ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49958

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 1, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C4 A 0, -0.002, 0.024, 0.051, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.024 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.038 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.014, 0.044, 0.073, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.044 std_dev=0.030
N3 A 0, -0.004, 0.026, 0.057, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.026 std_dev=0.031
C2 A 0, -0.007, 0.025, 0.057, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.025 std_dev=0.032
N9 A 0, -0.001, 0.032, 0.065, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.032 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.047 std_dev=0.033
C1' A 0, -0.008, 0.031, 0.069, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.031 std_dev=0.038
N2 A 0, -0.014, 0.049, 0.113, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.049 std_dev=0.063
P B 0, 0.126, 0.403, 0.680, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.403 std_dev=0.277
OP2 B 0, 0.136, 0.511, 0.885, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.511 std_dev=0.374
OP1 B 0, 0.072, 0.514, 0.955, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.514 std_dev=0.441
C2' A 0, -0.286, 0.509, 1.304, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.509 std_dev=0.795
O4' A 0, -0.326, 0.504, 1.333, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.504 std_dev=0.830
O5' B 0, -0.184, 0.879, 1.941, 3.446 max_d=3.446 avg_d=0.879 std_dev=1.063
O2' A 0, -0.367, 0.717, 1.801, 3.069 max_d=3.069 avg_d=0.717 std_dev=1.084
C3' A 0, -0.401, 0.755, 1.911, 3.031 max_d=3.031 avg_d=0.755 std_dev=1.156
C4' A 0, -0.460, 0.779, 2.019, 3.266 max_d=3.266 avg_d=0.779 std_dev=1.239
O3' A 0, -0.385, 0.903, 2.191, 3.455 max_d=3.455 avg_d=0.903 std_dev=1.288
C5' B 0, -0.356, 1.288, 2.932, 4.718 max_d=4.718 avg_d=1.288 std_dev=1.644
C5' A 0, -0.705, 1.164, 3.034, 5.222 max_d=5.222 avg_d=1.164 std_dev=1.869
OP1 A 0, -0.619, 1.510, 3.639, 6.608 max_d=6.608 avg_d=1.510 std_dev=2.129
O5' A 0, -0.726, 1.510, 3.746, 6.396 max_d=6.396 avg_d=1.510 std_dev=2.236
C8 B 0, -0.465, 1.809, 4.084, 6.675 max_d=6.675 avg_d=1.809 std_dev=2.275
C4' B 0, -0.751, 1.672, 4.096, 7.159 max_d=7.159 avg_d=1.672 std_dev=2.423
N7 B 0, -0.484, 1.984, 4.453, 7.080 max_d=7.080 avg_d=1.984 std_dev=2.469
P A 0, -0.824, 1.678, 4.179, 7.426 max_d=7.426 avg_d=1.678 std_dev=2.502
C3' B 0, -0.898, 1.777, 4.452, 7.923 max_d=7.923 avg_d=1.777 std_dev=2.675
OP2 A 0, -0.771, 1.916, 4.604, 7.823 max_d=7.823 avg_d=1.916 std_dev=2.687
O4' B 0, -0.890, 1.832, 4.553, 8.177 max_d=8.177 avg_d=1.832 std_dev=2.721
N9 B 0, -0.938, 2.018, 4.974, 8.979 max_d=8.979 avg_d=2.018 std_dev=2.956
C2' B 0, -1.067, 1.945, 4.956, 8.948 max_d=8.948 avg_d=1.945 std_dev=3.011
C1' B 0, -1.057, 2.040, 5.137, 9.273 max_d=9.273 avg_d=2.040 std_dev=3.097
C5 B 0, -0.942, 2.282, 5.506, 9.776 max_d=9.776 avg_d=2.282 std_dev=3.224
O3' B 0, -1.167, 2.077, 5.322, 9.487 max_d=9.487 avg_d=2.077 std_dev=3.245
