ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49940

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N2 A 0, -0.001, 0.011, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.011
P B 0, 0.097, 0.373, 0.649, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.373 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.127, 0.439, 0.751, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.439 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.120, 0.489, 0.857, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.489 std_dev=0.369
O4' A 0, 0.187, 0.641, 1.095, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.641 std_dev=0.454
C2' A 0, 0.195, 0.673, 1.151, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.673 std_dev=0.478
O5' B 0, 0.102, 0.764, 1.426, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.764 std_dev=0.662
C3' A 0, 0.294, 1.029, 1.764, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.029 std_dev=0.735
C4' A 0, 0.308, 1.072, 1.836, 1.722 max_d=1.722 avg_d=1.072 std_dev=0.764
O2' A 0, 0.312, 1.107, 1.903, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.107 std_dev=0.796
O3' A 0, 0.340, 1.301, 2.261, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.301 std_dev=0.960
C5' A 0, 0.456, 1.560, 2.664, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.560 std_dev=1.104
O5' A 0, 0.483, 1.654, 2.826, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.654 std_dev=1.172
C8 B 0, 0.487, 1.684, 2.881, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.684 std_dev=1.197
N7 B 0, 0.522, 1.790, 3.058, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.790 std_dev=1.268
C5' B 0, 0.511, 1.812, 3.113, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.812 std_dev=1.301
O4' B 0, 0.551, 1.946, 3.340, 3.195 max_d=3.195 avg_d=1.946 std_dev=1.394
N9 B 0, 0.592, 2.063, 3.533, 3.322 max_d=3.322 avg_d=2.063 std_dev=1.471
C4' B 0, 0.609, 2.086, 3.563, 3.229 max_d=3.229 avg_d=2.086 std_dev=1.477
C5 B 0, 0.630, 2.172, 3.715, 3.428 max_d=3.428 avg_d=2.172 std_dev=1.542
C1' B 0, 0.640, 2.236, 3.832, 3.622 max_d=3.622 avg_d=2.236 std_dev=1.596
C3' B 0, 0.665, 2.275, 3.885, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.275 std_dev=1.610
C4 B 0, 0.677, 2.350, 4.023, 3.767 max_d=3.767 avg_d=2.350 std_dev=1.673
P A 0, 0.694, 2.371, 4.048, 3.620 max_d=3.620 avg_d=2.371 std_dev=1.677
O3' B 0, 0.720, 2.461, 4.202, 3.764 max_d=3.764 avg_d=2.461 std_dev=1.741
N6 B 0, 0.719, 2.462, 4.205, 3.805 max_d=3.805 avg_d=2.462 std_dev=1.743
C6 B 0, 0.714, 2.461, 4.208, 3.876 max_d=3.876 avg_d=2.461 std_dev=1.747
OP1 A 0, 0.754, 2.575, 4.396, 3.915 max_d=3.915 avg_d=2.575 std_dev=1.821
C2' B 0, 0.741, 2.568, 4.395, 4.096 max_d=4.096 avg_d=2.568 std_dev=1.827
OP2 A 0, 0.806, 2.756, 4.705, 4.197 max_d=4.197 avg_d=2.756 std_dev=1.949
N3 B 0, 0.799, 2.783, 4.766, 4.482 max_d=4.482 avg_d=2.783 std_dev=1.984
N1 B 0, 0.817, 2.831, 4.845, 4.520 max_d=4.520 avg_d=2.831 std_dev=2.014
C2 B 0, 0.852, 2.964, 5.076, 4.764 max_d=4.764 avg_d=2.964 std_dev=2.112
O2' B 0, 0.848, 2.970, 5.093, 4.831 max_d=4.831 avg_d=2.970 std_dev=2.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.19 0.19 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.35 0.07 0.15 0.00 0.24 0.07 0.15
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.10 0.08 0.09 0.14 0.22 0.18 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.10 0.06 0.06 0.13 0.06
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.02 0.20 0.14 0.21 0.20 0.17 0.17 0.11 0.02 0.01 0.02 0.04 0.21 0.04 0.10 0.03
