ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49983

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 5, 2, 0, 2, 1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.025, 0.044, 0.064, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.044 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.022, 0.042, 0.063, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.042 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.021, 0.046, 0.071, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.046 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.052, 0.138, 0.224, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.138 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.087, 0.177, 0.266, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.177 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.026, 0.124, 0.221, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.124 std_dev=0.098
O4' B 0, 0.215, 0.376, 0.537, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.376 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.068, 0.230, 0.391, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.230 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.092, 0.253, 0.415, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.253 std_dev=0.161
P B 0, 0.163, 0.336, 0.508, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.336 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.115, 0.301, 0.486, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.301 std_dev=0.185
OP2 B 0, 0.206, 0.397, 0.588, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.397 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.215, 0.416, 0.616, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.416 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.276, 0.502, 0.728, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.502 std_dev=0.226
O5' B 0, 0.182, 0.414, 0.645, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.414 std_dev=0.232
OP1 B 0, 0.187, 0.422, 0.657, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.422 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.188, 0.425, 0.662, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.425 std_dev=0.237
C8 B 0, 0.182, 0.436, 0.691, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.436 std_dev=0.255
N9 B 0, 0.130, 0.398, 0.667, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.398 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.260, 0.544, 0.827, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.544 std_dev=0.284
N7 B 0, 0.215, 0.521, 0.827, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.521 std_dev=0.306
O3' B 0, 0.269, 0.582, 0.895, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.582 std_dev=0.313
C5' A 0, 0.181, 0.499, 0.816, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.499 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.140, 0.458, 0.776, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.458 std_dev=0.318
C4 B 0, 0.134, 0.453, 0.773, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.453 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.186, 0.508, 0.830, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.508 std_dev=0.322
N3 B 0, 0.207, 0.549, 0.890, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.549 std_dev=0.341
C6 B 0, 0.258, 0.611, 0.964, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.611 std_dev=0.353
P A 0, 0.553, 0.907, 1.261, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.907 std_dev=0.354
O5' A 0, 0.268, 0.626, 0.983, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.626 std_dev=0.358
O2' B 0, 0.306, 0.664, 1.022, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.664 std_dev=0.358
O6 B 0, 0.354, 0.726, 1.099, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.726 std_dev=0.373
