ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49932

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.006, 0.038, 0.071, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.038 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.004, 0.039, 0.075, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.039 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.008, 0.067, 0.126, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.067 std_dev=0.059
C8 A 0, 0.009, 0.075, 0.141, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.075 std_dev=0.066
OP1 B 0, 0.421, 0.750, 1.080, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.750 std_dev=0.329
P B 0, 0.454, 0.796, 1.138, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.796 std_dev=0.342
OP2 B 0, 0.357, 0.741, 1.126, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.741 std_dev=0.384
O2' A 0, 0.424, 0.811, 1.198, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.811 std_dev=0.387
C2' A 0, 0.343, 0.739, 1.134, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.739 std_dev=0.395
O4' A 0, 0.227, 0.680, 1.133, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.680 std_dev=0.453
C3' A 0, 0.506, 1.167, 1.829, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.167 std_dev=0.661
C4' A 0, 0.359, 1.029, 1.698, 1.916 max_d=1.916 avg_d=1.029 std_dev=0.670
O3' A 0, 0.755, 1.641, 2.527, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.641 std_dev=0.886
O5' A 0, 1.588, 2.688, 3.789, 3.225 max_d=3.225 avg_d=2.688 std_dev=1.101
O5' B 0, 0.442, 1.559, 2.677, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.559 std_dev=1.117
C5' A 0, 0.647, 1.801, 2.955, 3.367 max_d=3.367 avg_d=1.801 std_dev=1.154
OP2 A 0, 2.157, 3.742, 5.327, 5.163 max_d=5.163 avg_d=3.742 std_dev=1.585
C4' B 0, 1.674, 3.280, 4.886, 4.915 max_d=4.915 avg_d=3.280 std_dev=1.606
P A 0, 1.999, 3.629, 5.258, 5.172 max_d=5.172 avg_d=3.629 std_dev=1.629
O4' B 0, 1.835, 3.654, 5.473, 5.497 max_d=5.497 avg_d=3.654 std_dev=1.819
C3' B 0, 2.612, 4.507, 6.401, 5.901 max_d=5.901 avg_d=4.507 std_dev=1.895
C5' B 0, 0.896, 2.801, 4.706, 4.929 max_d=4.929 avg_d=2.801 std_dev=1.905
O3' B 0, 2.742, 4.657, 6.572, 5.863 max_d=5.863 avg_d=4.657 std_dev=1.915
OP1 A 0, 2.132, 4.187, 6.241, 6.303 max_d=6.303 avg_d=4.187 std_dev=2.055
C1' B 0, 2.880, 5.065, 7.250, 6.896 max_d=6.896 avg_d=5.065 std_dev=2.185
C2' B 0, 3.371, 5.730, 8.089, 7.286 max_d=7.286 avg_d=5.730 std_dev=2.359
O2' B 0, 3.644, 6.245, 8.847, 8.346 max_d=8.346 avg_d=6.245 std_dev=2.602
N9 B 0, 3.540, 6.230, 8.920, 8.379 max_d=8.379 avg_d=6.230 std_dev=2.690
C8 B 0, 3.640, 6.482, 9.324, 8.728 max_d=8.728 avg_d=6.482 std_dev=2.842
C4 B 0, 4.498, 7.800, 11.101, 10.285 max_d=10.285 avg_d=7.800 std_dev=3.302
N7 B 0, 4.623, 8.094, 11.566, 10.670 max_d=10.670 avg_d=8.094 std_dev=3.472
N3 B 0, 4.985, 8.572, 12.159, 11.201 max_d=11.201 avg_d=8.572 std_dev=3.587
C5 B 0, 5.057, 8.777, 12.497, 11.505 max_d=11.505 avg_d=8.777 std_dev=3.720
C2 B 0, 5.898, 10.125, 14.352, 13.149 max_d=13.149 avg_d=10.125 std_dev=4.227
C6 B 0, 6.069, 10.466, 14.864, 13.592 max_d=13.592 avg_d=10.466 std_dev=4.398
N1 B 0, 6.409, 11.017, 15.624, 14.277 max_d=14.277 avg_d=11.017 std_dev=4.607
N6 B 0, 6.819, 11.741, 16.663, 15.153 max_d=15.153 avg_d=11.741 std_dev=4.922

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.31 0.01 0.42 0.11 0.24
C2 0.02 0.00 0.44 0.57 0.01 0.19 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.69 0.13 0.15 0.01 0.11 0.39 0.08
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.21 0.01 0.08 0.03 0.16 0.24 0.31 0.55 0.45 0.16 0.04 0.00 0.02 0.01 0.17 0.11 0.29 0.21 0.18
C3' 0.01 0.57 0.00 0.00 0.30 0.00 0.19 0.02 0.30 0.23 0.47 0.68 0.52 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.26 0.25 0.33 0.23 0.25
