ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49959

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 3, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.022, 0.039, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.039 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.037, 0.069, 0.101, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.069 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.017, 0.050, 0.082, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.050 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.034, 0.071, 0.107, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.071 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.042, 0.080, 0.118, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.080 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.025, 0.078, 0.131, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.078 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.049, 0.108, 0.168, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.108 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.062, 0.155, 0.248, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.155 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.067, 0.160, 0.254, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.094
C5' A 0, 0.094, 0.239, 0.384, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.239 std_dev=0.145
O3' A 0, 0.113, 0.263, 0.414, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.263 std_dev=0.151
O2' A 0, 0.077, 0.231, 0.384, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.231 std_dev=0.154
O5' A 0, 0.136, 0.328, 0.520, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.328 std_dev=0.192
P A 0, 0.127, 0.413, 0.700, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.413 std_dev=0.287
OP2 A 0, 0.156, 0.451, 0.747, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.451 std_dev=0.296
OP1 B 0, 0.123, 0.449, 0.774, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.449 std_dev=0.325
P B 0, 0.129, 0.480, 0.831, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.480 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.195, 0.567, 0.939, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.567 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.165, 0.539, 0.913, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.539 std_dev=0.374
OP1 A 0, 0.164, 0.560, 0.955, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.560 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.208, 0.605, 1.002, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.605 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.363, 0.769, 1.174, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.769 std_dev=0.405
C4' B 0, 0.307, 0.718, 1.129, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.718 std_dev=0.411
C8 B 0, 0.220, 0.638, 1.057, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.638 std_dev=0.419
O3' B 0, 0.343, 0.768, 1.193, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.768 std_dev=0.425
N7 B 0, 0.197, 0.624, 1.051, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.624 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.310, 0.744, 1.179, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.744 std_dev=0.435
N9 B 0, 0.297, 0.748, 1.199, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.748 std_dev=0.451
C2' B 0, 0.447, 0.898, 1.350, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.898 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.351, 0.809, 1.268, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.809 std_dev=0.459
C5 B 0, 0.241, 0.708, 1.174, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.708 std_dev=0.466
O6 B 0, 0.216, 0.696, 1.176, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.696 std_dev=0.480
C6 B 0, 0.246, 0.737, 1.229, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.737 std_dev=0.492
