ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49926

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 6, 3, 4, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.019, 0.029, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.036 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.024, 0.038, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.034, 0.055, 0.075, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.055 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.039, 0.059, 0.080, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.059 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.050, 0.078, 0.106, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.078 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.058, 0.088, 0.117, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.088 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.112, 0.189, 0.267, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.189 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.019, 0.116, 0.213, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.116 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.192, 0.310, 0.428, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.310 std_dev=0.118
C3' A 0, 0.181, 0.357, 0.534, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.357 std_dev=0.176
O3' A 0, 0.353, 0.568, 0.784, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.568 std_dev=0.216
C4' A 0, 0.073, 0.305, 0.537, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.305 std_dev=0.232
P B 0, 0.610, 0.869, 1.129, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.869 std_dev=0.260
OP2 B 0, 0.675, 1.000, 1.324, 1.611 max_d=1.611 avg_d=1.000 std_dev=0.325
OP1 B 0, 0.612, 0.940, 1.268, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.940 std_dev=0.328
C5' A 0, 0.122, 0.500, 0.877, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.500 std_dev=0.377
O5' B 0, 0.310, 1.242, 2.175, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.242 std_dev=0.933
O3' B 0, 0.507, 1.489, 2.470, 3.334 max_d=3.334 avg_d=1.489 std_dev=0.981
O5' A 0, -0.168, 0.867, 1.902, 3.341 max_d=3.341 avg_d=0.867 std_dev=1.035
C5' B 0, 0.228, 1.324, 2.420, 3.698 max_d=3.698 avg_d=1.324 std_dev=1.096
P A 0, -0.336, 1.178, 2.693, 4.544 max_d=4.544 avg_d=1.178 std_dev=1.514
OP2 A 0, 0.067, 1.637, 3.208, 5.029 max_d=5.029 avg_d=1.637 std_dev=1.570
C3' B 0, -0.170, 1.478, 3.126, 5.177 max_d=5.177 avg_d=1.478 std_dev=1.648
C4' B 0, -0.148, 1.625, 3.398, 5.575 max_d=5.575 avg_d=1.625 std_dev=1.773
OP1 A 0, 0.212, 2.168, 4.123, 6.434 max_d=6.434 avg_d=2.168 std_dev=1.955
C2' B 0, -0.130, 2.373, 4.876, 7.978 max_d=7.978 avg_d=2.373 std_dev=2.503
O2' B 0, 0.284, 2.815, 5.347, 8.445 max_d=8.445 avg_d=2.815 std_dev=2.532
O4' B 0, -0.586, 2.075, 4.735, 7.991 max_d=7.991 avg_d=2.075 std_dev=2.660
C1' B 0, -0.689, 2.474, 5.636, 9.603 max_d=9.603 avg_d=2.474 std_dev=3.162
N9 B 0, -0.923, 2.929, 6.782, 11.586 max_d=11.586 avg_d=2.929 std_dev=3.853
C8 B 0, -0.868, 2.994, 6.856, 11.666 max_d=11.666 avg_d=2.994 std_dev=3.862
N7 B 0, -1.149, 3.513, 8.174, 13.941 max_d=13.941 avg_d=3.513 std_dev=4.661
C4 B 0, -1.244, 3.450, 8.145, 13.951 max_d=13.951 avg_d=3.450 std_dev=4.694
N3 B 0, -1.373, 3.638, 8.648, 14.829 max_d=14.829 avg_d=3.638 std_dev=5.010
C5 B 0, -1.395, 3.789, 8.972, 15.361 max_d=15.361 avg_d=3.789 std_dev=5.183
C2 B 0, -1.675, 4.176, 10.026, 17.208 max_d=17.208 avg_d=4.176 std_dev=5.850
C6 B 0, -1.736, 4.357, 10.451, 17.934 max_d=17.934 avg_d=4.357 std_dev=6.093
N1 B 0, -1.872, 4.531, 10.934, 18.788 max_d=18.788 avg_d=4.531 std_dev=6.403
N6 B 0, -1.921, 4.757, 11.434, 19.623 max_d=19.623 avg_d=4.757 std_dev=6.677

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.32 0.17 0.13
