ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49952

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 5, 3, 10, 6, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.016, 0.041, 0.065, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.011, 0.042, 0.073, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.042 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.051, 0.105, 0.158, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.105 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.050, 0.111, 0.172, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.111 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.063, 0.145, 0.226, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.145 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.111, 0.209, 0.307, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.209 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.078, 0.188, 0.299, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.188 std_dev=0.111
O3' A 0, 0.082, 0.201, 0.320, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.201 std_dev=0.119
P B 0, 0.289, 0.467, 0.646, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.467 std_dev=0.178
O5' B 0, 0.297, 0.478, 0.659, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.478 std_dev=0.181
C5' B 0, 0.300, 0.482, 0.664, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.482 std_dev=0.182
O5' A 0, 0.125, 0.333, 0.540, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.333 std_dev=0.208
C4' B 0, 0.369, 0.584, 0.799, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.584 std_dev=0.215
O3' B 0, 0.414, 0.635, 0.857, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.635 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.319, 0.543, 0.768, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.543 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.382, 0.609, 0.836, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.609 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.264, 0.497, 0.730, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.497 std_dev=0.233
C5' A 0, 0.199, 0.432, 0.666, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.432 std_dev=0.234
O4' B 0, 0.431, 0.680, 0.930, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.680 std_dev=0.250
C2' B 0, 0.414, 0.694, 0.974, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.694 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.429, 0.709, 0.989, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.709 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.420, 0.721, 1.022, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.721 std_dev=0.301
C8 B 0, 0.391, 0.693, 0.995, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.693 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.449, 0.762, 1.074, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.762 std_dev=0.312
C4 B 0, 0.465, 0.789, 1.114, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.789 std_dev=0.325
N7 B 0, 0.408, 0.733, 1.058, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.733 std_dev=0.325
C5 B 0, 0.453, 0.790, 1.127, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.790 std_dev=0.337
N3 B 0, 0.520, 0.857, 1.194, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.857 std_dev=0.337
C2 B 0, 0.565, 0.926, 1.288, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.926 std_dev=0.362
C6 B 0, 0.496, 0.859, 1.222, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.859 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.551, 0.924, 1.296, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.924 std_dev=0.372
O6 B 0, 0.492, 0.876, 1.261, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.876 std_dev=0.384
N2 B 0, 0.631, 1.017, 1.403, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.017 std_dev=0.386
P A 0, 0.121, 0.548, 0.975, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.548 std_dev=0.427
OP2 A 0, 0.121, 1.037, 1.954, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.037 std_dev=0.917
OP1 A 0, 0.025, 0.986, 1.946, 2.895 max_d=2.895 avg_d=0.986 std_dev=0.960

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.02 0.15 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.06 0.11 0.02 0.14 0.15 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.12 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.15 0.05 0.29 0.34 0.23
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.04 0.41 0.15 0.17
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.12 0.02 0.15 0.19 0.07
C4' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.10 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.20 0.22 0.08
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.02 0.22 0.26 0.07
C5' 0.08 0.09 0.12 0.03 0.14 0.01 0.20 0.00 0.20 0.27 0.14 0.08 0.08 0.27 0.17 0.10 0.03 0.03 0.01 0.23 0.04 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.12 0.01 0.22 0.25 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.04 0.13 0.02 0.26 0.30 0.08
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.04 0.12 0.02 0.16 0.20 0.07
N2 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.07 0.12 0.02 0.16 0.13 0.09
