ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49944

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C5' B 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O5' A 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O3' A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O5' B 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
P A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O4' B 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.000, 0.214, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.214 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
O2' A 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
N7 B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C8 B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C4' B 0, 0.000, 0.233, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.000, 0.347, 0.694, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C3' B 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C2 B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
OP1 A 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
N1 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
P B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
N6 B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
OP1 B 0, 0.000, 0.457, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.000, 0.482, 0.964, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.482 std_dev=0.482
OP2 A 0, 0.000, 0.511, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.511 std_dev=0.511
OP2 B 0, 0.000, 0.716, 1.432, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.716 std_dev=0.716
O3' B 0, 0.000, 0.844, 1.688, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.844 std_dev=0.844

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.14 0.01
C2 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.08 0.07 0.01 0.04 0.04 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.13 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.09 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.10 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.10 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01
C5' 0.01 0.11 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.11 0.12 0.08 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03
C8 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.03
N1 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.07 0.00 0.04 0.04 0.05
N2 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.08 0.10 0.01 0.06 0.12 0.07
N3 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.08 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.08 0.02 0.05 0.07 0.10 0.11 0.01
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.22 0.10 0.04
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.14 0.01
O5' 0.03 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.10 0.04 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03
OP1 0.07 0.04 0.07 0.16 0.00 0.13 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.10 0.22 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.04 0.13 0.09 0.08 0.10 0.08 0.03 0.02 0.16 0.04 0.12 0.02 0.13 0.14 0.11 0.10 0.14 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.16 0.18 0.09 0.06 0.12 0.01 0.16 0.05 0.16 0.09 0.21 0.11 0.04 0.32 0.41 0.04 0.08 0.28 0.11 0.00
C2 0.01 0.15 0.17 0.15 0.09 0.03 0.14 0.02 0.20 0.03 0.20 0.10 0.27 0.11 0.04 0.29 0.45 0.02 0.08 0.17 0.17 0.04
C2' 0.07 0.20 0.09 0.24 0.16 0.12 0.19 0.04 0.24 0.11 0.23 0.17 0.28 0.17 0.11 0.26 0.40 0.10 0.10 0.26 0.00 0.02
C3' 0.00 0.13 0.15 0.17 0.09 0.06 0.13 0.02 0.17 0.05 0.17 0.10 0.21 0.11 0.05 0.37 0.33 0.04 0.04 0.32 0.03 0.07
C4 0.01 0.13 0.17 0.15 0.08 0.03 0.13 0.02 0.19 0.03 0.18 0.09 0.25 0.10 0.03 0.29 0.42 0.02 0.08 0.21 0.15 0.03
C4' 0.02 0.11 0.19 0.14 0.07 0.03 0.11 0.05 0.16 0.04 0.15 0.07 0.20 0.10 0.03 0.40 0.36 0.02 0.05 0.30 0.07 0.03
C5 0.04 0.12 0.19 0.11 0.06 0.00 0.11 0.04 0.17 0.00 0.17 0.07 0.24 0.07 0.00 0.28 0.40 0.01 0.07 0.17 0.15 0.03
