ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49933

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2' A 0, 0.075, 0.261, 0.446, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.261 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.086, 0.287, 0.488, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.287 std_dev=0.201
O4' A 0, 0.089, 0.302, 0.514, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.302 std_dev=0.212
C4' A 0, 0.138, 0.462, 0.786, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.462 std_dev=0.324
C3' A 0, 0.141, 0.478, 0.815, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.478 std_dev=0.337
C5' B 0, 0.029, 0.369, 0.709, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.369 std_dev=0.340
O5' B 0, 0.158, 0.498, 0.839, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.498 std_dev=0.341
P B 0, 0.171, 0.541, 0.912, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.541 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.123, 0.528, 0.932, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.528 std_dev=0.405
C4' B 0, 0.072, 0.491, 0.910, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.491 std_dev=0.419
OP2 B 0, 0.193, 0.616, 1.038, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.616 std_dev=0.423
OP1 B 0, 0.198, 0.636, 1.075, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.636 std_dev=0.438
O3' A 0, 0.190, 0.642, 1.095, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.642 std_dev=0.453
C2 B 0, 0.186, 0.645, 1.103, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.645 std_dev=0.459
N3 B 0, 0.187, 0.656, 1.125, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.656 std_dev=0.469
N1 B 0, 0.201, 0.674, 1.147, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.674 std_dev=0.473
C4 B 0, 0.208, 0.699, 1.190, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.699 std_dev=0.491
C1' B 0, 0.193, 0.689, 1.184, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.689 std_dev=0.495
N9 B 0, 0.224, 0.740, 1.256, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.740 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.176, 0.710, 1.244, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.710 std_dev=0.534
C6 B 0, 0.240, 0.774, 1.309, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.774 std_dev=0.534
C5' A 0, 0.233, 0.774, 1.316, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.774 std_dev=0.541
C5 B 0, 0.246, 0.792, 1.339, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.792 std_dev=0.547
C2' B 0, 0.202, 0.751, 1.300, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.751 std_dev=0.549
C8 B 0, 0.271, 0.870, 1.469, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.870 std_dev=0.599
N6 B 0, 0.278, 0.889, 1.500, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.889 std_dev=0.611
O3' B 0, 0.244, 0.867, 1.490, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.867 std_dev=0.623
O5' A 0, 0.279, 0.909, 1.539, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.909 std_dev=0.630
N7 B 0, 0.287, 0.921, 1.556, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.921 std_dev=0.635
O2' B 0, 0.284, 0.984, 1.684, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.984 std_dev=0.700
OP1 A 0, 0.335, 1.076, 1.818, 1.659 max_d=1.659 avg_d=1.076 std_dev=0.742
P A 0, 0.349, 1.120, 1.891, 1.691 max_d=1.691 avg_d=1.120 std_dev=0.771
OP2 A 0, 0.393, 1.272, 2.151, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.272 std_dev=0.879

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.24 0.21 0.15
C2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.11 0.35 0.00 0.27 0.18 0.26
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03 0.26 0.27 0.17
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.20 0.21 0.13
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.25 0.00 0.14 0.07 0.12
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.11 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.21 0.19 0.16
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.22 0.01 0.15 0.05 0.12
C5' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.09 0.12 0.19 0.14 0.07 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.27 0.00 0.21 0.10 0.20
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.01 0.17 0.15 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.09 0.33 0.00 0.27 0.17 0.26
N2 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.14 0.39 0.01 0.33 0.24 0.31
N3 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.11 0.32 0.00 0.20 0.13 0.20
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.11 0.02 0.12 0.08 0.04
N9 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.16 0.12 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.37 0.41 0.30
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.22 0.27 0.18
O4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.14 0.11 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.03 0.23 0.15 0.14
O5' 0.09 0.35 0.06 0.04 0.25 0.00 0.22 0.01 0.27 0.06 0.33 0.39 0.32 0.11 0.14 0.03 0.03 0.07 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.25 0.00 0.21 0.09 0.19
