ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49955

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 2, 3, 4, 7, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4' A 0, 0.028, 0.063, 0.099, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.063 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.021, 0.062, 0.104, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.062 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.029, 0.071, 0.113, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.071 std_dev=0.042
C3' A 0, 0.035, 0.082, 0.128, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.082 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.043, 0.102, 0.161, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.102 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.033, 0.098, 0.162, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.098 std_dev=0.064
C5' A 0, 0.062, 0.137, 0.212, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.137 std_dev=0.075
O5' A 0, 0.081, 0.175, 0.270, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.175 std_dev=0.095
P A 0, 0.146, 0.274, 0.402, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.274 std_dev=0.128
OP1 A 0, 0.125, 0.274, 0.423, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.274 std_dev=0.149
OP2 A 0, 0.197, 0.366, 0.534, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.366 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.126, 0.303, 0.480, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.303 std_dev=0.177
P B 0, 0.156, 0.351, 0.546, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.351 std_dev=0.195
OP2 B 0, 0.195, 0.390, 0.585, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.390 std_dev=0.195
O5' B 0, 0.139, 0.381, 0.623, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.381 std_dev=0.242
C8 B 0, 0.256, 0.586, 0.915, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.586 std_dev=0.330
N7 B 0, 0.254, 0.597, 0.939, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.597 std_dev=0.342
O4' B 0, 0.206, 0.556, 0.906, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.556 std_dev=0.350
C5' B 0, 0.144, 0.513, 0.881, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.513 std_dev=0.369
C4' B 0, 0.183, 0.557, 0.932, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.557 std_dev=0.374
N9 B 0, 0.262, 0.640, 1.017, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.640 std_dev=0.378
C1' B 0, 0.248, 0.632, 1.016, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.632 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.266, 0.667, 1.068, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.667 std_dev=0.401
C2' B 0, 0.253, 0.669, 1.085, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.669 std_dev=0.416
O2' B 0, 0.258, 0.682, 1.105, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.682 std_dev=0.423
O6 B 0, 0.269, 0.694, 1.120, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.694 std_dev=0.425
C3' B 0, 0.215, 0.640, 1.066, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.640 std_dev=0.425
C4 B 0, 0.266, 0.706, 1.146, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.706 std_dev=0.440
C6 B 0, 0.270, 0.715, 1.161, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.715 std_dev=0.446
O3' B 0, 0.208, 0.679, 1.149, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.679 std_dev=0.470
N3 B 0, 0.290, 0.809, 1.327, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.809 std_dev=0.519
N1 B 0, 0.290, 0.816, 1.342, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.816 std_dev=0.526
C2 B 0, 0.309, 0.866, 1.423, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.866 std_dev=0.557
N2 B 0, 0.349, 0.989, 1.629, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.989 std_dev=0.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05 0.00 0.05 0.13 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.16 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.04 0.14 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.15 0.07
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.04 0.15 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.16 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.00 0.05 0.14 0.06
N2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.01 0.06 0.13 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.04 0.13 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.16 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.15 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.09 0.18 0.09
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.14 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.11 0.04
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.15 0.07
