ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49929

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C4 A 0, -0.001, 0.024, 0.050, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.024 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.004, 0.031, 0.057, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.031 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.021, 0.052, 0.083, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.020, 0.054, 0.088, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.034
C8 A 0, -0.003, 0.035, 0.073, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.035 std_dev=0.038
C4' A 0, 0.053, 0.132, 0.211, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.132 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.013, 0.104, 0.195, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.104 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.023, 0.160, 0.298, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.160 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.072, 0.269, 0.467, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.269 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.152, 0.384, 0.617, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.384 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.054, 0.287, 0.521, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.287 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.038, 0.272, 0.506, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.272 std_dev=0.234
N9 B 0, 0.091, 0.339, 0.586, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.339 std_dev=0.248
O2' A 0, 0.039, 0.300, 0.561, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.300 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.107, 0.381, 0.656, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.381 std_dev=0.274
O2' B 0, 0.155, 0.442, 0.729, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.442 std_dev=0.287
P B 0, 0.280, 0.579, 0.878, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.579 std_dev=0.299
C8 B 0, 0.074, 0.376, 0.677, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.376 std_dev=0.301
C5 B 0, -0.009, 0.297, 0.603, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.297 std_dev=0.306
N1 B 0, -0.014, 0.298, 0.610, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.298 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.189, 0.512, 0.835, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.512 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.313, 0.641, 0.969, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.641 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.015, 0.354, 0.693, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.354 std_dev=0.339
C6 B 0, -0.038, 0.308, 0.655, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.308 std_dev=0.347
C5' A 0, -0.059, 0.292, 0.644, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.292 std_dev=0.351
OP1 B 0, 0.383, 0.752, 1.120, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.752 std_dev=0.368
OP2 A 0, 0.281, 0.665, 1.049, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.665 std_dev=0.384
O4' B 0, 0.097, 0.489, 0.880, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.489 std_dev=0.392
C3' A 0, -0.128, 0.278, 0.684, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.278 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.162, 0.576, 0.991, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.576 std_dev=0.414
N6 B 0, -0.058, 0.369, 0.796, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.369 std_dev=0.427
OP2 B 0, 0.332, 0.765, 1.197, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.765 std_dev=0.432
P A 0, 0.141, 0.598, 1.055, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.598 std_dev=0.457
C5' B 0, 0.266, 0.724, 1.183, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.724 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.134, 0.604, 1.075, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.604 std_dev=0.470
