ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49930

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.022, 0.044, 0.065, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.039 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.025, 0.051, 0.077, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.051 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.032, 0.059, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.059 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.022, 0.060, 0.097, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.060 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.017, 0.061, 0.105, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.061 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.037, 0.081, 0.126, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.081 std_dev=0.045
OP1 B 0, 0.126, 0.336, 0.547, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.336 std_dev=0.210
C5' B 0, 0.210, 0.524, 0.837, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.524 std_dev=0.314
P B 0, 0.033, 0.348, 0.663, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.348 std_dev=0.315
C4' B 0, 0.266, 0.657, 1.048, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.657 std_dev=0.391
C3' B 0, 0.199, 0.692, 1.185, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.692 std_dev=0.493
O5' B 0, -0.048, 0.460, 0.967, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.460 std_dev=0.507
OP2 B 0, -0.025, 0.520, 1.065, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.520 std_dev=0.545
O3' B 0, 0.295, 0.895, 1.496, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.895 std_dev=0.601
O4' A 0, -0.351, 0.439, 1.228, 2.516 max_d=2.516 avg_d=0.439 std_dev=0.789
C2' A 0, -0.348, 0.449, 1.247, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.449 std_dev=0.798
O4' B 0, 0.044, 0.879, 1.714, 2.972 max_d=2.972 avg_d=0.879 std_dev=0.835
C2' B 0, 0.075, 0.913, 1.750, 2.822 max_d=2.822 avg_d=0.913 std_dev=0.838
O2' B 0, 0.256, 1.191, 2.126, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.191 std_dev=0.935
C4' A 0, -0.408, 0.582, 1.573, 3.176 max_d=3.176 avg_d=0.582 std_dev=0.990
O2' A 0, -0.402, 0.600, 1.602, 3.228 max_d=3.228 avg_d=0.600 std_dev=1.002
C1' B 0, -0.034, 0.977, 1.987, 3.473 max_d=3.473 avg_d=0.977 std_dev=1.011
C3' A 0, -0.531, 0.656, 1.843, 3.783 max_d=3.783 avg_d=0.656 std_dev=1.187
O3' A 0, -0.628, 0.957, 2.542, 5.114 max_d=5.114 avg_d=0.957 std_dev=1.585
N9 B 0, -0.432, 1.211, 2.853, 5.463 max_d=5.463 avg_d=1.211 std_dev=1.643
C8 B 0, -0.582, 1.177, 2.937, 5.764 max_d=5.764 avg_d=1.177 std_dev=1.759
C5' A 0, -0.835, 1.010, 2.854, 5.853 max_d=5.853 avg_d=1.010 std_dev=1.844
O5' A 0, -1.013, 1.152, 3.317, 6.847 max_d=6.847 avg_d=1.152 std_dev=2.165
C4 B 0, -0.707, 1.585, 3.877, 7.574 max_d=7.574 avg_d=1.585 std_dev=2.292
N7 B 0, -0.918, 1.491, 3.900, 7.816 max_d=7.816 avg_d=1.491 std_dev=2.409
