ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49935

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N7 A 0, -0.002, 0.012, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C2' A 0, -0.001, 0.086, 0.173, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.086 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.035, 0.138, 0.241, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.138 std_dev=0.103
O4' A 0, -0.027, 0.077, 0.180, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.077 std_dev=0.104
C5' B 0, 0.071, 0.178, 0.285, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.178 std_dev=0.107
C4' B 0, 0.053, 0.167, 0.280, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.167 std_dev=0.113
O4' B 0, 0.042, 0.158, 0.273, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.158 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.043, 0.168, 0.293, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.168 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.030, 0.158, 0.287, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.158 std_dev=0.128
O5' B 0, 0.076, 0.212, 0.349, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.212 std_dev=0.136
P B 0, 0.082, 0.241, 0.399, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.241 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.088, 0.247, 0.406, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.247 std_dev=0.159
P A 0, 0.075, 0.258, 0.440, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.258 std_dev=0.182
C3' B 0, 0.081, 0.268, 0.455, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.268 std_dev=0.187
C1' B 0, 0.094, 0.288, 0.482, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.288 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.097, 0.299, 0.501, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.299 std_dev=0.202
N9 B 0, 0.104, 0.307, 0.509, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.307 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.089, 0.292, 0.496, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.292 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.087, 0.294, 0.500, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.294 std_dev=0.206
N1 B 0, 0.099, 0.307, 0.515, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.307 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.114, 0.327, 0.539, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.327 std_dev=0.213
C8 B 0, 0.122, 0.336, 0.550, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.336 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.116, 0.331, 0.547, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.331 std_dev=0.216
O3' B 0, 0.067, 0.283, 0.499, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.283 std_dev=0.216
OP2 B 0, 0.078, 0.296, 0.515, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.296 std_dev=0.218
N7 B 0, 0.131, 0.355, 0.578, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.355 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.113, 0.349, 0.585, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.349 std_dev=0.236
N6 B 0, 0.136, 0.378, 0.619, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.378 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.043, 0.288, 0.533, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.288 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.127, 0.399, 0.671, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.399 std_dev=0.272
O2' B 0, 0.157, 0.481, 0.804, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.481 std_dev=0.323
OP2 A 0, 0.049, 0.439, 0.828, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.439 std_dev=0.390
O5' A 0, 0.025, 0.418, 0.812, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.418 std_dev=0.394
OP1 A 0, 0.002, 0.508, 1.014, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.508 std_dev=0.506

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.02 0.22 0.34 0.12
C2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.10 0.00 0.29 0.34 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.23 0.34 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.26 0.05 0.32 0.27 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.14 0.01 0.30 0.33 0.09
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.32 0.06
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.16 0.01 0.35 0.31 0.08
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.43 0.23 0.01
C6 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.14 0.00 0.36 0.31 0.08
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.20 0.01 0.36 0.29 0.09
N1 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.12 0.00 0.32 0.33 0.08
N2 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.05 0.08 0.01 0.26 0.34 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.11 0.01 0.27 0.34 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.19 0.01 0.38 0.28 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.30 0.32 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.41 0.14
