ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49934

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.028, 0.069, 0.109, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.069 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.029, 0.082, 0.135, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.082 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.039, 0.111, 0.183, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.111 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.053, 0.136, 0.219, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.136 std_dev=0.083
O2' A 0, -0.002, 0.097, 0.197, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.097 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.069, 0.180, 0.290, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.180 std_dev=0.110
O3' A 0, 0.082, 0.212, 0.341, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.212 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.051, 0.200, 0.349, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.200 std_dev=0.149
P A 0, 0.118, 0.308, 0.498, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.308 std_dev=0.190
OP2 B 0, 0.141, 0.344, 0.547, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.344 std_dev=0.203
OP1 A 0, 0.111, 0.346, 0.581, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.346 std_dev=0.235
N6 B 0, 0.162, 0.428, 0.694, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.428 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.110, 0.380, 0.649, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.380 std_dev=0.269
P B 0, 0.175, 0.452, 0.729, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.452 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.168, 0.447, 0.727, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.447 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.081, 0.371, 0.661, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.371 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.107, 0.399, 0.690, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.399 std_dev=0.292
C8 B 0, 0.104, 0.397, 0.691, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.397 std_dev=0.294
N7 B 0, 0.083, 0.378, 0.674, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.378 std_dev=0.296
OP1 B 0, 0.209, 0.506, 0.804, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.506 std_dev=0.297
O3' B 0, 0.103, 0.406, 0.709, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.406 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.111, 0.418, 0.726, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.418 std_dev=0.307
OP2 A 0, 0.135, 0.443, 0.752, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.443 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.210, 0.524, 0.837, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.524 std_dev=0.313
O5' B 0, 0.185, 0.504, 0.822, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.504 std_dev=0.318
N3 B 0, 0.171, 0.491, 0.812, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.491 std_dev=0.320
N9 B 0, 0.062, 0.385, 0.708, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.385 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.088, 0.413, 0.737, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.413 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.123, 0.450, 0.778, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.450 std_dev=0.328
C5' B 0, 0.154, 0.484, 0.813, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.484 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.209, 0.541, 0.874, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.541 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.112, 0.451, 0.791, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.451 std_dev=0.339
O2' B 0, 0.063, 0.418, 0.773, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.418 std_dev=0.355

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.18 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.05 0.13 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.26 0.12
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.25 0.13
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.13 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.15 0.06
C5 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.10 0.05
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.06 0.10 0.06
C8 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.00 0.05 0.12 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04 0.00 0.05 0.11 0.05