O2' B 0, -1.197, 2.206, 5.609, 9.975 max_d=9.975 avg_d=2.206 std_dev=3.403
O6 B 0, -0.959, 2.644, 6.246, 10.683 max_d=10.683 avg_d=2.644 std_dev=3.602
C4 B 0, -1.296, 2.331, 5.959, 10.976 max_d=10.976 avg_d=2.331 std_dev=3.627
C6 B 0, -1.178, 2.579, 6.336, 11.348 max_d=11.348 avg_d=2.579 std_dev=3.757
N3 B 0, -1.789, 2.748, 7.285, 13.568 max_d=13.568 avg_d=2.748 std_dev=4.537
N1 B 0, -1.803, 2.861, 7.526, 13.980 max_d=13.980 avg_d=2.861 std_dev=4.664
C2 B 0, -2.043, 2.991, 8.024, 15.004 max_d=15.004 avg_d=2.991 std_dev=5.033
N2 B 0, -2.407, 3.537, 9.481, 17.653 max_d=17.653 avg_d=3.537 std_dev=5.944

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.17 0.04 0.31 0.34 0.12
C2 0.07 0.00 0.37 0.19 0.02 0.36 0.02 0.50 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.34 0.27 0.53 0.52 0.02 0.13 0.87 0.61
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.21 0.02 0.13 0.19 0.21 0.19 0.31 0.43 0.35 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.32 0.18 0.20 0.50 0.38
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.26 0.00 0.37 0.02 0.38 0.37 0.29 0.14 0.14 0.43 0.24 0.02 0.01 0.01 0.18 0.44 0.18 0.31 0.24
C4 0.03 0.02 0.21 0.26 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.27 0.28 0.02 0.21 0.67 0.31
C4' 0.01 0.36 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.08 0.38 0.22 0.49 0.34 0.31 0.11 0.29 0.04 0.01 0.01 0.10 0.30 0.25 0.09
C5 0.03 0.02 0.13 0.37 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.20 0.16 0.12 0.22 0.02 0.35 0.71 0.22
C5' 0.06 0.50 0.19 0.02 0.19 0.01 0.15 0.00 0.17 0.47 0.35 0.68 0.47 0.41 0.12 0.10 0.14 0.03 0.01 0.18 0.28 0.21 0.02
C6 0.04 0.02 0.21 0.38 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.19 0.23 0.27 0.01 0.25 0.83 0.33
C8 0.03 0.02 0.19 0.37 0.01 0.38 0.01 0.47 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.53 0.16 0.28 0.31 0.03 0.65 0.46 0.17
N1 0.06 0.01 0.31 0.29 0.02 0.22 0.02 0.35 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.19 0.20 0.41 0.41 0.01 0.08 0.90 0.52
N2 0.09 0.01 0.43 0.14 0.02 0.49 0.03 0.68 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.51 0.37 0.64 0.66 0.03 0.29 0.92 0.75
N3 0.07 0.01 0.35 0.14 0.01 0.34 0.01 0.47 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.28 0.52 0.49 0.02 0.08 0.76 0.53
N7 0.02 0.02 0.10 0.43 0.00 0.31 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.45 0.23 0.15 0.30 0.04 0.61 0.59 0.15
N9 0.01 0.03 0.03 0.24 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.07 0.02 0.16 0.03 0.37 0.50 0.12
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.09 0.29 0.20 0.10 0.14 0.53 0.19 0.51 0.34 0.45 0.20 0.00 0.06 0.21 0.15 0.20 0.23 0.31 0.14
O3' 0.28 0.27 0.02 0.01 0.13 0.04 0.16 0.14 0.19 0.16 0.20 0.37 0.28 0.23 0.07 0.06 0.00 0.20 0.23 0.25 0.23 0.43 0.22
O4' 0.01 0.53 0.02 0.01 0.27 0.01 0.12 0.03 0.23 0.28 0.41 0.64 0.52 0.15 0.02 0.21 0.20 0.00 0.08 0.16 0.53 0.26 0.10
O5' 0.17 0.52 0.32 0.18 0.28 0.01 0.22 0.01 0.27 0.31 0.41 0.66 0.49 0.30 0.16 0.15 0.23 0.08 0.00 0.25 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.18 0.44 0.02 0.10 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.20 0.25 0.16 0.25 0.00 0.34 0.85 0.29
