ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49953

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 5, 14, 7, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.044 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.022, 0.058, 0.093, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.058 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.027, 0.065, 0.103, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.065 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.025, 0.066, 0.107, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.066 std_dev=0.041
C5' A 0, 0.043, 0.096, 0.150, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.096 std_dev=0.054
O5' A 0, 0.047, 0.101, 0.155, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.101 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.043, 0.102, 0.160, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.102 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.033, 0.100, 0.166, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.100 std_dev=0.066
P A 0, 0.079, 0.162, 0.246, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.083
OP1 A 0, 0.093, 0.191, 0.289, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.191 std_dev=0.098
N9 B 0, 0.091, 0.205, 0.319, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.205 std_dev=0.114
OP2 A 0, 0.091, 0.211, 0.331, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.211 std_dev=0.120
OP2 B 0, 0.153, 0.273, 0.392, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.273 std_dev=0.120
P B 0, 0.106, 0.238, 0.370, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.238 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.084, 0.216, 0.348, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.216 std_dev=0.132
C8 B 0, 0.081, 0.217, 0.353, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.217 std_dev=0.136
C1' B 0, 0.109, 0.249, 0.389, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.249 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.080, 0.226, 0.372, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.226 std_dev=0.146
O4' B 0, 0.101, 0.247, 0.393, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.247 std_dev=0.146
N7 B 0, 0.091, 0.249, 0.407, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.249 std_dev=0.158
O5' B 0, 0.115, 0.277, 0.439, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.277 std_dev=0.162
OP1 B 0, 0.096, 0.264, 0.432, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.264 std_dev=0.168
C5' B 0, 0.137, 0.311, 0.485, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.311 std_dev=0.174
C4' B 0, 0.128, 0.312, 0.496, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.312 std_dev=0.184
N3 B 0, 0.084, 0.269, 0.454, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.269 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.079, 0.266, 0.452, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.266 std_dev=0.186
C2' B 0, 0.128, 0.319, 0.509, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.319 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.073, 0.284, 0.495, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.284 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.129, 0.341, 0.552, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.341 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.077, 0.297, 0.517, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.297 std_dev=0.220
O2' B 0, 0.172, 0.396, 0.620, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.396 std_dev=0.224
O6 B 0, 0.091, 0.319, 0.546, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.319 std_dev=0.228
O3' B 0, 0.166, 0.438, 0.710, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.438 std_dev=0.272
N2 B 0, 0.091, 0.379, 0.668, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.379 std_dev=0.288

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.04 0.08 0.01 0.09 0.11 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.09 0.08 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.00 0.07 0.11 0.07
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03 0.07 0.00 0.08 0.12 0.08
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.04 0.08 0.00 0.09 0.12 0.09
N2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.05 0.08 0.01 0.10 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.07 0.01 0.08 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.07 0.11 0.13 0.09
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.07 0.09 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04
