ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49956

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 6, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.003, 0.028, 0.052, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.028 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.030, 0.064, 0.098, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.064 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.030, 0.071, 0.112, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.071 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.027, 0.070, 0.113, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.070 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.038, 0.113, 0.188, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.113 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.090, 0.171, 0.251, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.171 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.180, 0.298, 0.417, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.298 std_dev=0.118
C2' A 0, -0.031, 0.125, 0.280, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.125 std_dev=0.156
P B 0, 0.170, 0.332, 0.494, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.332 std_dev=0.162
O3' A 0, 0.220, 0.397, 0.573, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.397 std_dev=0.176
OP2 B 0, 0.130, 0.329, 0.527, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.329 std_dev=0.199
OP1 B 0, 0.228, 0.431, 0.634, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.431 std_dev=0.203
C5' B 0, 0.291, 0.507, 0.724, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.507 std_dev=0.216
C8 B 0, 0.292, 0.531, 0.770, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.531 std_dev=0.239
C4' B 0, 0.259, 0.501, 0.744, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.501 std_dev=0.243
O4' B 0, 0.205, 0.456, 0.706, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.456 std_dev=0.250
O5' B 0, 0.265, 0.517, 0.769, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.517 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.305, 0.565, 0.824, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.565 std_dev=0.260
N7 B 0, 0.329, 0.590, 0.852, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.590 std_dev=0.262
C5' A 0, 0.378, 0.643, 0.908, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.643 std_dev=0.265
N9 B 0, 0.274, 0.544, 0.813, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.544 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.262, 0.543, 0.823, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.543 std_dev=0.280
O3' B 0, 0.343, 0.624, 0.905, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.624 std_dev=0.281
C2' B 0, 0.324, 0.616, 0.909, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.616 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.338, 0.638, 0.938, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.638 std_dev=0.300
C4 B 0, 0.317, 0.620, 0.922, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.620 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.394, 0.710, 1.027, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.710 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.343, 0.691, 1.039, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.691 std_dev=0.348
C6 B 0, 0.366, 0.717, 1.068, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.717 std_dev=0.351
O2' A 0, 0.032, 0.385, 0.738, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.385 std_dev=0.353
O5' A 0, 0.147, 0.512, 0.877, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.512 std_dev=0.365
P A 0, 0.095, 0.470, 0.845, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.470 std_dev=0.375
O6 B 0, 0.371, 0.750, 1.130, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.750 std_dev=0.380
C2 B 0, 0.372, 0.763, 1.154, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.763 std_dev=0.391
N1 B 0, 0.377, 0.768, 1.160, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.768 std_dev=0.391
N2 B 0, 0.402, 0.852, 1.301, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.852 std_dev=0.450
OP1 A 0, 0.324, 1.000, 1.677, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.000 std_dev=0.676
OP2 A 0, 0.136, 0.872, 1.609, 3.240 max_d=3.240 avg_d=0.872 std_dev=0.737

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.12 0.01 0.14 0.04 0.33 0.31 0.06
C2 0.02 0.00 0.11 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.13 0.04 0.14 0.03 0.31 0.35 0.05
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.13 0.11 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.30 0.07 0.29 0.30 0.16
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.06 0.31 0.18 0.11
C4 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.17 0.03 0.31 0.40 0.05
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.05 0.40 0.26 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.02 0.21 0.02 0.32 0.48 0.06
C5' 0.04 0.05 0.09 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.14 0.08 0.04 0.05 0.15 0.09 0.04 0.09 0.02 0.02 0.13 0.31 0.37 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.12 0.04 0.20 0.01 0.31 0.48 0.06
C8 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.04 0.24 0.02 0.32 0.52 0.07
N1 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.04 0.17 0.02 0.31 0.41 0.05
N2 0.03 0.00 0.13 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.13 0.05 0.12 0.04 0.31 0.29 0.07
N3 0.02 0.00 0.11 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.13 0.05 0.13 0.03 0.31 0.33 0.05
N7 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.03 0.25 0.02 0.33 0.54 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.19 0.03 0.32 0.41 0.06
O2' 0.03 0.16 0.01 0.01 0.07 0.06 0.08 0.04 0.09 0.12 0.11 0.21 0.16 0.12 0.04 0.00 0.04 0.04 0.29 0.10 0.28 0.28 0.19
O3' 0.12 0.13 0.03 0.01 0.12 0.03 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.13 0.13 0.10 0.11 0.04 0.00 0.08 0.17 0.12 0.35 0.17 0.13
