ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49939

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.013, 0.044, 0.074, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.016, 0.053, 0.091, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.053 std_dev=0.038
O5' B 0, 0.017, 0.061, 0.104, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.061 std_dev=0.043
O6 A 0, 0.021, 0.073, 0.124, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.073 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.027, 0.091, 0.155, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.091 std_dev=0.064
C8 A 0, 0.031, 0.106, 0.180, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.106 std_dev=0.075
P B 0, 0.061, 0.210, 0.360, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.210 std_dev=0.149
C2' A 0, 0.072, 0.246, 0.420, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.246 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.082, 0.280, 0.479, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.280 std_dev=0.198
O2' A 0, 0.099, 0.338, 0.577, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.338 std_dev=0.239
OP1 B 0, 0.106, 0.362, 0.619, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.362 std_dev=0.256
O4' A 0, 0.110, 0.375, 0.640, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.375 std_dev=0.265
C5' B 0, 0.155, 0.531, 0.906, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.531 std_dev=0.375
C3' A 0, 0.161, 0.550, 0.938, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.550 std_dev=0.389
O5' A 0, 0.177, 0.604, 1.031, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.604 std_dev=0.427
C2' B 0, 0.187, 0.637, 1.088, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.637 std_dev=0.451
C4' A 0, 0.189, 0.646, 1.102, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.646 std_dev=0.456
O3' B 0, 0.202, 0.691, 1.179, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.691 std_dev=0.488
C3' B 0, 0.208, 0.710, 1.212, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.710 std_dev=0.502
O3' A 0, 0.208, 0.711, 1.214, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.711 std_dev=0.503
C4' B 0, 0.244, 0.835, 1.425, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.835 std_dev=0.590
N9 B 0, 0.285, 0.974, 1.662, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.974 std_dev=0.689
C5 B 0, 0.287, 0.979, 1.672, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.979 std_dev=0.693
C4 B 0, 0.298, 1.018, 1.737, 1.536 max_d=1.536 avg_d=1.018 std_dev=0.720
C6 B 0, 0.299, 1.020, 1.742, 1.533 max_d=1.533 avg_d=1.020 std_dev=0.721
C1' B 0, 0.300, 1.023, 1.747, 1.549 max_d=1.549 avg_d=1.023 std_dev=0.724
N6 B 0, 0.323, 1.104, 1.885, 1.664 max_d=1.664 avg_d=1.104 std_dev=0.781
P A 0, 0.328, 1.121, 1.914, 1.687 max_d=1.687 avg_d=1.121 std_dev=0.793
C5' A 0, 0.332, 1.135, 1.938, 1.704 max_d=1.704 avg_d=1.135 std_dev=0.803
C8 B 0, 0.349, 1.193, 2.037, 1.791 max_d=1.791 avg_d=1.193 std_dev=0.844
N7 B 0, 0.363, 1.239, 2.115, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.239 std_dev=0.876
N1 B 0, 0.379, 1.293, 2.208, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.293 std_dev=0.914
OP1 A 0, 0.379, 1.295, 2.210, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.295 std_dev=0.915
O4' B 0, 0.392, 1.337, 2.283, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.337 std_dev=0.946
N3 B 0, 0.407, 1.391, 2.375, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.391 std_dev=0.984
O2' B 0, 0.433, 1.477, 2.522, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.477 std_dev=1.045
C2 B 0, 0.449, 1.532, 2.615, 2.309 max_d=2.309 avg_d=1.532 std_dev=1.083