O5' 0.04 0.08 0.06 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.07 0.00 0.09 0.12 0.09
OP1 0.05 0.09 0.09 0.09 0.07 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.11 0.09 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.08 0.06 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.10 0.08 0.13 0.07 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.07 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.23 0.14 0.16 0.16 0.16 0.15 0.19 0.19 0.13 0.23 0.25 0.20 0.11 0.13 0.14 0.18 0.14 0.15 0.18 0.10 0.11 0.11
C2 0.15 0.24 0.15 0.16 0.15 0.15 0.12 0.16 0.10 0.17 0.20 0.31 0.20 0.18 0.14 0.16 0.17 0.14 0.14 0.11 0.10 0.10 0.10
C2' 0.14 0.23 0.16 0.20 0.17 0.18 0.17 0.22 0.22 0.15 0.24 0.25 0.20 0.14 0.14 0.16 0.22 0.14 0.16 0.23 0.10 0.12 0.11
C3' 0.14 0.23 0.17 0.20 0.17 0.18 0.18 0.22 0.22 0.15 0.25 0.26 0.20 0.14 0.15 0.16 0.23 0.14 0.15 0.24 0.10 0.13 0.11
C4 0.14 0.25 0.14 0.15 0.15 0.14 0.09 0.16 0.12 0.15 0.22 0.29 0.21 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.14 0.10 0.10 0.10 0.10
C4' 0.13 0.24 0.15 0.18 0.17 0.16 0.16 0.20 0.20 0.13 0.25 0.28 0.20 0.12 0.13 0.14 0.20 0.13 0.15 0.21 0.11 0.13 0.12
C5 0.14 0.24 0.13 0.13 0.12 0.13 0.06 0.14 0.09 0.15 0.20 0.30 0.21 0.15 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.12 0.09 0.10 0.10
C5' 0.15 0.27 0.15 0.18 0.18 0.16 0.16 0.20 0.21 0.15 0.26 0.31 0.22 0.14 0.15 0.15 0.20 0.14 0.15 0.20 0.12 0.13 0.12
C6 0.15 0.23 0.14 0.14 0.11 0.13 0.09 0.14 0.09 0.16 0.16 0.31 0.20 0.18 0.12 0.17 0.14 0.14 0.13 0.16 0.10 0.10 0.09
C8 0.14 0.23 0.13 0.13 0.15 0.14 0.11 0.16 0.15 0.09 0.21 0.26 0.21 0.06 0.11 0.14 0.13 0.14 0.15 0.14 0.09 0.10 0.10
N1 0.15 0.23 0.15 0.15 0.13 0.14 0.12 0.15 0.09 0.17 0.16 0.32 0.20 0.19 0.14 0.17 0.15 0.14 0.13 0.16 0.10 0.10 0.09
N2 0.15 0.24 0.16 0.17 0.15 0.15 0.14 0.17 0.12 0.18 0.20 0.31 0.20 0.19 0.15 0.16 0.18 0.14 0.14 0.13 0.10 0.10 0.10
N3 0.15 0.25 0.15 0.16 0.15 0.15 0.12 0.17 0.13 0.16 0.22 0.30 0.21 0.16 0.14 0.15 0.17 0.14 0.14 0.10 0.10 0.10 0.10
N7 0.14 0.24 0.13 0.12 0.13 0.14 0.07 0.14 0.13 0.11 0.20 0.28 0.22 0.10 0.10 0.16 0.13 0.14 0.14 0.13 0.09 0.10 0.10
N9 0.14 0.24 0.13 0.15 0.16 0.15 0.11 0.17 0.16 0.13 0.22 0.27 0.21 0.09 0.13 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.10 0.10 0.10
O2' 0.15 0.21 0.18 0.23 0.17 0.21 0.18 0.25 0.23 0.15 0.23 0.22 0.18 0.15 0.15 0.18 0.25 0.16 0.18 0.26 0.13 0.15 0.14
O3' 0.16 0.23 0.18 0.21 0.19 0.18 0.20 0.21 0.24 0.16 0.25 0.24 0.20 0.17 0.16 0.18 0.24 0.15 0.15 0.27 0.10 0.13 0.11
O4' 0.13 0.24 0.14 0.16 0.16 0.15 0.14 0.18 0.18 0.13 0.23 0.28 0.21 0.11 0.13 0.14 0.17 0.14 0.15 0.17 0.11 0.12 0.12
O5' 0.16 0.28 0.17 0.19 0.19 0.17 0.17 0.20 0.21 0.17 0.27 0.33 0.24 0.16 0.16 0.17 0.21 0.15 0.15 0.20 0.10 0.11 0.11
O6 0.15 0.20 0.15 0.13 0.09 0.13 0.12 0.12 0.13 0.16 0.13 0.30 0.17 0.18 0.12 0.18 0.14 0.13 0.12 0.20 0.10 0.10 0.09
OP1 0.18 0.29 0.19 0.22 0.20 0.19 0.19 0.22 0.23 0.18 0.29 0.34 0.25 0.18 0.18 0.19 0.24 0.17 0.17 0.22 0.13 0.15 0.14
OP2 0.16 0.28 0.18 0.19 0.19 0.15 0.17 0.17 0.20 0.18 0.27 0.34 0.24 0.18 0.16 0.17 0.21 0.14 0.11 0.19 0.07 0.09 0.07
P 0.16 0.28 0.17 0.19 0.19 0.16 0.17 0.19 0.21 0.17 0.28 0.34 0.24 0.17 0.17 0.17 0.21 0.15 0.13 0.20 0.09 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.03 0.08 0.00 0.11 0.15 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.14 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.16 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.09 0.00 0.12 0.17 0.13
C8 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.14 0.09
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.09 0.00 0.12 0.16 0.13
N2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.04 0.09 0.01 0.12 0.15 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.07 0.00 0.09 0.13 0.11
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.16 0.11
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.12 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.03 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.05
O5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.10 0.00 0.14 0.18 0.14
OP1 0.03 0.11 0.02 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.12 0.08 0.12 0.12 0.09 0.10 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.15 0.06 0.05 0.14 0.03 0.16 0.02 0.17 0.14 0.16 0.15 0.13 0.16 0.12 0.05 0.03 0.08 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.03 0.02 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.09 0.13 0.13 0.11 0.11 0.08 0.04 0.02 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00