ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49937

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.043 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.011, 0.049, 0.086, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.049 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.029, 0.071, 0.112, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.071 std_dev=0.042
C5 A 0, 0.025, 0.068, 0.110, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.068 std_dev=0.042
N9 A 0, 0.028, 0.083, 0.139, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.083 std_dev=0.055
O6 A 0, 0.039, 0.112, 0.185, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.112 std_dev=0.073
N7 A 0, 0.062, 0.160, 0.259, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.160 std_dev=0.099
O4' A 0, 0.042, 0.145, 0.249, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.145 std_dev=0.104
C8 A 0, 0.064, 0.175, 0.285, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.175 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.053, 0.200, 0.348, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.200 std_dev=0.148
C5' A 0, 0.122, 0.324, 0.527, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.324 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.100, 0.313, 0.526, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.313 std_dev=0.213
O2' A 0, 0.126, 0.356, 0.587, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.356 std_dev=0.231
O5' A 0, 0.047, 0.287, 0.527, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.287 std_dev=0.240
C3' A 0, 0.103, 0.347, 0.591, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.347 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.157, 0.475, 0.793, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.475 std_dev=0.318
OP1 B 0, 0.197, 0.529, 0.861, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.529 std_dev=0.332
P B 0, 0.238, 0.573, 0.908, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.573 std_dev=0.335
O3' A 0, 0.052, 0.389, 0.726, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.389 std_dev=0.337
O5' B 0, 0.248, 0.610, 0.972, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.610 std_dev=0.362
C4' B 0, 0.250, 0.638, 1.025, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.638 std_dev=0.387
P A 0, 0.194, 0.597, 0.999, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.597 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.267, 0.698, 1.130, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.698 std_dev=0.431
O3' B 0, 0.233, 0.667, 1.102, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.667 std_dev=0.435
O4' B 0, 0.311, 0.788, 1.265, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.788 std_dev=0.477
OP2 B 0, 0.350, 0.831, 1.311, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.831 std_dev=0.480
OP2 A 0, 0.327, 0.845, 1.363, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.845 std_dev=0.518
C1' B 0, 0.353, 0.873, 1.392, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.873 std_dev=0.520
C2' B 0, 0.368, 0.911, 1.454, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.911 std_dev=0.543
N9 B 0, 0.387, 0.941, 1.495, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.941 std_dev=0.554
OP1 A 0, 0.279, 0.835, 1.391, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.835 std_dev=0.556
C8 B 0, 0.375, 0.937, 1.500, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.937 std_dev=0.562
O2' B 0, 0.399, 0.996, 1.592, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.996 std_dev=0.596
C4 B 0, 0.444, 1.078, 1.713, 1.579 max_d=1.579 avg_d=1.078 std_dev=0.635
N3 B 0, 0.473, 1.134, 1.795, 1.610 max_d=1.610 avg_d=1.134 std_dev=0.661
N7 B 0, 0.409, 1.096, 1.783, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.096 std_dev=0.687
C5 B 0, 0.461, 1.190, 1.919, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.190 std_dev=0.729
C2 B 0, 0.537, 1.298, 2.058, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.298 std_dev=0.761
C6 B 0, 0.515, 1.378, 2.241, 2.379 max_d=2.379 avg_d=1.378 std_dev=0.863
N1 B 0, 0.560, 1.423, 2.286, 2.328 max_d=2.328 avg_d=1.423 std_dev=0.863
N6 B 0, 0.517, 1.523, 2.530, 2.830 max_d=2.830 avg_d=1.523 std_dev=1.007

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.12 0.21 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.18 0.02 0.05 0.00 0.13 0.20 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.11 0.12 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.12 0.25 0.11
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.12 0.02 0.14 0.14 0.10 0.06 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.13 0.10 0.24 0.11
C4 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.05 0.01 0.13 0.19 0.07
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.10 0.20 0.10
C5 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.07 0.01 0.16 0.17 0.07
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02
C6 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.16 0.03 0.08 0.01 0.17 0.18 0.08
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.15 0.15 0.07
N1 0.02 0.00 0.11 0.14 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.19 0.02 0.06 0.01 0.15 0.19 0.08
N2 0.04 0.01 0.12 0.14 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.20 0.03 0.05 0.00 0.12 0.21 0.08
N3 0.03 0.00 0.09 0.10 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02 0.04 0.01 0.12 0.21 0.08
N7 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.08 0.01 0.17 0.14 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.12 0.18 0.07
