ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49964

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N9 A 0, -0.006, 0.028, 0.061, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.028 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.005, 0.040, 0.074, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.040 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.018, 0.066, 0.115, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.066 std_dev=0.048
O4' A 0, -0.017, 0.102, 0.221, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.102 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.022, 0.147, 0.271, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.147 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.006, 0.183, 0.360, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.183 std_dev=0.177
P A 0, 0.008, 0.218, 0.428, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.218 std_dev=0.210
O5' A 0, -0.046, 0.212, 0.471, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.212 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.005, 0.269, 0.533, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.269 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.015, 0.340, 0.665, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.340 std_dev=0.325
O3' A 0, -0.041, 0.293, 0.627, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.293 std_dev=0.334
C4' A 0, -0.137, 0.197, 0.531, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.197 std_dev=0.334
P B 0, -0.056, 0.311, 0.679, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.311 std_dev=0.368
OP1 A 0, -0.057, 0.336, 0.728, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.336 std_dev=0.393
O5' B 0, -0.026, 0.371, 0.767, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.371 std_dev=0.396
N7 B 0, -0.087, 0.336, 0.759, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.336 std_dev=0.423
C8 B 0, -0.055, 0.385, 0.824, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.385 std_dev=0.440
C5 B 0, -0.122, 0.330, 0.782, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.330 std_dev=0.452
C5' B 0, -0.010, 0.445, 0.900, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.445 std_dev=0.455
OP1 B 0, -0.077, 0.381, 0.839, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.381 std_dev=0.458
O4' B 0, -0.061, 0.399, 0.858, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.399 std_dev=0.460
O6 B 0, -0.127, 0.341, 0.808, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.341 std_dev=0.467
N9 B 0, -0.070, 0.399, 0.868, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.399 std_dev=0.469
C6 B 0, -0.142, 0.330, 0.801, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.330 std_dev=0.472
C4 B 0, -0.111, 0.369, 0.849, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.369 std_dev=0.480
C4' B 0, -0.033, 0.459, 0.951, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.459 std_dev=0.492
C1' B 0, -0.048, 0.450, 0.947, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.450 std_dev=0.498
N1 B 0, -0.144, 0.367, 0.878, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.367 std_dev=0.511
N3 B 0, -0.125, 0.392, 0.908, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.392 std_dev=0.516
C2 B 0, -0.140, 0.393, 0.925, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.393 std_dev=0.533
C3' B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.538 std_dev=0.538
C2' B 0, -0.008, 0.550, 1.107, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.550 std_dev=0.557
N2 B 0, -0.131, 0.450, 1.031, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.450 std_dev=0.581
C5' A 0, -0.250, 0.364, 0.979, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.364 std_dev=0.614
O2' B 0, 0.000, 0.627, 1.255, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.627 std_dev=0.627
O3' B 0, 0.034, 0.662, 1.291, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.662 std_dev=0.629

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.27 0.01 0.23 0.15 0.16