C2 B 0, 0.217, 0.603, 0.989, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.603 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.221, 0.614, 1.007, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.614 std_dev=0.393
N2 B 0, 0.326, 0.734, 1.142, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.734 std_dev=0.408
OP2 A 0, 0.717, 1.172, 1.627, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.172 std_dev=0.455
OP1 A 0, 0.485, 1.009, 1.532, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.009 std_dev=0.524

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.20 0.14
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.38 0.01 0.38 0.45 0.37
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.06 0.26 0.15 0.18
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.10 0.06 0.11 0.13 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.11 0.35 0.15 0.23
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.38 0.01 0.37 0.42 0.36
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.09 0.13 0.21 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.47 0.01 0.47 0.54 0.47
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.14 0.00 0.19 0.00 0.21 0.19 0.17 0.11 0.11 0.22 0.13 0.05 0.03 0.01 0.01 0.24 0.18 0.32 0.03
C6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.49 0.00 0.52 0.60 0.51
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.45 0.01 0.42 0.44 0.42
N1 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.45 0.01 0.47 0.55 0.45
N2 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03 0.34 0.01 0.35 0.43 0.34
N3 0.03 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.33 0.01 0.32 0.38 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.51 0.01 0.51 0.57 0.51
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.34 0.01 0.32 0.34 0.31
O2' 0.03 0.08 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.08 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.06 0.18 0.13 0.07
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.08 0.03 0.09 0.03 0.11 0.07 0.13 0.15 0.11 0.08 0.04 0.04 0.00 0.02 0.23 0.12 0.38 0.21 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.02 0.10 0.23 0.11
O5' 0.15 0.38 0.21 0.29 0.38 0.02 0.47 0.01 0.49 0.45 0.45 0.34 0.33 0.51 0.34 0.08 0.23 0.06 0.00 0.53 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.53 0.00 0.58 0.67 0.57
OP1 0.17 0.38 0.26 0.35 0.37 0.13 0.47 0.18 0.52 0.42 0.47 0.35 0.32 0.51 0.32 0.18 0.38 0.10 0.01 0.58 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.45 0.15 0.15 0.42 0.21 0.54 0.32 0.60 0.44 0.55 0.43 0.38 0.57 0.34 0.13 0.21 0.23 0.02 0.67 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.37 0.18 0.23 0.36 0.02 0.47 0.03 0.51 0.42 0.45 0.34 0.31 0.51 0.31 0.07 0.23 0.11 0.00 0.57 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.11 0.14 0.11 0.15 0.13 0.25 0.14 0.18 0.13 0.17 0.13 0.20 0.12 0.17 0.16 0.12 0.18 0.17 0.06 0.09 0.06
C2 0.15 0.20 0.17 0.16 0.19 0.22 0.25 0.26 0.27 0.24 0.23 0.21 0.18 0.28 0.17 0.26 0.18 0.21 0.20 0.30 0.15 0.17 0.12
C2' 0.11 0.11 0.10 0.15 0.09 0.14 0.12 0.26 0.12 0.15 0.11 0.13 0.11 0.16 0.09 0.15 0.18 0.11 0.21 0.15 0.11 0.11 0.11
C3' 0.20 0.18 0.17 0.18 0.17 0.14 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.19 0.18 0.19 0.18 0.20 0.19 0.20 0.06 0.18 0.02 0.07 0.01
C4 0.16 0.15 0.15 0.13 0.09 0.17 0.13 0.22 0.14 0.19 0.12 0.19 0.15 0.22 0.10 0.23 0.14 0.17 0.17 0.19 0.09 0.15 0.07
C4' 0.18 0.21 0.16 0.17 0.20 0.13 0.22 0.19 0.23 0.22 0.22 0.22 0.20 0.25 0.19 0.18 0.19 0.17 0.05 0.25 0.09 0.19 0.09
C5 0.21 0.20 0.20 0.14 0.13 0.17 0.11 0.17 0.12 0.17 0.13 0.26 0.22 0.21 0.14 0.26 0.15 0.19 0.17 0.19 0.09 0.18 0.10
C5' 0.30 0.38 0.28 0.27 0.37 0.20 0.41 0.18 0.42 0.38 0.40 0.38 0.36 0.43 0.34 0.27 0.26 0.25 0.16 0.45 0.17 0.36 0.19
C6 0.20 0.18 0.21 0.15 0.10 0.18 0.17 0.17 0.20 0.18 0.13 0.26 0.20 0.25 0.12 0.28 0.17 0.19 0.18 0.28 0.12 0.19 0.12
C8 0.23 0.25 0.20 0.16 0.21 0.16 0.19 0.16 0.19 0.21 0.22 0.28 0.25 0.22 0.20 0.24 0.16 0.19 0.15 0.20 0.08 0.17 0.09
