ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49960

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.023, 0.043, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.043 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.020, 0.041, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.021, 0.048, 0.074, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.048 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.039, 0.075, 0.111, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.075 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.053, 0.102, 0.151, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.102 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.054, 0.111, 0.168, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.111 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.051, 0.240, 0.428, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.240 std_dev=0.188
C2' A 0, 0.043, 0.241, 0.440, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.241 std_dev=0.199
O4' A 0, -0.017, 0.194, 0.405, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.194 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.084, 0.305, 0.526, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.305 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.153, 0.423, 0.694, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.423 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.149, 0.425, 0.700, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.425 std_dev=0.276
C1' B 0, 0.058, 0.339, 0.619, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.339 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.088, 0.382, 0.676, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.382 std_dev=0.294
C5' A 0, 0.026, 0.327, 0.628, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.327 std_dev=0.301
C4' B 0, 0.134, 0.438, 0.743, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.438 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.184, 0.495, 0.806, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.495 std_dev=0.311
OP2 B 0, 0.270, 0.586, 0.902, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.586 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.149, 0.471, 0.794, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.471 std_dev=0.322
N7 B 0, 0.263, 0.601, 0.940, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.601 std_dev=0.338
C5 B 0, 0.274, 0.614, 0.953, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.614 std_dev=0.339
N3 B 0, 0.221, 0.562, 0.902, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.562 std_dev=0.341
O4' B 0, 0.021, 0.365, 0.708, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.365 std_dev=0.344
C5' B 0, 0.139, 0.490, 0.841, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.490 std_dev=0.351
P B 0, 0.123, 0.477, 0.831, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.477 std_dev=0.354
O5' B 0, 0.092, 0.459, 0.827, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.459 std_dev=0.367
O2' B 0, 0.164, 0.532, 0.900, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.532 std_dev=0.368
O2' A 0, 0.013, 0.394, 0.775, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.394 std_dev=0.381
O3' B 0, 0.183, 0.564, 0.945, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.564 std_dev=0.381
C6 B 0, 0.388, 0.789, 1.189, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.789 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.330, 0.737, 1.145, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.737 std_dev=0.408
P A 0, 0.299, 0.709, 1.120, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.709 std_dev=0.411
O3' A 0, 0.095, 0.508, 0.920, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.508 std_dev=0.413
N1 B 0, 0.394, 0.828, 1.262, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.828 std_dev=0.434
O6 B 0, 0.495, 0.942, 1.390, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.942 std_dev=0.448
OP1 A 0, 0.369, 0.827, 1.286, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.827 std_dev=0.458
N2 B 0, 0.390, 0.879, 1.368, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.879 std_dev=0.489
