ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49968

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C5 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C4 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C2 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N9 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N3 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N7 A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C8 A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C1' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
N2 A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O4' A 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
P B 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP2 A 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O2' A 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C4' A 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C4' B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
N9 B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
P A 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C8 B 0, 0.000, 0.335, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.335 std_dev=0.335
O5' B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
N7 B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C3' B 0, 0.000, 0.460, 0.920, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.460 std_dev=0.460
C4 B 0, 0.000, 0.465, 0.931, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.465 std_dev=0.465
OP2 B 0, 0.000, 0.467, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C5' A 0, 0.000, 0.510, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C5 B 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
OP1 A 0, 0.000, 0.558, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.558 std_dev=0.558
N3 B 0, 0.000, 0.596, 1.191, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.596 std_dev=0.596
C6 B 0, 0.000, 0.687, 1.374, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.687 std_dev=0.687
O3' B 0, 0.000, 0.699, 1.399, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.699 std_dev=0.699
C2 B 0, 0.000, 0.753, 1.507, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.753 std_dev=0.753
N1 B 0, 0.000, 0.790, 1.579, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.790 std_dev=0.790
O5' A 0, 0.000, 0.798, 1.596, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.798 std_dev=0.798
O6 B 0, 0.000, 0.812, 1.625, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.812 std_dev=0.812
N2 B 0, 0.000, 0.904, 1.808, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.904 std_dev=0.904
O2' B 0, 0.000, 0.918, 1.837, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.918 std_dev=0.918

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.34 0.09 0.09
C2 0.06 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.05 0.05 0.01 0.24 0.12 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.03 0.26 0.11 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.22 0.05 0.17 0.13 0.06
C4 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.12 0.01 0.27 0.12 0.07
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.34 0.01 0.09
C5 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.21 0.01 0.26 0.11 0.10
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.15 0.12 0.10 0.04 0.03 0.16 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.18 0.04 0.00
C6 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.04 0.00 0.20 0.00 0.25 0.10 0.10
C8 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.26 0.02 0.27 0.13 0.11
N1 0.06 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.02 0.03 0.12 0.00 0.24 0.12 0.07
N2 0.07 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.06 0.01 0.02 0.22 0.13 0.02
N3 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.01 0.06 0.03 0.00 0.25 0.13 0.03
N7 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.28 0.03 0.26 0.12 0.12
N9 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.29 0.13 0.08
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.14 0.18 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.09 0.37 0.02 0.08
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.39 0.06 0.10 0.08 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.18 0.02 0.38 0.06 0.14
O5' 0.08 0.05 0.11 0.22 0.12 0.01 0.21 0.00 0.20 0.26 0.12 0.01 0.03 0.28 0.15 0.11 0.39 0.18 0.00 0.26 0.03 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.06 0.02 0.26 0.00 0.26 0.07 0.14
OP1 0.34 0.24 0.26 0.17 0.27 0.34 0.26 0.18 0.25 0.27 0.24 0.22 0.25 0.26 0.29 0.37 0.10 0.38 0.03 0.26 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.11 0.13 0.12 0.01 0.11 0.04 0.10 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.02 0.08 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.10 0.00 0.10 0.11 0.07 0.02 0.03 0.12 0.08 0.08 0.11 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.08 0.19 0.09 0.05 0.06 0.10 0.05 0.15 0.04 0.13 0.09 0.04 0.09 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.23 0.07 0.10 0.08
C2 0.09 0.05 0.18 0.22 0.05 0.15 0.01 0.11 0.04 0.02 0.00 0.05 0.07 0.02 0.06 0.17 0.09 0.08 0.03 0.11 0.16 0.03 0.05
