ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49938

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.009, 0.034, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.013, 0.046, 0.078, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.046 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.013, 0.047, 0.080, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.019, 0.068, 0.117, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.068 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.024, 0.086, 0.148, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.086 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.037, 0.134, 0.230, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.134 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.043, 0.148, 0.253, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.148 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.066, 0.229, 0.392, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.229 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.092, 0.314, 0.536, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.314 std_dev=0.222
P B 0, 0.064, 0.290, 0.516, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.290 std_dev=0.226
C5' A 0, 0.119, 0.406, 0.692, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.406 std_dev=0.287
O5' B 0, 0.009, 0.414, 0.818, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.414 std_dev=0.404
OP1 B 0, 0.038, 0.466, 0.894, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.466 std_dev=0.428
C2' B 0, 0.254, 1.186, 2.117, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.186 std_dev=0.931
OP1 A 0, 0.213, 1.234, 2.256, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.234 std_dev=1.022
C5' B 0, 0.281, 1.354, 2.428, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.354 std_dev=1.074
O5' A 0, 0.112, 1.312, 2.513, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.312 std_dev=1.201
C4' B 0, 0.390, 1.659, 2.929, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.659 std_dev=1.269
C3' B 0, -0.232, 1.175, 2.582, 3.153 max_d=3.153 avg_d=1.175 std_dev=1.407
P A 0, 0.070, 1.534, 2.998, 3.505 max_d=3.505 avg_d=1.534 std_dev=1.464
C1' B 0, 0.359, 1.908, 3.456, 3.794 max_d=3.794 avg_d=1.908 std_dev=1.549
O4' B 0, 0.541, 2.168, 3.795, 3.919 max_d=3.919 avg_d=2.168 std_dev=1.627
O2' B 0, 0.255, 2.040, 3.825, 4.348 max_d=4.348 avg_d=2.040 std_dev=1.785
O3' B 0, 0.309, 2.543, 4.778, 5.439 max_d=5.439 avg_d=2.543 std_dev=2.235
N9 B 0, 0.375, 2.680, 4.985, 5.627 max_d=5.627 avg_d=2.680 std_dev=2.305
OP2 A 0, -0.001, 2.453, 4.906, 5.805 max_d=5.805 avg_d=2.453 std_dev=2.454
N3 B 0, 0.708, 3.466, 6.223, 6.747 max_d=6.747 avg_d=3.466 std_dev=2.757
C8 B 0, 0.697, 3.529, 6.360, 6.932 max_d=6.932 avg_d=3.529 std_dev=2.832
C4 B 0, 0.738, 3.586, 6.435, 6.968 max_d=6.968 avg_d=3.586 std_dev=2.848
C2 B 0, 1.074, 4.502, 7.930, 8.310 max_d=8.310 avg_d=4.502 std_dev=3.428
C5 B 0, 1.225, 4.937, 8.649, 8.950 max_d=8.950 avg_d=4.937 std_dev=3.712
N7 B 0, 1.235, 4.983, 8.731, 9.039 max_d=9.039 avg_d=4.983 std_dev=3.748
N1 B 0, 1.506, 5.753, 10.000, 10.123 max_d=10.123 avg_d=5.753 std_dev=4.247
C6 B 0, 1.619, 6.091, 10.563, 10.612 max_d=10.612 avg_d=6.091 std_dev=4.472
N6 B 0, 2.096, 7.572, 13.049, 12.765 max_d=12.765 avg_d=7.572 std_dev=5.476

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.02 0.25 0.28 0.23
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.67 0.00 0.46 0.96 0.61