C4 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.24 0.04 0.12 0.01 0.19 0.04 0.12
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.16 0.05 0.00 0.03 0.07 0.08 0.06 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.19 0.04 0.12 0.00 0.25 0.06 0.14
C5' 0.04 0.06 0.10 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.09 0.12 0.01 0.00 0.10 0.01 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.20 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.23 0.05 0.13 0.00 0.30 0.08 0.17
C8 0.00 0.00 0.09 0.14 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.07 0.05 0.08 0.01 0.15 0.03 0.09
N1 0.01 0.00 0.14 0.21 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.30 0.06 0.15 0.00 0.28 0.08 0.17
N2 0.02 0.00 0.22 0.20 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.41 0.08 0.16 0.01 0.24 0.08 0.15
N3 0.01 0.00 0.18 0.17 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.34 0.07 0.14 0.00 0.18 0.05 0.12
N7 0.00 0.00 0.05 0.17 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.11 0.04 0.09 0.01 0.23 0.05 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.16 0.02 0.09 0.01 0.12 0.02 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.10 0.16 0.16 0.09 0.15 0.17 0.10 0.02 0.02 0.20 0.11 0.00 0.05 0.11 0.13 0.18 0.34 0.42 0.28
O3' 0.22 0.35 0.04 0.01 0.24 0.05 0.19 0.12 0.23 0.07 0.30 0.41 0.34 0.11 0.16 0.05 0.00 0.13 0.08 0.22 0.18 0.25 0.17
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.04 0.02 0.11 0.13 0.00 0.06 0.05 0.02 0.03 0.04
O5' 0.07 0.15 0.10 0.04 0.12 0.03 0.12 0.00 0.13 0.08 0.15 0.16 0.14 0.09 0.09 0.13 0.08 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.21 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.22 0.05 0.13 0.00 0.33 0.09 0.19
OP1 0.01 0.24 0.06 0.04 0.19 0.08 0.25 0.01 0.30 0.15 0.28 0.24 0.18 0.23 0.12 0.34 0.18 0.02 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.13 0.10 0.04 0.06 0.06 0.03 0.08 0.03 0.08 0.08 0.05 0.05 0.02 0.42 0.25 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.15 0.06 0.03 0.12 0.05 0.14 0.02 0.17 0.09 0.17 0.15 0.12 0.13 0.08 0.28 0.17 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.06 0.09 0.12 0.05 0.27 0.05 0.28 0.07 0.04 0.04 0.09 0.12 0.09 0.06 0.13 0.10 0.20 0.21 0.14 0.11 0.12
C2 0.20 0.23 0.19 0.19 0.19 0.28 0.15 0.32 0.16 0.12 0.20 0.23 0.15 0.11 0.18 0.19 0.15 0.22 0.17 0.20 0.04 0.14
C2' 0.24 0.14 0.17 0.19 0.14 0.35 0.08 0.36 0.06 0.11 0.09 0.17 0.04 0.06 0.16 0.19 0.15 0.33 0.41 0.36 0.19 0.33
C3' 0.21 0.17 0.11 0.11 0.17 0.31 0.15 0.19 0.14 0.16 0.15 0.19 0.13 0.16 0.18 0.16 0.07 0.29 0.48 0.22 0.32 0.33
C4 0.19 0.18 0.17 0.18 0.16 0.29 0.11 0.34 0.10 0.09 0.14 0.19 0.07 0.06 0.16 0.18 0.14 0.22 0.18 0.18 0.05 0.13
C4' 0.06 0.05 0.02 0.02 0.07 0.18 0.12 0.10 0.12 0.15 0.07 0.06 0.17 0.18 0.07 0.07 0.04 0.12 0.21 0.13 0.23 0.15
C5 0.22 0.23 0.20 0.20 0.21 0.30 0.17 0.38 0.17 0.15 0.21 0.24 0.15 0.13 0.20 0.20 0.15 0.23 0.15 0.17 0.04 0.12
C5' 0.07 0.08 0.04 0.03 0.06 0.14 0.10 0.00 0.09 0.15 0.06 0.09 0.14 0.17 0.07 0.11 0.07 0.10 0.17 0.32 0.25 0.21
C6 0.24 0.29 0.23 0.21 0.25 0.30 0.23 0.39 0.24 0.19 0.27 0.28 0.23 0.19 0.23 0.21 0.16 0.23 0.14 0.19 0.05 0.12
C8 0.20 0.16 0.16 0.17 0.15 0.31 0.09 0.39 0.07 0.09 0.11 0.18 0.02 0.05 0.16 0.18 0.14 0.23 0.16 0.13 0.05 0.11
N1 0.22 0.28 0.22 0.20 0.24 0.29 0.21 0.36 0.23 0.17 0.26 0.27 0.21 0.17 0.22 0.21 0.16 0.22 0.15 0.20 0.04 0.13
N2 0.19 0.23 0.20 0.19 0.19 0.27 0.15 0.30 0.17 0.11 0.20 0.23 0.15 0.11 0.17 0.20 0.15 0.21 0.18 0.20 0.04 0.14
N3 0.18 0.17 0.17 0.17 0.14 0.27 0.10 0.31 0.10 0.08 0.14 0.18 0.08 0.05 0.14 0.18 0.14 0.21 0.18 0.18 0.05 0.14