C2 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.32 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.12 0.12 0.10 0.01 0.10 0.11 0.10
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.13 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.05 0.33 0.26 0.24
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.07 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.11 0.16 0.12 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.09 0.07 0.21 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.19 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.07 0.20 0.01 0.14 0.11 0.11
C4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.19 0.00 0.17 0.01 0.23 0.03 0.29 0.36 0.29 0.09 0.08 0.01 0.05 0.01 0.02 0.22 0.05 0.16 0.10
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.17 0.00 0.44 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.06 0.19 0.01 0.11 0.09 0.10
C5' 0.12 0.62 0.13 0.03 0.44 0.01 0.44 0.00 0.53 0.24 0.60 0.65 0.57 0.33 0.27 0.12 0.03 0.02 0.02 0.53 0.21 0.28 0.04
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.23 0.01 0.53 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.09 0.14 0.00 0.09 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.02 0.26 0.01 0.18 0.11 0.13
N1 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.29 0.00 0.60 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.11 0.10 0.01 0.11 0.13 0.10
N2 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.36 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.13 0.11 0.01 0.14 0.13 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.29 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.11 0.15 0.01 0.13 0.11 0.11
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.11 0.02 0.22 0.01 0.13 0.09 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.01 0.26 0.01 0.19 0.13 0.15
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.15 0.01 0.17 0.12 0.20 0.08 0.21 0.18 0.16 0.13 0.08 0.00 0.06 0.01 0.26 0.20 0.36 0.34 0.27
O3' 0.09 0.12 0.03 0.01 0.09 0.05 0.09 0.03 0.09 0.11 0.10 0.16 0.12 0.11 0.09 0.06 0.00 0.15 0.04 0.09 0.11 0.05 0.06
O4' 0.00 0.12 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.11 0.13 0.11 0.02 0.01 0.01 0.15 0.00 0.22 0.08 0.15 0.08 0.09
O5' 0.27 0.10 0.28 0.09 0.20 0.02 0.19 0.02 0.14 0.26 0.10 0.11 0.15 0.22 0.26 0.26 0.04 0.22 0.00 0.13 0.02 0.01 0.02
O6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.22 0.01 0.53 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.08 0.13 0.00 0.10 0.13 0.10
OP1 0.23 0.10 0.33 0.21 0.14 0.05 0.11 0.21 0.09 0.18 0.11 0.14 0.13 0.13 0.19 0.36 0.11 0.15 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.11 0.26 0.09 0.11 0.16 0.09 0.28 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.09 0.13 0.34 0.05 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.10 0.24 0.08 0.11 0.10 0.10 0.04 0.09 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.15 0.27 0.06 0.09 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.11 0.16 0.05 0.20 0.11 0.26 0.22 0.13 0.22 0.17 0.07 0.07 0.08 0.14 0.19 0.20 0.14 0.30 0.08 0.14 0.10
C2 0.41 0.12 0.37 0.36 0.29 0.39 0.26 0.37 0.09 0.42 0.07 0.12 0.22 0.36 0.38 0.41 0.35 0.41 0.19 0.08 0.10 0.14 0.12
C2' 0.21 0.08 0.18 0.24 0.07 0.29 0.05 0.35 0.15 0.21 0.15 0.10 0.04 0.11 0.16 0.20 0.27 0.27 0.21 0.26 0.13 0.20 0.16
C3' 0.14 0.04 0.12 0.20 0.08 0.21 0.06 0.29 0.05 0.14 0.06 0.04 0.06 0.10 0.12 0.13 0.27 0.17 0.21 0.10 0.22 0.27 0.22
C4 0.32 0.12 0.28 0.28 0.11 0.34 0.05 0.34 0.17 0.33 0.20 0.16 0.07 0.20 0.26 0.32 0.28 0.36 0.17 0.29 0.10 0.13 0.11
C4' 0.21 0.16 0.17 0.17 0.19 0.18 0.18 0.24 0.15 0.22 0.14 0.15 0.18 0.21 0.21 0.19 0.22 0.20 0.21 0.12 0.30 0.32 0.28
C5 0.32 0.21 0.28 0.28 0.07 0.34 0.08 0.33 0.26 0.29 0.30 0.25 0.08 0.14 0.24 0.35 0.28 0.37 0.17 0.36 0.13 0.12 0.12
C5' 0.58 0.58 0.53 0.44 0.60 0.44 0.60 0.37 0.57 0.59 0.56 0.57 0.60 0.60 0.59 0.57 0.41 0.52 0.17 0.53 0.16 0.21 0.14
C6 0.38 0.16 0.35 0.33 0.16 0.37 0.09 0.34 0.19 0.33 0.26 0.23 0.10 0.21 0.31 0.42 0.33 0.40 0.18 0.29 0.14 0.12 0.13