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.02 0.10 0.20 0.08
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04 0.40 0.23
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.67 0.00 0.43 0.84 0.54
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.15 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.79 0.01 0.50 1.06 0.63
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.06 0.06 0.13 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.13 0.15 0.04 0.02
C6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.82 0.00 0.54 1.20 0.70
C8 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.76 0.01 0.42 0.79 0.49
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.76 0.00 0.52 1.13 0.68
N2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.62 0.00 0.45 0.94 0.60
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.60 0.00 0.41 0.80 0.52
N7 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.84 0.01 0.50 1.06 0.61
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.60 0.01 0.36 0.63 0.42
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.03 0.42 0.20
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.30 0.05 0.15 0.97 0.58
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.03 0.26 0.33 0.29
O5' 0.35 0.67 0.13 0.09 0.67 0.01 0.79 0.01 0.82 0.76 0.76 0.62 0.60 0.84 0.60 0.09 0.30 0.32 0.00 0.87 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.87 0.00 0.58 1.32 0.75
OP1 0.25 0.46 0.10 0.04 0.43 0.11 0.50 0.15 0.54 0.42 0.52 0.45 0.41 0.50 0.36 0.03 0.15 0.26 0.01 0.58 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.96 0.20 0.40 0.84 0.15 1.06 0.04 1.20 0.79 1.13 0.94 0.80 1.06 0.63 0.42 0.97 0.33 0.01 1.32 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.61 0.08 0.23 0.54 0.05 0.63 0.02 0.70 0.49 0.68 0.60 0.52 0.61 0.42 0.20 0.58 0.29 0.01 0.75 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.53 0.70 0.26 0.46 0.57 0.69 0.66 0.74 0.76 0.43 0.74 0.65 0.85 0.63 0.44 0.44 0.66 0.81 0.23 0.02 0.07 0.03
C2 1.24 1.57 0.98 1.07 1.45 1.16 1.43 1.12 1.57 1.15 1.63 1.51 1.60 1.22 1.29 1.03 1.27 1.37 0.32 0.07 0.09 0.09
C2' 0.44 0.73 0.03 0.26 0.73 0.53 0.92 0.59 0.97 0.80 0.86 0.66 1.09 1.00 0.63 0.33 0.45 0.61 0.23 0.06 0.04 0.07
C3' 0.44 0.69 0.12 0.15 0.73 0.32 0.93 0.41 0.96 0.90 0.83 0.62 1.09 1.05 0.67 0.23 0.32 0.50 0.11 0.05 0.06 0.01
C4 1.00 1.12 0.77 0.94 1.02 1.08 1.05 1.10 1.20 0.81 1.21 1.06 1.31 0.90 0.95 0.83 1.15 1.26 0.29 0.05 0.08 0.07
C4' 0.46 0.61 0.13 0.13 0.61 0.32 0.78 0.33 0.80 0.75 0.70 0.57 0.94 0.90 0.57 0.29 0.29 0.56 0.06 0.16 0.09 0.06
C5 1.08 1.23 0.91 1.07 1.19 1.17 1.32 1.20 1.46 1.14 1.39 1.14 1.65 1.26 1.14 0.94 1.30 1.30 0.28 0.06 0.09 0.07
C5' 0.43 0.58 0.13 0.14 0.57 0.26 0.71 0.26 0.74 0.70 0.65 0.54 0.87 0.83 0.53 0.24 0.29 0.51 0.03 0.30 0.12 0.14
C6 1.25 1.50 1.08 1.20 1.51 1.26 1.71 1.25 1.83 1.51 1.72 1.40 2.04 1.69 1.42 1.10 1.44 1.40 0.29 0.07 0.10 0.08
C8 0.68 0.85 0.57 0.79 0.75 0.93 0.90 1.05 1.04 0.63 0.99 0.75 1.21 0.85 0.64 0.63 1.01 0.97 0.23 0.07 0.09 0.06
N1 1.32 1.69 1.10 1.19 1.65 1.25 1.79 1.21 1.93 1.48 1.87 1.58 2.05 1.65 1.48 1.13 1.41 1.43 0.31 0.07 0.09 0.09
N2 1.23 1.75 0.98 1.04 1.49 1.13 1.44 1.07 1.60 1.11 1.75 1.63 1.57 1.18 1.28 1.05 1.25 1.33 0.33 0.08 0.08 0.09
N3 1.06 1.24 0.80 0.92 1.10 1.06 1.03 1.04 1.17 0.79 1.26 1.21 1.21 0.82 1.00 0.87 1.12 1.27 0.31 0.06 0.08 0.08
N7 0.88 1.03 0.78 0.98 0.97 1.08 1.14 1.17 1.30 0.95 1.21 0.91 1.52 1.13 0.90 0.82 1.22 1.12 0.24 0.07 0.10 0.07