C4 0.01 0.01 0.21 0.30 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.33 0.06 0.30 0.01 0.28 0.19 0.22
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.16 0.08 0.18 0.21 0.16 0.10 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.16 0.31 0.09 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.19 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.20 0.01 0.40 0.01 0.33 0.19 0.31
C5' 0.04 0.26 0.03 0.02 0.21 0.01 0.26 0.00 0.30 0.21 0.30 0.27 0.21 0.26 0.15 0.06 0.03 0.01 0.01 0.33 0.44 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.30 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.35 0.03 0.33 0.00 0.24 0.29 0.25
C8 0.01 0.01 0.24 0.23 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.26 0.12 0.61 0.01 0.56 0.28 0.50
N1 0.01 0.00 0.31 0.47 0.01 0.18 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.57 0.08 0.22 0.01 0.14 0.38 0.14
N2 0.02 0.01 0.55 0.68 0.01 0.21 0.02 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.33 0.88 0.17 0.11 0.01 0.11 0.49 0.11
N3 0.02 0.00 0.45 0.52 0.01 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.62 0.14 0.16 0.01 0.17 0.30 0.09
N7 0.00 0.01 0.16 0.12 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.16 0.08 0.56 0.01 0.49 0.23 0.47
N9 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.41 0.01 0.42 0.13 0.32
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.16 0.16 0.33 0.25 0.15 0.04 0.00 0.04 0.09 0.13 0.09 0.31 0.14 0.16
O3' 0.01 0.69 0.02 0.01 0.33 0.02 0.20 0.03 0.35 0.26 0.57 0.88 0.62 0.16 0.06 0.04 0.00 0.02 0.48 0.29 0.50 0.28 0.39
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.08 0.17 0.14 0.08 0.01 0.09 0.02 0.00 0.38 0.01 0.52 0.16 0.29
O5' 0.31 0.15 0.17 0.26 0.30 0.01 0.40 0.01 0.33 0.61 0.22 0.11 0.16 0.56 0.41 0.13 0.48 0.38 0.00 0.37 0.02 0.03 0.00
O6 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01 0.16 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.37 0.00 0.27 0.30 0.29
OP1 0.42 0.11 0.29 0.33 0.28 0.31 0.33 0.44 0.24 0.56 0.14 0.11 0.17 0.49 0.42 0.31 0.50 0.52 0.02 0.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.39 0.21 0.23 0.19 0.09 0.19 0.26 0.29 0.28 0.38 0.49 0.30 0.23 0.13 0.14 0.28 0.16 0.03 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.08 0.18 0.25 0.22 0.07 0.31 0.01 0.25 0.50 0.14 0.11 0.09 0.47 0.32 0.16 0.39 0.29 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.81 0.87 0.85 0.67 0.86 0.77 0.96 0.98 0.91 1.10 0.88 0.82 0.95 1.13 0.91 0.95 0.54 0.86 0.83 0.28 0.17 0.29
C2 0.68 1.45 0.82 0.63 1.10 0.37 1.17 0.37 1.39 0.80 1.52 1.25 1.46 1.01 0.84 0.86 0.60 0.41 0.49 0.26 0.19 0.23
C2' 0.73 0.94 0.81 0.58 0.90 0.55 1.02 0.70 1.06 0.94 1.00 0.87 1.14 1.07 0.84 0.98 0.51 0.66 0.37 0.36 0.56 0.35
C3' 0.47 0.73 0.73 0.51 0.61 0.26 0.68 0.46 0.74 0.61 0.73 0.69 0.85 0.75 0.52 0.92 0.68 0.30 0.25 0.61 0.82 0.63
C4 0.60 1.20 0.78 0.59 0.95 0.34 1.02 0.42 1.14 0.80 1.22 1.06 1.19 0.99 0.76 0.80 0.58 0.40 0.55 0.26 0.16 0.24
C4' 0.42 0.72 0.70 0.41 0.48 0.43 0.49 0.87 0.50 0.63 0.60 0.67 0.55 0.66 0.44 0.89 0.47 0.44 0.56 0.25 0.47 0.29
C5 0.68 1.27 0.85 0.73 1.07 0.41 1.13 0.34 1.26 0.82 1.31 1.15 1.28 1.01 0.85 0.79 0.74 0.41 0.39 0.25 0.23 0.22
C5' 0.53 0.97 1.00 0.63 0.59 0.12 0.32 0.64 0.42 0.28 0.71 0.97 0.34 0.35 0.38 1.26 0.98 0.06 0.50 0.46 0.62 0.49
C6 0.80 1.46 0.91 0.81 1.24 0.54 1.34 0.43 1.51 0.96 1.55 1.31 1.57 1.18 1.00 0.83 0.79 0.55 0.31 0.25 0.27 0.21
C8 0.50 0.91 0.74 0.61 0.77 0.29 0.82 0.41 0.87 0.77 0.91 0.84 0.90 0.88 0.65 0.69 0.67 0.39 0.54 0.25 0.16 0.24
N1 0.77 1.54 0.88 0.73 1.23 0.46 1.32 0.37 1.55 0.89 1.64 1.34 1.63 1.12 0.95 0.85 0.70 0.49 0.38 0.26 0.24 0.22