C2 0.04 0.00 0.09 0.19 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.21 0.03 0.16 0.01 0.28 0.52 0.29
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.12 0.10 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.12 0.04 0.27 0.20 0.04
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.14 0.01 0.12 0.02 0.15 0.05 0.18 0.21 0.17 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.26 0.14 0.36 0.14 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.12 0.01 0.21 0.49 0.25
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.12 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.25 0.30 0.12
C5 0.02 0.01 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.17 0.01 0.28 0.77 0.39
C5' 0.04 0.22 0.02 0.02 0.20 0.00 0.25 0.00 0.27 0.21 0.25 0.21 0.18 0.26 0.16 0.05 0.05 0.01 0.01 0.29 0.09 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.15 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.21 0.00 0.36 0.88 0.47
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.13 0.02 0.18 0.60 0.27
N1 0.03 0.01 0.07 0.18 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.19 0.03 0.20 0.01 0.34 0.74 0.41
N2 0.05 0.00 0.12 0.21 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.25 0.04 0.18 0.02 0.30 0.45 0.27
N3 0.04 0.00 0.10 0.17 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.19 0.04 0.11 0.01 0.23 0.37 0.19
N7 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.17 0.02 0.27 0.85 0.41
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.19 0.33 0.15
O2' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.03 0.10 0.13 0.10 0.04 0.03 0.00 0.11 0.08 0.14 0.08 0.31 0.48 0.12
O3' 0.04 0.21 0.04 0.01 0.13 0.02 0.12 0.05 0.15 0.05 0.19 0.25 0.19 0.07 0.07 0.11 0.00 0.04 0.41 0.14 0.55 0.33 0.19
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.08 0.04 0.00 0.25 0.02 0.43 0.26 0.25
O5' 0.11 0.16 0.12 0.26 0.12 0.02 0.17 0.01 0.21 0.13 0.20 0.18 0.11 0.17 0.08 0.14 0.41 0.25 0.00 0.24 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.14 0.02 0.24 0.00 0.43 1.06 0.56
OP1 0.32 0.28 0.27 0.36 0.21 0.25 0.28 0.09 0.36 0.18 0.34 0.30 0.23 0.27 0.19 0.31 0.55 0.43 0.02 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.52 0.20 0.14 0.49 0.30 0.77 0.09 0.88 0.60 0.74 0.45 0.37 0.85 0.33 0.48 0.33 0.26 0.01 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.29 0.04 0.14 0.25 0.12 0.39 0.01 0.47 0.27 0.41 0.27 0.19 0.41 0.15 0.12 0.19 0.25 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.41 2.55 1.51 0.95 2.44 0.39 2.85 0.31 3.04 2.41 2.89 2.26 3.26 2.83 2.12 1.32 0.39 0.90 0.39 0.21 0.23 0.13
C2 1.73 3.52 1.65 1.01 3.17 0.53 3.89 0.39 4.40 3.05 4.15 2.99 4.99 3.84 2.63 1.52 0.44 1.16 0.44 0.17 0.18 0.16
C2' 0.90 2.10 1.12 0.61 1.94 0.05 2.39 0.14 2.65 1.92 2.49 1.77 2.93 2.38 1.60 1.00 0.21 0.40 0.17 0.22 0.21 0.16
C3' 0.19 1.09 0.48 0.18 1.01 0.50 1.44 0.36 1.63 1.15 1.44 0.82 1.91 1.53 0.79 0.56 0.47 0.25 0.20 0.24 0.21 0.20
C4 1.54 2.91 1.50 0.94 2.76 0.45 3.37 0.35 3.65 2.80 3.40 2.53 4.04 3.43 2.37 1.34 0.39 1.03 0.41 0.15 0.18 0.15
C4' 0.31 1.05 0.56 0.26 1.02 0.32 1.36 0.23 1.48 1.16 1.33 0.84 1.70 1.45 0.85 0.53 0.29 0.11 0.17 0.36 0.31 0.16
C5 1.39 2.61 1.32 0.85 2.50 0.40 3.10 0.33 3.35 2.64 3.08 2.26 3.75 3.24 2.16 1.17 0.36 0.94 0.39 0.19 0.19 0.18
C5' 0.42 0.26 0.20 0.37 0.22 0.83 0.52 0.52 0.60 0.45 0.44 0.23 0.81 0.68 0.13 0.57 0.74 0.63 0.31 0.44 0.41 0.19
C6 1.44 2.82 1.34 0.86 2.64 0.43 3.28 0.35 3.62 2.71 3.34 2.41 4.12 3.39 2.24 1.22 0.37 0.99 0.40 0.24 0.22 0.21
C8 1.13 1.99 1.13 0.76 1.99 0.28 2.42 0.26 2.53 2.20 2.32 1.75 2.77 2.57 1.78 0.97 0.30 0.75 0.35 0.16 0.19 0.14
N1 1.62 3.27 1.52 0.95 2.97 0.49 3.68 0.38 4.14 2.93 3.87 2.77 4.73 3.70 2.48 1.39 0.41 1.10 0.42 0.21 0.20 0.19
N2 1.83 3.85 1.76 1.06 3.37 0.58 4.11 0.42 4.74 3.14 4.54 3.23 5.40 3.97 2.76 1.64 0.47 1.22 0.45 0.16 0.18 0.16
