ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49963

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.022, 0.042, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.016, 0.066, 0.117, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.066 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.048, 0.114, 0.179, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.114 std_dev=0.065
O2' A 0, 0.091, 0.159, 0.228, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.159 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.110, 0.190, 0.270, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.190 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.127, 0.242, 0.358, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.242 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.167, 0.289, 0.412, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.289 std_dev=0.123
O6 B 0, 0.123, 0.275, 0.428, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.275 std_dev=0.152
N7 B 0, 0.069, 0.222, 0.375, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.222 std_dev=0.153
C5 B 0, 0.099, 0.256, 0.412, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.256 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.098, 0.255, 0.411, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.255 std_dev=0.156
C6 B 0, 0.118, 0.278, 0.439, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.278 std_dev=0.160
OP2 B 0, 0.179, 0.345, 0.510, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.345 std_dev=0.165
N9 B 0, 0.118, 0.291, 0.465, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.291 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.118, 0.294, 0.469, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.294 std_dev=0.175
P B 0, 0.220, 0.405, 0.590, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.405 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.143, 0.331, 0.520, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.331 std_dev=0.189
O4' B 0, 0.181, 0.375, 0.569, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.375 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.140, 0.344, 0.548, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.344 std_dev=0.204
N3 B 0, 0.138, 0.343, 0.549, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.343 std_dev=0.206
OP1 B 0, 0.245, 0.454, 0.662, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.454 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.151, 0.361, 0.570, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.361 std_dev=0.210
C5' B 0, 0.183, 0.397, 0.610, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.397 std_dev=0.213
C4' B 0, 0.195, 0.416, 0.637, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.416 std_dev=0.221
O5' B 0, 0.176, 0.397, 0.619, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.397 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.173, 0.400, 0.626, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.400 std_dev=0.226
P A 0, 0.134, 0.368, 0.602, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.368 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.150, 0.386, 0.622, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.386 std_dev=0.236
N2 B 0, 0.185, 0.427, 0.669, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.427 std_dev=0.242
O3' B 0, 0.205, 0.478, 0.751, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.478 std_dev=0.273
O2' B 0, 0.158, 0.456, 0.753, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.456 std_dev=0.297
C5' A 0, 0.297, 0.626, 0.954, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.626 std_dev=0.329
O5' A 0, 0.272, 0.725, 1.177, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.725 std_dev=0.453
OP1 A 0, 0.066, 0.935, 1.803, 2.629 max_d=2.629 avg_d=0.935 std_dev=0.869
OP2 A 0, 0.134, 1.120, 2.106, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.120 std_dev=0.986

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.23 0.01 0.38 0.46 0.11
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.20 0.00 0.44 0.50 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.03 0.37 0.48 0.17
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.02 0.18 0.36 0.10
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.27 0.01 0.52 0.57 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.25 0.32 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.33 0.01 0.65 0.67 0.11
C5' 0.05 0.06 0.06 0.03 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.16 0.08 0.06 0.06 0.16 0.10 0.05 0.01 0.03 0.01 0.14 0.36 0.41 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.31 0.00 0.64 0.67 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.39 0.01 0.70 0.71 0.13
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.25 0.00 0.54 0.59 0.09
N2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.05 0.15 0.00 0.36 0.45 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.19 0.01 0.41 0.48 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.40 0.01 0.75 0.76 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.30 0.01 0.54 0.58 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.31 0.04 0.33 0.46 0.19
O3' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.11 0.08 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.05 0.16 0.33 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.02 0.36 0.41 0.06
O5' 0.23 0.20 0.33 0.13 0.27 0.02 0.33 0.01 0.31 0.39 0.25 0.15 0.19 0.40 0.30 0.31 0.08 0.13 0.00 0.34 0.01 0.03 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.34 0.00 0.71 0.73 0.11
OP1 0.38 0.44 0.37 0.18 0.52 0.25 0.65 0.36 0.64 0.70 0.54 0.36 0.41 0.75 0.54 0.33 0.16 0.36 0.01 0.71 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.50 0.48 0.36 0.57 0.32 0.67 0.41 0.67 0.71 0.59 0.45 0.48 0.76 0.58 0.46 0.33 0.41 0.03 0.73 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.08 0.17 0.10 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.13 0.09 0.08 0.09 0.13 0.11 0.19 0.05 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.10 0.09 0.07 0.04
C2 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.07 0.06 0.11 0.05 0.07
C2' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.11 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.13 0.13 0.05 0.07
C3' 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.06 0.13 0.06
C4 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.12 0.05 0.07
C4' 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.14 0.11 0.16 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.14 0.14 0.13 0.15 0.10 0.08 0.21 0.14
C5 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.10 0.03 0.10 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.09 0.09 0.08 0.14 0.07 0.10
C5' 0.29 0.24 0.30 0.31 0.26 0.31 0.23 0.32 0.21 0.27 0.22 0.24 0.26 0.24 0.27 0.30 0.32 0.29 0.32 0.18 0.23 0.39 0.32
C6 0.08 0.03 0.08 0.11 0.05 0.12 0.03 0.13 0.02 0.07 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.08 0.10 0.11 0.11 0.05 0.14 0.08 0.10
C8 0.06 0.13 0.07 0.06 0.11 0.06 0.13 0.07 0.14 0.07 0.14 0.14 0.12 0.11 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.15 0.15 0.05 0.08
N1 0.10 0.07 0.11 0.12 0.09 0.12 0.07 0.12 0.05 0.09 0.05 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.04 0.12 0.07 0.09
N2 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.14 0.14 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12 0.07 0.11 0.10 0.05 0.06
N3 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05 0.10 0.05 0.06
N7 0.05 0.12 0.05 0.06 0.09 0.08 0.10 0.10 0.13 0.04 0.13 0.12 0.10 0.07 0.06 0.05 0.04 0.07 0.09 0.14 0.16 0.08 0.11
N9 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.10 0.12 0.04 0.06
O2' 0.14 0.08 0.13 0.13 0.10 0.14 0.09 0.13 0.08 0.14 0.08 0.09 0.09 0.12 0.13 0.13 0.11 0.16 0.12 0.11 0.19 0.13 0.15
O3' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05
O4' 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.05 0.14 0.07
O5' 0.47 0.37 0.47 0.46 0.41 0.48 0.36 0.46 0.32 0.43 0.33 0.37 0.41 0.37 0.44 0.48 0.45 0.49 0.44 0.26 0.46 0.43 0.45
O6 0.09 0.04 0.09 0.13 0.05 0.14 0.04 0.15 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.10 0.13 0.12 0.13 0.07 0.15 0.10 0.12
OP1 0.89 0.66 0.94 1.00 0.72 1.03 0.63 1.06 0.54 0.76 0.58 0.66 0.73 0.64 0.80 0.98 1.03 0.96 1.06 0.45 1.08 0.94 1.06
OP2 0.79 0.61 0.85 0.92 0.67 0.93 0.60 0.98 0.54 0.70 0.56 0.61 0.67 0.61 0.73 0.83 0.97 0.85 1.01 0.48 0.96 0.83 0.97
P 0.15 0.11 0.13 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.16 0.10 0.14 0.11 0.10 0.15 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.05 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.05
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.09 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.11 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.06
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.05 0.05
OP1 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.03 0.08 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01
OP2 0.11 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.11 0.07 0.12 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00