ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49954

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 7, 5, 5, 5, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.002, 0.030, 0.058, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.030 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.002, 0.035, 0.067, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.035 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.034, 0.078, 0.122, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.078 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.029, 0.078, 0.127, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.078 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.035, 0.090, 0.146, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.090 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.040, 0.108, 0.175, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.108 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.088, 0.178, 0.268, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.178 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.079, 0.177, 0.275, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.177 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.067, 0.168, 0.269, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.168 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.116, 0.227, 0.339, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.227 std_dev=0.112
P A 0, 0.085, 0.237, 0.388, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.237 std_dev=0.151
OP2 A 0, 0.160, 0.340, 0.520, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.340 std_dev=0.180
OP1 B 0, 0.186, 0.377, 0.567, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.377 std_dev=0.190
C5' B 0, 0.176, 0.368, 0.559, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.368 std_dev=0.191
P B 0, 0.187, 0.387, 0.587, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.387 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.238, 0.457, 0.677, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.457 std_dev=0.219
O5' B 0, 0.123, 0.343, 0.563, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.343 std_dev=0.220
C4' B 0, 0.181, 0.402, 0.623, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.402 std_dev=0.221
O4' B 0, 0.214, 0.442, 0.669, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.442 std_dev=0.227
OP1 A 0, 0.143, 0.372, 0.600, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.372 std_dev=0.229
C8 B 0, 0.298, 0.543, 0.789, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.543 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.318, 0.565, 0.813, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.565 std_dev=0.247
N9 B 0, 0.276, 0.548, 0.820, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.548 std_dev=0.272
C5 B 0, 0.311, 0.585, 0.859, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.585 std_dev=0.274
C4 B 0, 0.289, 0.580, 0.871, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.580 std_dev=0.291
C3' B 0, 0.230, 0.524, 0.818, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.524 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.247, 0.546, 0.844, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.546 std_dev=0.299
O3' B 0, 0.287, 0.588, 0.889, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.588 std_dev=0.301
O6 B 0, 0.364, 0.668, 0.972, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.668 std_dev=0.304
C6 B 0, 0.322, 0.629, 0.937, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.629 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.284, 0.617, 0.951, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.617 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.317, 0.659, 1.002, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.659 std_dev=0.342
C2' B 0, 0.251, 0.599, 0.947, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.599 std_dev=0.348
C2 B 0, 0.296, 0.649, 1.002, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.649 std_dev=0.353
O2' B 0, 0.283, 0.661, 1.040, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.661 std_dev=0.379
N2 B 0, 0.301, 0.695, 1.089, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.695 std_dev=0.394

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.18 0.08
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05 0.06 0.01 0.07 0.16 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.11 0.21 0.11
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.13 0.18 0.10
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.17 0.06
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.13 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.17 0.07
C5' 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.16 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.18 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.16 0.06