N3 1.70 3.38 1.66 1.02 3.09 0.52 3.76 0.38 4.19 2.98 3.95 2.90 4.66 3.71 2.59 1.51 0.44 1.13 0.43 0.15 0.18 0.14
N7 1.13 2.05 1.08 0.73 2.03 0.30 2.51 0.28 2.66 2.25 2.42 1.79 2.96 2.70 1.80 0.95 0.30 0.77 0.36 0.19 0.19 0.19
N9 1.40 2.52 1.41 0.91 2.46 0.39 2.94 0.31 3.13 2.54 2.91 2.23 3.40 3.02 2.15 1.23 0.37 0.92 0.39 0.16 0.20 0.13
O2' 1.09 2.37 1.35 0.78 2.13 0.20 2.53 0.21 2.82 2.01 2.73 2.02 3.08 2.45 1.76 1.23 0.31 0.57 0.28 0.32 0.24 0.12
O3' 0.26 0.68 0.27 0.20 0.59 0.73 1.01 0.49 1.20 0.75 1.02 0.44 1.50 1.11 0.39 0.62 0.70 0.58 0.31 0.27 0.18 0.22
O4' 1.11 1.92 1.27 0.83 1.89 0.28 2.18 0.26 2.30 1.91 2.18 1.72 2.46 2.20 1.68 1.08 0.33 0.69 0.34 0.26 0.27 0.15
O5' 0.95 0.41 0.81 1.00 0.39 1.32 0.10 1.02 0.11 0.20 0.17 0.59 0.30 0.17 0.49 1.05 1.27 1.09 0.73 0.25 0.28 0.46
O6 1.33 2.61 1.21 0.79 2.43 0.39 3.05 0.34 3.37 2.52 3.11 2.22 3.87 3.17 2.07 1.11 0.34 0.92 0.40 0.30 0.27 0.26
OP1 1.72 1.44 1.78 1.78 1.32 1.69 0.97 1.25 0.92 0.92 1.15 1.59 0.67 0.73 1.33 2.13 1.98 1.58 0.87 0.36 0.37 0.45
OP2 1.53 1.40 1.54 1.36 1.14 1.40 0.73 0.76 0.73 0.61 1.04 1.54 0.52 0.51 1.07 2.10 1.86 1.33 0.48 1.07 1.16 0.65
P 1.54 1.26 1.53 1.54 1.11 1.55 0.72 1.00 0.69 0.65 0.95 1.41 0.42 0.45 1.10 1.88 1.93 1.43 0.60 0.53 0.58 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.32 0.01 0.22 0.11 0.37 0.19
C2 0.05 0.00 0.14 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.39 0.05 0.33 0.12 0.62 0.34
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.19 0.04 0.10 0.09 0.15 0.04 0.08 0.03 0.00 0.05 0.03 0.31 0.27 0.44 0.25
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.03 0.12 0.16 0.10 0.10 0.13 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.37 0.29 0.45 0.25
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.28 0.03 0.35 0.11 0.65 0.37
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.03 0.05 0.08 0.10 0.03 0.23 0.03 0.01 0.03 0.13 0.28 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.20 0.06 0.43 0.14 0.84 0.49
C5' 0.07 0.09 0.19 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.12 0.08 0.20 0.20 0.11 0.05 0.22 0.02 0.01 0.15 0.32 0.03
C6 0.02 0.02 0.04 0.12 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.24 0.06 0.43 0.15 0.87 0.50
C8 0.03 0.02 0.10 0.16 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.24 0.10 0.09 0.45 0.12 0.83 0.50
N1 0.04 0.01 0.09 0.10 0.02 0.03 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.32 0.05 0.38 0.14 0.77 0.43
N3 0.05 0.01 0.15 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.40 0.05 0.29 0.11 0.53 0.29
N6 0.03 0.02 0.04 0.13 0.02 0.08 0.02 0.20 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.34 0.19 0.08 0.46 0.19 0.99 0.57
N7 0.03 0.02 0.08 0.16 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.30 0.10 0.09 0.48 0.15 0.96 0.57
N9 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.18 0.22 0.03 0.35 0.11 0.60 0.35
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.24 0.23 0.30 0.05 0.31 0.24 0.29 0.21 0.34 0.30 0.18 0.00 0.08 0.12 0.35 0.29 0.43 0.25
O3' 0.32 0.39 0.05 0.01 0.28 0.03 0.20 0.22 0.24 0.10 0.32 0.40 0.19 0.10 0.22 0.08 0.00 0.22 0.30 0.51 0.36 0.25
O4' 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.09 0.03 0.12 0.22 0.00 0.24 0.18 0.26 0.18
O5' 0.22 0.33 0.31 0.37 0.35 0.03 0.43 0.01 0.43 0.45 0.38 0.29 0.46 0.48 0.35 0.35 0.30 0.24 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.11 0.12 0.27 0.29 0.11 0.13 0.14 0.15 0.15 0.12 0.14 0.11 0.19 0.15 0.11 0.29 0.51 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.62 0.44 0.45 0.65 0.28 0.84 0.32 0.87 0.83 0.77 0.53 0.99 0.96 0.60 0.43 0.36 0.26 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.34 0.25 0.25 0.37 0.05 0.49 0.03 0.50 0.50 0.43 0.29 0.57 0.57 0.35 0.25 0.25 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00