C4 B 0, 0.292, 0.788, 1.283, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.788 std_dev=0.496
O2' B 0, 0.536, 1.043, 1.551, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.043 std_dev=0.507
N1 B 0, 0.297, 0.851, 1.405, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.851 std_dev=0.554
N3 B 0, 0.337, 0.905, 1.474, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.905 std_dev=0.568
C2 B 0, 0.338, 0.934, 1.530, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.934 std_dev=0.596
N2 B 0, 0.385, 1.063, 1.742, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.063 std_dev=0.678

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.13 0.27 0.13
C2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.10 0.03 0.08 0.01 0.14 0.27 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.15 0.29 0.15
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.11 0.24 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.08 0.02 0.14 0.27 0.14
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.01 0.02 0.09 0.10 0.21 0.12
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.11 0.02 0.14 0.26 0.14
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.08 0.07 0.06 0.13 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.14 0.03 0.06 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.08 0.03 0.12 0.01 0.15 0.26 0.14
C8 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.13 0.04 0.15 0.25 0.15
N1 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.15 0.10 0.02 0.10 0.01 0.13 0.26 0.13
N2 0.05 0.01 0.10 0.10 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.21 0.13 0.05 0.08 0.03 0.15 0.28 0.14
N3 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.14 0.09 0.03 0.07 0.01 0.15 0.28 0.14
N7 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.14 0.04 0.16 0.25 0.16
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.03 0.13 0.26 0.14
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.02 0.15 0.21 0.14 0.03 0.03 0.00 0.04 0.07 0.13 0.10 0.27 0.38 0.25
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.08 0.08 0.10 0.13 0.09 0.09 0.04 0.04 0.00 0.03 0.08 0.10 0.18 0.26 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.06 0.05 0.13 0.24 0.13
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.13 0.10 0.08 0.07 0.14 0.08 0.13 0.08 0.06 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.09 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.10 0.10 0.05 0.15 0.00 0.17 0.26 0.16
OP1 0.13 0.14 0.15 0.11 0.14 0.10 0.14 0.03 0.15 0.15 0.13 0.15 0.15 0.16 0.13 0.27 0.18 0.13 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.27 0.29 0.24 0.27 0.21 0.26 0.06 0.26 0.25 0.26 0.28 0.28 0.25 0.26 0.38 0.26 0.24 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.02 0.14 0.15 0.13 0.14 0.14 0.16 0.14 0.25 0.18 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.14 0.15 0.18 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.18 0.14 0.13 0.15 0.17 0.16 0.14 0.23 0.14 0.14 0.16 0.22 0.30 0.14
C2 0.20 0.22 0.16 0.18 0.22 0.17 0.21 0.16 0.21 0.22 0.21 0.21 0.22 0.22 0.22 0.15 0.21 0.21 0.10 0.20 0.08 0.21 0.10
C2' 0.10 0.11 0.11 0.14 0.12 0.09 0.14 0.09 0.13 0.15 0.12 0.10 0.11 0.16 0.12 0.12 0.19 0.10 0.10 0.15 0.22 0.24 0.10
C3' 0.08 0.11 0.10 0.13 0.11 0.08 0.13 0.08 0.13 0.14 0.11 0.12 0.10 0.15 0.11 0.12 0.18 0.10 0.12 0.14 0.25 0.25 0.12
C4 0.16 0.18 0.14 0.16 0.19 0.13 0.19 0.13 0.19 0.20 0.19 0.18 0.18 0.21 0.19 0.12 0.20 0.16 0.08 0.20 0.09 0.21 0.08
C4' 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.10 0.14 0.10 0.13 0.15 0.12 0.12 0.12 0.16 0.13 0.12 0.18 0.12 0.13 0.15 0.27 0.31 0.14
C5 0.18 0.20 0.14 0.16 0.21 0.14 0.22 0.13 0.22 0.23 0.21 0.19 0.20 0.23 0.21 0.12 0.20 0.18 0.09 0.22 0.07 0.20 0.07
C5' 0.15 0.17 0.13 0.15 0.17 0.14 0.17 0.14 0.17 0.19 0.16 0.18 0.17 0.20 0.17 0.15 0.17 0.16 0.17 0.17 0.29 0.31 0.18