OP2 A 0, 0.560, 1.913, 3.265, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.913 std_dev=1.352

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.13 0.00 0.23 0.49 0.29
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.07 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.06 0.02 0.03 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.10 0.10 0.02 0.10 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.10 0.00 0.21 0.34 0.22
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.12 0.00 0.08 0.06 0.11 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.12 0.09
C5 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.30 0.32 0.22
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.10 0.18 0.02 0.10 0.06 0.19 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.14 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.33 0.38 0.26
C8 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.06 0.02 0.01 0.21 0.12 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.10 0.00 0.30 0.46 0.29
N2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.16 0.00 0.21 0.55 0.32
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.14 0.01 0.17 0.43 0.25
N7 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.04 0.02 0.01 0.30 0.20 0.17
N9 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.13 0.19 0.13
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.25 0.24 0.17
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.09 0.10 0.06 0.01 0.02 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.08 0.23 0.08
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.10 0.08 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.07 0.01
O5' 0.06 0.13 0.08 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.10 0.16 0.14 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.03 0.00 0.36 0.36 0.24
OP1 0.07 0.23 0.06 0.02 0.21 0.14 0.30 0.04 0.33 0.21 0.30 0.21 0.17 0.30 0.13 0.25 0.08 0.12 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.49 0.07 0.10 0.34 0.12 0.32 0.03 0.38 0.12 0.46 0.55 0.43 0.20 0.19 0.24 0.23 0.07 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.29 0.02 0.01 0.22 0.09 0.22 0.01 0.26 0.11 0.29 0.32 0.25 0.17 0.13 0.17 0.08 0.01 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.52 0.17 0.03 0.12 0.12 0.07 0.17 0.23 0.21 0.45 0.36 0.20 0.13 0.07 0.32 0.18 0.25 0.01 0.06 0.07 0.08
C2 0.16 0.47 0.10 0.15 0.02 0.21 0.05 0.15 0.14 0.36 0.40 0.29 0.10 0.28 0.19 0.39 0.21 0.37 0.01 0.03 0.07 0.06
C2' 0.07 0.54 0.15 0.05 0.15 0.13 0.13 0.18 0.30 0.16 0.50 0.36 0.29 0.06 0.05 0.23 0.23 0.24 0.03 0.13 0.11 0.12
C3' 0.12 0.69 0.29 0.15 0.32 0.10 0.28 0.03 0.43 0.00 0.63 0.54 0.40 0.09 0.13 0.35 0.05 0.00 0.16 0.10 0.10 0.10
C4 0.09 0.57 0.15 0.10 0.13 0.16 0.07 0.15 0.25 0.25 0.48 0.40 0.21 0.16 0.10 0.35 0.21 0.29 0.01 0.03 0.07 0.06
C4' 0.15 0.64 0.33 0.19 0.28 0.14 0.20 0.05 0.34 0.05 0.55 0.52 0.29 0.00 0.11 0.45 0.03 0.01 0.19 0.19 0.17 0.15
C5 0.07 0.61 0.15 0.12 0.18 0.16 0.11 0.13 0.29 0.21 0.52 0.46 0.25 0.11 0.06 0.32 0.23 0.27 0.01 0.02 0.07 0.05
C5' 0.32 0.75 0.45 0.36 0.42 0.33 0.32 0.22 0.44 0.07 0.65 0.66 0.37 0.11 0.25 0.56 0.21 0.21 0.33 0.39 0.33 0.33
C6 0.13 0.58 0.10 0.18 0.13 0.20 0.07 0.11 0.25 0.28 0.48 0.43 0.21 0.17 0.12 0.33 0.22 0.32 0.01 0.01 0.06 0.04
C8 0.01 0.62 0.18 0.01 0.23 0.06 0.18 0.11 0.33 0.12 0.54 0.48 0.30 0.02 0.02 0.26 0.20 0.15 0.01 0.02 0.07 0.05
N1 0.17 0.50 0.08 0.18 0.04 0.22 0.03 0.13 0.17 0.35 0.42 0.32 0.12 0.27 0.19 0.37 0.21 0.37 0.01 0.02 0.06 0.05
N2 0.18 0.39 0.09 0.16 0.04 0.22 0.11 0.15 0.07 0.40 0.33 0.21 0.03 0.34 0.23 0.40 0.20 0.39 0.01 0.03 0.06 0.06
N3 0.13 0.51 0.13 0.12 0.06 0.19 0.01 0.16 0.18 0.31 0.43 0.33 0.14 0.23 0.15 0.38 0.21 0.34 0.01 0.04 0.07 0.07