N3 B 0, -0.686, 1.806, 4.297, 8.306 max_d=8.306 avg_d=1.806 std_dev=2.491
C5 B 0, -0.999, 1.739, 4.476, 8.926 max_d=8.926 avg_d=1.739 std_dev=2.738
P A 0, -1.250, 1.750, 4.749, 9.605 max_d=9.605 avg_d=1.750 std_dev=2.999
OP1 A 0, -1.254, 1.865, 4.984, 9.973 max_d=9.973 avg_d=1.865 std_dev=3.119
C2 B 0, -0.986, 2.176, 5.338, 10.455 max_d=10.455 avg_d=2.176 std_dev=3.162
C6 B 0, -1.291, 2.138, 5.567, 11.153 max_d=11.153 avg_d=2.138 std_dev=3.429
N1 B 0, -1.283, 2.342, 5.968, 11.863 max_d=11.863 avg_d=2.342 std_dev=3.626
OP2 A 0, -1.553, 2.140, 5.832, 11.812 max_d=11.812 avg_d=2.140 std_dev=3.693
N6 B 0, -1.563, 2.352, 6.267, 12.654 max_d=12.654 avg_d=2.352 std_dev=3.915

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.21 0.21 0.12
C2 0.08 0.00 0.40 0.70 0.02 0.35 0.01 0.57 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.75 0.09 0.31 0.01 1.12 0.57 0.58
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.18 0.01 0.04 0.03 0.12 0.29 0.28 0.50 0.41 0.19 0.04 0.00 0.08 0.01 0.04 0.07 0.17 0.13 0.08
C3' 0.01 0.70 0.01 0.00 0.32 0.01 0.15 0.05 0.30 0.33 0.53 0.87 0.67 0.19 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.23 0.19 0.17 0.09
C4 0.04 0.02 0.18 0.32 0.00 0.19 0.01 0.33 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.28 0.03 0.29 0.02 0.82 0.51 0.46
C4' 0.01 0.35 0.01 0.01 0.19 0.00 0.14 0.01 0.21 0.10 0.30 0.41 0.33 0.05 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.20 0.10 0.12 0.08
C5 0.03 0.01 0.04 0.15 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.10 0.04 0.38 0.02 0.96 0.65 0.58
C5' 0.03 0.57 0.03 0.05 0.33 0.01 0.31 0.00 0.42 0.10 0.53 0.64 0.49 0.16 0.13 0.04 0.11 0.01 0.02 0.42 0.13 0.24 0.03
C6 0.05 0.01 0.12 0.30 0.02 0.21 0.01 0.42 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.27 0.05 0.43 0.01 1.19 0.76 0.70
C8 0.02 0.02 0.29 0.33 0.01 0.10 0.02 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.43 0.05 0.25 0.02 0.54 0.46 0.36
N1 0.07 0.00 0.28 0.53 0.02 0.30 0.01 0.53 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.56 0.07 0.40 0.01 1.25 0.71 0.69
N2 0.09 0.01 0.50 0.87 0.03 0.41 0.01 0.64 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.26 1.01 0.12 0.26 0.01 1.16 0.52 0.54
N3 0.07 0.01 0.41 0.67 0.01 0.33 0.02 0.49 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.19 0.68 0.08 0.26 0.01 0.89 0.47 0.46
N7 0.01 0.01 0.19 0.19 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.29 0.05 0.35 0.01 0.79 0.62 0.52
N9 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.13 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.21 0.02 0.52 0.39 0.31
O2' 0.01 0.18 0.00 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.18 0.11 0.26 0.19 0.15 0.04 0.00 0.11 0.04 0.06 0.06 0.26 0.14 0.14
O3' 0.05 0.75 0.08 0.02 0.28 0.05 0.10 0.11 0.27 0.43 0.56 1.01 0.68 0.29 0.07 0.11 0.00 0.03 0.08 0.19 0.17 0.20 0.12
O4' 0.01 0.09 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.12 0.08 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.06 0.20 0.18 0.13
