ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49946

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C4' A 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O2' A 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C3' A 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.000, 0.303, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.303 std_dev=0.303
OP1 B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
O5' A 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329
O3' A 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
OP2 B 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
OP2 A 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
P B 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
P A 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
OP1 A 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
O5' B 0, 0.000, 0.446, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C5' B 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C4' B 0, 0.000, 0.592, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.592 std_dev=0.592
C8 B 0, 0.000, 0.600, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.600 std_dev=0.600
N7 B 0, 0.000, 0.604, 1.208, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.604 std_dev=0.604
O4' B 0, 0.000, 0.634, 1.267, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.634 std_dev=0.634
C3' B 0, 0.000, 0.641, 1.282, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.641 std_dev=0.641
N6 B 0, 0.000, 0.659, 1.318, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.659 std_dev=0.659
O3' B 0, 0.000, 0.660, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.660 std_dev=0.660
N9 B 0, 0.000, 0.666, 1.332, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.666 std_dev=0.666
C5 B 0, 0.000, 0.669, 1.338, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.669 std_dev=0.669
C6 B 0, 0.000, 0.690, 1.379, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.690 std_dev=0.690
C1' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
C4 B 0, 0.000, 0.714, 1.428, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.714 std_dev=0.714
C2' B 0, 0.000, 0.731, 1.463, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.731 std_dev=0.731
N1 B 0, 0.000, 0.759, 1.517, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.759 std_dev=0.759
N3 B 0, 0.000, 0.788, 1.577, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.788 std_dev=0.788
O2' B 0, 0.000, 0.792, 1.585, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.792 std_dev=0.792
C2 B 0, 0.000, 0.806, 1.613, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.806 std_dev=0.806

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.09 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.05
C5 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.08
C5' 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.06 0.11 0.03 0.02 0.01 0.12 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
C8 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.10 0.01 0.11 0.15 0.12
N1 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05
N2 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01
N3 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N7 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.11 0.02 0.12 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.10 0.07
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.13 0.10 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05
O5' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.10 0.03 0.01 0.01 0.11 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.08
OP1 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.02 0.07 0.11 0.04 0.00 0.01 0.12 0.06 0.01 0.06 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.03 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.03 0.09 0.15 0.05 0.00 0.02 0.14 0.10 0.05 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.02 0.07 0.12 0.05 0.01 0.01 0.13 0.07 0.02 0.06 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.15 0.14 0.11 0.14 0.11 0.11 0.12 0.13 0.09 0.12
C2' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03
C3' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.07 0.03 0.11 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05
C4 0.06 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.10 0.07 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03
C5 0.09 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.15 0.13 0.14 0.11 0.17 0.15 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.13
C5' 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.09 0.06 0.08 0.04 0.13 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.07 0.03 0.07
C6 0.14 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.19 0.18 0.14 0.17 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15
C8 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.04 0.14 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06
N1 0.14 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.18 0.17 0.14 0.18 0.15 0.14 0.14 0.15 0.12 0.14
N2 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.16 0.12 0.13 0.12 0.14 0.09 0.12
N3 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.09
N7 0.07 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.14 0.08 0.15 0.13 0.14 0.10 0.18 0.16 0.10 0.08 0.08 0.06 0.10 0.10 0.13 0.13
N9 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.05 0.07 0.03 0.11 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05
O2' 0.06 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01
O3' 0.02 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.09 0.05 0.08 0.04 0.12 0.07 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.06
O4' 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00
O5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04
O6 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.16 0.19 0.18 0.18 0.16 0.20 0.20 0.16 0.19 0.17 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15
OP1 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP2 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.06
P 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03
C3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.07 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03
C8 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
N6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06
N7 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03 0.09 0.04 0.04 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02
O3' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00