N9 0.72 0.86 0.54 0.75 0.73 0.92 0.80 0.99 0.95 0.51 0.94 0.79 1.06 0.70 0.62 0.63 0.95 1.04 0.27 0.04 0.07 0.06
O2' 0.60 0.77 0.26 0.11 0.84 0.38 1.07 0.32 1.10 1.02 0.93 0.73 1.28 1.23 0.78 0.41 0.17 0.62 0.19 0.08 0.04 0.07
O3' 0.66 0.82 0.42 0.27 0.93 0.31 1.15 0.17 1.15 1.21 0.99 0.76 1.29 1.32 0.93 0.36 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.46 0.62 0.12 0.32 0.51 0.52 0.59 0.57 0.66 0.46 0.64 0.59 0.76 0.63 0.42 0.33 0.52 0.68 0.14 0.12 0.10 0.03
O5' 0.51 0.91 0.22 0.20 0.91 0.20 1.18 0.24 1.26 1.08 1.11 0.78 1.46 1.31 0.81 0.14 0.38 0.51 0.14 0.40 0.28 0.25
O6 1.27 1.57 1.15 1.27 1.59 1.29 1.89 1.29 2.03 1.68 1.86 1.43 2.31 1.95 1.49 1.17 1.52 1.39 0.27 0.07 0.10 0.08
OP1 0.39 0.71 0.14 0.17 0.68 0.14 0.88 0.20 0.96 0.79 0.86 0.61 1.13 0.97 0.60 0.10 0.37 0.40 0.11 0.33 0.11 0.17
OP2 0.49 0.91 0.46 0.68 0.79 0.88 1.12 1.06 1.33 0.81 1.19 0.71 1.63 1.18 0.60 0.70 1.04 0.69 0.93 1.45 0.81 1.11
P 0.41 0.78 0.22 0.41 0.69 0.58 0.91 0.72 1.05 0.70 0.95 0.64 1.25 0.96 0.55 0.40 0.69 0.57 0.52 0.75 0.50 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.41 0.60 0.28 0.47
C2 0.02 0.00 0.16 0.16 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.21 0.07 0.66 0.81 0.71 0.73
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.13 0.16 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.34 0.13 0.26
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14 0.08 0.01 0.00 0.01 0.17 0.26 0.22 0.17
C4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.03 0.76 0.92 0.72 0.82
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.04 0.02 0.08 0.10 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.30 0.21 0.09
C5 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.01 0.98 1.16 0.98 1.05
C5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.17 0.07 0.03 0.15 0.18 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.38 0.39 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.02 0.98 1.17 1.03 1.06
C8 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.16 0.06 1.08 1.22 0.92 1.11
N1 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.21 0.05 0.83 1.00 0.90 0.91
N3 0.02 0.00 0.16 0.14 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.18 0.07 0.58 0.73 0.58 0.64
N6 0.02 0.00 0.07 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 1.09 1.32 1.20 1.20
N7 0.00 0.00 0.05 0.14 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.04 1.15 1.33 1.12 1.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.77 0.91 0.64 0.81
O2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.08 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.14 0.16 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.16 0.10 0.10
O3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.13 0.02 0.16 0.02 0.18 0.16 0.21 0.18 0.20 0.17 0.08 0.04 0.00 0.02 0.18 0.12 0.42 0.16
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.36 0.61 0.17 0.43
O5' 0.41 0.66 0.23 0.17 0.76 0.01 0.98 0.01 0.98 1.08 0.83 0.58 1.09 1.15 0.77 0.07 0.18 0.36 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.60 0.81 0.34 0.26 0.92 0.30 1.16 0.38 1.17 1.22 1.00 0.73 1.32 1.33 0.91 0.16 0.12 0.61 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.71 0.13 0.22 0.72 0.21 0.98 0.39 1.03 0.92 0.90 0.58 1.20 1.12 0.64 0.10 0.42 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.47 0.73 0.26 0.17 0.82 0.09 1.05 0.01 1.06 1.11 0.91 0.64 1.20 1.22 0.81 0.10 0.16 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00