O5' 0.06 0.31 0.04 0.06 0.29 0.01 0.38 0.02 0.43 0.25 0.40 0.26 0.26 0.35 0.21 0.06 0.08 0.07 0.00 0.48 0.03 0.01 0.01
O6 0.05 0.01 0.07 0.23 0.02 0.20 0.02 0.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.19 0.06 0.48 0.00 1.28 0.85 0.78
OP1 0.21 1.12 0.17 0.19 0.82 0.10 0.96 0.13 1.19 0.54 1.25 1.16 0.89 0.79 0.52 0.26 0.17 0.20 0.03 1.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.57 0.13 0.17 0.51 0.12 0.65 0.24 0.76 0.46 0.71 0.52 0.47 0.62 0.39 0.14 0.20 0.18 0.01 0.85 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.58 0.08 0.09 0.46 0.08 0.58 0.03 0.70 0.36 0.69 0.54 0.46 0.52 0.31 0.14 0.12 0.13 0.01 0.78 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.44 0.47 0.29 0.36 0.17 0.40 0.16 0.47 0.28 0.47 0.39 0.52 0.37 0.27 0.60 0.37 0.41 0.17 0.14 0.20 0.13
C2 0.14 0.53 0.65 0.36 0.49 0.10 0.78 0.12 0.91 0.63 0.76 0.37 1.18 0.90 0.39 0.76 0.31 0.21 0.26 0.15 0.19 0.13
C2' 0.56 0.60 0.33 0.26 0.57 0.71 0.55 0.84 0.57 0.52 0.59 0.60 0.57 0.51 0.55 0.59 0.32 0.88 0.58 0.95 0.93 0.87
C3' 1.45 1.50 0.93 1.04 1.49 1.45 1.41 1.43 1.37 1.44 1.43 1.52 1.25 1.35 1.49 0.94 1.01 1.69 1.21 1.07 1.27 1.27
C4 0.14 0.52 0.63 0.35 0.48 0.09 0.73 0.12 0.83 0.59 0.71 0.39 1.03 0.83 0.38 0.69 0.30 0.19 0.29 0.14 0.14 0.12
C4' 1.33 1.74 0.79 0.74 1.65 1.04 1.69 0.87 1.74 1.52 1.77 1.67 1.70 1.62 1.52 0.83 0.74 1.39 0.68 0.40 0.70 0.65
C5 0.37 0.99 0.73 0.42 0.91 0.13 1.23 0.13 1.38 0.96 1.24 0.80 1.62 1.30 0.72 0.69 0.30 0.18 0.38 0.12 0.12 0.14
C5' 1.88 2.49 1.32 1.19 2.33 1.38 2.38 1.08 2.45 2.02 2.51 2.39 2.36 2.20 2.10 1.36 1.16 1.78 0.87 0.34 0.74 0.70
C6 0.47 1.25 0.79 0.46 1.12 0.17 1.50 0.15 1.73 1.13 1.57 1.00 2.05 1.55 0.88 0.75 0.33 0.25 0.40 0.13 0.12 0.14
C8 0.24 0.68 0.62 0.36 0.64 0.10 0.84 0.13 0.92 0.67 0.84 0.56 1.04 0.88 0.50 0.55 0.27 0.13 0.37 0.11 0.13 0.15
N1 0.33 0.96 0.73 0.42 0.87 0.11 1.23 0.12 1.43 0.94 1.26 0.74 1.75 1.31 0.68 0.77 0.32 0.17 0.34 0.14 0.14 0.13
N2 0.08 0.37 0.61 0.33 0.34 0.13 0.61 0.14 0.73 0.51 0.58 0.24 0.99 0.74 0.26 0.77 0.31 0.26 0.22 0.17 0.23 0.14
N3 0.07 0.34 0.60 0.33 0.30 0.12 0.52 0.14 0.62 0.43 0.50 0.23 0.82 0.64 0.22 0.73 0.31 0.27 0.23 0.16 0.20 0.14
N7 0.46 1.13 0.73 0.43 1.04 0.17 1.32 0.17 1.46 1.03 1.35 0.94 1.64 1.35 0.83 0.61 0.28 0.25 0.43 0.11 0.14 0.17
N9 0.08 0.37 0.57 0.32 0.33 0.11 0.50 0.12 0.57 0.40 0.49 0.28 0.70 0.57 0.24 0.62 0.30 0.24 0.27 0.14 0.14 0.12
O2' 0.22 0.45 0.56 0.27 0.40 0.31 0.50 0.50 0.55 0.40 0.52 0.39 0.62 0.51 0.33 0.85 0.39 0.49 0.33 0.84 0.89 0.71
O3' 1.66 1.74 1.17 1.37 1.74 1.75 1.70 1.82 1.65 1.75 1.69 1.75 1.55 1.68 1.74 1.10 1.31 1.92 1.73 1.51 1.90 1.85
O4' 0.76 1.11 0.30 0.24 1.00 0.49 1.02 0.33 1.08 0.83 1.13 1.05 1.08 0.92 0.87 0.46 0.38 0.84 0.14 0.25 0.23 0.19
O5' 1.51 2.37 1.00 0.80 2.09 0.92 2.22 0.57 2.42 1.70 2.47 2.17 2.45 1.98 1.78 1.08 0.81 1.34 0.41 0.34 0.33 0.27
O6 0.66 1.67 0.87 0.52 1.45 0.26 1.88 0.21 2.18 1.36 2.04 1.36 2.55 1.85 1.13 0.78 0.37 0.39 0.46 0.12 0.13 0.17