C2' 0.00 0.10 0.19 0.06 0.08 0.03 0.14 0.01 0.19 0.10 0.15 0.09 0.06 0.15 0.05 0.02 0.16 0.03 0.04 0.27 0.13 0.18 0.13
C3' 0.05 0.08 0.27 0.10 0.06 0.07 0.14 0.06 0.19 0.09 0.14 0.07 0.03 0.16 0.03 0.12 0.13 0.01 0.01 0.28 0.06 0.20 0.11
C4 0.04 0.03 0.15 0.15 0.02 0.10 0.07 0.07 0.11 0.03 0.08 0.03 0.00 0.07 0.00 0.16 0.02 0.02 0.02 0.18 0.15 0.06 0.07
C4' 0.14 0.01 0.37 0.19 0.03 0.17 0.05 0.16 0.11 0.03 0.07 0.01 0.04 0.05 0.07 0.22 0.00 0.10 0.09 0.20 0.14 0.05 0.02
C5 0.04 0.00 0.13 0.16 0.01 0.11 0.04 0.09 0.07 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.21 0.06 0.04 0.01 0.13 0.16 0.01 0.04
C5' 0.25 0.05 0.51 0.30 0.10 0.28 0.00 0.29 0.07 0.10 0.02 0.06 0.12 0.00 0.16 0.41 0.13 0.21 0.21 0.18 0.34 0.01 0.14
C6 0.09 0.07 0.14 0.22 0.07 0.16 0.03 0.12 0.00 0.05 0.04 0.07 0.09 0.02 0.08 0.24 0.14 0.09 0.04 0.05 0.15 0.04 0.01
C8 0.01 0.09 0.13 0.07 0.06 0.05 0.11 0.03 0.15 0.06 0.13 0.09 0.05 0.10 0.04 0.15 0.04 0.02 0.08 0.21 0.14 0.06 0.09
N1 0.10 0.08 0.15 0.23 0.07 0.16 0.02 0.12 0.01 0.04 0.03 0.08 0.10 0.01 0.07 0.22 0.13 0.09 0.04 0.07 0.17 0.01 0.03
N2 0.11 0.07 0.19 0.24 0.06 0.16 0.00 0.12 0.03 0.03 0.02 0.08 0.10 0.01 0.07 0.16 0.10 0.09 0.05 0.10 0.16 0.04 0.05
N3 0.06 0.01 0.17 0.17 0.00 0.12 0.06 0.09 0.10 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.02 0.15 0.03 0.04 0.00 0.17 0.15 0.07 0.08
N7 0.02 0.04 0.11 0.12 0.02 0.08 0.06 0.06 0.09 0.02 0.07 0.04 0.01 0.05 0.00 0.21 0.03 0.01 0.05 0.15 0.15 0.00 0.05
N9 0.01 0.08 0.15 0.10 0.06 0.06 0.11 0.04 0.16 0.06 0.13 0.09 0.04 0.10 0.03 0.12 0.04 0.01 0.06 0.23 0.13 0.09 0.10
O2' 0.03 0.07 0.21 0.06 0.05 0.04 0.10 0.03 0.15 0.05 0.12 0.07 0.03 0.10 0.02 0.00 0.16 0.01 0.01 0.22 0.07 0.13 0.09
O3' 0.09 0.05 0.32 0.12 0.04 0.09 0.13 0.08 0.18 0.08 0.12 0.03 0.00 0.15 0.00 0.21 0.14 0.04 0.06 0.28 0.01 0.20 0.08
O4' 0.07 0.07 0.27 0.13 0.02 0.11 0.08 0.11 0.14 0.00 0.12 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.00 0.22 0.05 0.05 0.03
O5' 0.42 0.31 0.61 0.32 0.34 0.37 0.28 0.35 0.22 0.34 0.26 0.31 0.35 0.27 0.37 0.54 0.12 0.39 0.30 0.13 0.35 0.18 0.27
O6 0.12 0.13 0.13 0.26 0.12 0.19 0.09 0.15 0.07 0.10 0.10 0.13 0.14 0.08 0.12 0.28 0.21 0.12 0.07 0.02 0.13 0.10 0.04
OP1 0.06 0.12 0.28 0.02 0.08 0.06 0.17 0.07 0.23 0.09 0.19 0.12 0.06 0.17 0.03 0.30 0.22 0.06 0.01 0.34 0.16 0.22 0.03
OP2 0.05 0.19 0.23 0.11 0.17 0.09 0.24 0.10 0.28 0.18 0.24 0.18 0.15 0.25 0.12 0.27 0.29 0.11 0.11 0.37 0.12 0.30 0.15
P 0.14 0.01 0.38 0.06 0.02 0.11 0.05 0.10 0.11 0.03 0.07 0.01 0.04 0.05 0.07 0.38 0.12 0.11 0.06 0.20 0.23 0.10 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.24 0.00 0.01 0.06 0.01 0.22 0.12
C2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.35 0.00 0.10 0.01 0.01 0.14 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.16 0.01 0.06 0.03 0.09 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.31 0.02 0.23 0.41 0.34
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.12 0.19 0.05 0.02 0.01 0.18 0.10 0.02 0.01 0.00 0.06 0.17 0.12 0.02 0.03
C4 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.21 0.00 0.12 0.03 0.02 0.15 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.09 0.05 0.19 0.02 0.00 0.00 0.11 0.13 0.09 0.04
C5 0.02 0.00 0.01 0.13 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.12 0.02 0.19 0.04 0.04 0.09 0.03
C5' 0.02 0.02 0.16 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.05 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.15 0.15 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.01 0.12 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.16 0.04 0.21 0.01 0.06 0.06 0.06
C8 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.02 0.02 0.20 0.04 0.05 0.14 0.00
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.28 0.01 0.15 0.00 0.03 0.10 0.01
N2 0.02 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.41 0.00 0.08 0.00 0.01 0.14 0.03
N3 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.34 0.01 0.07 0.02 0.00 0.17 0.06
N7 0.01 0.00 0.05 0.18 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.01 0.02 0.23 0.05 0.06 0.07 0.05
N9 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.00 0.10 0.05 0.01 0.18 0.06
O2' 0.04 0.14 0.00 0.02 0.15 0.19 0.21 0.01 0.22 0.18 0.20 0.08 0.09 0.23 0.13 0.00 0.01 0.17 0.24 0.23 0.19 0.45 0.30
O3' 0.24 0.35 0.02 0.01 0.21 0.02 0.12 0.11 0.16 0.02 0.28 0.41 0.34 0.01 0.13 0.01 0.00 0.17 0.02 0.10 0.37 0.06 0.10
O4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.17 0.17 0.00 0.08 0.07 0.07 0.16 0.06
O5' 0.01 0.10 0.31 0.06 0.12 0.00 0.19 0.01 0.21 0.20 0.15 0.08 0.07 0.23 0.10 0.24 0.02 0.08 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00
O6 0.06 0.01 0.02 0.17 0.03 0.11 0.04 0.15 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.23 0.10 0.07 0.27 0.00 0.10 0.02 0.13
OP1 0.01 0.01 0.23 0.12 0.02 0.13 0.04 0.15 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.19 0.37 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.14 0.41 0.02 0.15 0.09 0.09 0.03 0.06 0.14 0.10 0.14 0.17 0.07 0.18 0.45 0.06 0.16 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.03 0.34 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.30 0.10 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00