N7 0.00 0.64 0.18 0.04 0.26 0.08 0.19 0.09 0.35 0.11 0.55 0.52 0.31 0.01 0.03 0.26 0.22 0.15 0.01 0.00 0.07 0.04
N9 0.05 0.58 0.17 0.04 0.16 0.12 0.11 0.15 0.28 0.19 0.50 0.42 0.24 0.10 0.05 0.32 0.20 0.23 0.01 0.04 0.08 0.07
O2' 0.19 0.35 0.07 0.12 0.01 0.24 0.03 0.29 0.13 0.28 0.32 0.18 0.13 0.20 0.18 0.18 0.27 0.38 0.10 0.21 0.14 0.20
O3' 0.15 0.68 0.31 0.18 0.34 0.14 0.31 0.07 0.46 0.05 0.63 0.54 0.44 0.13 0.16 0.33 0.02 0.04 0.19 0.13 0.16 0.14
O4' 0.05 0.56 0.25 0.09 0.19 0.02 0.10 0.05 0.25 0.17 0.47 0.44 0.19 0.11 0.00 0.42 0.06 0.12 0.09 0.08 0.05 0.04
O5' 0.13 0.58 0.26 0.16 0.23 0.11 0.12 0.01 0.25 0.14 0.47 0.48 0.18 0.10 0.06 0.41 0.02 0.01 0.08 0.14 0.06 0.07
O6 0.13 0.56 0.07 0.21 0.17 0.20 0.10 0.07 0.27 0.26 0.47 0.45 0.22 0.14 0.11 0.30 0.21 0.30 0.01 0.01 0.05 0.02
OP1 0.30 0.30 0.18 0.30 0.15 0.31 0.27 0.34 0.10 0.61 0.18 0.16 0.18 0.55 0.37 0.04 0.44 0.42 0.26 0.18 0.21 0.22
OP2 0.20 0.28 0.05 0.13 0.13 0.13 0.28 0.18 0.13 0.56 0.14 0.18 0.23 0.54 0.31 0.14 0.23 0.29 0.02 0.13 0.12 0.06
P 0.11 0.40 0.02 0.07 0.01 0.09 0.14 0.16 0.01 0.43 0.27 0.29 0.08 0.39 0.19 0.21 0.20 0.21 0.06 0.05 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.04 0.15 0.05 0.07
C2 0.02 0.00 0.37 0.28 0.00 0.19 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.29 0.06 0.55 0.42 0.53 0.49
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.20 0.01 0.10 0.14 0.18 0.16 0.30 0.36 0.14 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.11 0.12
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.11 0.00 0.04 0.01 0.11 0.14 0.21 0.26 0.07 0.09 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.15 0.05 0.06
C4 0.01 0.00 0.20 0.11 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.18 0.02 0.30 0.31 0.27 0.28
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.17 0.17 0.12 0.03 0.02 0.11 0.01 0.00 0.00 0.17 0.05 0.07
C5 0.00 0.00 0.10 0.04 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.13 0.01 0.28 0.34 0.25 0.29
C5' 0.06 0.44 0.14 0.01 0.28 0.00 0.27 0.00 0.35 0.11 0.42 0.39 0.34 0.18 0.15 0.02 0.11 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.11 0.00 0.13 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.17 0.00 0.40 0.40 0.37 0.39
C8 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.05 0.22 0.03 0.11
N1 0.02 0.00 0.30 0.21 0.00 0.17 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.24 0.03 0.51 0.44 0.50 0.48
N3 0.02 0.00 0.36 0.26 0.00 0.17 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.28 0.07 0.46 0.36 0.42 0.39
N6 0.01 0.00 0.14 0.07 0.00 0.12 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.14 0.02 0.38 0.41 0.37 0.39
N7 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.14 0.28 0.12 0.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.12 0.22 0.11 0.15
O2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.21 0.11 0.16 0.02 0.23 0.07 0.32 0.33 0.20 0.01 0.06 0.00 0.03 0.05 0.03 0.09 0.01 0.04
O3' 0.15 0.29 0.01 0.00 0.18 0.01 0.13 0.11 0.17 0.01 0.24 0.28 0.14 0.03 0.11 0.03 0.00 0.12 0.23 0.02 0.18 0.14
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.05 0.12 0.00 0.00 0.20 0.03 0.06
O5' 0.04 0.55 0.10 0.00 0.30 0.00 0.28 0.00 0.40 0.05 0.51 0.46 0.38 0.14 0.12 0.03 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.15 0.42 0.14 0.15 0.31 0.17 0.34 0.08 0.40 0.22 0.44 0.36 0.41 0.28 0.22 0.09 0.02 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.53 0.11 0.05 0.27 0.05 0.25 0.03 0.37 0.03 0.50 0.42 0.37 0.12 0.11 0.01 0.18 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.49 0.12 0.06 0.28 0.07 0.29 0.01 0.39 0.11 0.48 0.39 0.39 0.19 0.15 0.04 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00