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.12 0.05 0.11 0.02 0.14 0.14 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.13 0.02 0.30 0.32 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.12 0.02 0.15 0.21 0.08
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.10 0.05 0.06 0.07 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.08 0.03 0.15 0.05 0.41 0.41 0.28
O3' 0.05 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.11 0.15 0.12 0.04 0.05 0.08 0.00 0.05 0.07 0.07 0.49 0.23 0.12
O4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.13 0.03 0.19 0.17 0.04
O5' 0.12 0.11 0.15 0.07 0.12 0.02 0.12 0.01 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.15 0.07 0.13 0.00 0.13 0.03 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.23 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.13 0.00 0.28 0.29 0.08
OP1 0.15 0.14 0.29 0.41 0.15 0.20 0.22 0.04 0.22 0.26 0.16 0.16 0.14 0.30 0.15 0.41 0.49 0.19 0.03 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.15 0.34 0.15 0.19 0.22 0.26 0.10 0.25 0.30 0.20 0.13 0.14 0.32 0.21 0.41 0.23 0.17 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.08 0.23 0.17 0.07 0.08 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.28 0.12 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.14 0.11 0.08 0.11 0.09 0.13 0.27 0.13
C2 0.09 0.09 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.15 0.14 0.08 0.11 0.10 0.13 0.27 0.14
C2' 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.12 0.19 0.30 0.17
C3' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.08 0.08 0.10 0.14 0.13 0.25 0.35 0.21
C4 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.13 0.12 0.08 0.10 0.10 0.12 0.26 0.14
C4' 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.14 0.11 0.10 0.11 0.14 0.13 0.12 0.10 0.12 0.17 0.13 0.23 0.33 0.22
C5 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.13 0.09 0.11 0.12 0.12 0.25 0.15
C5' 0.20 0.15 0.20 0.23 0.20 0.21 0.23 0.28 0.21 0.28 0.17 0.11 0.16 0.28 0.23 0.14 0.19 0.22 0.37 0.23 0.43 0.46 0.42
C6 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.09 0.11 0.13 0.14 0.25 0.16
C8 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.12 0.08 0.10 0.11 0.11 0.25 0.14
N1 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.15 0.14 0.08 0.11 0.12 0.14 0.26 0.15
N2 0.09 0.09 0.12 0.12 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.16 0.15 0.09 0.11 0.10 0.13 0.27 0.14
N3 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.15 0.13 0.08 0.11 0.10 0.12 0.27 0.14
N7 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.09 0.11 0.13 0.12 0.24 0.15
N9 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.13 0.11 0.07 0.10 0.10 0.12 0.26 0.14
O2' 0.11 0.13 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.10 0.15 0.14 0.14 0.13 0.12 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.17 0.23 0.32 0.20
O3' 0.13 0.16 0.11 0.10 0.15 0.11 0.16 0.11 0.17 0.15 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.10 0.09 0.13 0.14 0.18 0.25 0.36 0.21
O4' 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.19 0.14 0.12 0.14 0.12 0.10 0.21 0.11
O5' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.11 0.12 0.15 0.10
O6 0.13 0.13 0.15 0.14 0.13 0.11 0.14 0.10 0.15 0.15 0.14 0.13 0.13 0.15 0.13 0.15 0.15 0.11 0.12 0.16 0.15 0.25 0.17
OP1 0.59 0.35 0.75 0.81 0.40 0.73 0.31 0.65 0.26 0.38 0.28 0.35 0.42 0.30 0.46 0.78 0.96 0.53 0.55 0.21 0.35 0.16 0.31
OP2 0.32 0.38 0.24 0.23 0.47 0.22 0.61 0.28 0.62 0.63 0.51 0.28 0.34 0.70 0.48 0.17 0.19 0.36 0.45 0.71 0.68 0.75 0.66
P 0.12 0.08 0.18 0.20 0.07 0.19 0.11 0.15 0.13 0.10 0.10 0.09 0.09 0.14 0.07 0.21 0.30 0.09 0.09 0.18 0.13 0.20 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.19 0.09
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.24 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.14 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.24 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.10 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.01 0.08 0.26 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.10 0.01 0.09 0.27 0.13
C8 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.10 0.01 0.09 0.25 0.13
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.26 0.12
N2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.06 0.01 0.08 0.24 0.11
N3 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.23 0.10
N7 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.11 0.01 0.10 0.27 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.23 0.11
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.11 0.16 0.08
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.12 0.07 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.10 0.18 0.09
O5' 0.04 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.11 0.07 0.04 0.05 0.05 0.00 0.11 0.03 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.11 0.00 0.09 0.28 0.14
OP1 0.09 0.07 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.04 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.24 0.14 0.10 0.24 0.10 0.26 0.03 0.27 0.25 0.26 0.24 0.23 0.27 0.23 0.16 0.07 0.18 0.02 0.28 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.07 0.07 0.11 0.04 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11 0.08 0.07 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00