ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49965

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.017, 0.039, 0.062, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.039 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.018, 0.045, 0.072, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.011, 0.042, 0.072, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C4' A 0, 0.020, 0.053, 0.086, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.053 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.014, 0.055, 0.096, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.041
C5' A 0, 0.045, 0.120, 0.196, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.120 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.028, 0.111, 0.194, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.111 std_dev=0.083
P A 0, 0.067, 0.201, 0.336, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.201 std_dev=0.135
O5' A 0, 0.083, 0.238, 0.394, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.238 std_dev=0.155
OP2 A 0, 0.097, 0.316, 0.536, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.316 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.095, 0.322, 0.549, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.322 std_dev=0.227
O6 B 0, 0.092, 0.340, 0.588, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.340 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.100, 0.370, 0.641, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.370 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.115, 0.386, 0.658, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.386 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.132, 0.424, 0.716, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.424 std_dev=0.292
C4 B 0, 0.129, 0.424, 0.720, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.424 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.147, 0.465, 0.784, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.465 std_dev=0.318
N1 B 0, 0.117, 0.446, 0.776, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.446 std_dev=0.329
C8 B 0, 0.151, 0.482, 0.813, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.482 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.135, 0.469, 0.803, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.469 std_dev=0.334
C3' B 0, 0.166, 0.520, 0.875, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.520 std_dev=0.355
C1' B 0, 0.167, 0.528, 0.888, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.528 std_dev=0.361
C2 B 0, 0.132, 0.493, 0.854, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.493 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.171, 0.538, 0.905, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.538 std_dev=0.367
C5' B 0, 0.179, 0.548, 0.917, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.548 std_dev=0.369
C2' B 0, 0.175, 0.545, 0.916, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.545 std_dev=0.371
O5' B 0, 0.175, 0.558, 0.941, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.558 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.183, 0.568, 0.953, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.568 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.181, 0.567, 0.952, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.567 std_dev=0.385
P B 0, 0.178, 0.583, 0.987, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.583 std_dev=0.404
OP1 B 0, 0.204, 0.639, 1.074, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.639 std_dev=0.435
N2 B 0, 0.155, 0.591, 1.027, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.591 std_dev=0.436
O2' B 0, 0.208, 0.652, 1.095, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.652 std_dev=0.444
OP2 B 0, 0.209, 0.676, 1.142, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.676 std_dev=0.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05
C5' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04
N2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
O5' 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.05
OP1 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.08 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.15 0.16 0.08 0.04
C2 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.13 0.04 0.10 0.04 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.09 0.03 0.14 0.12 0.05
C2' 0.05 0.17 0.05 0.05 0.12 0.04 0.15 0.05 0.18 0.05 0.19 0.17 0.14 0.10 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.20 0.21 0.07 0.10
C3' 0.09 0.20 0.09 0.08 0.16 0.06 0.17 0.06 0.20 0.09 0.21 0.21 0.18 0.13 0.12 0.09 0.09 0.07 0.03 0.21 0.15 0.01 0.05
C4 0.08 0.03 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.12 0.07 0.10 0.04 0.02 0.04 0.11 0.08 0.06 0.05 0.10 0.08 0.09 0.17 0.11 0.06
C4' 0.11 0.17 0.10 0.09 0.15 0.10 0.17 0.10 0.18 0.13 0.18 0.17 0.15 0.16 0.13 0.11 0.09 0.10 0.07 0.19 0.10 0.11 0.02
C5 0.09 0.04 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.13 0.07 0.12 0.04 0.03 0.05 0.13 0.09 0.07 0.05 0.10 0.08 0.09 0.19 0.11 0.08
C5' 0.12 0.17 0.10 0.09 0.15 0.09 0.17 0.09 0.18 0.14 0.18 0.17 0.15 0.16 0.13 0.11 0.09 0.10 0.08 0.18 0.08 0.15 0.05
C6 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.13 0.06 0.12 0.05 0.08 0.07 0.12 0.10 0.07 0.06 0.11 0.09 0.06 0.18 0.11 0.07
C8 0.09 0.09 0.07 0.06 0.11 0.09 0.14 0.11 0.14 0.14 0.12 0.08 0.09 0.18 0.11 0.07 0.05 0.10 0.08 0.16 0.24 0.11 0.10
N1 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.13 0.05 0.11 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.11 0.09 0.05 0.15 0.12 0.06
N2 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.13 0.04 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.09 0.03 0.12 0.12 0.05
N3 0.07 0.03 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.13 0.04 0.09 0.01 0.03 0.04 0.09 0.07 0.05 0.05 0.09 0.08 0.05 0.14 0.11 0.05
N7 0.10 0.06 0.08 0.07 0.10 0.10 0.13 0.12 0.11 0.14 0.08 0.05 0.07 0.16 0.11 0.08 0.05 0.11 0.09 0.13 0.23 0.11 0.10
N9 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.08 0.06 0.06 0.13 0.08 0.06 0.05 0.09 0.07 0.13 0.19 0.10 0.07
O2' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.07 0.04 0.09 0.06 0.16 0.04 0.17 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.19 0.24 0.14 0.15
O3' 0.08 0.19 0.08 0.07 0.14 0.06 0.15 0.06 0.18 0.07 0.20 0.21 0.16 0.10 0.10 0.08 0.08 0.06 0.03 0.19 0.14 0.02 0.04
O4' 0.12 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.15 0.14 0.16 0.15 0.14 0.13 0.13 0.17 0.13 0.11 0.11 0.12 0.10 0.17 0.09 0.17 0.05
O5' 0.19 0.26 0.16 0.13 0.24 0.14 0.24 0.11 0.25 0.19 0.26 0.27 0.25 0.21 0.21 0.18 0.12 0.17 0.11 0.25 0.06 0.16 0.08
O6 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.13 0.07 0.12 0.07 0.11 0.09 0.12 0.10 0.07 0.06 0.11 0.09 0.07 0.18 0.10 0.07
OP1 0.06 0.11 0.05 0.05 0.09 0.04 0.11 0.03 0.12 0.08 0.12 0.11 0.09 0.11 0.08 0.06 0.05 0.05 0.03 0.13 0.01 0.12 0.06
OP2 0.07 0.15 0.05 0.05 0.12 0.04 0.12 0.03 0.15 0.07 0.16 0.16 0.13 0.10 0.08 0.07 0.05 0.05 0.03 0.15 0.01 0.09 0.04
P 0.09 0.15 0.07 0.07 0.12 0.06 0.12 0.05 0.14 0.08 0.15 0.16 0.13 0.10 0.10 0.09 0.06 0.08 0.05 0.14 0.03 0.08 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.19 0.13 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.12 0.09 0.06
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.05 0.06
C4 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.17 0.14 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.18 0.13 0.10
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.20 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.16 0.14 0.10
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.20 0.13 0.10
N2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.04 0.00 0.19 0.13 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.17 0.14 0.10
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.18 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.15 0.13 0.09
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.08 0.04
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.11 0.07 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.10 0.05
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.20 0.11 0.10
OP1 0.11 0.19 0.12 0.12 0.17 0.06 0.18 0.05 0.20 0.16 0.20 0.19 0.17 0.18 0.15 0.08 0.10 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.13 0.09 0.05 0.14 0.03 0.13 0.05 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.13 0.08 0.03 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.06 0.06 0.10 0.02 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.04 0.04 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00