ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49948

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
P B 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
OP2 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O4' A 0, 0.000, 0.648, 1.296, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.648 std_dev=0.648
C2' A 0, 0.000, 0.698, 1.395, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.698 std_dev=0.698
OP1 B 0, 0.000, 0.870, 1.739, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.870 std_dev=0.870
C3' A 0, 0.000, 0.905, 1.811, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.905 std_dev=0.905
C4' A 0, 0.000, 1.022, 2.044, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.022 std_dev=1.022
O3' A 0, 0.000, 1.145, 2.289, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.145 std_dev=1.145
O2' A 0, 0.000, 1.193, 2.386, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.193 std_dev=1.193
O5' B 0, 0.000, 1.291, 2.583, 2.583 max_d=2.583 avg_d=1.291 std_dev=1.291
C5' A 0, 0.000, 1.501, 3.002, 3.002 max_d=3.002 avg_d=1.501 std_dev=1.501
C5' B 0, 0.000, 1.766, 3.531, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.766 std_dev=1.766
O5' A 0, 0.000, 1.836, 3.672, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.836 std_dev=1.836
P A 0, 0.000, 2.455, 4.910, 4.910 max_d=4.910 avg_d=2.455 std_dev=2.455
OP2 A 0, 0.000, 2.730, 5.461, 5.461 max_d=5.461 avg_d=2.730 std_dev=2.730
C4' B 0, 0.000, 2.739, 5.478, 5.478 max_d=5.478 avg_d=2.739 std_dev=2.739
O4' B 0, 0.000, 2.829, 5.658, 5.658 max_d=5.658 avg_d=2.829 std_dev=2.829
OP1 A 0, 0.000, 2.960, 5.921, 5.921 max_d=5.921 avg_d=2.960 std_dev=2.960
C8 B 0, 0.000, 3.125, 6.249, 6.249 max_d=6.249 avg_d=3.125 std_dev=3.125
C3' B 0, 0.000, 3.395, 6.789, 6.789 max_d=6.789 avg_d=3.395 std_dev=3.395
C1' B 0, 0.000, 3.610, 7.221, 7.221 max_d=7.221 avg_d=3.610 std_dev=3.610
N9 B 0, 0.000, 3.654, 7.309, 7.309 max_d=7.309 avg_d=3.654 std_dev=3.654
C2' B 0, 0.000, 3.683, 7.367, 7.367 max_d=7.367 avg_d=3.683 std_dev=3.683
N7 B 0, 0.000, 3.754, 7.508, 7.508 max_d=7.508 avg_d=3.754 std_dev=3.754
O3' B 0, 0.000, 3.816, 7.632, 7.632 max_d=7.632 avg_d=3.816 std_dev=3.816
O2' B 0, 0.000, 4.162, 8.325, 8.325 max_d=8.325 avg_d=4.162 std_dev=4.162
C4 B 0, 0.000, 4.531, 9.061, 9.061 max_d=9.061 avg_d=4.531 std_dev=4.531
C5 B 0, 0.000, 4.558, 9.115, 9.115 max_d=9.115 avg_d=4.558 std_dev=4.558
N3 B 0, 0.000, 5.329, 10.657, 10.657 max_d=10.657 avg_d=5.329 std_dev=5.329
C6 B 0, 0.000, 5.455, 10.909, 10.909 max_d=10.909 avg_d=5.455 std_dev=5.455
N6 B 0, 0.000, 5.764, 11.528, 11.528 max_d=11.528 avg_d=5.764 std_dev=5.764
C2 B 0, 0.000, 6.026, 12.052, 12.052 max_d=12.052 avg_d=6.026 std_dev=6.026
N1 B 0, 0.000, 6.125, 12.250, 12.250 max_d=12.250 avg_d=6.125 std_dev=6.125

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.27 0.01 0.18 0.01 0.14 0.22 0.20
C2 0.02 0.00 0.36 0.21 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.16 0.18 0.14 0.39 0.01 0.32 0.66 0.44
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.18 0.00 0.10 0.14 0.17 0.12 0.29 0.43 0.34 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.18 0.13 0.18 0.25 0.19
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.19 0.01 0.24 0.00 0.27 0.20 0.26 0.19 0.16 0.25 0.14 0.01 0.00 0.02 0.17 0.28 0.17 0.18 0.17
C4 0.01 0.03 0.18 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.08 0.47 0.00 0.44 0.69 0.53
C4' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.16 0.02 0.07 0.06 0.15 0.06 0.21 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.02