OP1 0.24 0.27 0.26 0.20 0.14 0.21 0.15 0.06 0.21 0.17 0.27 0.33 0.20 0.12 0.16 0.37 0.22 0.23 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.18 0.27 0.21 0.07 0.19 0.05 0.01 0.10 0.15 0.17 0.24 0.13 0.08 0.12 0.41 0.27 0.15 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.26 0.17 0.13 0.12 0.16 0.12 0.01 0.20 0.08 0.26 0.31 0.20 0.04 0.07 0.30 0.18 0.14 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.19 0.16 0.10 0.16 0.04 0.19 0.09 0.22 0.15 0.23 0.15 0.25 0.18 0.12 0.27 0.12 0.02 0.02 0.11 0.23 0.12
C2 0.08 0.08 0.09 0.19 0.07 0.23 0.18 0.28 0.23 0.13 0.19 0.01 0.31 0.20 0.06 0.02 0.17 0.17 0.18 0.17 0.19 0.16
C2' 0.09 0.25 0.17 0.10 0.18 0.02 0.21 0.07 0.26 0.14 0.28 0.19 0.29 0.19 0.13 0.25 0.11 0.04 0.03 0.14 0.24 0.12
C3' 0.17 0.35 0.25 0.20 0.26 0.11 0.29 0.05 0.34 0.22 0.37 0.29 0.36 0.26 0.21 0.31 0.19 0.09 0.10 0.18 0.23 0.14
C4 0.03 0.18 0.07 0.07 0.14 0.14 0.20 0.21 0.25 0.14 0.25 0.11 0.30 0.20 0.09 0.17 0.06 0.09 0.13 0.12 0.19 0.14
C4' 0.20 0.29 0.27 0.23 0.25 0.14 0.28 0.06 0.30 0.23 0.31 0.26 0.32 0.26 0.22 0.35 0.25 0.12 0.12 0.24 0.26 0.18
C5 0.02 0.23 0.06 0.10 0.17 0.17 0.23 0.25 0.29 0.15 0.29 0.15 0.32 0.22 0.11 0.16 0.09 0.10 0.17 0.17 0.18 0.17
C5' 0.27 0.34 0.31 0.29 0.30 0.22 0.32 0.14 0.34 0.28 0.35 0.31 0.35 0.31 0.28 0.38 0.32 0.21 0.18 0.33 0.30 0.26
C6 0.07 0.19 0.08 0.23 0.14 0.26 0.24 0.31 0.30 0.14 0.29 0.08 0.35 0.23 0.07 0.03 0.20 0.17 0.22 0.24 0.18 0.21
C8 0.13 0.27 0.21 0.13 0.22 0.03 0.24 0.10 0.28 0.18 0.30 0.23 0.30 0.22 0.17 0.30 0.13 0.02 0.05 0.10 0.20 0.13
N1 0.11 0.10 0.14 0.25 0.09 0.27 0.20 0.31 0.27 0.14 0.23 0.01 0.34 0.22 0.07 0.04 0.23 0.20 0.21 0.23 0.18 0.19
N2 0.12 0.01 0.13 0.22 0.06 0.25 0.16 0.29 0.21 0.13 0.14 0.06 0.29 0.20 0.08 0.04 0.20 0.19 0.18 0.18 0.19 0.16
N3 0.03 0.12 0.03 0.11 0.09 0.17 0.18 0.23 0.23 0.13 0.20 0.05 0.29 0.19 0.06 0.11 0.09 0.12 0.14 0.12 0.20 0.13
N7 0.10 0.30 0.17 0.07 0.23 0.09 0.26 0.18 0.30 0.19 0.32 0.24 0.32 0.24 0.17 0.25 0.07 0.03 0.14 0.15 0.18 0.17
N9 0.08 0.21 0.15 0.07 0.17 0.07 0.21 0.13 0.25 0.16 0.26 0.16 0.28 0.20 0.13 0.25 0.09 0.03 0.06 0.09 0.21 0.12
O2' 0.06 0.17 0.14 0.09 0.12 0.04 0.15 0.10 0.19 0.10 0.20 0.13 0.22 0.14 0.09 0.24 0.11 0.07 0.02 0.15 0.24 0.13
O3' 0.19 0.37 0.26 0.22 0.28 0.14 0.30 0.10 0.35 0.22 0.39 0.31 0.37 0.27 0.22 0.32 0.22 0.11 0.14 0.20 0.22 0.16
O4' 0.16 0.22 0.23 0.18 0.20 0.08 0.23 0.01 0.25 0.20 0.25 0.20 0.27 0.23 0.18 0.33 0.21 0.07 0.06 0.18 0.24 0.14
O5' 0.10 0.14 0.14 0.11 0.12 0.04 0.13 0.07 0.14 0.11 0.15 0.12 0.15 0.13 0.11 0.22 0.16 0.05 0.10 0.29 0.26 0.21
O6 0.12 0.22 0.17 0.31 0.16 0.32 0.27 0.35 0.34 0.15 0.33 0.10 0.38 0.25 0.08 0.07 0.28 0.22 0.25 0.31 0.19 0.24
OP1 0.17 0.26 0.19 0.13 0.22 0.10 0.24 0.11 0.26 0.19 0.27 0.24 0.27 0.22 0.19 0.24 0.13 0.13 0.16 0.31 0.32 0.26
OP2 0.18 0.31 0.21 0.16 0.25 0.12 0.27 0.09 0.31 0.21 0.33 0.27 0.33 0.25 0.21 0.26 0.17 0.13 0.15 0.31 0.30 0.25
P 0.12 0.22 0.15 0.10 0.17 0.05 0.19 0.07 0.22 0.14 0.23 0.19 0.23 0.17 0.14 0.21 0.10 0.07 0.12 0.29 0.27 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.19 0.07 0.07
C2 0.04 0.00 0.05 0.11 0.00 0.18 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.11 0.34 0.42 0.26 0.31
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.15 0.12 0.09
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.11 0.09
C4 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.18 0.31 0.15 0.17
C4' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.16 0.16 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.08
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.19 0.31 0.15 0.17
C5' 0.03 0.29 0.04 0.01 0.17 0.00 0.17 0.00 0.22 0.06 0.27 0.25 0.22 0.11 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.26 0.36 0.20 0.23
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.21 0.06 0.07
N1 0.03 0.00 0.05 0.10 0.01 0.16 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.09 0.32 0.41 0.25 0.29
N3 0.04 0.00 0.05 0.10 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.10 0.27 0.37 0.21 0.25
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.26 0.35 0.19 0.23
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.25 0.10 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.23 0.08 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.15 0.10
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.12 0.13 0.07
O4' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.09 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.23 0.09 0.09
O5' 0.04 0.34 0.09 0.07 0.18 0.00 0.19 0.01 0.26 0.06 0.32 0.27 0.26 0.12 0.08 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.42 0.15 0.13 0.31 0.17 0.31 0.08 0.36 0.21 0.41 0.37 0.35 0.25 0.23 0.14 0.12 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.26 0.12 0.11 0.15 0.10 0.15 0.01 0.20 0.06 0.25 0.21 0.19 0.10 0.08 0.15 0.13 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.31 0.09 0.09 0.17 0.08 0.17 0.01 0.23 0.07 0.29 0.25 0.23 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00