N7 0.23 0.23 0.20 0.20 0.21 0.32 0.17 0.41 0.16 0.16 0.19 0.24 0.13 0.13 0.21 0.20 0.15 0.24 0.14 0.14 0.04 0.10
N9 0.17 0.13 0.14 0.16 0.11 0.30 0.05 0.34 0.03 0.05 0.08 0.15 0.02 0.01 0.12 0.16 0.13 0.22 0.19 0.15 0.07 0.12
O2' 0.05 0.11 0.08 0.05 0.07 0.20 0.11 0.25 0.15 0.06 0.14 0.08 0.19 0.12 0.03 0.06 0.12 0.18 0.34 0.38 0.13 0.30
O3' 0.31 0.23 0.20 0.19 0.24 0.39 0.22 0.22 0.20 0.26 0.20 0.26 0.19 0.24 0.27 0.24 0.17 0.40 0.61 0.32 0.37 0.43
O4' 0.07 0.03 0.07 0.08 0.04 0.21 0.11 0.21 0.12 0.12 0.06 0.05 0.17 0.17 0.03 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09 0.19 0.09
O5' 0.04 0.06 0.03 0.01 0.08 0.14 0.12 0.15 0.11 0.17 0.07 0.07 0.14 0.18 0.09 0.04 0.02 0.06 0.18 0.29 0.21 0.21
O6 0.26 0.34 0.25 0.23 0.30 0.30 0.29 0.41 0.31 0.24 0.33 0.32 0.31 0.25 0.27 0.23 0.17 0.23 0.12 0.18 0.08 0.10
OP1 0.05 0.06 0.10 0.04 0.04 0.07 0.06 0.21 0.05 0.12 0.04 0.06 0.07 0.11 0.06 0.14 0.01 0.05 0.31 0.30 0.09 0.22
OP2 0.02 0.11 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.11 0.07 0.10 0.04 0.10 0.02 0.10 0.00 0.03 0.16 0.32 0.17 0.19
P 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01 0.06 0.04 0.09 0.02 0.12 0.04 0.07 0.05 0.11 0.03 0.08 0.00 0.02 0.21 0.32 0.14 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.26 0.23 0.13 0.13
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.00 0.28 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.36 0.23 0.05 0.20
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.31 0.05 0.20
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.09 0.11 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.31 0.35 0.05 0.22
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.38 0.24 0.05 0.20
C4' 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.15 0.30 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.44 0.25 0.07 0.25
C5' 0.12 0.28 0.06 0.04 0.29 0.00 0.34 0.00 0.35 0.33 0.33 0.25 0.36 0.36 0.27 0.03 0.06 0.03 0.01 0.21 0.51 0.05
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.45 0.26 0.09 0.26
C8 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.05 0.45 0.26 0.03 0.24
N1 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.33 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.02 0.41 0.24 0.07 0.23
N3 0.03 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.33 0.22 0.07 0.17
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.36 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.49 0.28 0.15 0.30
N7 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.06 0.00 0.36 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.48 0.27 0.09 0.28
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.27 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.37 0.23 0.08 0.18
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.06 0.16 0.26 0.11 0.11
O3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.08 0.11 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.20 0.34 0.08 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.19 0.20 0.18 0.10
O5' 0.26 0.36 0.30 0.31 0.38 0.02 0.44 0.01 0.45 0.45 0.41 0.33 0.49 0.48 0.37 0.16 0.20 0.19 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.23 0.23 0.31 0.35 0.24 0.15 0.25 0.21 0.26 0.26 0.24 0.22 0.28 0.27 0.23 0.26 0.34 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.05 0.05 0.05 0.05 0.30 0.07 0.51 0.09 0.03 0.07 0.07 0.15 0.09 0.08 0.11 0.08 0.18 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.20 0.20 0.22 0.20 0.02 0.25 0.05 0.26 0.24 0.23 0.17 0.30 0.28 0.18 0.11 0.18 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00