N2 0.68 1.51 0.82 0.62 1.11 0.38 1.17 0.40 1.42 0.78 1.58 1.28 1.50 0.99 0.84 0.89 0.58 0.41 0.51 0.27 0.18 0.24
N3 0.63 1.28 0.79 0.58 0.99 0.38 1.06 0.48 1.21 0.80 1.32 1.12 1.28 1.00 0.78 0.86 0.55 0.43 0.59 0.27 0.16 0.25
N7 0.64 1.09 0.85 0.80 0.96 0.43 1.00 0.33 1.07 0.78 1.11 1.02 1.09 0.93 0.79 0.75 0.82 0.39 0.35 0.24 0.25 0.21
N9 0.58 0.97 0.74 0.53 0.82 0.42 0.90 0.60 0.95 0.89 0.98 0.88 0.99 1.02 0.73 0.78 0.52 0.53 0.66 0.26 0.13 0.26
O2' 1.14 1.19 1.17 1.00 1.21 1.03 1.27 1.11 1.26 1.23 1.22 1.17 1.27 1.28 1.20 1.35 0.84 1.11 0.67 0.15 0.41 0.11
O3' 0.45 0.70 0.67 0.45 0.60 0.26 0.71 0.47 0.79 0.61 0.75 0.64 0.93 0.76 0.52 0.90 0.62 0.31 0.33 0.92 1.01 0.86
O4' 0.58 0.82 0.75 0.59 0.57 0.74 0.59 1.15 0.58 0.84 0.71 0.73 0.58 0.79 0.61 0.86 0.48 0.74 0.97 0.58 0.31 0.52
O5' 1.45 1.51 1.79 1.57 1.32 1.16 0.96 0.71 0.95 0.79 1.22 1.61 0.67 0.63 1.23 1.96 1.85 1.13 0.96 0.62 1.31 1.00
O6 0.92 1.50 0.98 0.93 1.33 0.70 1.47 0.60 1.63 1.12 1.61 1.36 1.72 1.36 1.12 0.87 0.90 0.71 0.20 0.24 0.33 0.19
OP1 2.02 1.96 2.38 2.09 1.72 1.79 1.26 1.11 1.23 1.11 1.58 2.10 0.89 0.90 1.65 2.84 2.68 1.72 1.49 0.91 1.39 1.26
OP2 1.66 1.39 2.01 2.06 1.28 1.76 0.86 1.28 0.79 0.83 1.06 1.54 0.47 0.58 1.29 2.27 2.63 1.50 1.73 1.34 1.41 1.54
P 1.87 1.73 2.23 2.11 1.57 1.73 1.16 1.10 1.11 1.04 1.40 1.87 0.80 0.83 1.53 2.52 2.67 1.61 1.45 0.84 1.39 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.34 0.23 0.38 0.10
C2 0.02 0.00 0.15 0.19 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.04 0.37 0.13 0.51 0.16
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.09 0.11 0.12 0.15 0.09 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.31 0.40 0.87 0.45
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.19 0.09 0.20 0.17 0.19 0.12 0.10 0.01 0.00 0.01 0.37 0.46 1.10 0.65
C4 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.08 0.02 0.42 0.18 0.40 0.16
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.05 0.15 0.03 0.00 0.02 0.22 0.49 0.16
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.11 0.01 0.49 0.25 0.37 0.25
C5' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.11 0.08 0.15 0.14 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.33 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.14 0.01 0.48 0.22 0.39 0.24
C8 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.06 0.04 0.55 0.37 0.38 0.33
N1 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.03 0.43 0.15 0.43 0.18
N3 0.02 0.00 0.15 0.17 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.10 0.04 0.34 0.14 0.52 0.15
N6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.22 0.16 0.01 0.52 0.28 0.44 0.30
N7 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.09 0.03 0.55 0.38 0.46 0.36
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01 0.44 0.24 0.32 0.17
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.14 0.15 0.19 0.10 0.20 0.15 0.18 0.11 0.22 0.19 0.11 0.00 0.04 0.12 0.13 0.42 0.86 0.42
O3' 0.06 0.13 0.01 0.00 0.08 0.03 0.11 0.08 0.14 0.06 0.15 0.10 0.16 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.61 0.79 1.42 0.94
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.00 0.44 0.41 0.18 0.26
O5' 0.34 0.37 0.31 0.37 0.42 0.02 0.49 0.01 0.48 0.55 0.43 0.34 0.52 0.55 0.44 0.13 0.61 0.44 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.23 0.13 0.40 0.46 0.18 0.22 0.25 0.33 0.22 0.37 0.15 0.14 0.28 0.38 0.24 0.42 0.79 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.51 0.87 1.10 0.40 0.49 0.37 0.28 0.39 0.38 0.43 0.52 0.44 0.46 0.32 0.86 1.42 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.45 0.65 0.16 0.16 0.25 0.01 0.24 0.33 0.18 0.15 0.30 0.36 0.17 0.42 0.94 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00