OP1 0.31 0.13 0.20 0.18 0.21 0.30 0.35 0.28 0.25 0.65 0.08 0.29 0.08 0.61 0.37 0.23 0.23 0.53 0.02 0.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.87 0.50 0.31 0.67 0.25 0.71 0.21 0.83 0.46 0.90 0.92 0.76 0.59 0.50 0.31 0.43 0.26 0.01 0.85 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.61 0.38 0.24 0.31 0.09 0.22 0.02 0.33 0.17 0.52 0.75 0.53 0.15 0.12 0.14 0.22 0.10 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.54 0.56 0.47 0.50 0.30 0.62 0.19 0.58 0.28 0.18 0.37 0.80 0.59 0.33 0.23 0.80 0.99 0.65 0.18 0.42 0.09 0.35 0.12
C2 1.22 1.22 0.93 0.76 1.02 1.26 0.82 1.07 0.80 0.80 0.97 1.45 1.28 0.79 0.98 0.88 0.56 1.43 0.54 0.76 0.15 0.34 0.22
C2' 0.94 0.88 0.81 0.73 0.69 0.90 0.45 0.80 0.42 0.47 0.64 1.07 0.93 0.36 0.68 1.09 1.15 0.97 0.49 0.26 0.49 0.40 0.57
C3' 0.97 1.14 1.11 1.29 0.87 0.97 0.68 0.63 0.73 0.53 0.94 1.35 1.14 0.52 0.77 1.52 1.98 0.80 0.58 0.63 0.46 0.50 0.33
C4 0.97 0.89 0.73 0.54 0.73 1.04 0.57 0.95 0.53 0.64 0.64 1.10 0.96 0.64 0.73 0.71 0.38 1.17 0.45 0.55 0.15 0.33 0.19
C4' 1.30 1.52 1.56 1.78 1.32 1.28 1.23 0.97 1.27 1.12 1.40 1.70 1.50 1.15 1.23 1.89 2.43 1.06 1.08 1.24 0.77 0.94 0.74
C5 1.28 1.27 1.04 0.84 1.10 1.31 0.93 1.13 0.90 0.93 1.04 1.48 1.33 0.92 1.07 0.92 0.59 1.46 0.61 0.85 0.19 0.33 0.22
C5' 1.92 2.01 2.21 2.50 1.85 1.95 1.71 1.63 1.69 1.66 1.84 2.17 2.02 1.61 1.81 2.49 3.13 1.68 1.69 1.59 1.24 1.30 1.22
C6 1.59 1.71 1.32 1.13 1.46 1.57 1.25 1.28 1.26 1.16 1.46 1.95 1.75 1.14 1.38 1.18 0.94 1.76 0.73 1.16 0.20 0.33 0.24
C8 0.77 0.67 0.61 0.37 0.54 0.84 0.44 0.82 0.38 0.58 0.44 0.88 0.75 0.60 0.57 0.57 0.29 0.94 0.38 0.45 0.16 0.32 0.18
N1 1.50 1.61 1.20 1.02 1.35 1.49 1.14 1.22 1.14 1.05 1.35 1.86 1.65 1.04 1.28 1.09 0.83 1.68 0.67 1.06 0.18 0.33 0.24
N2 1.22 1.23 0.91 0.75 1.01 1.26 0.80 1.06 0.78 0.77 0.96 1.47 1.29 0.75 0.97 0.89 0.58 1.43 0.52 0.74 0.14 0.34 0.21
N3 0.97 0.88 0.71 0.54 0.71 1.05 0.53 0.94 0.49 0.58 0.61 1.10 0.96 0.58 0.71 0.75 0.45 1.18 0.43 0.50 0.13 0.33 0.19
N7 1.20 1.16 1.03 0.80 1.03 1.23 0.88 1.11 0.84 0.93 0.95 1.34 1.22 0.91 1.02 0.89 0.52 1.37 0.62 0.81 0.21 0.32 0.23
N9 0.70 0.58 0.50 0.33 0.41 0.79 0.27 0.77 0.22 0.41 0.30 0.81 0.66 0.45 0.44 0.61 0.50 0.89 0.31 0.35 0.12 0.33 0.17
O2' 1.13 0.80 0.89 0.67 0.79 1.09 0.62 1.13 0.51 0.82 0.60 0.91 0.90 0.67 0.90 1.07 0.76 1.22 0.89 0.39 1.07 0.83 1.05
O3' 0.98 1.19 1.14 1.29 0.94 0.97 0.78 0.65 0.83 0.63 1.02 1.39 1.17 0.63 0.84 1.57 2.02 0.81 0.64 0.76 0.48 0.54 0.40
O4' 0.77 1.06 1.02 1.21 0.89 0.74 0.96 0.54 1.02 0.88 1.03 1.21 1.00 1.01 0.80 1.31 1.76 0.56 0.74 1.11 0.60 0.93 0.57
O5' 2.20 2.27 2.55 2.84 2.05 2.25 1.78 1.78 1.77 1.69 2.02 2.48 2.30 1.57 1.99 2.89 3.62 1.94 1.67 1.58 1.02 1.02 1.04
O6 1.90 2.15 1.63 1.42 1.83 1.81 1.58 1.40 1.62 1.42 1.88 2.41 2.16 1.40 1.70 1.49 1.30 2.04 0.86 1.48 0.23 0.32 0.26
OP1 3.18 3.52 3.53 3.76 3.21 2.98 2.92 2.37 2.94 2.66 3.25 3.75 3.52 2.58 3.05 3.68 4.32 2.79 2.32 2.70 1.24 1.48 1.47