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.04 0.40 0.35 0.03
O5' 0.14 0.14 0.30 0.17 0.17 0.02 0.21 0.02 0.20 0.24 0.17 0.12 0.13 0.25 0.19 0.29 0.17 0.06 0.00 0.22 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.03 0.07 0.06 0.03 0.05 0.02 0.13 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.10 0.12 0.04 0.22 0.00 0.31 0.53 0.06
OP1 0.33 0.31 0.29 0.31 0.31 0.40 0.32 0.31 0.31 0.32 0.31 0.31 0.31 0.33 0.32 0.28 0.35 0.40 0.02 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.35 0.30 0.18 0.40 0.26 0.48 0.37 0.48 0.52 0.41 0.29 0.33 0.54 0.41 0.28 0.17 0.35 0.01 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.05 0.16 0.11 0.05 0.08 0.06 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.19 0.13 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.13 0.09 0.12 0.08 0.09 0.21 0.11 0.15 0.24 0.17
C2 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.09 0.14 0.16 0.12 0.08 0.08 0.18 0.12 0.12 0.11 0.10 0.22 0.16 0.12 0.20 0.15
C2' 0.19 0.15 0.17 0.17 0.17 0.15 0.17 0.17 0.16 0.20 0.15 0.15 0.16 0.19 0.19 0.12 0.15 0.19 0.28 0.15 0.25 0.32 0.26
C3' 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.18 0.12 0.19 0.25 0.18
C4 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.09 0.14 0.16 0.11 0.08 0.08 0.17 0.12 0.11 0.10 0.10 0.22 0.15 0.11 0.20 0.15
C4' 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06 0.12 0.10 0.06 0.18 0.09 0.16 0.24 0.16
C5 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.16 0.10 0.17 0.18 0.14 0.10 0.11 0.20 0.14 0.12 0.12 0.12 0.22 0.19 0.10 0.18 0.14
C5' 0.08 0.09 0.10 0.13 0.09 0.10 0.10 0.16 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.13 0.08 0.23 0.12 0.24 0.29 0.23
C6 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.09 0.18 0.10 0.19 0.19 0.16 0.11 0.11 0.22 0.15 0.12 0.13 0.12 0.21 0.21 0.11 0.16 0.13
C8 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.09 0.14 0.16 0.12 0.09 0.09 0.17 0.12 0.11 0.10 0.11 0.22 0.16 0.10 0.20 0.15
N1 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.08 0.17 0.09 0.17 0.18 0.14 0.09 0.10 0.20 0.13 0.12 0.12 0.11 0.22 0.19 0.11 0.18 0.14
N2 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.10 0.14 0.16 0.12 0.08 0.09 0.18 0.12 0.13 0.11 0.10 0.22 0.16 0.13 0.21 0.16
N3 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.13 0.09 0.13 0.15 0.10 0.07 0.08 0.16 0.11 0.12 0.10 0.09 0.22 0.15 0.12 0.21 0.16
N7 0.12 0.13 0.11 0.11 0.14 0.10 0.17 0.11 0.18 0.19 0.15 0.12 0.12 0.20 0.15 0.12 0.12 0.13 0.22 0.19 0.10 0.17 0.14
N9 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.12 0.09 0.12 0.14 0.10 0.07 0.08 0.15 0.11 0.11 0.09 0.10 0.22 0.14 0.12 0.22 0.16
O2' 0.24 0.23 0.20 0.20 0.25 0.17 0.27 0.20 0.26 0.30 0.24 0.21 0.23 0.30 0.26 0.13 0.15 0.24 0.33 0.27 0.36 0.39 0.35
O3' 0.10 0.17 0.10 0.10 0.14 0.10 0.14 0.11 0.16 0.11 0.17 0.18 0.16 0.12 0.11 0.15 0.10 0.10 0.18 0.17 0.20 0.24 0.18
O4' 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.14 0.15 0.12 0.10 0.10 0.15 0.12 0.16 0.10 0.10 0.19 0.15 0.13 0.20 0.14
O5' 0.15 0.13 0.15 0.18 0.15 0.16 0.20 0.26 0.18 0.26 0.14 0.13 0.13 0.27 0.18 0.09 0.18 0.16 0.38 0.21 0.54 0.62 0.50
O6 0.14 0.16 0.13 0.13 0.17 0.10 0.21 0.11 0.22 0.22 0.19 0.14 0.14 0.25 0.17 0.13 0.15 0.13 0.21 0.25 0.12 0.14 0.13
OP1 0.33 0.40 0.41 0.47 0.35 0.42 0.36 0.41 0.40 0.28 0.41 0.41 0.38 0.30 0.31 0.44 0.59 0.30 0.33 0.42 0.21 0.11 0.18
OP2 0.47 0.36 0.50 0.55 0.48 0.53 0.53 0.61 0.50 0.60 0.42 0.27 0.38 0.60 0.52 0.38 0.51 0.51 0.68 0.54 0.63 0.66 0.70
P 0.18 0.21 0.18 0.19 0.21 0.19 0.21 0.15 0.22 0.18 0.21 0.21 0.22 0.19 0.19 0.15 0.21 0.18 0.11 0.23 0.10 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.22 0.16 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.04 0.03 0.18 0.01 0.17 0.17 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.09 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.20 0.15 0.10
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.06 0.10 0.03 0.06 0.04 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.18 0.13 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.18 0.01 0.17 0.16 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.06 0.15 0.13 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.24 0.02 0.16 0.19 0.13
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.05 0.04 0.14 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.15 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.03 0.26 0.00 0.16 0.21 0.16
C8 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.23 0.03 0.18 0.17 0.11
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.03 0.22 0.01 0.16 0.19 0.14
N2 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.04 0.16 0.01 0.18 0.16 0.10
N3 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.03 0.15 0.01 0.18 0.15 0.09
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.26 0.04 0.16 0.19 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.16 0.02 0.20 0.16 0.09
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.12 0.18 0.13 0.05 0.03 0.00 0.06 0.05 0.03 0.09 0.19 0.15 0.08
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.05 0.10 0.02 0.08 0.05 0.10 0.04 0.06 0.00 0.01 0.10 0.07 0.17 0.15 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.26 0.18 0.13
O5' 0.08 0.18 0.06 0.05 0.18 0.02 0.24 0.01 0.26 0.23 0.22 0.16 0.15 0.26 0.16 0.03 0.10 0.05 0.00 0.29 0.02 0.03 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.07 0.03 0.29 0.00 0.16 0.24 0.19
OP1 0.22 0.17 0.20 0.18 0.17 0.15 0.16 0.05 0.16 0.18 0.16 0.18 0.18 0.16 0.20 0.19 0.17 0.26 0.02 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.17 0.15 0.13 0.16 0.13 0.19 0.08 0.21 0.17 0.19 0.16 0.15 0.19 0.16 0.15 0.15 0.18 0.03 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.06 0.13 0.01 0.16 0.11 0.14 0.10 0.09 0.14 0.09 0.08 0.10 0.13 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00