C8 0.15 0.28 0.13 0.16 0.15 0.24 0.23 0.28 0.34 0.11 0.35 0.29 0.18 0.12 0.06 0.20 0.18 0.24 0.13 0.40 0.10 0.11 0.10
N1 0.42 0.10 0.39 0.36 0.27 0.39 0.21 0.37 0.05 0.40 0.10 0.13 0.20 0.31 0.38 0.44 0.36 0.42 0.19 0.16 0.13 0.13 0.13
N2 0.43 0.22 0.41 0.38 0.36 0.41 0.34 0.39 0.23 0.45 0.16 0.18 0.30 0.41 0.42 0.43 0.38 0.43 0.20 0.15 0.10 0.15 0.12
N3 0.36 0.08 0.32 0.32 0.23 0.37 0.19 0.37 0.03 0.39 0.08 0.10 0.16 0.32 0.33 0.36 0.32 0.39 0.19 0.14 0.10 0.14 0.12
N7 0.22 0.31 0.20 0.21 0.15 0.29 0.22 0.29 0.36 0.16 0.39 0.33 0.20 0.10 0.11 0.28 0.22 0.30 0.15 0.41 0.14 0.11 0.12
N9 0.22 0.17 0.19 0.21 0.03 0.28 0.10 0.31 0.24 0.21 0.25 0.19 0.07 0.08 0.14 0.23 0.22 0.29 0.15 0.33 0.08 0.12 0.10
O2' 0.10 0.30 0.14 0.23 0.20 0.27 0.29 0.37 0.41 0.10 0.39 0.31 0.21 0.22 0.10 0.13 0.29 0.18 0.26 0.51 0.22 0.28 0.23
O3' 0.15 0.20 0.24 0.33 0.18 0.27 0.21 0.36 0.23 0.17 0.23 0.21 0.18 0.19 0.17 0.22 0.43 0.14 0.35 0.27 0.36 0.41 0.36
O4' 0.16 0.07 0.12 0.14 0.05 0.16 0.03 0.21 0.09 0.16 0.11 0.10 0.04 0.10 0.12 0.16 0.17 0.18 0.13 0.15 0.16 0.18 0.16
O5' 0.12 0.07 0.10 0.17 0.09 0.15 0.10 0.24 0.07 0.15 0.06 0.07 0.08 0.14 0.12 0.11 0.23 0.11 0.26 0.06 0.34 0.34 0.32
O6 0.37 0.22 0.36 0.33 0.13 0.36 0.08 0.32 0.22 0.28 0.31 0.30 0.11 0.16 0.28 0.45 0.34 0.38 0.18 0.30 0.16 0.12 0.14
OP1 0.16 0.13 0.11 0.18 0.14 0.15 0.13 0.25 0.11 0.15 0.11 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.26 0.14 0.25 0.09 0.33 0.38 0.32
OP2 0.29 0.18 0.24 0.22 0.24 0.24 0.21 0.26 0.15 0.27 0.14 0.17 0.22 0.24 0.27 0.29 0.24 0.28 0.13 0.10 0.14 0.22 0.15
P 0.23 0.13 0.18 0.19 0.18 0.19 0.17 0.24 0.11 0.23 0.10 0.12 0.16 0.21 0.21 0.22 0.23 0.22 0.17 0.08 0.21 0.26 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.12 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.13 0.03 0.13 0.01 0.18 0.19 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.07 0.14 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.02 0.12 0.17 0.10 0.12 0.09 0.17 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02 0.09 0.02
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.15 0.01 0.17 0.20 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.12 0.05 0.05 0.04 0.12 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.11 0.02 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.19 0.01 0.21 0.25 0.22
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.00 0.15 0.00 0.16 0.17 0.11 0.05 0.05 0.19 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.19 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.20 0.00 0.24 0.27 0.25
C8 0.01 0.02 0.08 0.17 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.20 0.02 0.19 0.02 0.18 0.24 0.19
N1 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.17 0.00 0.22 0.24 0.22
N2 0.03 0.01 0.14 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.17 0.04 0.12 0.01 0.17 0.17 0.17
N3 0.02 0.00 0.11 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.12 0.03 0.12 0.00 0.15 0.16 0.15
N7 0.00 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.21 0.01 0.21 0.02 0.22 0.28 0.23
N9 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.14 0.18 0.15
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.10 0.19 0.14 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03 0.08 0.04 0.06
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.15 0.20 0.12 0.17 0.12 0.21 0.08 0.03 0.00 0.01 0.08 0.19 0.07 0.08 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.03 0.08 0.11 0.09
O5' 0.08 0.13 0.02 0.02 0.15 0.01 0.19 0.01 0.20 0.19 0.17 0.12 0.12 0.21 0.14 0.06 0.08 0.10 0.00 0.23 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.19 0.03 0.23 0.00 0.29 0.32 0.29
OP1 0.07 0.18 0.02 0.02 0.17 0.02 0.21 0.03 0.24 0.18 0.22 0.17 0.15 0.22 0.14 0.08 0.07 0.08 0.02 0.29 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.19 0.10 0.09 0.20 0.05 0.25 0.05 0.27 0.24 0.24 0.17 0.16 0.28 0.18 0.04 0.08 0.11 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.18 0.04 0.02 0.18 0.02 0.22 0.01 0.25 0.19 0.22 0.17 0.15 0.23 0.15 0.06 0.04 0.09 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00