OP1 1.77 2.83 1.42 1.20 2.45 1.18 2.65 0.82 3.00 1.96 3.03 2.56 3.18 2.35 2.05 1.47 1.19 1.51 0.76 0.16 0.80 0.59
OP2 2.00 3.30 1.60 1.24 2.78 1.16 2.90 0.64 3.28 2.08 3.45 2.98 3.30 2.42 2.28 1.76 1.27 1.57 0.52 0.62 0.38 0.31
P 1.75 2.89 1.31 1.06 2.47 1.06 2.64 0.65 2.97 1.92 3.06 2.61 3.07 2.29 2.05 1.40 1.08 1.46 0.54 0.43 0.48 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.10 0.15 0.13 0.19
C2 0.05 0.00 0.35 0.23 0.02 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.31 0.28 0.21 0.29 0.24 0.44 0.43
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.11 0.17 0.17 0.28 0.33 0.12 0.09 0.03 0.01 0.05 0.03 0.21 0.19 0.27 0.21
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.19 0.01 0.22 0.04 0.25 0.18 0.25 0.19 0.27 0.22 0.14 0.02 0.01 0.02 0.09 0.08 0.31 0.18
C4 0.02 0.02 0.18 0.19 0.00 0.05 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.17 0.12 0.31 0.25 0.50 0.47
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.18 0.07 0.10 0.11 0.16 0.06 0.17 0.02 0.01 0.02 0.16 0.25 0.03
C5 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.13 0.06 0.42 0.36 0.78 0.66
C5' 0.03 0.15 0.11 0.04 0.12 0.01 0.18 0.00 0.18 0.29 0.15 0.15 0.23 0.29 0.13 0.09 0.16 0.02 0.01 0.17 0.28 0.03
C6 0.03 0.01 0.17 0.25 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.17 0.11 0.44 0.38 0.82 0.67
C8 0.01 0.02 0.17 0.18 0.02 0.18 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.40 0.07 0.14 0.46 0.43 0.79 0.70
N1 0.04 0.01 0.28 0.25 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.20 0.24 0.17 0.37 0.31 0.65 0.56
N3 0.04 0.01 0.33 0.19 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.31 0.27 0.22 0.24 0.20 0.33 0.35
N6 0.04 0.03 0.12 0.27 0.02 0.11 0.02 0.23 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.23 0.16 0.09 0.50 0.45 1.00 0.78
N7 0.01 0.02 0.09 0.22 0.01 0.16 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.38 0.09 0.08 0.51 0.46 0.97 0.80
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.10 0.01 0.29 0.26 0.45 0.45
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.12 0.17 0.21 0.09 0.17 0.40 0.20 0.31 0.23 0.38 0.17 0.00 0.11 0.10 0.18 0.17 0.33 0.24
O3' 0.21 0.28 0.05 0.01 0.17 0.02 0.13 0.16 0.17 0.07 0.24 0.27 0.16 0.09 0.10 0.11 0.00 0.12 0.21 0.28 0.54 0.37
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.14 0.17 0.22 0.09 0.08 0.01 0.10 0.12 0.00 0.11 0.26 0.07 0.22
O5' 0.10 0.29 0.21 0.09 0.31 0.02 0.42 0.01 0.44 0.46 0.37 0.24 0.50 0.51 0.29 0.18 0.21 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.24 0.19 0.08 0.25 0.16 0.36 0.17 0.38 0.43 0.31 0.20 0.45 0.46 0.26 0.17 0.28 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.13 0.44 0.27 0.31 0.50 0.25 0.78 0.28 0.82 0.79 0.65 0.33 1.00 0.97 0.45 0.33 0.54 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.43 0.21 0.18 0.47 0.03 0.66 0.03 0.67 0.70 0.56 0.35 0.78 0.80 0.45 0.24 0.37 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00