N1 0.16 0.19 0.19 0.15 0.16 0.19 0.26 0.21 0.29 0.22 0.23 0.22 0.17 0.29 0.14 0.28 0.17 0.20 0.19 0.33 0.14 0.19 0.12
N2 0.20 0.28 0.21 0.21 0.27 0.26 0.30 0.30 0.32 0.27 0.30 0.28 0.27 0.30 0.24 0.28 0.23 0.26 0.23 0.34 0.19 0.18 0.15
N3 0.13 0.15 0.14 0.15 0.13 0.21 0.20 0.28 0.20 0.22 0.16 0.17 0.14 0.25 0.13 0.22 0.16 0.19 0.20 0.23 0.13 0.15 0.10
N7 0.24 0.28 0.22 0.17 0.22 0.17 0.17 0.15 0.17 0.19 0.23 0.32 0.28 0.21 0.21 0.27 0.17 0.20 0.16 0.17 0.10 0.19 0.11
N9 0.17 0.17 0.15 0.13 0.13 0.15 0.14 0.21 0.14 0.19 0.14 0.21 0.17 0.21 0.14 0.21 0.14 0.16 0.16 0.17 0.06 0.13 0.06
O2' 0.13 0.13 0.13 0.20 0.11 0.20 0.12 0.33 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.16 0.10 0.19 0.24 0.13 0.26 0.15 0.16 0.09 0.13
O3' 0.17 0.15 0.16 0.19 0.14 0.15 0.15 0.18 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.19 0.22 0.20 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01
O4' 0.15 0.18 0.12 0.14 0.15 0.12 0.17 0.21 0.18 0.19 0.18 0.21 0.17 0.21 0.14 0.17 0.16 0.13 0.10 0.21 0.04 0.14 0.03
O5' 0.51 0.54 0.50 0.47 0.55 0.39 0.55 0.32 0.53 0.57 0.53 0.53 0.54 0.58 0.54 0.49 0.44 0.45 0.41 0.51 0.31 0.53 0.38
O6 0.22 0.24 0.24 0.18 0.15 0.18 0.18 0.16 0.21 0.18 0.13 0.33 0.26 0.25 0.16 0.30 0.20 0.20 0.20 0.32 0.14 0.21 0.14
OP1 0.58 0.63 0.60 0.61 0.63 0.53 0.66 0.49 0.66 0.65 0.64 0.62 0.62 0.68 0.62 0.58 0.61 0.54 0.56 0.67 0.58 0.76 0.57
OP2 0.50 0.62 0.51 0.46 0.60 0.36 0.64 0.30 0.66 0.57 0.65 0.62 0.60 0.63 0.55 0.48 0.46 0.41 0.36 0.68 0.40 0.54 0.37
P 0.50 0.56 0.50 0.48 0.56 0.39 0.59 0.33 0.59 0.57 0.57 0.55 0.55 0.61 0.54 0.48 0.47 0.43 0.41 0.60 0.40 0.59 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.08 0.15 0.04
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.04 0.19 0.01 0.14 0.13 0.11
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.02 0.09 0.07 0.12 0.18 0.14 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.15 0.09 0.19 0.13 0.10
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.13 0.13 0.15 0.19 0.14 0.13 0.07 0.01 0.01 0.01 0.20 0.14 0.25 0.13 0.16
C4 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.03 0.19 0.01 0.14 0.13 0.11
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.17 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.24 0.01 0.17 0.14 0.15
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.07 0.09 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.03 0.25 0.01 0.18 0.16 0.16
C8 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.02 0.24 0.01 0.16 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.12 0.15 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.04 0.22 0.01 0.17 0.14 0.14
N2 0.03 0.01 0.18 0.19 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.27 0.05 0.17 0.01 0.14 0.14 0.11
N3 0.02 0.01 0.14 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.19 0.04 0.16 0.01 0.13 0.13 0.09
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.02 0.27 0.01 0.18 0.15 0.17
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.12 0.13 0.08
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.12 0.19 0.14 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.08 0.07 0.16 0.12 0.06
O3' 0.02 0.22 0.03 0.01 0.13 0.02 0.15 0.05 0.18 0.15 0.20 0.27 0.19 0.16 0.08 0.05 0.00 0.02 0.20 0.19 0.34 0.19 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.22 0.11
O5' 0.08 0.19 0.15 0.20 0.19 0.02 0.24 0.01 0.25 0.24 0.22 0.17 0.16 0.27 0.17 0.08 0.20 0.06 0.00 0.27 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.19 0.03 0.27 0.00 0.20 0.18 0.19
OP1 0.08 0.14 0.19 0.25 0.14 0.09 0.17 0.09 0.18 0.16 0.17 0.14 0.13 0.18 0.12 0.16 0.34 0.06 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.13 0.13 0.13 0.13 0.17 0.14 0.19 0.16 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.12 0.19 0.22 0.02 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.10 0.16 0.11 0.02 0.15 0.01 0.16 0.13 0.14 0.11 0.09 0.17 0.08 0.06 0.22 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00