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.45 0.06 0.28 0.26 0.10
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.27 0.03 0.22 0.34 0.16
O5' 0.14 0.10 0.10 0.26 0.14 0.01 0.16 0.01 0.14 0.20 0.12 0.08 0.11 0.19 0.16 0.05 0.45 0.27 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.15 0.00 0.38 0.30 0.07
OP1 0.22 0.29 0.23 0.32 0.30 0.27 0.35 0.43 0.36 0.36 0.32 0.26 0.27 0.38 0.30 0.06 0.28 0.22 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.34 0.34 0.27 0.33 0.32 0.31 0.23 0.31 0.29 0.33 0.34 0.34 0.28 0.32 0.41 0.26 0.34 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.09 0.05 0.05 0.09 0.06 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.10 0.16 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.10 0.19 0.18 0.11 0.10 0.12 0.06 0.11 0.15 0.10 0.10 0.11 0.14 0.13 0.26 0.21 0.10 0.09 0.17 0.06 0.04
C2 0.10 0.05 0.15 0.16 0.07 0.09 0.08 0.05 0.07 0.11 0.05 0.05 0.07 0.10 0.09 0.23 0.19 0.07 0.11 0.11 0.15 0.06
C2' 0.05 0.07 0.10 0.10 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.19 0.13 0.04 0.01 0.21 0.02 0.06
C3' 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.13 0.08 0.05 0.04 0.20 0.04 0.08
C4 0.11 0.06 0.16 0.17 0.08 0.09 0.09 0.06 0.08 0.12 0.07 0.06 0.08 0.12 0.10 0.23 0.20 0.08 0.11 0.12 0.15 0.05
C4' 0.15 0.17 0.18 0.15 0.16 0.09 0.15 0.04 0.15 0.15 0.16 0.17 0.15 0.15 0.15 0.25 0.20 0.12 0.02 0.17 0.06 0.07
C5 0.11 0.06 0.15 0.16 0.08 0.10 0.09 0.06 0.08 0.12 0.06 0.06 0.09 0.12 0.10 0.21 0.20 0.08 0.12 0.09 0.20 0.08
C5' 0.20 0.25 0.18 0.16 0.22 0.13 0.21 0.05 0.22 0.18 0.24 0.24 0.21 0.19 0.20 0.23 0.22 0.17 0.02 0.14 0.14 0.09
C6 0.10 0.05 0.14 0.15 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.11 0.05 0.05 0.08 0.11 0.09 0.20 0.19 0.07 0.12 0.07 0.21 0.09
C8 0.12 0.07 0.16 0.17 0.10 0.11 0.11 0.07 0.10 0.14 0.08 0.08 0.11 0.13 0.11 0.22 0.20 0.10 0.12 0.12 0.18 0.06
N1 0.10 0.05 0.15 0.16 0.06 0.09 0.08 0.05 0.06 0.11 0.05 0.05 0.07 0.10 0.09 0.21 0.19 0.07 0.12 0.09 0.18 0.08
N2 0.10 0.05 0.15 0.15 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.11 0.05 0.05 0.06 0.10 0.09 0.23 0.19 0.07 0.10 0.12 0.14 0.05
N3 0.11 0.06 0.16 0.16 0.08 0.09 0.09 0.05 0.07 0.12 0.06 0.06 0.08 0.11 0.10 0.23 0.20 0.08 0.10 0.13 0.13 0.05
N7 0.11 0.06 0.15 0.16 0.08 0.10 0.10 0.07 0.09 0.13 0.07 0.06 0.10 0.13 0.10 0.20 0.20 0.09 0.13 0.08 0.22 0.09
N9 0.12 0.08 0.17 0.17 0.10 0.10 0.11 0.06 0.10 0.14 0.08 0.08 0.10 0.13 0.12 0.24 0.21 0.09 0.11 0.14 0.13 0.04
O2' 0.11 0.08 0.18 0.17 0.08 0.07 0.08 0.04 0.07 0.11 0.07 0.08 0.07 0.10 0.10 0.27 0.19 0.07 0.07 0.18 0.04 0.04
O3' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.09 0.04 0.07 0.06 0.19 0.06 0.09
O4' 0.20 0.18 0.24 0.23 0.19 0.16 0.19 0.11 0.18 0.21 0.18 0.18 0.18 0.21 0.20 0.31 0.26 0.16 0.11 0.16 0.04 0.05
O5' 0.10 0.28 0.07 0.10 0.18 0.06 0.15 0.10 0.20 0.04 0.26 0.25 0.19 0.07 0.10 0.11 0.03 0.11 0.22 0.08 0.21 0.16
O6 0.09 0.05 0.13 0.15 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.11 0.05 0.05 0.08 0.11 0.08 0.19 0.19 0.07 0.13 0.04 0.23 0.11
OP1 0.07 0.13 0.17 0.05 0.13 0.22 0.16 0.31 0.16 0.15 0.16 0.12 0.18 0.17 0.12 0.39 0.01 0.10 0.44 0.54 0.64 0.56
OP2 0.02 0.12 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.07 0.08 0.12 0.07 0.07 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.11 0.03 0.03
P 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.16 0.00 0.04 0.09 0.18 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.08 0.09 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.03 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.06
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.05
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.05 0.12 0.08 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.12 0.08 0.08
C8 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.04 0.04 0.05 0.13 0.06 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.10 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.08 0.04
N6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.05 0.03 0.05 0.15 0.08 0.10
N7 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.04 0.04 0.06 0.14 0.08 0.10
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.02 0.08 0.11 0.04 0.04 0.12 0.12 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.10 0.05 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.14 0.05 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.06
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.12 0.02 0.12 0.13 0.10 0.07 0.15 0.14 0.10 0.10 0.14 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.03 0.03 0.07 0.05 0.08 0.03 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07 0.04 0.10 0.10 0.06 0.05 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00