C6 0.21 0.23 0.17 0.18 0.23 0.18 0.24 0.16 0.23 0.25 0.23 0.22 0.23 0.25 0.23 0.15 0.21 0.22 0.12 0.24 0.07 0.21 0.11
C8 0.12 0.16 0.12 0.15 0.17 0.10 0.19 0.10 0.19 0.20 0.17 0.15 0.15 0.21 0.16 0.11 0.20 0.12 0.07 0.21 0.18 0.21 0.03
N1 0.21 0.23 0.17 0.18 0.23 0.18 0.23 0.16 0.22 0.24 0.22 0.23 0.23 0.23 0.23 0.16 0.21 0.22 0.11 0.22 0.07 0.20 0.10
N2 0.22 0.23 0.18 0.19 0.23 0.19 0.22 0.17 0.21 0.23 0.22 0.23 0.23 0.21 0.23 0.17 0.21 0.23 0.11 0.20 0.10 0.21 0.11
N3 0.18 0.19 0.15 0.17 0.20 0.15 0.19 0.15 0.19 0.21 0.19 0.19 0.20 0.20 0.20 0.13 0.20 0.18 0.09 0.19 0.11 0.22 0.10
N7 0.16 0.19 0.13 0.15 0.20 0.12 0.22 0.11 0.22 0.23 0.20 0.18 0.19 0.24 0.20 0.11 0.19 0.16 0.09 0.23 0.13 0.20 0.07
N9 0.13 0.15 0.13 0.16 0.16 0.12 0.17 0.13 0.17 0.18 0.16 0.15 0.15 0.19 0.16 0.12 0.21 0.13 0.09 0.18 0.16 0.24 0.08
O2' 0.20 0.21 0.18 0.20 0.22 0.17 0.24 0.16 0.24 0.25 0.22 0.21 0.21 0.25 0.22 0.17 0.23 0.19 0.17 0.25 0.23 0.32 0.18
O3' 0.10 0.15 0.11 0.14 0.13 0.10 0.14 0.09 0.15 0.15 0.15 0.16 0.14 0.16 0.12 0.14 0.19 0.11 0.14 0.16 0.27 0.27 0.15
O4' 0.12 0.12 0.15 0.19 0.13 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.12 0.11 0.12 0.16 0.14 0.15 0.24 0.13 0.15 0.15 0.26 0.35 0.15
O5' 0.13 0.15 0.08 0.09 0.17 0.09 0.18 0.10 0.17 0.20 0.15 0.15 0.16 0.21 0.17 0.08 0.11 0.15 0.11 0.18 0.25 0.31 0.10
O6 0.24 0.25 0.20 0.21 0.26 0.21 0.26 0.19 0.26 0.27 0.25 0.24 0.25 0.27 0.26 0.18 0.23 0.25 0.16 0.26 0.11 0.24 0.14
OP1 0.15 0.16 0.14 0.13 0.18 0.11 0.21 0.13 0.20 0.22 0.17 0.15 0.16 0.24 0.19 0.13 0.16 0.16 0.13 0.22 0.23 0.32 0.10
OP2 0.14 0.13 0.06 0.07 0.16 0.10 0.18 0.12 0.17 0.21 0.14 0.12 0.14 0.21 0.17 0.07 0.09 0.17 0.11 0.19 0.28 0.33 0.13
P 0.12 0.13 0.06 0.05 0.15 0.06 0.18 0.09 0.17 0.20 0.14 0.12 0.13 0.22 0.16 0.05 0.09 0.14 0.09 0.19 0.24 0.31 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.26 0.14 0.13
C2 0.03 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.03 0.10 0.02 0.25 0.09 0.15
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.18 0.20 0.09
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.12 0.10 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.10 0.05 0.16 0.24 0.10
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.12 0.02 0.25 0.11 0.16
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.19 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.13 0.02 0.22 0.15 0.17
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.08 0.18 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.04 0.12 0.01 0.21 0.15 0.16
C8 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.17 0.02 0.23 0.19 0.21
N1 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03 0.11 0.02 0.22 0.11 0.15
N2 0.04 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.15 0.04 0.10 0.02 0.25 0.09 0.13
N3 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.10 0.02 0.26 0.09 0.15
N7 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.05 0.15 0.02 0.21 0.20 0.20
N9 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.13 0.02 0.25 0.13 0.17
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.08 0.05 0.04 0.08 0.19 0.25 0.05
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.08 0.15 0.11 0.07 0.03 0.08 0.00 0.01 0.15 0.06 0.18 0.29 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.12 0.04 0.27 0.15 0.14
O5' 0.10 0.10 0.07 0.10 0.12 0.02 0.13 0.01 0.12 0.17 0.11 0.10 0.10 0.15 0.13 0.04 0.15 0.12 0.00 0.12 0.03 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.04 0.12 0.00 0.18 0.18 0.16
OP1 0.26 0.25 0.18 0.16 0.25 0.19 0.22 0.18 0.21 0.23 0.22 0.25 0.26 0.21 0.25 0.19 0.18 0.27 0.03 0.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.09 0.20 0.24 0.11 0.20 0.15 0.20 0.15 0.19 0.11 0.09 0.09 0.20 0.13 0.25 0.29 0.15 0.03 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.09 0.10 0.16 0.04 0.17 0.02 0.16 0.21 0.15 0.13 0.15 0.20 0.17 0.05 0.13 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00