O5' A 0, -0.021, 0.503, 1.028, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.503 std_dev=0.524
OP1 B 0, 0.269, 0.897, 1.525, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.897 std_dev=0.628
OP2 A 0, 0.380, 1.021, 1.663, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.021 std_dev=0.642

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.17 0.02 0.25 0.34 0.06
C2 0.03 0.00 0.18 0.07 0.01 0.09 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.11 0.13 0.48 0.02 0.25 0.38 0.17
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.20 0.11 0.08 0.15 0.20 0.18 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.10 0.36 0.28 0.15
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.06 0.34 0.29 0.13
C4 0.02 0.01 0.10 0.04 0.00 0.06 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.14 0.06 0.39 0.02 0.24 0.34 0.11
C4' 0.03 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.09 0.09 0.03 0.02 0.10 0.04 0.01 0.03 0.07 0.32 0.29 0.16
C5 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.06 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.04 0.43 0.01 0.24 0.31 0.15
C5' 0.09 0.35 0.20 0.02 0.29 0.01 0.29 0.00 0.32 0.19 0.35 0.35 0.33 0.24 0.20 0.10 0.09 0.02 0.01 0.32 0.27 0.27 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.06 0.01 0.07 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.13 0.07 0.49 0.01 0.24 0.30 0.17
C8 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.06 0.31 0.01 0.26 0.30 0.14
N1 0.03 0.00 0.15 0.07 0.01 0.09 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.10 0.50 0.02 0.24 0.33 0.18
N2 0.04 0.01 0.20 0.09 0.01 0.09 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.10 0.16 0.47 0.02 0.26 0.44 0.22
N3 0.03 0.01 0.18 0.07 0.01 0.09 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.12 0.14 0.42 0.02 0.25 0.38 0.12
N7 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.39 0.02 0.25 0.29 0.15
N9 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.16 0.02 0.29 0.01 0.25 0.33 0.10
O2' 0.03 0.25 0.00 0.03 0.14 0.10 0.12 0.10 0.17 0.08 0.23 0.28 0.22 0.05 0.04 0.00 0.11 0.05 0.06 0.16 0.30 0.31 0.07
O3' 0.20 0.11 0.02 0.01 0.14 0.04 0.14 0.09 0.13 0.16 0.12 0.10 0.12 0.15 0.16 0.11 0.00 0.20 0.14 0.13 0.34 0.29 0.21
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.06 0.10 0.16 0.14 0.04 0.02 0.05 0.20 0.00 0.21 0.06 0.22 0.35 0.06
O5' 0.17 0.48 0.14 0.11 0.39 0.03 0.43 0.01 0.49 0.31 0.50 0.47 0.42 0.39 0.29 0.06 0.14 0.21 0.00 0.51 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.06 0.02 0.07 0.01 0.32 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.16 0.13 0.06 0.51 0.00 0.24 0.28 0.19
OP1 0.25 0.25 0.36 0.34 0.24 0.32 0.24 0.27 0.24 0.26 0.24 0.26 0.25 0.25 0.25 0.30 0.34 0.22 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.38 0.28 0.29 0.34 0.29 0.31 0.27 0.30 0.30 0.33 0.44 0.38 0.29 0.33 0.31 0.29 0.35 0.02 0.28 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.17 0.15 0.13 0.11 0.16 0.15 0.03 0.17 0.14 0.18 0.22 0.12 0.15 0.10 0.07 0.21 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.12 0.14 0.10 0.19 0.17 0.21 0.20 0.14 0.16 0.10 0.08 0.19 0.09 0.13 0.18 0.19 0.22 0.25 0.18 0.35 0.18
C2 0.27 0.20 0.22 0.10 0.19 0.22 0.18 0.16 0.24 0.15 0.23 0.19 0.19 0.14 0.20 0.31 0.08 0.30 0.22 0.28 0.29 0.24 0.14
C2' 0.14 0.20 0.12 0.15 0.17 0.21 0.25 0.27 0.30 0.16 0.26 0.20 0.16 0.26 0.13 0.13 0.21 0.21 0.31 0.35 0.28 0.46 0.30
C3' 0.21 0.19 0.20 0.22 0.19 0.24 0.23 0.27 0.25 0.22 0.22 0.18 0.17 0.25 0.20 0.20 0.27 0.25 0.26 0.30 0.21 0.42 0.23
C4 0.19 0.12 0.16 0.12 0.08 0.23 0.16 0.20 0.21 0.06 0.18 0.12 0.08 0.16 0.06 0.22 0.14 0.27 0.23 0.27 0.27 0.27 0.17
C4' 0.19 0.16 0.16 0.16 0.14 0.22 0.18 0.26 0.22 0.17 0.20 0.16 0.13 0.19 0.15 0.17 0.21 0.24 0.26 0.28 0.25 0.47 0.27
C5 0.15 0.18 0.15 0.15 0.14 0.24 0.22 0.21 0.26 0.12 0.23 0.17 0.12 0.20 0.08 0.24 0.19 0.24 0.21 0.29 0.33 0.24 0.18
C5' 0.30 0.41 0.27 0.18 0.36 0.18 0.38 0.13 0.43 0.30 0.44 0.42 0.38 0.34 0.32 0.28 0.23 0.28 0.23 0.46 0.14 0.39 0.16
C6 0.15 0.22 0.15 0.10 0.15 0.22 0.22 0.17 0.28 0.09 0.27 0.22 0.16 0.18 0.06 0.28 0.15 0.23 0.18 0.31 0.35 0.21 0.16