O5' A 0, -0.117, 0.487, 1.091, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.487 std_dev=0.604
OP1 A 0, -0.013, 0.751, 1.514, 2.916 max_d=2.916 avg_d=0.751 std_dev=0.763
O3' A 0, -0.383, 0.419, 1.222, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.419 std_dev=0.803

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.16 0.00 0.05 0.04 0.26 0.15 0.13
C2 0.05 0.00 0.07 0.10 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.11 0.03 0.14 0.02 0.26 0.16 0.13
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.13 0.08 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.38 0.14 0.16
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.11 0.01 0.18 0.02 0.19 0.20 0.15 0.09 0.07 0.22 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.46 0.23 0.15
C4 0.03 0.02 0.05 0.11 0.00 0.03 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.07 0.02 0.18 0.02 0.25 0.17 0.15
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.20 0.01 0.00 0.02 0.04 0.38 0.12 0.17
C5 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.02 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04 0.27 0.02 0.27 0.21 0.19
C5' 0.07 0.15 0.13 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.16 0.11 0.16 0.15 0.14 0.14 0.11 0.09 0.13 0.01 0.01 0.16 0.22 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.19 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.13 0.04 0.28 0.01 0.27 0.21 0.20
C8 0.02 0.02 0.05 0.20 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.06 0.28 0.04 0.26 0.21 0.20
N1 0.05 0.01 0.08 0.15 0.03 0.05 0.02 0.16 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.20 0.11 0.03 0.22 0.02 0.27 0.18 0.17
N2 0.07 0.00 0.08 0.09 0.02 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.23 0.14 0.05 0.09 0.03 0.25 0.16 0.11
N3 0.05 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.12 0.04 0.10 0.01 0.25 0.15 0.12
N7 0.02 0.02 0.07 0.22 0.01 0.03 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.12 0.06 0.33 0.04 0.27 0.23 0.22
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.05 0.02 0.17 0.03 0.25 0.17 0.15
O2' 0.03 0.22 0.01 0.02 0.16 0.20 0.14 0.09 0.16 0.05 0.20 0.23 0.22 0.09 0.08 0.00 0.03 0.11 0.20 0.16 0.16 0.29 0.07
O3' 0.16 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.13 0.13 0.07 0.11 0.14 0.12 0.12 0.05 0.03 0.00 0.12 0.10 0.17 0.45 0.25 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.11 0.12 0.00 0.04 0.05 0.24 0.14 0.13
O5' 0.05 0.14 0.08 0.02 0.18 0.02 0.27 0.01 0.28 0.28 0.22 0.09 0.10 0.33 0.17 0.20 0.10 0.04 0.00 0.33 0.03 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.10 0.23 0.02 0.04 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.16 0.17 0.05 0.33 0.00 0.28 0.25 0.23
OP1 0.26 0.26 0.38 0.46 0.25 0.38 0.27 0.22 0.27 0.26 0.27 0.25 0.25 0.27 0.25 0.16 0.45 0.24 0.03 0.28 0.00 0.03 0.02
OP2 0.15 0.16 0.14 0.23 0.17 0.12 0.21 0.29 0.21 0.21 0.18 0.16 0.15 0.23 0.17 0.29 0.25 0.14 0.02 0.25 0.03 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.16 0.15 0.15 0.17 0.19 0.02 0.20 0.20 0.17 0.11 0.12 0.22 0.15 0.07 0.15 0.13 0.01 0.23 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.16 0.15 0.17 0.06 0.10 0.09 0.07 0.08 0.13 0.08 0.16 0.12 0.17 0.05 0.19 0.30 0.06 0.18 0.11 0.49 0.22
C2 0.12 0.16 0.09 0.12 0.14 0.10 0.22 0.16 0.20 0.26 0.13 0.13 0.29 0.31 0.17 0.11 0.22 0.16 0.18 0.15 0.46 0.21
C2' 0.08 0.17 0.18 0.19 0.05 0.13 0.10 0.09 0.09 0.14 0.08 0.17 0.16 0.19 0.05 0.25 0.35 0.07 0.23 0.20 0.61 0.30
C3' 0.14 0.24 0.25 0.20 0.09 0.15 0.09 0.11 0.08 0.16 0.12 0.25 0.16 0.20 0.05 0.38 0.39 0.11 0.35 0.39 0.81 0.48
C4 0.09 0.19 0.09 0.12 0.09 0.08 0.15 0.14 0.09 0.23 0.13 0.14 0.14 0.27 0.13 0.11 0.23 0.13 0.19 0.13 0.47 0.22
C4' 0.12 0.11 0.18 0.22 0.07 0.20 0.07 0.13 0.07 0.09 0.07 0.12 0.10 0.11 0.06 0.24 0.40 0.14 0.19 0.18 0.50 0.22
C5 0.09 0.23 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.16 0.09 0.21 0.21 0.17 0.04 0.22 0.12 0.11 0.22 0.14 0.17 0.17 0.42 0.20
C5' 0.12 0.11 0.11 0.05 0.10 0.07 0.08 0.13 0.07 0.12 0.09 0.11 0.06 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.29 0.27 0.52 0.27
