167
C1' B 0, 0.178, 0.347, 0.517, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.347 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.203, 0.376, 0.548, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.376 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.274, 0.447, 0.620, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.447 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.232, 0.413, 0.593, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.413 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.264, 0.451, 0.638, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.451 std_dev=0.187
O5' B 0, 0.423, 0.615, 0.808, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.615 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.510, 0.706, 0.902, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.706 std_dev=0.196
C5' B 0, 0.222, 0.434, 0.647, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.434 std_dev=0.213
OP2 B 0, 0.157, 0.370, 0.583, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.370 std_dev=0.213
O5' A 0, 0.058, 0.284, 0.510, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.284 std_dev=0.226
C5' A 0, 0.026, 0.268, 0.510, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.268 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.933, 1.212, 1.490, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.212 std_dev=0.278
O3' B 0, 1.498, 1.787, 2.076, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.787 std_dev=0.289
P A 0, 0.060, 0.349, 0.638, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.349 std_dev=0.289
OP2 A 0, 0.065, 0.402, 0.738, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.402 std_dev=0.336
OP1 A 0, 0.122, 0.462, 0.802, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.462 std_dev=0.340

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.10 0.14 0.06
C2 0.03 0.00 0.10 0.08 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.09 0.08 0.21 0.01 0.32 0.35 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.12 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.11 0.17 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.07 0.11 0.17 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.14 0.02 0.19 0.25 0.15
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.10 0.13 0.10 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.11 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.14 0.02 0.18 0.25 0.15
C5' 0.03 0.22 0.02 0.02 0.14 0.00 0.14 0.00 0.17 0.08 0.21 0.25 0.19 0.10 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.17 0.12 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.05 0.17 0.01 0.24 0.30 0.20
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.11 0.03 0.11 0.16 0.08
N1 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.07 0.20 0.01 0.30 0.35 0.26
N2 0.04 0.01 0.12 0.09 0.02 0.13 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.15 0.11 0.10 0.23 0.03 0.39 0.39 0.31
N3 0.03 0.01 0.09 0.07 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.07 0.08 0.18 0.01 0.26 0.30 0.22
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.13 0.03 0.14 0.20 0.10
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.18 0.09
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.09 0.04 0.11 0.15 0.11 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.09 0.10 0.13 0.08
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.08 0.11 0.07 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.13 0.07 0.12 0.16 0.12
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.04 0.11 0.12 0.05
O5' 0.04 0.21 0.08 0.12 0.14 0.01 0.14 0.01 0.17 0.11 0.20 0.23 0.18 0.13 0.09 0.06 0.13 0.07 0.00 0.18 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.02 0.08 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.07 0.04 0.18 0.00 0.24 0.30 0.20
OP1 0.10 0.32 0.11 0.11 0.19 0.08 0.18 0.12 0.24 0.11 0.30 0.39 0.26 0.14 0.12 0.10 0.12 0.11 0.02 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.35 0.17 0.17 0.25 0.11 0.25 0.12 0.30 0.16 0.35 0.39 0.30 0.20 0.18 0.13 0.16 0.12 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.27 0.10 0.11 0.15 0.04 0.15 0.02 0.20 0.08 0.26 0.31 0.22 0.10 0.09 0.08 0.12 0.05 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.12 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.08 0.20 0.08 0.13 0.11 0.20 0.13 0.13
C2 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.15 0.07 0.13 0.13 0.18 0.12 0.11
C2' 0.09 0.10 0.13 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.23 0.10 0.14 0.10 0.18 0.10 0.10
C3' 0.08 0.09 0.12 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.23 0.08 0.13 0.11 0.26 0.18 0.16
C4 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.05 0.15 0.07 0.13 0.13 0.18 0.12 0.11
C4' 0.11 0.10 0.15 0.14 0.09 0.15 0.08 0.20 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.23 0.13 0.15 0.18 0.33 0.28 0.24
C5 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.10 0.07 0.12 0.09 0.14 0.15 0.18 0.13 0.12
C5' 0.11 0.10 0.14 0.16 0.09 0.18 0.09 0.24 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.21 0.15 0.16 0.22 0.37 0.35 0.29
C6 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.15 0.16 0.18 0.14 0.13
C8 0.06 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.12 0.09 0.15 0.12 0.06 0.13 0.09 0.13 0.15 0.17 0.13 0.12
N1 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.08 0.15 0.14 0.18 0.13 0.12
N2 0.08 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.08 0.17 0.08 0.13 0.12 0.19 0.13 0.12
N3 0.06 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07 0.06 0.17 0.07 0.12 0.12 0.19 0.12 0.11
N7 0.09 0.10 0.09 0.11 0.07 0.11 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11 0.08 0.15 0.13 0.08 0.11 0.10 0.14 0.17 0.19 0.15 0.14
N9 0.05 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.06 0.16 0.07 0.12 0.12 0.17 0.11 0.11
O2' 0.14 0.14 0.16 0.13 0.14 0.12 0.15 0.13 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.15 0.14 0.26 0.14 0.17 0.16 0.15 0.13 0.14
O3' 0.11 0.11 0.14 0.09 0.11 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.25 0.10 0.15 0.10 0.25 0.18 0.16
O4' 0.13 0.13 0.16 0.14 0.12 0.16 0.11 0.20 0.12 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.22 0.13 0.16 0.18 0.30 0.24 0.22
O5' 0.12 0.11 0.15 0.15 0.10 0.17 0.11 0.23 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.21 0.14 0.15 0.19 0.31 0.31 0.24
O6 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.15 0.14 0.12 0.11 0.11 0.16 0.17 0.18 0.15 0.13
OP1 0.12 0.16 0.17 0.16 0.13 0.18 0.13 0.24 0.14 0.11 0.15 0.15 0.15 0.13 0.12 0.23 0.16 0.15 0.21 0.33 0.34 0.26
OP2 0.20 0.20 0.22 0.23 0.18 0.25 0.18 0.30 0.19 0.18 0.19 0.20 0.20 0.18 0.18 0.25 0.23 0.22 0.28 0.36 0.43 0.32
P 0.13 0.12 0.17 0.17 0.10 0.20 0.10 0.26 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.22 0.17 0.16 0.23 0.34 0.37 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.13 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.09 0.12 0.13 0.10 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.12 0.14 0.11
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.10 0.14 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.05 0.12 0.13 0.10 0.08
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.15 0.15 0.12 0.11
C5' 0.02 0.10 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.12 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04 0.15 0.15 0.12 0.11
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.05 0.06 0.16 0.18 0.14 0.13
N1 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.07 0.14 0.13 0.11 0.09
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.09 0.11 0.13 0.10 0.07
N6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.06 0.04 0.17 0.17 0.13 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.17 0.18 0.15 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.14 0.11 0.08
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.09 0.11 0.13 0.07 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.12 0.14 0.17 0.14
O3' 0.06 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.00 0.05 0.10 0.12 0.17 0.09
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.09 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.12 0.18 0.12 0.10
O5' 0.07 0.12 0.11 0.09 0.12 0.01 0.15 0.01 0.15 0.16 0.14 0.11 0.17 0.17 0.12 0.12 0.10 0.12 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.13 0.13 0.12 0.10 0.13 0.12 0.15 0.12 0.15 0.18 0.13 0.13 0.17 0.18 0.14 0.14 0.12 0.18 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.10 0.14 0.14 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.14 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.17 0.17 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.11 0.08 0.08 0.02 0.11 0.01 0.11 0.13 0.09 0.07 0.13 0.14 0.08 0.14 0.09 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00