ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49945

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O6 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
N2 A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O2' A 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O4' A 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C4' A 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
OP1 A 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
OP1 B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
OP2 B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
P B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C1' B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C3' B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
P A 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O3' B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
O4' B 0, 0.000, 0.344, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
N7 B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
N1 B 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
C8 B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C5' B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP2 A 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
N6 B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
O5' A 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
O5' B 0, 0.000, 0.565, 1.130, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.565 std_dev=0.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.08 0.20 0.07
C2 0.05 0.00 0.03 0.06 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.06 0.01 0.13 0.05 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.11 0.18 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.17 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.09 0.14 0.05
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.14 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.19 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.22 0.00 0.07 0.14 0.08
C5' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.09 0.16 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.16 0.00
C6 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.19 0.00 0.08 0.09 0.05
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.02 0.05 0.20 0.12
N1 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.12 0.01 0.11 0.06 0.01
N2 0.08 0.00 0.07 0.10 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.09 0.13 0.02 0.00 0.15 0.00 0.07
N3 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.01 0.12 0.09 0.00
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.27 0.02 0.05 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.00 0.08 0.18 0.08
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.11 0.18 0.04
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.18 0.00
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.13 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.07 0.21 0.07
O5' 0.13 0.06 0.10 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.19 0.26 0.12 0.02 0.07 0.27 0.20 0.09 0.05 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.21 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.08 0.13 0.11 0.13 0.09 0.11 0.07 0.14 0.08 0.05 0.11 0.15 0.12 0.05 0.08 0.11 0.11 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.05 0.18 0.17 0.14 0.19 0.14 0.16 0.09 0.20 0.06 0.00 0.09 0.17 0.18 0.18 0.18 0.21 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.08 0.00 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.08 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.00 0.01 0.03 0.07 0.07 0.13 0.11 0.11 0.20 0.05 0.00 0.17 0.21 0.10 0.00 0.01 0.09 0.28 0.03 0.00 0.08
C2 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.09 0.05 0.14 0.02 0.04 0.09 0.15 0.06 0.00 0.04 0.06 0.21 0.02 0.06 0.03
C2' 0.11 0.07 0.06 0.07 0.12 0.12 0.18 0.16 0.17 0.24 0.11 0.06 0.22 0.26 0.15 0.05 0.02 0.14 0.31 0.10 0.05 0.13
C3' 0.13 0.07 0.09 0.10 0.13 0.15 0.19 0.19 0.17 0.26 0.12 0.07 0.21 0.26 0.17 0.08 0.06 0.16 0.35 0.03 0.06 0.13
C4 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.11 0.07 0.10 0.16 0.03 0.02 0.15 0.18 0.08 0.02 0.01 0.06 0.21 0.02 0.04 0.03
C4' 0.08 0.01 0.05 0.07 0.08 0.09 0.14 0.13 0.12 0.21 0.06 0.01 0.16 0.22 0.12 0.03 0.03 0.10 0.31 0.07 0.02 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.02 0.09 0.12 0.04 0.02 0.15 0.15 0.04 0.05 0.05 0.01 0.12 0.01 0.09 0.02
C5' 0.08 0.03 0.06 0.07 0.09 0.08 0.15 0.09 0.13 0.22 0.08 0.03 0.17 0.22 0.13 0.03 0.03 0.09 0.29 0.17 0.02 0.04
C6 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.11 0.11 0.02 0.05 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.05
C8 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.13 0.02 0.13 0.15 0.08 0.00 0.19 0.19 0.07 0.05 0.08 0.03 0.15 0.02 0.04 0.01
N1 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.10 0.02 0.05 0.08 0.11 0.03 0.03 0.01 0.02 0.14 0.01 0.10 0.02
N2 0.06 0.07 0.04 0.08 0.02 0.10 0.06 0.12 0.02 0.14 0.04 0.05 0.05 0.14 0.07 0.04 0.09 0.09 0.24 0.04 0.05 0.05
N3 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.08 0.10 0.11 0.08 0.17 0.01 0.02 0.12 0.18 0.09 0.01 0.04 0.08 0.25 0.03 0.03 0.06
N7 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.03 0.10 0.02 0.12 0.11 0.07 0.01 0.18 0.16 0.04 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.10 0.04
N9 0.05 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.13 0.08 0.12 0.18 0.05 0.00 0.17 0.20 0.09 0.02 0.03 0.06 0.23 0.04 0.02 0.06
O2' 0.12 0.08 0.07 0.08 0.13 0.13 0.19 0.17 0.18 0.24 0.12 0.07 0.23 0.26 0.16 0.07 0.03 0.15 0.30 0.17 0.06 0.14
O3' 0.14 0.06 0.10 0.11 0.13 0.16 0.19 0.21 0.16 0.26 0.10 0.06 0.20 0.26 0.17 0.09 0.07 0.17 0.35 0.07 0.07 0.15
O4' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.10 0.08 0.08 0.17 0.01 0.04 0.12 0.18 0.07 0.03 0.02 0.05 0.26 0.07 0.02 0.04
O5' 0.07 0.17 0.06 0.06 0.12 0.05 0.10 0.07 0.12 0.03 0.15 0.16 0.11 0.05 0.08 0.01 0.00 0.07 0.04 0.37 0.27 0.21
O6 0.05 0.04 0.07 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.05 0.09 0.06 0.02 0.08 0.06 0.05 0.01 0.05 0.16 0.10
OP1 0.04 0.16 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.04 0.10 0.11 0.15 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.17 0.13 0.03 0.03
OP2 0.07 0.01 0.08 0.03 0.07 0.00 0.09 0.03 0.07 0.14 0.04 0.02 0.09 0.13 0.10 0.07 0.00 0.04 0.10 0.34 0.11 0.11
P 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.28 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.06 0.01
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.04 0.09 0.11 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.21 0.02 0.04
C4 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.07 0.11 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.03 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.16 0.09
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.10
C8 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.15 0.09
N1 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.02 0.02 0.03 0.14 0.07
N3 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01 0.05 0.12 0.08 0.02
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.21 0.13
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00 0.07 0.20 0.12
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.10 0.04
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.19 0.01 0.01
O3' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.26 0.06 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.07 0.02
O5' 0.05 0.04 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.12 0.09 0.19 0.21 0.07 0.15 0.01 0.11 0.02 0.03 0.03 0.12 0.08 0.07 0.07 0.19 0.26 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.11 0.00 0.02 0.11 0.03 0.16 0.02 0.17 0.15 0.14 0.08 0.21 0.20 0.10 0.01 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.07 0.02 0.13 0.12 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00