C6 0.11 0.22 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.17 0.11 0.21 0.21 0.16 0.08 0.23 0.13 0.10 0.22 0.16 0.16 0.21 0.40 0.19
C8 0.07 0.23 0.11 0.13 0.11 0.06 0.06 0.12 0.12 0.15 0.20 0.19 0.09 0.13 0.08 0.12 0.22 0.09 0.18 0.13 0.45 0.22
N1 0.12 0.19 0.09 0.12 0.12 0.11 0.17 0.17 0.13 0.24 0.16 0.14 0.19 0.28 0.15 0.10 0.21 0.17 0.17 0.19 0.43 0.20
N2 0.14 0.15 0.10 0.13 0.17 0.11 0.25 0.16 0.25 0.27 0.16 0.14 0.35 0.32 0.19 0.12 0.23 0.17 0.19 0.15 0.47 0.21
N3 0.11 0.15 0.09 0.12 0.14 0.09 0.22 0.14 0.19 0.25 0.10 0.12 0.27 0.30 0.16 0.11 0.23 0.14 0.19 0.12 0.48 0.22
N7 0.08 0.24 0.11 0.13 0.12 0.09 0.08 0.16 0.15 0.16 0.23 0.19 0.13 0.13 0.09 0.11 0.21 0.12 0.16 0.17 0.40 0.20
N9 0.06 0.20 0.10 0.13 0.07 0.06 0.09 0.11 0.05 0.19 0.13 0.17 0.08 0.20 0.09 0.13 0.24 0.08 0.19 0.12 0.48 0.23
O2' 0.08 0.19 0.09 0.12 0.06 0.10 0.08 0.12 0.08 0.13 0.13 0.15 0.11 0.14 0.07 0.12 0.23 0.08 0.25 0.18 0.63 0.30
O3' 0.48 0.56 0.56 0.41 0.40 0.39 0.23 0.17 0.24 0.16 0.39 0.59 0.14 0.11 0.34 0.74 0.56 0.41 0.20 0.31 0.77 0.39
O4' 0.09 0.13 0.14 0.16 0.08 0.12 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.14 0.08 0.11 0.07 0.18 0.30 0.09 0.17 0.11 0.43 0.18
O5' 0.18 0.16 0.26 0.09 0.12 0.10 0.06 0.22 0.05 0.08 0.08 0.19 0.09 0.09 0.11 0.34 0.01 0.11 0.17 0.20 0.10 0.23
O6 0.12 0.24 0.11 0.15 0.12 0.13 0.11 0.20 0.15 0.19 0.24 0.18 0.13 0.18 0.12 0.11 0.22 0.17 0.16 0.25 0.37 0.19
OP1 0.11 0.12 0.15 0.04 0.06 0.10 0.05 0.16 0.06 0.10 0.08 0.12 0.10 0.10 0.06 0.25 0.02 0.07 0.11 0.18 0.17 0.10
OP2 0.13 0.12 0.07 0.08 0.16 0.27 0.22 0.35 0.21 0.26 0.16 0.11 0.25 0.28 0.18 0.07 0.02 0.24 0.20 0.22 0.20 0.19
P 0.05 0.04 0.11 0.02 0.04 0.11 0.09 0.17 0.09 0.13 0.05 0.05 0.13 0.14 0.05 0.17 0.01 0.07 0.09 0.13 0.12 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02 0.05 0.24 0.16 0.06
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.10 0.16 0.09
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.04 0.13 0.12 0.12 0.09 0.14 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.12 0.17 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.11 0.02 0.06 0.21 0.12 0.06
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.08 0.04 0.08 0.04 0.01 0.02 0.17 0.11 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.14 0.03 0.11 0.30 0.13 0.11
C5' 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.11 0.05 0.07 0.07 0.01 0.01 0.23 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.13 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.04 0.11 0.34 0.15 0.12
C8 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.12 0.04 0.13 0.23 0.10 0.10
N1 0.04 0.01 0.06 0.12 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.16 0.04 0.08 0.30 0.16 0.09
N3 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.04 0.18 0.14 0.05
N6 0.03 0.01 0.05 0.14 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.18 0.05 0.14 0.42 0.16 0.15
N7 0.03 0.01 0.04 0.13 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.14 0.04 0.15 0.33 0.13 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.15 0.08 0.05
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.08 0.03 0.07 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.12 0.14 0.08
O3' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.11 0.04 0.14 0.07 0.16 0.12 0.16 0.12 0.18 0.14 0.08 0.04 0.00 0.03 0.16 0.28 0.18 0.13
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.06 0.13 0.11 0.07
O5' 0.02 0.05 0.09 0.12 0.06 0.02 0.11 0.01 0.11 0.13 0.08 0.04 0.14 0.15 0.06 0.08 0.16 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.08 0.24 0.10 0.17 0.21 0.17 0.30 0.23 0.34 0.23 0.30 0.18 0.42 0.33 0.15 0.12 0.28 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.16 0.16 0.15 0.12 0.11 0.13 0.21 0.15 0.10 0.16 0.14 0.16 0.13 0.08 0.14 0.18 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.09 0.10 0.06 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.09 0.05 0.15 0.14 0.05 0.08 0.13 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00