C5 0.01 0.02 0.10 0.24 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.21 0.05 0.03 0.66 0.01 0.68 0.96 0.76
C5' 0.05 0.02 0.14 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.09 0.18 0.04 0.06 0.05 0.19 0.05 0.06 0.16 0.01 0.00 0.12 0.21 0.12 0.00
C6 0.01 0.01 0.17 0.27 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.07 0.66 0.00 0.69 1.03 0.78
C8 0.00 0.03 0.12 0.20 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.35 0.00 0.11 0.74 0.01 0.77 0.92 0.83
N1 0.02 0.01 0.29 0.26 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.10 0.55 0.01 0.52 0.88 0.63
N2 0.03 0.00 0.43 0.19 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.30 0.23 0.16 0.30 0.02 0.18 0.56 0.33
N3 0.01 0.01 0.34 0.16 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.23 0.15 0.32 0.00 0.24 0.53 0.35
N7 0.00 0.02 0.04 0.25 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.35 0.02 0.06 0.80 0.02 0.88 1.13 0.94
N9 0.00 0.04 0.02 0.14 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.16 0.12 0.00 0.47 0.01 0.45 0.60 0.52
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.07 0.21 0.21 0.06 0.16 0.35 0.02 0.30 0.17 0.35 0.16 0.00 0.02 0.13 0.14 0.22 0.16 0.30 0.16
O3' 0.27 0.18 0.03 0.00 0.15 0.00 0.05 0.16 0.05 0.00 0.10 0.23 0.23 0.02 0.12 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.09 0.10 0.10
O4' 0.01 0.14 0.03 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.10 0.16 0.15 0.06 0.00 0.13 0.14 0.00 0.30 0.05 0.28 0.30 0.30
O5' 0.18 0.39 0.18 0.17 0.47 0.01 0.66 0.00 0.66 0.74 0.55 0.30 0.32 0.80 0.47 0.14 0.11 0.30 0.00 0.74 0.02 0.00 0.01
O6 0.01 0.01 0.13 0.28 0.00 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.01 0.05 0.74 0.00 0.82 1.17 0.89
OP1 0.14 0.32 0.18 0.17 0.44 0.03 0.68 0.21 0.69 0.77 0.52 0.18 0.24 0.88 0.45 0.16 0.09 0.28 0.02 0.82 0.00 0.00 0.01
OP2 0.22 0.66 0.25 0.18 0.69 0.05 0.96 0.12 1.03 0.92 0.88 0.56 0.53 1.13 0.60 0.30 0.10 0.30 0.00 1.17 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.44 0.19 0.17 0.53 0.02 0.76 0.00 0.78 0.83 0.63 0.33 0.35 0.94 0.52 0.16 0.10 0.30 0.01 0.89 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.86 2.46 2.01 2.05 2.14 1.47 1.85 0.85 1.93 1.37 2.25 2.43 1.52 1.33 1.84 1.95 2.31 1.44 0.63 0.34 0.17 0.01
C2 1.73 2.97 1.64 1.62 2.47 1.12 2.61 0.56 3.00 1.84 3.14 2.66 3.10 2.20 2.01 1.57 1.81 1.31 0.61 0.52 0.12 0.03
C2' 1.26 1.86 1.46 1.57 1.45 1.01 1.17 0.43 1.29 0.73 1.65 1.79 0.94 0.68 1.18 1.41 1.92 0.91 0.17 0.59 0.50 0.34
C3' 1.45 1.56 1.82 2.03 1.30 1.41 0.85 0.86 0.81 0.67 1.20 1.65 0.33 0.42 1.18 1.81 2.48 1.15 0.54 0.10 0.04 0.09
C4 1.63 2.51 1.60 1.65 2.19 1.14 2.24 0.60 2.43 1.64 2.56 2.33 2.34 1.89 1.84 1.51 1.86 1.25 0.59 0.49 0.15 0.00
C4' 1.80 1.78 2.28 2.40 1.53 1.72 0.94 1.10 0.85 0.79 1.30 1.94 0.26 0.45 1.44 2.35 2.83 1.43 0.73 0.02 0.16 0.17
C5 1.35 2.16 1.26 1.36 1.92 0.90 2.04 0.43 2.20 1.55 2.25 1.99 2.20 1.83 1.61 1.16 1.56 1.03 0.51 0.54 0.13 0.01
C5' 1.45 0.95 2.09 2.38 0.84 1.66 0.17 1.11 0.03 0.26 0.40 1.22 0.66 0.24 0.91 2.22 2.94 1.19 0.69 0.13 0.30 0.22
C6 1.29 2.28 1.15 1.20 1.98 0.77 2.18 0.31 2.43 1.61 2.46 2.04 2.55 1.98 1.62 1.05 1.38 0.96 0.47 0.59 0.11 0.02
C8 1.32 1.68 1.35 1.56 1.58 1.06 1.49 0.58 1.50 1.23 1.62 1.66 1.30 1.27 1.42 1.24 1.79 1.05 0.53 0.43 0.17 0.01
N1 1.52 2.69 1.38 1.38 2.27 0.92 2.48 0.41 2.82 1.78 2.89 2.39 2.98 2.18 1.85 1.30 1.56 1.13 0.54 0.56 0.10 0.04
N2 1.83 3.23 1.74 1.67 2.62 1.17 2.76 0.58 3.22 1.91 3.43 2.86 3.37 2.29 2.11 1.68 1.87 1.38 0.63 0.53 0.11 0.04
N3 1.80 2.93 1.76 1.76 2.46 1.24 2.51 0.65 2.84 1.77 3.02 2.67 2.81 2.06 2.02 1.70 1.97 1.37 0.63 0.49 0.14 0.01