O2' 0.03 0.10 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02 0.09 0.13 0.08 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.06 0.07 0.22 0.32 0.19
O3' 0.02 0.18 0.02 0.00 0.11 0.02 0.12 0.04 0.16 0.02 0.19 0.20 0.14 0.07 0.04 0.07 0.00 0.02 0.06 0.17 0.18 0.31 0.18
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.12 0.18 0.09
O5' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.06 0.06 0.04 0.00 0.09 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.09 0.13 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.04 0.09 0.00 0.19 0.17 0.09
OP1 0.12 0.13 0.12 0.10 0.13 0.10 0.16 0.02 0.17 0.15 0.15 0.12 0.12 0.17 0.12 0.22 0.18 0.12 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.20 0.25 0.24 0.19 0.20 0.17 0.08 0.18 0.15 0.19 0.21 0.21 0.14 0.18 0.32 0.31 0.18 0.02 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.08 0.11 0.11 0.07 0.10 0.07 0.02 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.19 0.18 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.10 0.05 0.06 0.04 0.06 0.22 0.22 0.40 0.26
C2 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.11 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.09 0.15 0.19 0.41 0.23
C2' 0.06 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.23 0.29 0.41 0.29
C3' 0.06 0.11 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.25 0.34 0.41 0.32
C4 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.10 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.16 0.20 0.41 0.24
C4' 0.07 0.12 0.07 0.08 0.11 0.08 0.14 0.12 0.15 0.13 0.14 0.11 0.17 0.15 0.10 0.08 0.07 0.08 0.26 0.28 0.40 0.30
C5 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.13 0.07 0.12 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.10 0.14 0.17 0.40 0.22
C5' 0.05 0.09 0.03 0.05 0.09 0.07 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.09 0.14 0.14 0.09 0.07 0.01 0.07 0.29 0.33 0.40 0.34
C6 0.10 0.09 0.06 0.06 0.09 0.15 0.10 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.06 0.12 0.12 0.15 0.39 0.20
C8 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.11 0.04 0.11 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.09 0.18 0.20 0.41 0.25
N1 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.13 0.07 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.13 0.16 0.40 0.21
N2 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.12 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07 0.09 0.14 0.19 0.40 0.23
N3 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.09 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.17 0.20 0.41 0.24
N7 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.14 0.08 0.13 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.11 0.15 0.16 0.39 0.23
N9 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.19 0.21 0.41 0.26
O2' 0.14 0.21 0.16 0.15 0.19 0.13 0.20 0.15 0.22 0.17 0.22 0.20 0.23 0.19 0.17 0.18 0.17 0.13 0.28 0.29 0.42 0.31
O3' 0.12 0.19 0.16 0.15 0.16 0.12 0.16 0.17 0.17 0.13 0.18 0.18 0.17 0.14 0.14 0.19 0.16 0.11 0.29 0.38 0.41 0.34
O4' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.08 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.14 0.12 0.07 0.06 0.05 0.07 0.22 0.20 0.39 0.26
O5' 0.07 0.11 0.06 0.05 0.12 0.08 0.16 0.14 0.16 0.16 0.13 0.09 0.19 0.18 0.12 0.02 0.01 0.09 0.26 0.18 0.31 0.24
O6 0.12 0.13 0.09 0.08 0.12 0.17 0.14 0.16 0.14 0.13 0.14 0.12 0.16 0.14 0.12 0.11 0.07 0.14 0.10 0.12 0.37 0.18
OP1 0.08 0.02 0.13 0.07 0.02 0.08 0.07 0.12 0.09 0.07 0.06 0.02 0.13 0.09 0.04 0.21 0.03 0.05 0.13 0.19 0.10 0.13
OP2 0.03 0.07 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.12 0.07 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.02 0.10 0.01 0.01 0.20 0.19 0.19 0.19
P 0.02 0.07 0.05 0.01 0.06 0.03 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.05 0.13 0.11 0.05 0.08 0.00 0.03 0.16 0.09 0.14 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.17 0.19 0.33 0.21
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.17 0.18 0.29 0.20
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.03 0.05 0.08 0.03 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.23 0.26 0.36 0.28
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.09 0.04 0.16 0.18 0.09 0.10 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.23 0.28 0.40 0.30
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.23 0.24 0.26 0.24
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.21 0.24 0.38 0.27
N3 0.03 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04 0.14 0.15 0.28 0.17
N6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.26 0.33 0.43 0.34
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.26 0.30 0.36 0.31
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.15 0.21 0.16
O2' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.10 0.04 0.10 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.08 0.10 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05
O5' 0.06 0.17 0.01 0.06 0.17 0.01 0.23 0.00 0.23 0.23 0.21 0.14 0.26 0.26 0.15 0.07 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.19 0.03 0.03 0.18 0.02 0.26 0.02 0.28 0.24 0.24 0.15 0.33 0.30 0.15 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.33 0.09 0.06 0.29 0.03 0.36 0.02 0.40 0.26 0.38 0.28 0.43 0.36 0.21 0.06 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.21 0.02 0.03 0.20 0.01 0.28 0.01 0.30 0.24 0.27 0.17 0.34 0.31 0.16 0.06 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00