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.14 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.14 0.05
N7 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.15 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.26 0.12
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.18 0.27 0.16
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.02 0.05 0.10 0.12 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.18 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.13 0.26 0.25 0.13 0.15 0.10 0.04 0.10 0.12 0.11 0.14 0.14 0.09 0.15 0.26 0.27 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.12 0.13 0.04 0.06 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.12 0.16 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.15 0.10 0.09 0.11 0.05 0.09 0.09 0.15 0.13 0.15 0.15 0.11 0.13 0.15 0.05 0.13 0.12 0.09 0.12 0.11
C2 0.28 0.31 0.23 0.17 0.29 0.21 0.24 0.21 0.21 0.26 0.26 0.32 0.10 0.23 0.28 0.24 0.12 0.25 0.20 0.15 0.15 0.19
C2' 0.10 0.15 0.08 0.03 0.08 0.03 0.05 0.03 0.09 0.13 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.07 0.04 0.07 0.07 0.11 0.08 0.08
C3' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.15 0.09 0.19 0.14 0.17 0.09 0.04 0.02 0.07 0.02 0.06 0.09 0.07 0.06
C4 0.24 0.20 0.21 0.16 0.20 0.18 0.13 0.17 0.09 0.22 0.14 0.23 0.10 0.16 0.23 0.21 0.10 0.21 0.18 0.13 0.15 0.17
C4' 0.05 0.21 0.05 0.04 0.08 0.04 0.12 0.05 0.20 0.09 0.23 0.15 0.23 0.11 0.03 0.04 0.01 0.04 0.09 0.06 0.11 0.08
C5 0.23 0.14 0.19 0.16 0.18 0.19 0.14 0.19 0.09 0.23 0.11 0.18 0.13 0.18 0.22 0.19 0.11 0.21 0.20 0.17 0.15 0.20
C5' 0.04 0.30 0.03 0.03 0.16 0.03 0.19 0.05 0.26 0.10 0.31 0.23 0.29 0.14 0.08 0.04 0.03 0.03 0.11 0.04 0.13 0.09
C6 0.24 0.17 0.20 0.16 0.22 0.21 0.19 0.22 0.13 0.25 0.13 0.21 0.11 0.23 0.24 0.20 0.12 0.23 0.23 0.21 0.16 0.23
C8 0.17 0.11 0.16 0.13 0.09 0.14 0.09 0.13 0.13 0.17 0.13 0.10 0.19 0.14 0.14 0.16 0.09 0.15 0.16 0.12 0.14 0.15
N1 0.27 0.26 0.22 0.17 0.27 0.22 0.24 0.22 0.20 0.27 0.22 0.28 0.11 0.25 0.27 0.22 0.12 0.25 0.22 0.19 0.16 0.22
N2 0.29 0.37 0.24 0.18 0.32 0.22 0.27 0.21 0.26 0.27 0.33 0.36 0.16 0.24 0.30 0.26 0.13 0.27 0.20 0.15 0.15 0.19
N3 0.26 0.28 0.23 0.16 0.26 0.19 0.19 0.18 0.14 0.24 0.22 0.30 0.06 0.19 0.26 0.24 0.11 0.23 0.18 0.13 0.14 0.17
N7 0.19 0.10 0.17 0.15 0.12 0.17 0.11 0.17 0.13 0.21 0.12 0.11 0.18 0.17 0.17 0.17 0.11 0.18 0.20 0.18 0.15 0.20
N9 0.19 0.14 0.18 0.13 0.13 0.14 0.07 0.13 0.09 0.18 0.12 0.16 0.15 0.12 0.17 0.18 0.08 0.16 0.15 0.10 0.13 0.14
O2' 0.11 0.15 0.09 0.04 0.09 0.04 0.05 0.03 0.06 0.14 0.12 0.14 0.11 0.11 0.11 0.09 0.04 0.08 0.06 0.12 0.07 0.07
O3' 0.02 0.19 0.03 0.05 0.09 0.05 0.09 0.03 0.14 0.08 0.19 0.15 0.16 0.08 0.04 0.06 0.12 0.03 0.05 0.11 0.03 0.04
O4' 0.12 0.17 0.13 0.11 0.04 0.11 0.09 0.10 0.18 0.11 0.21 0.11 0.23 0.10 0.08 0.14 0.08 0.11 0.13 0.07 0.13 0.11
O5' 0.06 0.30 0.07 0.01 0.19 0.01 0.20 0.05 0.26 0.10 0.30 0.25 0.27 0.14 0.10 0.09 0.00 0.03 0.12 0.07 0.14 0.11
O6 0.22 0.14 0.18 0.16 0.19 0.21 0.18 0.23 0.13 0.24 0.12 0.17 0.12 0.23 0.22 0.18 0.12 0.23 0.24 0.25 0.15 0.25
OP1 0.02 0.20 0.03 0.01 0.12 0.01 0.13 0.02 0.18 0.07 0.21 0.16 0.20 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.03 0.17 0.01 0.07
OP2 0.03 0.25 0.04 0.01 0.17 0.05 0.19 0.07 0.25 0.09 0.27 0.20 0.27 0.14 0.09 0.03 0.00 0.02 0.13 0.06 0.05 0.03
P 0.03 0.22 0.04 0.01 0.14 0.02 0.16 0.03 0.21 0.08 0.23 0.18 0.22 0.12 0.07 0.03 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.03 0.10 0.07 0.04
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.05 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.03 0.06 0.09 0.05
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.10 0.10 0.11
N1 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.03 0.09 0.08 0.04
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.02 0.09 0.05 0.03
N6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.03 0.07 0.11 0.06
N7 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.09 0.10 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.04
O3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.11 0.05 0.13 0.10 0.12 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.05 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.10 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.01 0.06 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.04 0.12 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.04 0.09 0.10 0.08 0.05 0.11 0.10 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.11 0.04 0.03 0.06 0.10 0.06 0.04 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00