OP2 2.15 2.32 2.70 2.84 1.95 2.05 1.51 1.33 1.52 1.27 1.94 2.63 2.37 1.09 1.81 3.14 3.70 1.73 1.07 1.21 0.41 0.49 0.35
P 2.77 2.87 3.22 3.47 2.60 2.70 2.24 2.04 2.22 2.06 2.55 3.10 2.92 1.91 2.51 3.54 4.26 2.40 1.87 1.96 0.92 0.97 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.20 0.02 0.19 0.27 0.21
C2 0.03 0.00 0.37 0.47 0.01 0.37 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.32 0.35 0.45 0.03 0.42 0.29 0.40
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.18 0.16 0.19 0.28 0.45 0.35 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02 0.38 0.11 0.34 0.50 0.38
C3' 0.02 0.47 0.01 0.00 0.27 0.00 0.30 0.01 0.34 0.35 0.41 0.60 0.43 0.36 0.20 0.02 0.01 0.02 0.24 0.35 0.19 0.33 0.21
C4 0.02 0.01 0.18 0.27 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.17 0.12 0.02 0.11 0.24 0.17
C4' 0.01 0.37 0.02 0.00 0.13 0.00 0.08 0.01 0.11 0.30 0.25 0.50 0.35 0.24 0.08 0.27 0.02 0.01 0.02 0.09 0.12 0.05 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.30 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.08 0.20 0.02 0.24 0.47 0.29
C5' 0.08 0.54 0.18 0.01 0.14 0.01 0.07 0.00 0.10 0.46 0.35 0.76 0.49 0.38 0.12 0.10 0.18 0.02 0.01 0.06 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.34 0.01 0.11 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.12 0.15 0.09 0.01 0.14 0.35 0.19
C8 0.01 0.01 0.19 0.35 0.01 0.30 0.01 0.46 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.28 0.20 0.60 0.03 0.57 0.82 0.62
N1 0.03 0.00 0.28 0.41 0.02 0.25 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.20 0.27 0.25 0.03 0.19 0.14 0.20
N2 0.04 0.00 0.45 0.60 0.01 0.50 0.01 0.76 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.47 0.42 0.67 0.03 0.67 0.53 0.62
N3 0.03 0.01 0.35 0.43 0.01 0.35 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.30 0.34 0.41 0.03 0.40 0.28 0.39
N7 0.02 0.02 0.11 0.36 0.01 0.24 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.27 0.11 0.53 0.03 0.58 0.84 0.62
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.11 0.01 0.24 0.02 0.21 0.40 0.26
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.12 0.27 0.23 0.10 0.20 0.36 0.13 0.30 0.20 0.36 0.17 0.00 0.05 0.19 0.27 0.25 0.21 0.51 0.28
O3' 0.24 0.32 0.03 0.01 0.08 0.02 0.12 0.18 0.12 0.28 0.20 0.47 0.30 0.27 0.11 0.05 0.00 0.17 0.38 0.17 0.51 0.47 0.41
O4' 0.01 0.35 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.20 0.27 0.42 0.34 0.11 0.01 0.19 0.17 0.00 0.15 0.11 0.19 0.16 0.19
O5' 0.20 0.45 0.38 0.24 0.12 0.02 0.20 0.01 0.09 0.60 0.25 0.67 0.41 0.53 0.24 0.27 0.38 0.15 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.03 0.11 0.35 0.02 0.09 0.02 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.25 0.17 0.11 0.17 0.00 0.28 0.51 0.31
OP1 0.19 0.42 0.34 0.19 0.11 0.12 0.24 0.09 0.14 0.57 0.19 0.67 0.40 0.58 0.21 0.21 0.51 0.19 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.29 0.50 0.33 0.24 0.05 0.47 0.03 0.35 0.82 0.14 0.53 0.28 0.84 0.40 0.51 0.47 0.16 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.40 0.38 0.21 0.17 0.07 0.29 0.01 0.19 0.62 0.20 0.62 0.39 0.62 0.26 0.28 0.41 0.19 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00