N7 1.13 1.66 1.06 1.25 1.53 0.81 1.59 0.39 1.66 1.28 1.70 1.57 1.59 1.45 1.33 0.96 1.47 0.88 0.47 0.52 0.13 0.01
N9 1.64 2.24 1.69 1.79 2.02 1.25 1.92 0.69 1.99 1.46 2.17 2.17 1.74 1.55 1.74 1.59 2.01 1.27 0.59 0.43 0.17 0.01
O2' 1.39 2.32 1.50 1.50 1.72 1.00 1.45 0.36 1.68 0.86 2.13 2.14 1.36 0.87 1.33 1.48 1.84 1.00 0.05 0.79 0.72 0.50
O3' 1.56 1.77 1.96 2.13 1.40 1.50 0.92 0.91 0.91 0.70 1.36 1.82 0.41 0.46 1.26 2.03 2.66 1.24 0.55 0.13 0.06 0.08
O4' 2.05 2.22 2.38 2.43 2.02 1.76 1.52 1.11 1.46 1.24 1.84 2.34 0.92 1.00 1.85 2.36 2.71 1.62 0.83 0.11 0.09 0.16
O5' 1.50 0.54 2.08 2.63 0.68 1.99 0.04 1.61 0.31 0.43 0.00 0.91 0.94 0.16 0.94 2.04 3.18 1.43 1.21 0.86 0.95 0.88
O6 1.05 2.03 0.86 0.91 1.76 0.52 2.01 0.13 2.26 1.48 2.25 1.78 2.44 1.88 1.42 0.77 1.08 0.76 0.37 0.63 0.11 0.01
OP1 1.42 0.16 2.10 2.81 0.19 2.32 0.56 2.05 1.12 0.15 0.85 0.39 1.89 0.61 0.64 2.22 3.63 1.53 1.50 1.47 1.42 1.30
OP2 0.72 0.94 1.24 2.17 0.49 1.80 1.13 1.80 1.68 0.26 1.49 0.43 2.33 1.02 0.04 1.13 2.75 1.00 1.41 1.64 1.63 1.45
P 1.34 0.15 1.97 2.75 0.18 2.21 0.54 1.96 1.04 0.14 0.77 0.35 1.77 0.60 0.61 1.99 3.48 1.45 1.48 1.37 1.38 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.00 0.24 0.00 0.16 0.19 0.07 0.19
C2 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.19 0.03 0.13 0.19 0.22 0.21
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.16 0.03 0.06 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.28 0.04 0.24
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.19 0.21 0.16 0.08 0.19 0.23 0.14 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.54 0.21
C4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.11 0.04 0.10 0.18 0.22 0.20
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.23 0.01 0.00 0.01 0.05 0.30 0.03
C5 0.03 0.02 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.27 0.01 0.06 0.08 0.19 0.33 0.23
C5' 0.07 0.05 0.16 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.09 0.04 0.04 0.06 0.16 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00
C6 0.03 0.01 0.03 0.19 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.29 0.03 0.07 0.09 0.21 0.36 0.24
C8 0.04 0.00 0.06 0.21 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.19 0.07 0.06 0.05 0.20 0.31 0.24
N1 0.01 0.00 0.07 0.16 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.10 0.05 0.11 0.20 0.30 0.22
N3 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.22 0.02 0.13 0.18 0.17 0.19
N6 0.06 0.00 0.01 0.19 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.32 0.02 0.11 0.11 0.25 0.46 0.29
N7 0.04 0.01 0.03 0.23 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.25 0.09 0.07 0.03 0.19 0.38 0.24
N9 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.18 0.08 0.02 0.10 0.18 0.19 0.20
O2' 0.00 0.24 0.00 0.03 0.23 0.23 0.27 0.06 0.29 0.19 0.27 0.21 0.32 0.25 0.18 0.00 0.02 0.15 0.24 0.14 0.02 0.16
O3' 0.24 0.19 0.00 0.01 0.11 0.01 0.01 0.16 0.03 0.07 0.10 0.22 0.02 0.09 0.08 0.02 0.00 0.18 0.19 0.39 0.98 0.52
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.02 0.11 0.07 0.02 0.15 0.18 0.00 0.05 0.13 0.01 0.14
O5' 0.16 0.13 0.34 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.09 0.05 0.11 0.13 0.11 0.03 0.10 0.24 0.19 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.19 0.19 0.28 0.06 0.18 0.05 0.19 0.07 0.21 0.20 0.20 0.18 0.25 0.19 0.18 0.14 0.39 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.22 0.04 0.54 0.22 0.30 0.33 0.20 0.36 0.31 0.30 0.17 0.46 0.38 0.19 0.02 0.98 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.21 0.24 0.21 0.20 0.03 0.23 0.00 0.24 0.24 0.22 0.19 0.29 0.24 0.20 0.16 0.52 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00