C8 0.14 0.17 0.19 0.25 0.18 0.30 0.23 0.30 0.24 0.22 0.20 0.15 0.14 0.25 0.17 0.20 0.29 0.23 0.29 0.27 0.29 0.31 0.24
N1 0.23 0.21 0.20 0.08 0.15 0.21 0.18 0.15 0.26 0.08 0.26 0.21 0.17 0.13 0.13 0.32 0.08 0.27 0.20 0.30 0.33 0.21 0.15
N2 0.31 0.28 0.27 0.14 0.28 0.23 0.27 0.17 0.30 0.24 0.30 0.27 0.28 0.22 0.27 0.35 0.13 0.32 0.23 0.31 0.28 0.24 0.13
N3 0.25 0.15 0.20 0.09 0.14 0.22 0.15 0.17 0.21 0.14 0.18 0.15 0.14 0.13 0.17 0.26 0.09 0.30 0.23 0.26 0.25 0.27 0.15
N7 0.16 0.21 0.20 0.24 0.21 0.30 0.25 0.28 0.27 0.22 0.24 0.19 0.18 0.26 0.19 0.23 0.30 0.24 0.25 0.29 0.34 0.25 0.21
N9 0.13 0.12 0.14 0.16 0.11 0.23 0.18 0.23 0.21 0.14 0.17 0.11 0.08 0.20 0.08 0.17 0.19 0.23 0.24 0.26 0.24 0.31 0.19
O2' 0.25 0.41 0.24 0.24 0.40 0.14 0.46 0.12 0.48 0.41 0.45 0.40 0.37 0.48 0.35 0.21 0.27 0.21 0.19 0.51 0.24 0.46 0.27
O3' 0.15 0.20 0.18 0.24 0.20 0.19 0.26 0.24 0.28 0.23 0.25 0.18 0.17 0.29 0.18 0.16 0.31 0.15 0.16 0.33 0.22 0.41 0.19
O4' 0.22 0.13 0.21 0.21 0.16 0.25 0.20 0.26 0.20 0.23 0.16 0.11 0.13 0.24 0.19 0.21 0.23 0.27 0.24 0.25 0.17 0.36 0.18
O5' 0.44 0.50 0.36 0.18 0.43 0.29 0.39 0.22 0.43 0.33 0.48 0.53 0.48 0.31 0.40 0.40 0.10 0.43 0.31 0.41 0.25 0.43 0.25
O6 0.12 0.28 0.14 0.12 0.20 0.21 0.24 0.16 0.30 0.13 0.31 0.28 0.22 0.20 0.12 0.28 0.19 0.18 0.16 0.31 0.37 0.18 0.16
OP1 0.44 0.44 0.40 0.27 0.43 0.36 0.44 0.30 0.47 0.42 0.46 0.43 0.43 0.43 0.42 0.42 0.16 0.45 0.40 0.50 0.23 0.34 0.23
OP2 0.42 0.38 0.41 0.45 0.40 0.44 0.43 0.48 0.44 0.44 0.41 0.36 0.37 0.45 0.41 0.42 0.49 0.43 0.39 0.47 0.40 0.61 0.44
P 0.27 0.30 0.22 0.10 0.26 0.19 0.28 0.17 0.32 0.23 0.33 0.31 0.28 0.25 0.24 0.25 0.13 0.28 0.20 0.36 0.14 0.38 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.26 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.02 0.08 0.02 0.23 0.25 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.06 0.02 0.04 0.06 0.27 0.13 0.08
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.18 0.02 0.18 0.16 0.14 0.09 0.09 0.19 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.26 0.16 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.17 0.01 0.09 0.01 0.18 0.28 0.11
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.06 0.03 0.03 0.10 0.06 0.09 0.04 0.01 0.01 0.09 0.25 0.10 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.27 0.02 0.12 0.01 0.13 0.37 0.16
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.09 0.06 0.06 0.14 0.08 0.09 0.02 0.01 0.01 0.13 0.14 0.14 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.28 0.02 0.12 0.01 0.13 0.39 0.16
C8 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.23 0.02 0.12 0.02 0.12 0.35 0.17
N1 0.02 0.00 0.04 0.14 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.22 0.03 0.10 0.02 0.18 0.32 0.12
N2 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.11 0.03 0.07 0.03 0.27 0.22 0.08
N3 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02 0.07 0.02 0.25 0.21 0.08
N7 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.29 0.02 0.13 0.02 0.12 0.42 0.20
N9 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.01 0.09 0.02 0.17 0.25 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.09 0.06 0.04 0.10 0.15 0.11 0.04 0.02 0.00 0.14 0.09 0.13 0.06 0.29 0.17 0.13
O3' 0.04 0.15 0.06 0.01 0.17 0.04 0.27 0.02 0.28 0.23 0.22 0.11 0.11 0.29 0.13 0.14 0.00 0.04 0.02 0.33 0.31 0.20 0.08
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.00 0.05 0.02 0.24 0.08 0.09
O5' 0.05 0.08 0.04 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.13 0.09 0.13 0.02 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.19 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.33 0.02 0.14 0.00 0.13 0.44 0.20
OP1 0.26 0.23 0.27 0.26 0.18 0.25 0.13 0.14 0.13 0.12 0.18 0.27 0.25 0.12 0.17 0.29 0.31 0.24 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.25 0.13 0.16 0.28 0.10 0.37 0.14 0.39 0.35 0.32 0.22 0.21 0.42 0.25 0.17 0.20 0.08 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.08 0.06 0.11 0.09 0.16 0.02 0.16 0.17 0.12 0.08 0.08 0.20 0.10 0.13 0.08 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00