C5' 0.02 0.13 0.18 0.14 0.08 0.04 0.12 0.04 0.17 0.04 0.17 0.08 0.22 0.10 0.03 0.40 0.38 0.02 0.05 0.28 0.07 0.02
C6 0.04 0.12 0.20 0.10 0.06 0.01 0.11 0.04 0.18 0.01 0.17 0.06 0.25 0.07 0.00 0.27 0.41 0.01 0.06 0.13 0.16 0.04
C8 0.03 0.11 0.19 0.13 0.06 0.02 0.11 0.03 0.16 0.00 0.15 0.07 0.22 0.08 0.01 0.29 0.38 0.01 0.07 0.25 0.13 0.01
N1 0.03 0.13 0.18 0.12 0.07 0.01 0.12 0.03 0.19 0.01 0.18 0.08 0.26 0.08 0.01 0.28 0.43 0.00 0.07 0.14 0.17 0.05
N2 0.00 0.16 0.16 0.16 0.10 0.04 0.15 0.02 0.21 0.04 0.21 0.11 0.28 0.11 0.04 0.30 0.46 0.03 0.09 0.17 0.17 0.05
N3 0.00 0.15 0.16 0.16 0.10 0.04 0.14 0.02 0.20 0.05 0.20 0.10 0.26 0.11 0.05 0.30 0.45 0.03 0.09 0.20 0.16 0.04
N7 0.05 0.10 0.20 0.10 0.04 0.00 0.09 0.04 0.16 0.02 0.15 0.05 0.22 0.06 0.01 0.27 0.37 0.01 0.06 0.18 0.13 0.02
N9 0.01 0.13 0.17 0.16 0.08 0.04 0.12 0.02 0.18 0.03 0.17 0.08 0.23 0.10 0.03 0.30 0.41 0.03 0.08 0.25 0.14 0.01
O2' 0.15 0.25 0.02 0.32 0.22 0.19 0.24 0.10 0.27 0.17 0.27 0.22 0.30 0.22 0.18 0.14 0.43 0.17 0.14 0.24 0.07 0.04
O3' 0.04 0.07 0.19 0.12 0.04 0.00 0.08 0.08 0.11 0.02 0.10 0.04 0.15 0.07 0.01 0.43 0.26 0.01 0.02 0.38 0.09 0.13
O4' 0.03 0.09 0.20 0.13 0.06 0.02 0.10 0.05 0.15 0.03 0.13 0.06 0.19 0.09 0.02 0.39 0.40 0.01 0.05 0.28 0.15 0.00
O5' 0.04 0.10 0.20 0.12 0.06 0.01 0.11 0.06 0.15 0.03 0.15 0.06 0.21 0.09 0.02 0.41 0.40 0.00 0.05 0.27 0.14 0.00
O6 0.06 0.11 0.21 0.07 0.04 0.03 0.09 0.05 0.17 0.03 0.16 0.05 0.24 0.05 0.02 0.26 0.38 0.03 0.05 0.09 0.15 0.05
OP1 0.12 0.29 0.04 0.25 0.24 0.12 0.29 0.03 0.35 0.20 0.34 0.25 0.40 0.27 0.19 0.27 0.51 0.13 0.14 0.22 0.22 0.08
OP2 0.23 0.06 0.40 0.10 0.11 0.20 0.05 0.27 0.01 0.13 0.01 0.12 0.07 0.05 0.16 0.63 0.23 0.20 0.12 0.41 0.05 0.13
P 0.03 0.11 0.19 0.12 0.07 0.01 0.12 0.07 0.16 0.05 0.15 0.07 0.21 0.11 0.03 0.42 0.41 0.00 0.05 0.26 0.17 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.00 0.14 0.15 0.23 0.16
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.42 0.01 0.10 0.14 0.34 0.18
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.15 0.05 0.06 0.03 0.01 0.07 0.06 0.03 0.00 0.10 0.02 0.21 0.26 0.25 0.23
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.14 0.02 0.03 0.09 0.14 0.07 0.05 0.02 0.00 0.10 0.10 0.18 0.14
C4 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.28 0.01 0.11 0.17 0.33 0.19
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.18 0.02 0.08 0.18 0.36 0.19
C5' 0.05 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.00 0.07 0.01 0.03 0.07 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.24 0.03 0.06 0.16 0.36 0.17
C8 0.00 0.01 0.06 0.14 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.00 0.00 0.12 0.24 0.35 0.23
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.35 0.02 0.08 0.15 0.36 0.17
N3 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.42 0.00 0.12 0.15 0.32 0.18
N6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.18 0.04 0.02 0.15 0.34 0.14
N7 0.00 0.00 0.06 0.14 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.03 0.02 0.08 0.23 0.37 0.20
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.18 0.00 0.14 0.19 0.31 0.20
O2' 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.07 0.15 0.07 0.15 0.16 0.10 0.00 0.20 0.19 0.09 0.00 0.18 0.08 0.19 0.26 0.33 0.25
O3' 0.28 0.42 0.10 0.02 0.28 0.02 0.18 0.17 0.24 0.00 0.35 0.42 0.18 0.03 0.18 0.18 0.00 0.20 0.22 0.49 0.41 0.38
O4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.08 0.20 0.00 0.10 0.06 0.16 0.11
O5' 0.14 0.10 0.21 0.10 0.11 0.01 0.08 0.00 0.06 0.12 0.08 0.12 0.02 0.08 0.14 0.19 0.22 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.15 0.14 0.26 0.10 0.17 0.03 0.18 0.01 0.16 0.24 0.15 0.15 0.15 0.23 0.19 0.26 0.49 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.34 0.25 0.18 0.33 0.01 0.36 0.01 0.36 0.35 0.36 0.32 0.34 0.37 0.31 0.33 0.41 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.18 0.23 0.14 0.19 0.01 0.19 0.01 0.17 0.23 0.17 0.18 0.14 0.20 0.20 0.25 0.38 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00