OP1 0.04 0.05 0.07 0.08 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.09 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.13 0.16 0.13 0.14 0.09 0.15 0.03 0.15 0.16 0.14 0.13 0.13 0.16 0.15 0.18 0.14 0.11 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.09 0.08 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.17 0.13 0.16 0.13 0.16 0.15 0.18 0.18 0.10 0.19 0.19 0.15 0.13 0.10 0.16 0.20 0.12 0.15 0.21 0.11 0.16 0.14
C2 0.11 0.16 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.11 0.15 0.13 0.16 0.18 0.14 0.14 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.17 0.09 0.14 0.11
C2' 0.12 0.19 0.16 0.19 0.15 0.19 0.17 0.21 0.21 0.12 0.21 0.20 0.16 0.15 0.12 0.19 0.23 0.13 0.17 0.24 0.13 0.17 0.16
C3' 0.15 0.23 0.18 0.22 0.18 0.21 0.20 0.23 0.24 0.14 0.25 0.24 0.20 0.17 0.15 0.21 0.26 0.16 0.19 0.27 0.13 0.17 0.16
C4 0.09 0.15 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.15 0.12 0.16 0.16 0.12 0.14 0.10 0.12 0.13 0.10 0.10 0.18 0.09 0.14 0.11
C4' 0.17 0.24 0.19 0.22 0.19 0.22 0.19 0.24 0.23 0.15 0.25 0.26 0.21 0.17 0.17 0.21 0.26 0.18 0.19 0.25 0.13 0.17 0.17
C5 0.09 0.13 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.14 0.13 0.14 0.14 0.11 0.14 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09 0.17 0.08 0.13 0.10
C5' 0.21 0.28 0.23 0.26 0.23 0.25 0.22 0.28 0.26 0.19 0.28 0.30 0.25 0.19 0.21 0.24 0.29 0.22 0.22 0.27 0.15 0.17 0.18
C6 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.14 0.13 0.14 0.11 0.15 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.16 0.10 0.14 0.11
C8 0.07 0.13 0.09 0.11 0.10 0.11 0.13 0.12 0.16 0.11 0.15 0.14 0.11 0.14 0.08 0.12 0.14 0.08 0.11 0.19 0.11 0.14 0.11
N1 0.11 0.14 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.14 0.14 0.15 0.16 0.13 0.15 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.16 0.10 0.13 0.11
N2 0.12 0.18 0.12 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.16 0.14 0.18 0.20 0.16 0.15 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.18 0.09 0.14 0.11
N3 0.11 0.16 0.11 0.12 0.13 0.12 0.14 0.12 0.16 0.12 0.17 0.18 0.14 0.14 0.11 0.13 0.13 0.11 0.11 0.18 0.09 0.14 0.11
N7 0.08 0.12 0.08 0.09 0.10 0.09 0.13 0.10 0.15 0.13 0.14 0.13 0.10 0.15 0.09 0.11 0.11 0.08 0.08 0.17 0.08 0.13 0.09
N9 0.09 0.15 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.14 0.16 0.10 0.16 0.16 0.12 0.13 0.09 0.13 0.16 0.10 0.12 0.19 0.10 0.15 0.12
O2' 0.12 0.18 0.15 0.18 0.15 0.18 0.17 0.19 0.21 0.12 0.20 0.18 0.15 0.17 0.12 0.19 0.23 0.13 0.17 0.25 0.14 0.18 0.15
O3' 0.14 0.22 0.17 0.21 0.18 0.20 0.20 0.22 0.24 0.14 0.25 0.24 0.19 0.17 0.15 0.20 0.25 0.15 0.18 0.27 0.13 0.18 0.16
O4' 0.14 0.20 0.16 0.19 0.15 0.18 0.16 0.20 0.19 0.13 0.21 0.23 0.18 0.14 0.13 0.18 0.22 0.15 0.16 0.21 0.11 0.15 0.15
O5' 0.19 0.25 0.22 0.26 0.21 0.24 0.21 0.27 0.24 0.17 0.26 0.27 0.22 0.18 0.19 0.23 0.29 0.20 0.20 0.26 0.12 0.15 0.15
O6 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.13 0.11 0.16 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.16 0.11 0.14 0.12
OP1 0.20 0.27 0.22 0.27 0.21 0.24 0.22 0.27 0.26 0.18 0.28 0.29 0.23 0.19 0.19 0.23 0.30 0.20 0.20 0.28 0.13 0.14 0.15
OP2 0.20 0.21 0.24 0.28 0.19 0.26 0.20 0.27 0.24 0.19 0.24 0.22 0.20 0.19 0.19 0.25 0.33 0.21 0.19 0.27 0.15 0.16 0.15
P 0.19 0.24 0.22 0.26 0.20 0.24 0.21 0.26 0.24 0.18 0.25 0.25 0.21 0.18 0.18 0.23 0.30 0.20 0.19 0.27 0.12 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.04 0.09 0.00 0.09 0.16 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.09 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.00 0.07 0.15 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.19 0.13
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.04 0.04 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.11 0.00 0.12 0.20 0.14
C8 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.09 0.00 0.10 0.18 0.12
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.03 0.10 0.00 0.10 0.18 0.13
N2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.04 0.09 0.01 0.09 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.03 0.07 0.00 0.07 0.14 0.09
N7 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.10 0.00 0.12 0.20 0.14
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.14 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.12 0.09 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.11 0.08 0.11 0.07 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.05
O5' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.12 0.00 0.14 0.22 0.15
OP1 0.03 0.09 0.01 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.12 0.10 0.10 0.09 0.07 0.12 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.16 0.07 0.05 0.15 0.03 0.19 0.02 0.20 0.18 0.18 0.15 0.14 0.20 0.14 0.03 0.04 0.08 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.03 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.10 0.09 0.14 0.09 0.04 0.02 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00