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.06 0.07 0.01 0.09 0.16 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.01 0.06 0.16 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.17 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.17 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.14 0.23 0.13
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.05 0.14 0.18 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.13 0.05
O5' 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.06 0.00 0.08 0.16 0.07
OP1 0.07 0.07 0.11 0.13 0.06 0.07 0.06 0.03 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.14 0.14 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.16 0.21 0.18 0.17 0.13 0.17 0.06 0.16 0.18 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.23 0.18 0.13 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.07 0.11 0.10 0.06 0.05 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.13 0.10 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.19 0.10 0.09 0.16 0.08 0.18 0.08 0.20 0.14 0.21 0.20 0.17 0.16 0.14 0.09 0.09 0.11 0.09 0.21 0.14 0.09 0.10
C2 0.11 0.16 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.08 0.15 0.11 0.16 0.17 0.14 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.15 0.12 0.08 0.08
C2' 0.12 0.20 0.11 0.10 0.17 0.09 0.19 0.09 0.21 0.15 0.21 0.20 0.17 0.18 0.15 0.09 0.11 0.11 0.09 0.23 0.14 0.10 0.10
C3' 0.13 0.22 0.12 0.10 0.19 0.09 0.21 0.09 0.24 0.16 0.24 0.23 0.20 0.19 0.16 0.11 0.12 0.12 0.10 0.26 0.14 0.11 0.11
C4 0.11 0.16 0.09 0.08 0.13 0.09 0.14 0.08 0.16 0.12 0.17 0.17 0.15 0.13 0.12 0.09 0.08 0.11 0.09 0.17 0.13 0.08 0.09
C4' 0.15 0.24 0.12 0.11 0.20 0.10 0.21 0.11 0.24 0.16 0.25 0.25 0.21 0.19 0.17 0.12 0.11 0.13 0.11 0.26 0.14 0.11 0.12
C5 0.11 0.15 0.10 0.09 0.13 0.09 0.14 0.09 0.15 0.12 0.16 0.16 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.16 0.12 0.08 0.08
C5' 0.18 0.28 0.16 0.14 0.23 0.13 0.24 0.13 0.27 0.19 0.29 0.29 0.25 0.22 0.20 0.16 0.13 0.17 0.14 0.28 0.15 0.13 0.13
C6 0.11 0.15 0.10 0.09 0.13 0.10 0.13 0.09 0.14 0.12 0.15 0.16 0.14 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.11 0.08 0.08
C8 0.12 0.17 0.10 0.09 0.15 0.09 0.16 0.08 0.18 0.14 0.18 0.18 0.16 0.15 0.13 0.09 0.08 0.11 0.09 0.18 0.14 0.08 0.09
N1 0.11 0.15 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.14 0.12 0.15 0.17 0.14 0.12 0.11 0.12 0.09 0.11 0.09 0.15 0.11 0.08 0.08
N2 0.10 0.16 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.08 0.15 0.11 0.16 0.18 0.14 0.12 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.15 0.12 0.08 0.08
N3 0.11 0.16 0.09 0.08 0.13 0.09 0.14 0.08 0.16 0.11 0.17 0.18 0.14 0.13 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.17 0.13 0.08 0.09
N7 0.12 0.16 0.10 0.09 0.14 0.09 0.15 0.09 0.16 0.13 0.16 0.17 0.15 0.14 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09 0.16 0.13 0.08 0.08
N9 0.11 0.17 0.10 0.09 0.15 0.08 0.16 0.08 0.18 0.13 0.18 0.18 0.16 0.15 0.13 0.09 0.08 0.11 0.09 0.19 0.14 0.08 0.09
O2' 0.13 0.19 0.13 0.12 0.17 0.11 0.19 0.11 0.21 0.16 0.21 0.19 0.17 0.19 0.15 0.11 0.14 0.13 0.12 0.23 0.15 0.12 0.12
O3' 0.13 0.22 0.11 0.10 0.19 0.08 0.21 0.08 0.25 0.16 0.25 0.23 0.19 0.20 0.16 0.10 0.11 0.12 0.09 0.27 0.14 0.10 0.10
O4' 0.14 0.22 0.12 0.10 0.18 0.10 0.20 0.10 0.22 0.15 0.23 0.23 0.20 0.18 0.16 0.12 0.10 0.13 0.11 0.23 0.14 0.10 0.11
O5' 0.17 0.25 0.15 0.13 0.21 0.12 0.22 0.13 0.25 0.17 0.26 0.26 0.23 0.20 0.18 0.15 0.13 0.15 0.13 0.26 0.13 0.12 0.13
O6 0.12 0.15 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.10 0.15 0.13 0.15 0.16 0.14 0.14 0.12 0.13 0.11 0.12 0.10 0.15 0.10 0.09 0.08
OP1 0.13 0.21 0.13 0.13 0.17 0.12 0.18 0.13 0.21 0.14 0.22 0.22 0.18 0.16 0.14 0.13 0.14 0.12 0.13 0.23 0.13 0.13 0.12
OP2 0.22 0.25 0.21 0.20 0.24 0.18 0.25 0.16 0.26 0.22 0.26 0.25 0.24 0.24 0.22 0.21 0.19 0.20 0.17 0.28 0.20 0.19 0.18
P 0.16 0.22 0.15 0.14 0.19 0.12 0.21 0.13 0.23 0.17 0.24 0.23 0.20 0.19 0.17 0.15 0.14 0.14 0.13 0.25 0.13 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.03 0.08 0.00 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.13 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.04 0.04 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.09 0.00 0.10 0.14 0.11
C8 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.09 0.00 0.10 0.13 0.11
N2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.08 0.01 0.09 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.07 0.00 0.07 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04
O5' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.10 0.00 0.11 0.16 0.12
OP1 0.03 0.09 0.02 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.10 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.12 0.05 0.04 0.11 0.02 0.13 0.02 0.14 0.12 0.13 0.11 0.10 0.14 0.10 0.04 0.04 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00